» »

Folding@Home

Folding@Home

«
1
2

OwcA ::

Thomas
Ja že. Ampak zadeve so zdaj bolj zrele kot pred letom dni, vera v Marsovce pa že nekoliko obledela.

SETI@home je pravzaprav pripravil oder za tole zadevo - in je s tega stališča koristen.

Samo je pa res čas, da počasi ugasne in se uporabi milijone ali celo desetine milijonov računalnikov za koristne namene.

Današnji superračunalniki ne pridejo čez 100 000 običajnih PCov moči. Tukaj bi lahko zagotovili v nekaj letih še TISOČKRAT večjo procesorsko moč.

Kvantna kemija, ki je v središču teh iskanj novih učinkovin, bi morala s tem pa že biti na dosegu roke.

V načelu je izračunljiva vsaka molekula. Za vsako belezen NE rase rožica, je pa za vsako bolezen nekje molekula, ki jo je treba le izračunati.

In kaj bodo od tega imeli darovalci CPUja?

Realno upanje za svoje bližnje ali zase, kadar tak čas (bolezni) pride. Pride pa zagotovo.


Maria
Mogoče bi pa vprašali administratorja VRANE (KI), če ima kaj za računat. Da boste pomagali slovenski industriji.

Tomi
Maria: bom naslednjič, ko grem do Šolmajerja, malo povprašal, če ima kaj pametnega za izračunati.. Takoj ko preberem knjigo za Spartan, seveda.
Sicer pa, za vse, ki vam ni verjetno jasno, kanim se ubadati z molekulskim modeliranjem kot raziskovalno nalogo.

Tomi
Vidim, da nekaterim še vedno jasno, kaj je s protitumornimi učinkovinami, in posledično še vedno nasedajo filmom tipa Džungla ali nekaj podobnega.

Zdravila za raka, kot si ga predstavljate tukaj, seveda NI. Gre zgolj za preračunavanje molekul, ki bi lahko imele kakšen fiziološki učinek. In bi mogoče delovale supresivno ali citocidno na določeno obliko raka.
Po drugi strani me pa čudi, kaj sploh vsi UD projekti delajo, če niti ne vedo, kakšni so receptorji. Ker gre seveda za izračun konformacijskih energij, s čim je potem primerjava?
Molekulsko načrtovanje je zgolj orodje za ugotavljanje ugodnih struktur za določeno vezavno mesto.
Sicer pa, tudi če bi našli "zdravilo za raka", bi samo pospešili diferenciacijo tumorskih celic, ki bi postale resistentne na sedanje učinkovine.
Pa še mogoče beseda okoli foldinga. Povprečen protein reda 100 AK porabi 5*10^34 s ali okoli r.v 10^27 let, da gre skozi vse faze konformacij. Levinthalov paradoks pa pove, da se to v celici zgodi v par sekundah. Narava je še way ahead of us.
Saj ne rečem, da ima Seti kakšen pomen, samo se tega zavedam, in mi je vseeno. Nekateri ste pa pe vedno prepričani, da boste kaj dosegli, in da ste kaj drugačni od Seti odvisnežev. Naj dajo raje NMR spektre za računanati.

NoUse4AName
ja no, namen folding@home je ravno to da poskusajo preuciti kako se proteini foldajo cisto nic drugega. In ce lahko razumejo kako to poteka po tem bojo tudi lahko razumeli zakaj pride vcasih do napak, katerih rezultat je rak, BSE in se nekaj drugih.
Torej ne govori da je folding tako nekoristen kot SETI, ce bi to bil potem se ga nebi nikoli lotila univerza stanford.

Jeb
Tomi, jasno, velika vecina nas nima pojma o zdravilu za raka in receptorjih in molekulah...
In jest nimam nic proti SETIju. Predvsem je pa pomemben njegov princip.
Pravim samo, da se mi kot laiku zdi bolj pametno tiste svoje proste procesorske cikle nameniti medicinskim raziskavam kot pa iskanju malih zelenih. Pa tudi ne vidim razloga, zakaj bi moral za to cakat, da se ustvari nek "team". Instaliram, laufam, gotovo. V cem je finta teama? Pri SETIju nisem bil v nobenem teamu, pa sem prav tako lepo obdeloval paketke.
Kdo bo dobil patent za kaksno morebitno zdravilo, me prav malo briga. Drugace bi bilo, ce bi jaz v to vlozil svoje delo, znanje ali sredstva. Tako pa vlozim le nekaj visjo temperaturo svojga proca. Na dolgi rok pa verjetno pridobimo vsi. To je cel point. Vsaj zame.
Proti slabostim nekontroliranega liberalnega kapitalizma pa raje nastopam kako drugace :)

Tomi
Prvič, sicer tega vam ne morem dopovedati, rak (kot termin) ni bolezen. Je zgolj ime za vse mutagene, torej maligne spremembe celice in tkiva, katerih je vsem skupen gen za nesmrtnost in se preveč razmnožijo (to, da lahko to uporabljamo za izdelavo monoklonskih protiteles, je ena od prednost raziskav kancerogenih obolenj). Ker rakaste celice ima vsak. Samo večina ljudi ima dovolj agentov 007 z licenco za ubijanje brez spraševanja, namreč makrofage, ki jih sproti pospravijo do metabolnih produktov.
Pa še kot zanimivost, karcinom pljuč, ki je bila prva odkrita oblika rakastega tkiva, je dal celice v obliki podkvaste rakovice, od tod tudi ime.

Glede foldinga je pa tako, da daje rezultate, samo ravno to je problem, ker gre zgolj za rezultate. Nas zanima mehanizem. In to, da ne gre za nobeno veliko zadevo, zgolj za iskanje najbolj ugodne energetske konformacije, tudi upam, da veste. Narava to naredi enako. Samo s tem, da si _verjetno_ zapomni fragmente, in takoj najde najugodnejšo konformacijo. Recimo za prikaz si snamite HyperChem in naredite eno enostavno molekulo, da boste videli, kaj dela F@H.

No, da pa ne bom samo kritiziral, je pa vendarle ena prednost F@H projekta. Ko bodo našli nov receptor, in bo F@H dal nekaj novih peptidov, bodo lahko našli peptidomimetik (ki ga je lahko sintetizirati, samo malo DCC ali PCl5 rabite, pa nekaj topil, pa še kakšen t-BOC), namesto, da bodo izračunali nekaj sinteznega.

Thomas
Vsaka (VSAKA) molekula je določena zgolj in samo s silami med atomi. Včasih je silo čutiti še par atomov daleč, včasih je že do vseh nesosednih zanemarljiva.

V molekuli vode je tako čutiti silo med vodikovima in kisikovim atomom, pa tudi med obema vodikoma.

V molekuli sladkorja, pa se najbolj oddaljena vodikova atoma praktično ne čutita več.

To so vse precej toge molekule, pri katerih so atomi precej konstantno oddaljeni. Vendar ni nujno, da je vedno tako. Pri precej večjih molekulah, kot so naprimer proteini, imamo tudi nekakšne "zglobe".

Toda še vedno je vsak atom stalno v polju sil sosednih atomov. Čeprav so sile dokaj komplicirane, imamo le en "lego sistem", ki je končno kompliciran.

Strojček, ki se obnaša izključno tako, kot te sile narekujejo - to je vsaka molekula. S proteinom vred.

Če bi hoteli to obnašanje izračunati, pa ne bi bilo tako enostavno. Še težje kot če bi hoteli izračunati optimalno potezo pri šahu. Ne pa bistveno.

Za urejevanje liste naprimer, bi lahko dali "bubble sort" kriterij, s koliko koraki tega sorta, jo lahko posortamo.

Za bilijon veliko bi po tem kriteriju rabili 1024 korakov. Brezupen primer. Vendar z izboljševanjem algoritma lahko dosežemo vsaj milijardokrat boljši rezultat.


Pri protein foldingu so zadeve podobne. Neoptimalni algoritem bi res rabil eone, da bi kam prišel, vendar izboljšani lahko prinesejo rezultate že dosti prej.

IBM bo s svojim Blue Gene - ciljal ravno na ta segment. Leta 2005.

VSE kar se dogaja znotraj človeškega telesa je zgolj in samo igra EM sil med atomi. Rak tak ali drugačen ima svoj "molekularni ključ", ki sproži njegov decay. Vse je možno in vse je izračunljivo v tej stavbi, imenovani človeško telo.


Ja?

Tomi
Thomas: vidim, da si se načeloma dobro pripravil na mojo kritiko, samo vseeno je to, kar si napisal, bolj pesek v oči. Samo na malo bolj fin način si parafraziral moje izjave in dodal nekaj olepšav, in po drugi strani povedal to, kar se sam podal v bolj poljudni obliki.
F@H je sedaj še dokaj neuporaben projekt, ker išče produkte. Sicer na en sistematičen način, in ko bi imel dovolj podatkov, bo mogoče uporaben. Ko pa bo prišel v fazo iskanja poti, bom pa verjetno pomislil, kaj je bolje, da moji računalniki delajo.
Sedaj pa je princip iskanja učinkovine kot posledica znanega mesta vezave še vedno edini racionalen. Ne rečem pa, kaj se bo zgodilo čez par let.

Thomas
Ko imaš enkrat orodja za simulacijo obnašanja proteinov, gre vse ostalo po istem kopitu.

Lahko izračunavaš poljuben proces v telesu in se sprašuješ WHAT IF za bilijone primerov učinkovin. Vrata v raj so odprta.

Kar se pa tiče moči milijona PC računalnikov, je to 10X močnejši računalnik od vsakega ASCI ali podobnega.

Zato je tukaj VELIKA prihodnost - in tudi navijanje ima (še vsaj nekaj časa) svoj velik smisel.

Tomi
Thomas: ja, samo ta pristop je zgolj brute force, in mogoče se ga da v prihodnosti uporabiti. Sedaj pa je to jalovo početje, če računaš, da je genom človeka sestavljen in 120.000.000.000 baznih parov. Z upoštevanjem degenerativnega koda to deli z 61. Upoštevaj še modifikacije AK, vse povezave in naredi kombinacije od recimo n=10 do recimo 30.000. Imaš veliko dela in preveč procesorske moči bi porabil za to. Zaenkrat.

Jaz še vedno podpiram racionalni pristop do novih učinkovim, ker če ne veš, kaj iščeš in kako bi lahko delovalo, kaj boš pa poskušal? Upoštevaj vse klinične teste in pa kompleksen sistem, kot je človek. Mislimn, da tu brute force še ne more delovati.

Thomas
Tomi,

No, v tem se razlikujeva. Jest mislim da:

A - že lahko deluje

B - ni to več pure (poor) BF pristop

Kot šahovski program ni več BF*, kakor hitro imaš (weak) rules - don't waste the queen! - tudi folding simulacija ni več BF, če imaš (weak) rules - the OMEGA angle tends to be planar.

In milijone takih.

Potem je (kot pametno) razmišljevanje o zadevi.

See?

:)

-----
* BF = brute force

Tomi
Thomas:

Kakor se mi zdi, si se le nekako omehčal v stališčih. Nice.
Sicer pa, the OMEGA angle tends to be planar. Omega mora biti planarna, ker je to narava peptidne vezi. Variabinost kotov imaš od peptidne verige stran. Pač, daš notri par glicinov, če hočeš večjo gibljivost.

Še vedno mi pa ni jasno, na čem boš testiral. Boš "poskeniral" normalne celice in patološko stanje, potem pa računal razlike v kemiji (torej, energiji)?

Ne rečem, da ne bi šlo, samo mislim, da niti NMR (ali pa recimo ESR) tega ne more narediti dovolj učinkovito.

Thomas
Tomi,

> Kakor se mi zdi, si se le nekako omehčal v stališčih. Nice.

Ne vem če ... v glavnem trmačim naprej.

> Sicer pa, the OMEGA angle tends to be planar. Omega mora biti planarna, ker je to narava peptidne vezi.

Kar pomeni, da algoritem ni več BF. Že samo, če ima vsebovano to informacijo, da je to narava peptidnih vezi, program pri računanju lahko pomeče VEČINO siceršnjih možnosti proč. Namesto 1027 let, jih imamo le še ušivih 1025 let! Naprimer.

> Variabinost kotov imaš od peptidne verige stran.

Only 116 (0.36%) of 32,539 angles in 154 X-ray structures were found to be cis (Stewart et al. 1990).

Pa smo pri slabih 1023 let! Naprimer. Samo še naprej dol gremo.


> Pač, daš notri par glicinov, če hočeš večjo gibljivost.

Ja ... in računaš kako miga struktura potem.


> Še vedno mi pa ni jasno, na čem boš testiral.

Na simuliranih zadevah. Simuliran virus + simulirani proteini. Ma da špila kot pri mostovnih konstrukcijah. Najprej zračunajo, pol šele premetujejo kamne in železobeton. Samo ene bilijonkrat bolj zapleteno je. Pa tudi bilijonkrat bolj pomembno. Ker če si nesmrten, ne rabiš kaj prida mostov. Maš čas hodit okol. Če že.


> Boš "poskeniral" normalne celice in patološko stanje, potem pa računal razlike v kemiji (torej, energiji)?

Tale tvoja druga oseba dvojine ni najboljš za mojo skromnost.

Planirajo naprimer X Ray slike.

> Ne rečem, da ne bi šlo, samo mislim, da niti NMR (ali pa recimo ESR) tega ne more narediti dovolj učinkovito.

X Ray - pa najbrž še kej.

Tomi
Thomas:

Pa smo pri slabih 1023 let! Naprimer. Samo še naprej dol gremo.

Ja, samo to čedalje bolj potrujeje dejstvo, da vemo, kaj iščemo. V bistvu bomo prišli do tega, da bo nekaj recimo 1.000.000 potencialnih učinkovin na koncu, ali lepo povedano, baza podatkov.

Simuliran virus + simulirani proteini.

Ja, samo to je še vedno biokemije. V realnem času se ne tega računati, kako pa naj bi to šlo v distribucijo, mi pa trenutno tudi ne pade na pamet. Ker gre za sklopljen sistem. Razen, če razbijemo dele, in potem damo še lepljenje nekomu za računati.

Tale tvoja druga oseba dvojine ni najboljš za mojo skromnost.

Pač vstavi kogarkoli in kolikor hočeš ljudi.

X Ray - pa najbrž še kej.

Ja, samo kako veš, da je to to, če večine realnih stvari niti ne moreš kristalizirati?

Thomas
"Narava nam je dala", plus sami smo naredili - morda milijarde učinkovin. Nekatere med njimi res učinkujejo (približno) tako, kot bi mi hoteli.

Toda spisek molekul ki jih potencialno lahko naredimo - je daljši od spiska vseh atomov v Vesolju.

Podobno kot je šahovskih partij več - čeprav ne toliko, kot trdi Jeronimo. Ali pa tudi možnih avtomobilov je več.

S programsko simulacijo moramo torej določiti eno najboljših potencialno možnih molekul iz oceana teh potencialnih. In jo proizvesti.

Delovala bo, kot izračunano.

Da se biokemije ne da računati je vsak dan manj res. 20 let nazaj, niso znali simulirati niti molekule vode. Too complex!

Zato so naredili kar klasično sliko - zanemarili so kvantne efekte - in začuda so dobili celo anomalijo vode - dejstvo da led plava na vodi.

Od takrat sm šli po številu atomov v molekuli že daleč naprej. Napredka pri algoritmih in pri CPU - zapirata škarje nad biomolekulami.

> Ja, samo kako veš, da je to to, če večine realnih stvari niti ne moreš kristalizirati?

Skeniranje samo - je pa tudi vsak dan naprednejše. Ne samo "klasične" metode kot so recimo femto pulzi - ampak celo kvantno gledanje v temi. Ko nekaj "vidiš", čeprav nobena svetloba ali drugo valovanje ne pada gor.

Navsezadnje nam QM omogoča videti (molekulo) do njene "kvantne resolucije", ne da bi jo kakorkoli zmotili pri tem.

Samo to sploh ni krucialni del.

cman
Tole je sicer malo off topic, pa da ne bom nove teme odpiral bom kar tukaj vprašal.
Zadnjic (sreda se mi zdi) je bila na DIscovery ena oddaja o iskanju zdravil v morju (od morskih psov do spužev..).
In so baje v morskih psih odkrili "zdravilo" za raka. Zdravilo ne napada rakavih celic ampak preprecuje nastajanje novih žilic, ki bi nosile hrano in kisik do teh celic. In rakave celice posledicno shirajo.
Kaj si vi mislite o tem(Tomi, Thomas in ostali seveda)? Snov je bila odkrita 1997 ce se pravilno spomnim. Na živalih že preizkušena, zakaj je torej še ni v uporabi (stranski ucinki mogoce ali hoax?)?
LP

Thomas
Tole definitivno ni off topic.

Zelo lepo gre skupaj s tisto mojo "milijardo učinkovin, ki nam jih je dala narava plus smo jih naredili sami".

Milijone so jih že preizkusili, tudi precej iz rib in morskih psov.

Kolikor vem, morski psi v resnici niso odporni na raka - in je tisto ena velika fama.

Se pa včasih najde kaj. Tudi od šimpanzov so že preplonkali, kakšne rožice nabirajo, ko jih boli želodček.

Ampak tole vse skupaj ni nič. Treba zalaufat mašine, ki nam bodo izračunale idealne molekule za karkoli. Pa če magari res začnejo s preizkušanjem obstoječih.

Maria
Tomi

M. Hodošček je po moje bistveno boljši cilj na KI. Bitje je (moje mnenje) kar dober heker za Unix/Linux sisteme in dobra referenca. Heker v pravem smislu besede.

Tomi
Samo na kratko sedaj:
cman: ja, to, kar si ti dal kot primer, se uporalja kot mehanizen zdravljenja rakastih obolenj. Več o tem, kako pa ZU potuje od odkritja do uporabe, pa danes, ko se naspim.
Thomas:

Od takrat sm šli po številu atomov v molekuli že daleč naprej. Napredka pri algoritmih in pri CPU - zapirata škarje nad biomolekulami. Velja lahko to za sedaj in za tekoče distruirane projekte ali pa nas to šele čaka, kot jaz pravim.
Sicer pa res več danes dopoldne.

Thomas
IBM je ugriznil.

Petaflop computer - ali cluster milijon PCov naj bi tukaj začeli z revolucijo nekje po letu 2005.

Ko bo revolucija v nekaj letih v polnem zamahu - bo svet drug.

IMO.

:)

Link.

Tomi
cman: nisem čisto prepričan, za katero učinkovino gre, samo mi je pa zelo poznan mehanizem delovanja. Sicer pa se rakasta obolenja lahko zdravijo na več načinov:

prekine se sinteza beljakovin v rakasti celici

rakaste (in še nekaj ostalih) celic se obseva, kjer se spremeni DNA, zaradi tega se spremeni sinteza proteinov

alkirijoči citostatiki delajo enako kot v prejšnji stopnji

hormonsko vezave maligne transformacije zdravijo z "nasprotnimi" hormoni

uporabimo imunosupresive, ki zmanjšajo obrambno funkcijo, samo tudi delujejo na rakaste tvorbe

....

Kar pa se tiče registracije zdravil, je pa tako, da od ZU do registrirane zdravila poteče nekaj let, kar vsebuje vse študije (klinične, farmakokinetske, farmakodinamske), eno tono papirja (ekspertne analize in poročila), pa še ogromno birokracije. Tako da niti ni tako nenavadno, da te učinkovine še ni na trgu.

Thomas: kaže, da se moj rok uporabnost res premika čedalje bližje. Samo to pa po drugi strani samo povzroča, da uporabnost Folding projektom pada. Tako ali tako bodo drugi to prej naredili.

Maria: nisem ga še srečal, samo ko sem bom malo bolj resno lotil raziskovalne, ga pa vsekakor bom.

Thomas
Tomi,

> Tako ali tako bodo drugi to prej naredili.

Petaflop computer je trenutno še neobstoječ. Nekaj milijonov PCov majo pa že! Kar je ekvivalentno nekaj petaflop supercumputerjem.

Kako razdeliti enfolding med toliko PCov?

To ni enostavno - je pa brez ostanka mogoče. Ker oddaljeni atomi so neodvisni, lahko računaš po koščkih in "seštevaš" delne rezultate.

:)

p.s. prerokba

Ti utegneš še sodelovati pri tem!

Tomi
Thomas:
Ti utegneš še sodelovati pri tem!

Verjamem, da se lahko kaj takega res zgodi. Nisem rekel, da ne, samo sedaj se mi še vse skupaj zdi preveč v zraku, da bi se vključil.

To ni enostavno - je pa brez ostanka mogoče. Ker oddaljeni atomi so neodvisni, lahko računaš po koščkih in "seštevaš" delne rezultate.

Govoriš o makromolekulah, po vsej verjetnosti. Ti pa niti niso tako nepovezane med sabo tudi na dolgi razdalji. Je pa res, da pa lahko računaš fragmente, in te potem sestavljaš.

Thomas
Tale povezanost molekule je zanimivo in pomembno vprašanje.

Elektroni se včasih vozijo po celi molekuli sem in tja, ampak a tudi vplivajo na vse skupaj? Bolj kot sprevodnik na vlaku?

Kakšnega bistvene nepredvidljivosti ni, ker se istovrstne molekule obnašajo dovolj enako.

Tale link kaže na presenetljivo kontrolo nad molekulami.

Tomi
Thomas:

Elektroni se včasih vozijo po celi molekuli sem in tja, ampak a tudi vplivajo na vse skupaj? Bolj kot sprevodnik na vlaku?

Kakor je meni znano, sta pomembna za vse elektronske efekte v molekuli samo mezomerni in pa induktivni efekt, pač obe različi le-teh. Tako da, če pogledeš, kaj se dogaja recimo par CH2 skupin naprej, oziroma kako ena amidna vez odtegne elektrone, recimo v peptidu ni veliko dela. Razen seveda pri stranskih skupinah, to pa ja.

RoadKill:

Hm.. ok, lohka se kregate.

Saj se nihče ne krega. Gre samo za izmenjavo mnenj, kakor se meni zdi.

Thomas
Heh, jasno da se ne kregamo.

Mislim da molekulo se da računsko vseeno precej dobro popisati. In iz tega potem sledi vse.

Ni bilo še tako velike revolucije kot bo tale.

Tomi
Tody:
meni še tako fancy prikaz molekule ne koristi, ker je to bolj pesek za oči. Kar se meni zdi bolj pomembno, da so izračunane energije, ki dejansko vplivajo na obnašanje molekule.

Thomas:
ja, samo zelo dobro bi bilo pogledati, kako bi se dalo popraviti telomere. Potem se lahko nadejamo veliko bolj kvalitetnega življenja kot ga lahko sedaj ponudi medicina.

Sicer pa, včeraj smo imeli ravno eno predavanje o rakastih obolenjih. Sicer nisem izvedel ničesar preveč novega, zanimiv se mi je zdel podatek, da incidenca raka raste s starostjo kot 6-8 potenca starosti. In na dnevno nastene v nas okoli 1.000.000 rakastih celic, samo jih imunski sistem požre. Ker smo že ravno pri temi.

Maria
> Cilj projekta Folding@Home je razumeti prepogibanje (ang. folding) in spajanje proteinov, s čimer bi razumeli tudi nekatere bolezni, ki bi jih tako lahko odpravili.

Cilj projekta ni spajanje proteinov, ampak računanje energij - > posledično ustreznih konformacij aktivnega mesta in izbrane spojine, ki poteka predvsem na nivoju ionskih interakcij. Na ta način se določa primerna oblika spojine, ki bi bila ustrezna za inhibicijo določenega aktivnega mesta. Če bi prišlo do spajanja moleku, bi naredili strup in ne zdravilo.

> Ko protein opravlja svojo naloge se dejansko prepogiba, prav tega postopka pa danes še ne znamo pravilno opisati oz. izračunati

Da se izračunati, vprašanje le do kakšne natančnosti. Tako kot vse ostale stvari v realnem življenju. Opisati pa se vsekakor da že sedaj. Na to temo obstajajo risanke - filmčki, ki kažejo, kako poteka vezava določenega inhibitorja na aktivnem mestu.

> Preko internetnih uporabnikov po celem svetu (izjemno velika računska moč) posredno odgovarjamo še na zadnja velika vprašanja v kemiji

To sploh niso zadnja velika vprašanja ne v kemiji in ne kjerkoli drugje (npr. medicinski kemiji, farmaciji, biologiji), to so preprosto praktična vprašanja multinacionalk, ki na cenejši način pridejo do odgovorov za svoje komercialne probleme. Nimam nič proti temu, da tako rešujejo svoje komercialne probleme, žal mi je le, da smo ponovno v naši ljubi deželi tako neaktivni v lastni iniciativnosti (kritika ne leti na ST).

> Ne samo zato ker so tam. Ne samo zato, ker je to težko. In ne samo zato, ker je to pomembno. Bolj zato, ker je to verjetno največja revolucija v medicini doslej. Večja celo od antibiotikov ali anestetikov. Funkcioniranje človeškega telesa, nefunkcioniranje človeškega telesa in prav tako kot funkcioniranje bakterij, ki ga ogrožajo, temelji na igri prepogibanja proteinov.

Za ta sestavek pa sploh ne vem, kaj je avtor hotel povedati. Kakšna revolucija? Sekundarna, terciarna in kvarterna struktura proteinov je lastnost, ki je znana že vsaj nekaj desetletij. Če je kaj revolucija, pa mislim, da je prej evolucija, je pojav in uporaba računalnikov (tako kod drugod) v teh sferah.

> Predvsem je pa ta simulacija uvod v popolno obvladovanje snovi.

Je avtor povsem prepričan v točnost tega stavka?

V splošnem: na KI teče VRANA, ki počne podobne zadeve za podobne stvari. Da boste vsi, ki živite v Sloveniji, lahko tudi doma konstruktivno razvijali znanost, ne bi bilo napak, če bi razvijali zadeve na problemih, ki jih srečujejo(-mo) doma. Ni pa nič narobe, če se to počne tudi za npr. Pfizer, Merck, Bayer, itd..., če sami ne znamo aktivirati teh stvari.

Thomas
> Cilj projekta ni spajanje proteinov

Tudi. Ali pa razločevanje dveh (vej) proteinov. Ali pa iskanje majhnih molekul, ki v to posegajo. Stabilizirajo pravilno in destabilizirajo nepravilno prepognjene proteine. Vse to, pa še marsikaj zraven. Vse kar je ("bio")kemija, pravzaprav.


> ampak računanje energij - posledično ustreznih konformacij aktivnega mesta in izbrane spojine, ki poteka predvsem na nivoju ionskih interakcij.

Tudi to - ne pa samo to. Poznati te energije pomeni prvi korak v vedeti, katere spojine bi bile učinkovite za kaj.


> Na ta način se določa primerna oblika spojine, ki bi bila ustrezna za inhibicijo določenega aktivnega mesta.

Seveda. Potem gre pa F@H računsko preverjat vse te odprte možnosti.


> Če bi prišlo do spajanja moleku, bi naredili strup in ne zdravilo.

Ne vedno. Radi bi spojili kakšen protein v virusu - s kakšnim drugim proteinom virusa.

>> Ko protein opravlja svojo naloge se dejansko prepogiba, prav tega postopka pa danes še ne znamo pravilno opisati oz. izračunati

V osnovi dobro vemo, za kaj gre. Že 70 let. Ampak zračunati pa ni mačji kašelj - to pa ne. No, vsaj ni še.

> Da se izračunati, vprašanje le do kakšne natančnosti.

Dovolj, da zvemo pomembne reči. Samo če imamo dovolj CPU.

> Tako kot vse ostale stvari v realnem življenju. Opisati pa se vsekakor da že sedaj. Na to temo obstajajo risanke - filmčki, ki kažejo, kako poteka vezava določenega inhibitorja na aktivnem mestu.

Risanke so plod nekega gigantskega računanja - ali pa niso realne.

>> Preko internetnih uporabnikov po celem svetu (izjemno velika računska moč) posredno odgovarjamo še na zadnja velika vprašanja v kemiji

> To sploh niso zadnja velika vprašanja

Katera so pa zadnja velika vprašanja v kemiji? Kemija = (kvantna) fizika + CPU moč.


> ne v kemiji in ne kjerkoli drugje (npr. medicinski kemiji, farmaciji, biologiji), to so preprosto praktična vprašanja multinacionalk

Tudi ljudi zanima, kaj naj "jedo", da bo šla neka bolezen stran. F@H računa odgovore na taka vprašanja.


> ki na cenejši način pridejo do odgovorov za svoje komercialne probleme.

Trenutno ni računalnika, ki bi lahko nadomestil milijone PCjev.

> Nimam nič proti temu, da tako rešujejo svoje komercialne probleme, žal mi je le, da smo ponovno v naši ljubi deželi tako neaktivni v lastni iniciativnosti (kritika ne leti na ST).

Mogoče je pa to korak v tapravo smer tudi za deželo?

>> Bolj zato, ker je to verjetno največja revolucija v medicini doslej.

> Za ta sestavek pa sploh ne vem, kaj je avtor hotel povedati.

Katera bolezen bi se še lahko upirala morebitnemu totalnemu uspehu tega projekta? Nobena. Če to ni revolucija - potem ne vem kaj je revolucija.

> Kakšna revolucija? Sekundarna, terciarna in kvarterna struktura proteinov je lastnost, ki je znana že vsaj nekaj desetletij.

Samo zelo načelno. Konkretno pa malo.

> Če je kaj revolucija, pa mislim, da je prej evolucija, je pojav in uporaba računalnikov (tako kod drugod) v teh sferah.

Computing je pripravna in težko nadomestljiva zadeva povsod. Tudi za sprožanje revolucij.

>> Predvsem je pa ta simulacija uvod v popolno obvladovanje snovi.

> Je avtor povsem prepričan v točnost tega stavka?

Če se ne bi na ta način snov mogla obvladovati pomeni, da je še neka neizračunljiva rigmarola od zadaj.

Res pa je, da kontrola lahko seže samo do atomskega nivoja. Kdaj bo eksplodiral atom urana - ne moremo nič.

Marjan
Maria:
Tisto kar piše v uvodu Folding@Home je skupek (res mi je žal za izraz) neumnosti, ki nimajo kaj veliko skupnega z resničnostjo.

Ja, hvala no... :|
Jest sem se potrudu in napisal za kar sem menil, da je prav in resnično.

Moram pa povedat, da je prvi odstavek moj, drugi pa od Thomasa.

In oba sta kvalitetna. Očitno pa ti še bolj obvladaš zadeve in bi bilo zelo lepo če bi kaj boljšega napisala tudi sama.

Moraš pa vedet, da je bil najon poglavitni namen s Thomasom spodbuditi čimveč folka k participaciji pri projektu F@H.


Marjan
Maria. Sem še enkrat prebral tvoje proti argumente.

Se mi zdi, da tukaj jih sploh nimaš, samo iz nekega svojega razloga, ki ga nočeš direktno omenit, imaš pomisleke do projekta F@H.

Strokovnih napak pa v mojem in Thomasovem pisanju ni. (na to si se namreč hotela opreti, pa ti ni uspelo.)
Če pa več, da za vsem stoji le neka multinacionalka, ki bi rada "izboljšala svojo Coca-colo", pa to direktno povej, ne pa kar nekaj težit kot mačka okoli vrele kaše.

Thomas
> Strokovnih napak pa v mojem in Thomasovem pisanju ni.

Mislim, da res ne.

Toda jest kar dva stavka zaporedoma začenjam s "toda".

Toda to bomo popravili!

Maria
Hoj, ravnokar sem prišla domov. Vidim, da je kar nekaj vprašanj in odgovorov na moj naslov. Bom začela s preprostimi, ostali pridejo kasneje.

Double_J: jaz se vedno rada kaj novega naučim, če se od sogovornikov le lahko kaj. Pri tebi še vedno ne vem, kaj bi to lahko bilo.

AtaStrumf: žal ne študiram, pa ti.

Marjan: se opravičujem, vendar je način prevoda za moja ušesa (oči) bolj tako tako. Kaj in zakaj malo kasneje. Pa brez zamere.

Maria
Marjan

Najprej nekaj o projektu.

Malo sem pregledala njihove strani in nisem našla naslednjih stvari:

- kje so rezultati (ne filmi, ampak izračunane vrednosti koordinat, itd) račulniško obdelanih primarnih struktur proteinov,
- kdo izbira in zakaj katere strukture se bodo računale,
- kdo od sodelavcev se dejansko ukvarja z področjem medicinske kemije - torej študijem mehanizmov procesov in posledično boleznimi, kot vseskozi nakazujejo,
- kje so članki teh raziskav,
- kdo sponzorira projekt,
- nisem zasledila, da bi bili podatki javno dosegljivi kot je praksa za kristalografske podatke, ki jih najdeš v PDB, četudi so podatki pridobljeni s pomočjo CPU prostovoljcev,
- zakaj donatorji ''CPU's free time'' ne dobijo npr. točke (no, pa je naš najboljši sosed spet na tapeti), ki bi jih koristili, ko bi kupovali draga zdravila v lekarnah,
- zavajajoče je, da bo ta skupina s študijem zvijanja proteinov uspela razložiti mehanizem bolezni, preprosto nimajo dovolj znanja s tega področja in tega tudi ne počno.

Vsa ta vprašanja me vodijo k razmisleku, da je projekt dobra ideja trojanskega konja določenih multinacionalk, ki tako pridejo ceneje in hitreje do osnovnih bazični izračunov za določene encime, aktivna mesta, ..., kar jim ceneje in hitreje pomaga razviti določeno zdravilo, ki pa zaradi tega gotovo ni cenejše za povprečnega uporabnika, tudi ne za tistega, ki je dejansko sodeloval pri razvoju.

Maria

p.s. Je pa jasno, da je vse na prostovoljni bazi.

Marjan
Maria

Očitno si spregledala, da se projekt izvaja pod okriljem Stanfordske univerze.

Že samo to je dokaz, da je projekt dobro zasnovan in zamišljen. Sodelujejo tudi doktorji iz te univerze.

Tvoja bojazen do multinacionalk je povsem odveč. Kaj potem, če bo neka multinacionakla dobljene podatke uporabila pri izdelavi zdravil!??! To si mi želimo Maria :)).

Nove informacije na njihovo stran še dodajajo. Zaenkrat tam ni izračunov verjetno zato ker bi bili za 99% folka popolnoma nerazumljivi in nepotrebni.

Moraš pa videti tukaj predvsem napredek človeštva, ki ga delamo s tem da izračunavamo položaje atomov v molekuli. S tem spoznavamo kar do sedaj nismo vedeli.
Thomas je lepo napisal na tisto stran, da so to koraki do popolnejšega obvladovanja snovi.

Če te prav razumem si ti proti temu, da aktivno sodelujemo pri tem projektu? Kaj pa misliš o projektu SETI? Se ti zdi boljši?
Povej če misliš, da ne bo od tega projekta nič pozitivnega za človeštvo? Ne, moreš, ane?
No, potem si pa takoj instaliraj F@H programček in ga začni poganjat na čimbolj zmogljivem procesorju

Maria
> Cilj projekta Folding@Home je razumeti prepogibanje (ang. folding) in spajanje proteinov, s čimer bi razumeli tudi nekatere bolezni, ki bi jih tako lahko odpravili.

Ne gre za spajanje, ampak za zvijanje, kar je bistvena vsebinska razlika. Tu se ne računa kvarterna struktura, ampak predvsem sekundarna in terciarna. V teh primerih pa ne poteka spajanje (niti dveh vej proteinov, kot piše Thomas - tu niti ne vem na kateri dve veji pri proteinih misli; mogoče napaka - DNA).

> Ko protein opravlja svojo naloge se dejansko prepogiba, prav tega postopka pa danes še ne znamo pravilno opisati oz. izračunati

Še enkrat. Ne drži, da danes tega ne znamo pravilno opisati oz. izračunati. Če to ne bi znali, tudi Folding@Home ne bi imel kaj početi. Sama zagotovo vem, da se takšni pravilni izračuni izvajajo vsaj več kot 10 let (to je previdna ocena).

> V našem telesu se včasih zgodi, da se protein prepogne napačno, kar lahko povzroči resne bolezni

To je hudo laična izjava. Bolezni ne nastanejo tako hitro, če se določen protein prepogne napačno.

> Preko internetnih uporabnikov po celem svetu (izjemno velika računska moč) posredno odgovarjamo še na zadnja velika vprašanja v kemiji.

Ta besedna zveza zadnja velika, je hudo hudo napačna, če govoriš o kemiji. Mogoče v medicini, biologiji, nikakor pa ne v kemiji. Ker pri tem zvijanju ni nič kaj takšnega, kar kemija ne bi poznala. Ravno zaradi kemije (pa tudi drugih ved), lahko zvijanje določaš.

> Izračunavanje dobljenih podatkov je primarno orientirano na spajanje posameznih proteinov, česar trenutno še ne razumemo tako kot bi si želeli

Spet govoriš o spajanju. Če nič drugega, prevod ni pravilen. Ne gre za spajanje, ker primarno strukturo proteina že naredi t-RNA, kar vidiš pri razlagi na originalni strani ali tudi, če si zavrtiš kak film z iste strani.

> Projekt tako počasi odgovarja na vprašanja o Alzheimerjevi bolezni, BSE, Parkinsonovem sindromu in drugih težkih boleznih, kjer je zaenkrat še preveč neodgovorjenih vprašanj o načinu spajanja proteinov

Projekt na ta vprašanja gotovo ne bo odgovoril. Tega znanja nimajo. O prionih gotovo vedo več nekateri v Sloveniji kot ta skupina. Malo se pozanimaj o razvitih testih za BSE pri nas.

Marjan
Maria:
> Ne gre za spajanje, ampak za zvijanje, kar je bistvena vsebinska razlika. Tu se ne računa kvarterna struktura, ampak predvsem sekundarna in terciarna.

So what!? What matters is the point of this project.

>> Ko protein opravlja svojo naloge se dejansko prepogiba, prav tega postopka pa danes še ne znamo pravilno opisati oz. izračunati

> Še enkrat. Ne drži, da danes tega ne znamo pravilno opisati oz. izračunati. Če to ne bi znali, tudi Folding@Home ne bi imel kaj početi. Sama zagotovo vem, da se takšni pravilni izračuni izvajajo vsaj več kot 10 let (to je previdna ocena).

Ok, se opravičujem. Nisem strokovnjak iz tega področja. Dejstvo, da bomo s F@H izračunavanjem prišli do boljših zdravil, in kasneje do boljšega razumevanja narave, odtehta kako mojo napakico, a se ti ne zdi?
Ponavljam: Jest sem pisal za laično javnost, da zve da je F@H veliko bolj pozitivna zadeva, kot če ti procesor doma laufa v prazno.

> Projekt na ta vprašanja gotovo ne bo odgovoril. Tega znanja nimajo. O prionih gotovo vedo več nekateri v Sloveniji kot ta skupina. Malo se pozanimaj o razvitih testih za BSE pri nas.

Torej ne vidiš pointa? Se mi je zdelo... žalost.
Univerza Stanford si ne bi privoščila takih napak, ali pa celo goljufij o kakršnih govoriš ti.

Nekaj je za tem Maria. Nekaj imaš proti tem projektu, pa nam ne poveš kaj. Če bi bilo res kar pišeš, potem ne bi tukajle meni razlagala strokovnih zadev v zvezi s proteini, pač pa bi se obrnila na Stanfordsko univerzo in jih povprašala kako je s temi zadevami, ki ti trenutno niso jasne. Z veseljem bi ti odgovorili.

Thomas
To je čisto mogoče, da nekateri pri nas več vedo (veste) o podrobnostih ki se dogajajo v proteinih, kot pa tista F@H skupina. Možno je.

Ampak zdej gredo oni osvetlit tole zadevo.

Zelo podobno, kot kakšni programerji nimajo pojma o šahu - ampak če bi se lotili igre s hkratno uporabo milijona računalnikov - potem svetovni prvaki, sedanji in bivši skupaj - nimajo kaj vlečt.

Kaj točno je damin gambit in kaj siciljanska obramba - postane nepomembno.

Tako je zdaj tukaj.

Maria
Marjan

Nič nimam proti projektu. Ga ne preprečujem in ga ne želim preprečevati. Samo v moji naravi je, da preden pričnem nekaj početi, poskusim dojeti za kaj gre.

In pri tem projektu sem pač imela nekaj vprašanj, na katera nisem našla odgovorov. Citiranje Stanfordske univerze zame ni dovolj, da preneham iskati konkretne odgovore na konkretna vprašanja. In realnega življenja vem, kako potekajo projekti v zahodnem svetu. Vem, da so raziskave na univerzah v veliki meri aplikativno usmerjene in posledično sponzorirane s strani multinacionalk. To seveda ni nič slabega, ker le na ta način zadeve v resnici sploh lahko funkcionirajo.

Problem pri tem projektu je v tem, kot če bi ''princip razvijanja programov proste kode'' - če uporabim primer relacije LInuxa in Microsofta' - veljal le do nivoja razvoja posameznih podprogramov programa, ki bi bili nato posredovani Microsoftu, ki bi program zlepil skupaj, zvalidiral in prodal! Prostovoljni razvojalci pa od tega ne bi imeli kaj veliko. To me bega.

Četudi Marjan rečeš bomo prišli do boljših zdravil, to v realnosti ne pomeni, da bodo zate cenejša ali lažje dostopna. Prva oseba množine tu žal zavaja.

> Univerza Stanford si ne bi privoščila takih napak, ali pa celo goljufij o kakršnih govoriš ti.

Marjan, oni nič ne goljufajo, ker nič ne obljubljajo. Samo predstavljajo, kaj bi MI VSI lahko naredili za njih. Kar ni nič narobe. Narobe je, da MI ne razmislimo, kaj lahko ONI naredijo za nas. Fair play, nič drugega. Vse ostalo povsem dobro razumem in spoštujem vajin napor s Thomasom, da sta zadevo pripravila.

> Ampak zdej gredo oni osvetlit tole zadevo.

Thomas, tu je še olala dela, po tem, se bodo izračunale zvite strukture. In tega dela, na tem oddelku ne znajo in zmorejo narediti. Razmisli, simulacije potekajo v vakuumu in ne v vodi. Prav tako ta segment ne izračunava interakcij ligand - encim (protein), kaj šele mehanizma določenih procesov. Ta segment so osnovni temelji za ljudi, ki zelo dobro vedo kaj in kako s tem. In ti sedijo v multinacionalkah... Kar ni nič narobe, če bi se ti kredit iz CPU časa upošteval pri zdravstvenem zavarovanju in tako dobil cenejše zdravilo. Tisti trenutek, ko bo zadeva urejena tako, bom dala na razpolago vse CPU-je, ki jih moja okolica ima.

Marjan
Maria:
> Četudi Marjan rečeš "bomo" prišli do boljših zdravil, to v realnosti ne pomeni, da bodo zate cenejša ali lažje dostopna. Prva oseba množine tu žal zavaja.

Ni res. Človeštvo - MI bomo bližje resnici, MI bomo bolj napredni, MI bomo ozdravljeni bolezni.
Ne samo da bodo "lažje dostopna", BODO.

Sploh pa nisi odgovorila na moje bistvene pomisleke.

Marjan
Maria bo rekla, da pri Nature nimajo pojma, ampak pisala jim pa ne bo :D ;)

Maria
Tvojega pointa s tem pisanjem še vedno ne vidim... hotela si pokazat, da nekaj veš o proteinih. Ok, fino. Samo višjega, globalnega smisla pa ne vidiš, žal.

> Kar ni nič narobe, če bi se ti kredit iz CPU časa upošteval pri zdravstvenem zavarovanju in tako dobil cenejše zdravilo. Tisti trenutek, ko bo zadeva urejena tako, bom dala na razpolago vse CPU-je, ki jih moja okolica ima.

Ja, bi bilo fino ane. Samo tega zaenkrat še ni. In ker nimaš direktne lastne koristi ne boš participirala?! Ok, kakor hočeš... meni se zdi dokaj egoistično, ampak izbira je tvoja.

Bi pa res lahko (če ne drži pravkar napisno) svoje znanje (če je res pristno) usmerila v raziskovanje in proučevanje projekta F@H. Tudi za sodelovanje v njem...

AtaStrumf
Mene bi sicer tudi zanimalo malo bolj konkretno kaj hudiča sploh izračunavamo, ker samo konformacije molekule ne povedo kaj dosti. Upam, da je pri tem vsem skupaj dejansko kaj pametnega, ker recimo za SETI ne dam enega samega samcatega procesorskega cikla ker je pač za moje pojme totalna neumnostm, ampak očitno za veliko ljudi ni in naj imajo svoje veselje. Kdo sem jaz, da jim ga odrečem?

Glede F@H vem že zelo dolgo, praktično od samega začetka, samo so se takrat pojavile govorice, da naj bi šlo za prevaro, da je to samo cover story in da je v ozadju neka firma, ki prodaja te naše cikle za nekaj čist tretjega. To je prišlo iz za mene dokaj kredibilnih ust/tipk, tako da sem pozabil na folding, dokler se ni Slo-Tech lotil zadeve in ker mam zdaj mašino praktično 24 ur prižgano (kabel :D) sem pa rekel, da nej pol vsaj kaj dela.

Maria tebi se moram pa opravičit, ker sem te zgleda mal pomlajšal. Ko si omenila Tomi-ja (študent 3. letnika farmacije) sem avtomatsko predvideval, da si študentka. My bad. Zanima me potem izobrazba, zaposlitev, delo, strokovne izkušnje ipd. da vidim a lahk jaz tebi solim pamet al ti meni :D. Jaz sem 4. letnik farmacije + končana srednja farmacevtska + mal praktičnih izkušenj v slovenski farmacevtski industriji, tako da sem že zelo dolgo v farmacevtsko/zdravstvenih vodah. Tako dolgo, da mi že smrdijo, samo pustimo to.

To kar je napisano na tisti strani in kar si se spravila raztrančirat je za moje pojme in za potrebe Slo-Tech F@H team-a čist cool. Ne gre za neko strokovno razlago, ker očitno noben niti ne ve kaj TOČNO se dela, ampak za reklamno promocijsko gradivo za nove člane, ki jih 99% kemija sploh ne zanima in manj jo vidijo raje jo imajo, tako da ....

Pogruntaj za kaj se gre, pol pa nam vsem povej, če ti je to že tako zelo pomembno.

roCkY
Maria ne vem kje vidiš direktno povezavo med tem simpozijem, ki ga je Aventis izgleda delno sponzoriral in projektom prek Stanfordske univerze.

Vse tudi primarne raziskave (vsaj jaz na tole zaenkrat gledam kot na primarno raziskavo in ne na specifično ozko usmerjeno) je tudi od nekje plačat. Proračun = davkoplačevalci, sponzorji, "dobra volja posameznikov" v tem primeru, da prispevamo nekaj neupuporabljenih virov svojih mlinčkov pod mizo.

Predlagam, da nekdo, ki se na stvar dobro spozna vpraša nosilce projekta o vseh teh odprtih vprašanjih.

Edina logična uporaba tako ali drugače dobljenih rezultatov je, da pridejo v "industrijo" in tako pomagajo, da pride prej do nekega splošno koristnega izdelka. V tem primeru morda do neke zdravilne substance, boljše poznavanje bioloških procesov, nekoč, kakšno leto ali morda desetletje prej kot sicer.

Marjan
Ja, Maria, Aventis je podjetje, ki je verjetno spronzoriralo F@H. In kaj hočeš s tem povedat?

Če kdo ne ve za Aventis:

Aventis is dedicated to improving life by treating and preventing human disease.

LINK: http://www.aventis.com/


Vsak doprinos posameznika k znanosti in napredku je pozitiven. To tukaj počnemo.
Ne delamo si iluzij, da bodo rezultati vidni takoj, morda tudi ne v enem letu, bo pa nerejen napredek, mogoče preobrat v F@H, sprememba načrtov, mogoče bolj fizikalno kalkuliranje molekulskih zgradb. S takimi projekti smo bliže nanotehnologiji!!

Maria
Marjan

Prosim, ne jemlji mojega pogleda na ozadje F@H preveč osebno.

Moj pogled na celotno zadevo vezano na F@H je naslednji:

To kar sta s Thomasom naredila, je povsem OK. V želji izboljšati svet (razvoj novih zdravil, itd) sta pripravila stran, organizirala skupino, predstavila zadeve in aktivirala delo. S tem ni nič narobe. Še posebej, če bo to prispevalo k hitrejšemu razvoju novih zdravil. Kdor želi sodelovati, lahko sodeluje in vse je OK. Marsikaj se lahko tudi naučiš.

Kar me je pri zadevi motilo je naslednje:

- roko na srce, je zadeva prevedena tako tako (četudi za laično javnost),
- zadeva ni tako revolucionarna kot izgleda. Pred leti sem v Ljubljani poslušala predavanje nobelovega nagrajenca, ki je predaval o polimerih (za te zadeve je že nekaj let nazaj dobil Nobelovo nagrado), ki bi mogoče lahko simulirali DNA ali kakšne druge zvitke (npr. proteine). Nakazal je tudi povezavo med načinom zvijanja in lastnostmi osnovnih gradnikov. F@H projekt ima prav tako za cilj študij zvijanja drugih tipov polimerov, torej sledi izvorni ideji,
- projekt lepo nagovarja (v imenu znanosti in lepše prihodnosti) vse po svetu, da sodelujejo in jih na noben način (z povedanim in zapisanim) ne zavaja ali goljufa. Je pa nekaj stvari, ki niso bile razložene in to so: - bodo izsledki in izračuni javno dostopni (mislim na raw data, tako kot PDB), bo kakšna kratkoročna povratna usluga vsem sodelujočim v podobnem znesku, kot stane elektrika, CPU amortizacija, ... , kot je to primer pri projektu proste kode v računalništvu (napiseš program, objaviš, vsi lahko uporabljajo, ti pa lahko uporabljaš programe vseh drugih!),
- kdo je glavni sponzor te skupine na Stanfordski univerzi (nisem nikjer zasledila),
- če je zadaj določena skupina multinacionalk, se le te obvežejo, da imajo sodelujoči kakšne bonifikacije pri nakupu zdravil, ki bi bila razvita na ta način?

Glede na to, da približno vem, kakšna vojna trenutno poteka med ZDA in EU tudi na tem področju, pa na področju prehrambene industrije, itd, približno razumem, da vsak od teh dveh polov skrbi, da bo ''potoček'' v globalu tekel na njegovo stran. To je z njihove strani povsem legitimno in temu pogledu ne moreš oporekati, gre predvsem za to, kako se bomo postavili sami. Ali se bomo trudili, da bo relacija čimbolj enakopravna, ali pa se bomo v odnosu pustili voditi na štrikcu.
Zavedam se, da imajo ZDA najboljši sistem funkcioniranja družbe, ki daje realne rezultate in jih razumem, da bodo storili vse, da tako ostane. To pa ne pomeni, da sama opuščam dejanja, ki bodo zagotovila dolgoročno čimbolj enakopraven odnos.

In danes mi še nihče ne zagotavlja s postavljenim sistemom, da bodo zaradi mojega sodelovanja pri F@H ali drugih projektih, zdravila v lekarni zame (sodelujoče) cenejša. Ker nič mi ne koristi, če sodelujem pri projektu, potem pa moja stara mama ne more kupiti zdravilo, ker je predrago (in takšnih je kar nekaj).
Če in ko uspemo vzpostaviti sistem vzajemnega sodelovanja, sem takoj pripravljena sodelovati.

Če pa se sodelujoči pri projektu naučijo, kako mora izgledati aplikacija, ki omogoča distribuiran način izračunavanja (btw. je mogoče za ta princip napisan kak patent) določenih računskih problemov, je pa samo dobro, če bi s tem znanjem uspeli podobno (na drugih področjih, temah) zadevo aktivirati tudi v našem gospodarstvu. Na ta način bi marsikaj naredili v svetovno dobro, pa hkrati tudi v lokalno dobro. Kar bi bilo bistveno bolje, kot kakšna SIB akcija ;-).

Maria

p.s: roCkY - poznam principe relacij konzorcijev, spin-off firm in konferenc v tej sferi in vem kaj pomeni, če se kot sponzor pojavi kakšna firma ala Aventis (ki ima lepo spletno stran).

Marjan
Maria:

Sedaj se pa skoraj v celoti strinjava 0:).

Ostaja samo še problem, da strokovne probleme in vprašanja naslavljaš name in ne na Stanfordsko univerzo ali kako podobno ustanovo :\.


>roko na srce, je zadeva prevedena tako tako (četudi za laično javnost)

Zaenkrat je to najboljše kar imamo. Te bom še enkrat povabil:
Velespoštovana Maria, bi bila tako prijazna, da bi napisala nekaj spodbudnih, ne preveč strokovnih besed (čeprav se tudi strokovnosti ne bi branili, samo se sprašujem o smiselnosti). Z veseljem bomo dali tvoje vrstice na splet, če le bodo spodbudne do projekta F@H.

Sem pa jaz pred kakim mesecen napisal za S-T novico (za katero bi ti rekla, da je "tako-tako") v kateri sem pozival, da naj uporabniki temeljito razmislijo o prestopu iz projekta SETI, na projekt F@H. Ker roko na srce efekt bo večji, konkretnejši, vidnejši, uporabnejši.
To je bil tudi moj poglavitnejši namen.

Je pa fino, da imamo debato na to temo, da se stvar še malo bolj razjasni. K tem bi lahko veliko prispevala tudi ti.

roCkY
Maria: S tvojimi pomisleki se v glavnem strinjam. Verjamem, da si skeptična glede multinacjonalk in njihovega načina prodiranja v vse pore družbe. Jaz sem tudi. Ampak je pač tako, da je pri vsakem projektu finančen problem. Naj gre za raziskavo, organizacijo neke konference, proizvodnjo ... Zato bodo pri trenutni ureditvi sveta tudi (morda še najbolj) v sveri znanosti "finančni botri" vedno prisotni ali zelo blizu dogajanja. V poslovnem svetu je in bo tako, da bo vsak poskušal čimveč vode spelat na svoj mlin. Projekt pa podpiram ker ga gledam na način kot sem zgoraj napisov.

Poskušaj dobit izračune pa boš ugotovila kam pes taco moli. In mi tudi.
Otroška radovednost - gonilo napredka.
  • spremenilo: OwcA ()

Maria ::

Čudna so pota gospodova!

Pred časom so me ''naganjali'' iz Z@T v Ložo, danes pa iz Lože v Z@T;)

Se samo hecam. Mislim, da smo skoraj vse povedali, razen Vrane. Če ne drugega bi bila lahko to avtentična novica iz domačih logov. Upam, da bo Tomi prišel do KI (sama nisem najboljša referenca za novice z računalniškega področja).

Maria

Thomas ::

Kemija se meni zdi (=je) 100% reducibilna na fiziko. Vse kemijsko dogajanje se da zreducirati na izračune EM sil med atomi.

No ja, morda je treba upoštevati še "inercijsko silo". Namreč, nihanje različnih izotopov istega elementa je nekoliko različno. Ne vem - morda kdaj to nekoliko zakomplicira zadeve.

Kolikokrat je treba uporabiti (bolj komplicirano) kvantno fiziko - tudi ne vem. Vse je pa še zmeraj samo reševanje sistema (ne)linearnih (diferencialnih) (ne)enačb. Ali z drugimi besedami povedano - izvajanje osnovnih matematičnih operacij, za katere so danšnji CPU zelo dobri.

V naslednjih letih bomo videli nekako tri vzporedne evolucije.

- CPU in RAMov

- algoritmov

- določanja ciljev izračunavanja

Ko bomo po vseh teh treh poteh napredovali, znajo biti vsi patogeni mikrobi žrtve.

Pa ne samo patogeni - tudi okvarjene molekule v človeškem telesu.

Za začetek. Jasno je, da se tukaj stvari šele začenjajo - in ne končujejo.

:)




Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

AtaStrumf ::

Lep povzetek! Zdaj vsaj vem kaj ste se tu pogovarjali preden sem se vključil. No sem si vzel 5 minut in celo malo poklikal po F@H home page-u in našel par razlag kaj sploh delajo. V bistvu jih matra kako pride protein do svoje končne oblike in kot kaže je stvar precej zakomplicirana saj je število možnih kombinacij naravnost neverjetno.

Upam, da je program dobro napisan, ker zaenkrat izgleda, da so zaenkrat izračunali samo par zelo simple proteinčkov (filmčki so kar nekaj in grejo vsaj pri meni v obratno smer [WTF!?!?] in močno prehitro da bi karkoli videl), zadeva pa poteka že 2 leti. No pa saj postajajo računalniki vedno hitrejši. Če pomislim, kaj sem imel 2 leti nazaj in kaj imam danes sem prišel kar daleč in tako bo najbrš tudi s tem projektom. Zadeva bo šla vedno hitreje naprej (na račun hitrejših procesorjev in večjega števila sodelujočih) in morda se nam celo userje pogruntat mehanizem, pol smo pa na konju. Zadeva je brez dvoma hudo zakomplicirana, ampak nekje je treba začeti rajt?

Tomi kot veš so bila takorekoč vsa največja odkritja v medicini stvar naklučij (npr. penicilin kot najbolj znan, potem klordiazepoksid in posledično odkritje benzodiazepinov, potem recimo prontosil in posledično odkritje sulfonamidne skupine kemoterapevtikov ali morda bolj kemično pravilno sulfisomidinov, in še lahko nadaljujem ampak I think you get the point) in res ne vem kaj se tako braniš F@H. Če nič drugega je sigurno bolj racionalno od iskanja neobstoječih signalov nepredstavljivo oddaljenih vesoljčkov, ki nam itak ne bi nič koristili tudi če bi jih dobili. Zakaj si ne izmislimo raje iskanje duhov? Resno, raje pomagaj Slo-Tech F@H teamu. Z vsemi mašinami na faxu se boš hitro povzpel.

Najbrš tebe bolj matra, da boš moral začeti z nule, pri SETI-ju pa imaš nabranih najbrš že ogromno paketkov.

Aja glede racionalnosti. Sigurno si že slišal za t.i. kombinatorično kemijo. Tam se reacionalnost lepo vrže skozi okno in se enostavno sintetizirajo vse možne variante ene molekule in lepo preiskusijo a delajo al ne. Kaj bi si človek razbijal glavo, če pa je tako enostavneje in hitreje.

Fold on!

Marjan ::

Thx Owca, dobr si tole naredu.
_______

Maria, (pa tudi Tomi, ki ga še čakamo):

Vidva se očitno dobro spoznata na kemijo. Edina stvar, ki me pri vaju moti je, da skorajda nočeta videti obširnejše slike. Skoraj sta ozkogledna.

Anyway, veselim se že, da razložita kako je s sestavo molekule. Ali je sestavit molekulo težje kot pravi Thomas zgoraj? Pa upoštevajta tudi napredek, prihajajoče tehnologije, ne samo obstoječe.

Pa še to:
Kako naj bi deloval nanostrojček, sestavljen iz največ 500 atomov, ki bi bil zmožen opravljati sprogramirane naloge, ki mu jih daje človek? Bi bil sploh možen? Če da, bi ga bili mi zmožni sestavit?

Zakaj ja, zakaj ne... Kdaj...?


Na koncu koncev ostanejo nam le atomi... (how true :\)

Bakunin ::

Zakaj pa ni kdo iz KI naredil podoben projekt kot je f@h ?

g. Gantar bi verjetno podprl taksen projekt. tudi financno.

Thomas ::

Marjan,

> Kako naj bi deloval nanostrojček, sestavljen iz največ 500 atomov, ki bi bil zmožen opravljati sprogramirane naloge, ki mu jih daje človek? Bi bil sploh možen? Če da, bi ga bili mi zmožni sestavit?

Tukaj se srečata quantum computing in nanotech.

Pošlješ radiosignal tapravi molekuli. To je input data, v radio pulzu.

Čez nekaj časa (zelo malo časa) ta molekula odda drug radiosignal. To je output data.

Medtem pa se ta molekula (taprava) tudi (začasno) preoblikuje.

Kvantni computing in nano telovadna vaja taprave molekule, sta dve plati istega kovanca.

Kakšna molekula je taprava, da ni trivialna? Pojma nimam!

:)

Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

Maria ::

AtaStrumf

Namenoma, ker če mi želiš soliti pamet, mi jo lahko brez tega, da veš, kaj sem jaz. Preprosto vzemi sol in soli;) .

Marjan

Poglej PM.

Maria

Maria ::

Marjan

Na kemijo se spoznam približno tako kot na matematiko ali fiziko. In simpatije so tudi pri računalništvu zelo visoke, pa tudi kulture ne zapostavljam (Nadezha, ne vem če je prav ime - mogoče pa sva že kdaj srečali v Operi - bila na Traviati v Lj.).

Ne vem pa zakaj bi bila ozkogleda. Na podlagi česa to sklepaš?

> Anyway, veselim se že, da razložita kako je s sestavo molekule. Ali je sestavit molekulo težje kot pravi Thomas zgoraj? Pa upoštevajta tudi napredek, prihajajoče tehnologije, ne samo obstoječe.

Ne vem, na kateri sestavek zgoraj misliš, ko citiraš Thomasa. Vsekakor pa se kar trudim, da bi razumela in poznala prihajajoče tehnologije. Boš moral biti malo bolj natančen.

O nanostrojčku: odvisno, kaj bi želel, da dela. Če želiš, da bi bil sposoben umoriti človeka - takšnega zna danes narediti vsak. Pač v malo večjih količinah in ne samo enega. Če pa želiš kaj bolj specializirano, bi bilo pa bolj zapleteno, vendar ne nemogoče.

Maria

AtaStrumf ::

Evo ti mal soli Maria:

Tvoj podpis na koncu posta je popolnoma nepotreben, saj če še nisi opazila, je tvoj nick tudi v levem okvirčku poleg posta 8-O. Res ne vem zakaj to počenjaš :\.

Aja, pa double post-anje se načeloma ne tolerira. Enostavno popravi/dopolni svoj zadnji post,...... tako kot jaz.

Zgodovina sprememb…

Marjan ::

Thomas, ja sej jest tudi tako nekako zastopim zadevo. Samo me je zanimalo, če kemiki kaj drugače na ta problem gledajo, ker bolj natančno poznajo spajanje, kontrolirano spajanje.

Da, Maria, prav to me zanima - kontrolirano spajanje atomov. Bi nam povedala kaj iz tega podnaslova? Ker me resnično zanima.

Glede tvoje izobrazbene (poklicne...) usmerjenosti - jest sem skoraj nad istimi vedami navdušen. Predvsem fiziko. Matematika mi dela probleme, manj problemov mi dela kemija, programiranja se učim... Na kulturo imam pa zelo kritičen pogled in je kot take ne priznavam, ampak ni važno, sem zašel zdej, to se lahko v ZS naprej pogovarjava.


> Ne vem pa zakaj bi bila ozkogleda. Na podlagi česa to sklepaš?

Napisal sem "skoraj ozkogledna". Vendar tudi daleč od tega! Se ti še enkrat opravičujem.

Edino Tomi ne vem zakaj ne sodeluje sedaj tukaj...?


> O nanostrojčku: odvisno, kaj bi želel, da dela.

S Thomasom se že dalj pogovarjamo o samorleplikatorni (makro)molekuli, ki je po naše izvedljiva. Kaj ti praviš na to?

Maria ::

AtaStrumf

Še kako sem opazila, da je levo zraven moj nick. Vendar je meni podpis spodaj ljub in estetsko zaključuje sporočilo. Ženske pač. In tako bo tudi ostalo.

Kot jaz vem je bumpanje nezaželjeno. Če nisi opazil, sporočili (eno za drugo) sta vsebinsko bistveno različni, zato sta ločeni. Ker suhih sliv in svežih jabolk le ne gre metati v en koš;) .

Maria

p.s. Vsi ne morejo biti kot ti, niti ne kot jaz.

Maria ::

Marjan

Pred časom sem res brala o nanotehnologiji, grafitnih cevkah... Na tem zelo veliko delajo Izraelci, pa seveda v ZDA. Takrat sem resno razmišljala, da bi dala link tudi na ST, vendar je bil problem, da je vir komercialen in brez gesla nedostopen, kopiranje pa tudi zaradi določenih razlogov problematično.

Kar se tiče ved, je pa tako. Današnji čas zahteva multidisciplinarnost, pa hkrati globino na delovnem področju. Meni je bila matematika vedno med najljubšimi, kar se pa kulture tiče pa tako: si morda vedel, da npr. sproščujoča glasba ali tai či povzročata, da se tkiva v telesu ravnajo (raztegujejo) in da je zaradi tega vozlov, ki posledično vodijo k raku oz. ostalim boleznim manj. Zato morajo biti gibi nesunkoviti in nenapeti. Torej je poleg ''umetniških'' užitkov v kakšni operi mogoče posrbeti tudi za zdravje.

Tomi ima mogoče izpite (kolokvije), pa se mora učiti.

Ja DNA je samorelikatorna molekula, ki pa za podvajanje in širjenje lastnosti potebuje še sistem v katerem se podvaja (t-RNA za širjenje lastnosti, določene encime, ki prinesejo osnovne gradnike).
Tisti nobelovec (žal trenutno ne vem imena) je združeval polimere in ''definiral'' njihove forme kar iz lastnosti osnovnih gradnikov. Torej, če je bil osnovni gradnik šestkotnik je bil heliks polimera takšen in takšen,, če je bil petkotnik, pa drugačen.
Na vprašanje iz publike ali želi ustvariti umetno življenje, je bil odgovor: kaj pa je življenje. In strinjam se: ni še povsem (vsaj meni ne) jasno, kaj je življenje (na to temo sva s Thomasom že govorila).
V praksi (na nivoju uporabnikov ST) pa je takšen sistem (makromolekulo) brez sistema (mislim na raziskovalne pripomočke) težko narediti in opazovati.

Maria

Tomi ::

Torej, ker vidim, da me že željno pričakujete, moram pristaviti še svoj lonček. Sicer pa upam, da niste predolgo čakali, samo dan je bil preveč lep, da bi ga lahko preživel notri.

Najprej ena moja splošna predstava, zakaj se mi zdi projekt, kot je F@H malenkostno v temo brcajoč. Sicer pišem tole pod predpostavko, da sem še kar nekako v farmaciji, in da je moj poglej na delovanje učinkovin dosti mehanističen.

To, da sem proti samemu Foldingu, je napačno mnenje, kot prvo. Nisem proti temu, da takšen projekt teče, in niti slučajno ne trdim, da so drugi projekti kaj boljši ali slabši. Enega si pač izbereš in potem nabiraš točke. Samo sam pa ne bi sodeloval.

Gre namreč za to, da je osnova samega projekta preračunavanje konformacij proteina. Lepo in prav, saj je zadeva še dosti neraziskana na energetskem nivoju, kljub temu, da je praktično dosti bolj dodelana, saj približno že vedo, za kaj gre. Oziroma, če grem z drugega konca:

  • na strani projekta sem zasledil, da je smisel iskanje možnih napak, ki se pripetijo pri zvijanju proteinov in so lahko vzrok za neketere bolezni. Lepo in prav, mi lahko sedaj preračunamo, kaj se naj bi zgodilo, ko bi šlo vse tako, kot je treba. Samo, če vemo, kakšna je AK sekvenca, nekako ni tako blazno težko narediti kristalne strukture, pogledati, kaj je (približno), ali pa konec koncev narediti NMR-a, ki je sedaj že tako sofisticirana tehnika, da se da delati še kaj več. Potem pa recimo pogledamo, kaj se je zgodilo pri "misfoldanemu" proteinu. Samo to, kar vidimo, so raztopine ali pa kristali. Kdo nam zagotavlja, kako se te zadeve obnašajo v telesu in čim naj primerjamo to, kar smo izračunali. Nekako se zadeva ne izide.

  • Druga plat tega je, da večina ljudi še vedno ne ve, kaj sploh delajo. Moje mnenje je, da veliko ljudi misli, da dejansko iščejo nove spojine, ki bi lahko imele farmakološke učinke. Dragi moji, celotna farmacija ne deluje na tem principu. Če na hitro povzamem, bistvo farmacije je:

    -najdi protein, ki ti povzroča težave/receptor, ki ne deluje tako kot bi moral, zato imamo v telesu/organu(vključno s krvjo, če še ne veste, da je tudi kri organ)/mikrookolju/celici preveč/premalo/nič določene spojine s ponavadi fiziološko funkcijo. Recimo, da je premalo SOD (superoksiddismutaze), potem se povečajo radikali, pride do nevarnosti okvare dednega materiala, kaj pa lahko sledi, pa verjetno veste.

    -potem poglej, kakšno je vezavno mesto in kakšna naj bi recimo bila molekula, ki pade v to mesto.

    -nato pa na molekuli naredi modifikacije, poglej, kako narediš agoniste, antagoniste, selektične agoniste/antagoniste, vse skupaj preskusi na modelih, spatentiraj, prodaj in upaj, da boš pokril stroške in nabral dosti denarja, preden bo kdo drug našel kaj boljšega.

    -prvo točko lahko tudi spustiš, o čemer je pisal že Ataštrumf, saj je veliko odkritij bilo res naključnih.

  • Sedaj pa pridemo na to, da recimo želimo najdi en protein, ki so tako prepričal receptor, da bo delal to, kar želimo. Samo tudi če ga najdemo, ni variante, da ga spravimo do vezavnega mesta. S proteini nekako ne bo šlo.

  • Tako da je moja vizoja prihodnosti farmacije takšna, da nekako najdemo receptorje, ki jih še ne poznamo. Kako, je drugo vprašanje. Potem jih recimo izračunamo, poslikamo, zNMR-amo, karkoli. Od tu se pa gremo molekulsko načrtovanje. To bilo bilo sedaj od mene bolj ali manj vse, kar se splošnega dela tiče.

    AtaŠtrumf:

    Z vsemi mašinami na faxu se boš hitro povzpel.

    To je res, samo kot si videl, je tudi res, da mi trenutno projekt ustreza.

    Najbrš tebe bolj matra, da boš moral začeti z nule, pri SETI-ju pa imaš nabranih najbrš že ogromno paketkov.

    Tudi to je res. Pa še samo en direktorij skopiram, in dela na novem računalniku/novi namestitvi OS.

    Marjan:

    Edino Tomi ne vem zakaj ne sodeluje sedaj tukaj...?

    Mogoče zato, ker je Tomi danes bedel to treh, ker je slovenil ena besedila iz Foyeja, in študiral histaminski sistem in SAR učinkovin, ki delujejo na H1 receptorje. Pa mogoče zato, ker je tudi samo človek, ki ve, da je dobra fizična vadba dobra za razmišljanje in v njej še uživa. In ve, da je sončna svetloba pomembna za nastanaje kofaktorja, imenovanega vitamin D.

    Maria:

    Ja, imaš tudi ti prav. Se pripravljam na določene kolokvije in izpite, tako da ima bolj malo časa. Pa še okoli 20 strani strokovne literature prilagajam potrebam letnika.
  • metrodusa.blogspot.com

    Thomas ::

    Čisto nič te ne razumem Tomi.

    Sicer vem kaj govoriš - zagovarjaš da se naprej dela po starem, to je "ročno".

    Ampak zakaj?

    Verjamem pa, da tako razmišlja velika večina farmacevtov.

    Samo tudi večina grafičnih delavcev je 20 let nazaj nekako tako razmišljala. Ko je prihajal desktop publishing.

    Kaj si jest mislim o vsem tem?

    Briga me za tiskarstvo. Zaradi mene lahko še naprej zlagajo svinčene črke - briga me! (Samo jih ne).


    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: Tomi ()

    Marjan ::

    Maria
    Da ne bova preveč zašla s temi najinimi prečudovitimi naravoslovnimi vedami... Glede zvoka pa -> je mehansko valovanje plina. Folk pa tega ne kapira, in to me žalosti.

    Življenje bi lahko za silo definirali, ampak ne vidim potrebe. Kakršnolkoli definicijo bi naredili ne bi bila dobra, našli bi izjeme. Jest sem celo napisal en pregovor:
    "Narava ne razmeji, razmejiti hočemo ljudje."



    Maria in Tomi

    Nista mi odgovorila na vprašanja o sestavljanju atomov. Ali je možno / se to dela, da se v nekem visokem vakuumu, sestavlja posamezne atome po želji.

    Če ne, zakaj ne? Je predrago, ne znamo?

    V čem se motim, če rečem, da se da izračunat funkcijo vsake molekule, njeno obnašanje (v telesu, ali pa na splošno v interakciji z drugimi molekulami).

    In potem bi sestavljali molekule po naročilu...


    Jaz vidim v projektu F@H en tak napreden začetek, uvod v računanje funkcij, zgradb molekul. Kar bi najprej bilo koristno predvsem v farmaciji, kasneje pa tudi drugod - povsod.

    Thomas ::

    > "Narava ne razmeji, razmejiti hočemo ljudje."

    No, oblika je nekoliko staroslovenska. Vsebina je pa Wintgensteinizem v najčistejši obliki.

    To pomeni - eden visokih vrhov filozofije.

    Witgenstein, Carnap, Schlick, Ayer, Kripke, Bostrom in še peščica.

    IMHO.

    Drugače je pa praktičnost tega principa, da hočemo določiti "kaj je naprimer živo in kaj ni - le ljudje" - zelo velika.

    Sploh ni nič bolj praktičnega, kot dobra teorija. Posebno filozofska.

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Maria ::

    No in tudi zaradi tega je kultura smiselna, ker je to še vedno najcenejši način ''ravnanja'' telesnih tkiv.

    Če si v sobotni prilogi bral o neki fizičarki (ki naj bi imela visok rating, karkoli to že pomeni) - ona meni, da v naravi zveznosti sploh ni. Hm, očitno tudi to ni povsem jasno.

    Kar se tiče sestavljanja atomov, Marjan, nisi najbolj na tekočem. V eni temi o kvantnem računalniku, sem citirala članek iz Bug-a o eksperimentu, kjer so ''v vrsto'' postavili atome in z njimi delali eksperimente. To, da v takšnem stanju lahko izvajaš reakcije, pa je tudi že davno znano iz zgodovine znanosti.


    > V čem se motim, če rečem, da se da izračunat funkcijo vsake molekule, njeno obnašanje (v telesu, ali pa na splošno v interakciji z drugimi molekulami).

    V ničemer. Ansambelski izračuni, Schroedingerjeva enačba, itd so davno znane stvari.

    > In potem bi sestavljali molekule po naročilu...

    Ja, nanotehnologija in vizija farmacevtske proizvodnje na tem področju je, da bi zaradi ekološkega pridobivanja - proizvodnje zdravil le te delali z nanotehnologijo - torej sestavljanjem lego kock. Želja in vizija je, tehnologija se razvija.


    > Jaz vidim v projektu F@H en tak napreden začetek, uvod v računanje funkcij, zgradb molekul. Kar bi najprej bilo koristno predvsem v farmaciji, kasneje pa tudi drugod - povsod.

    Tu nimaš prav. F@H ni niti začetek, ne v svetu in ne v farmaciji. V farmaciji vsaj več kot 20 let razvijajo zdravila na ta način. Novo je to, da so multinacionalke pogruntale, da se da v voz vpeti računalnike državljanov sveta, ceneje in tudi res hitreje priti do rezultata. Nikjer pa ne obljubijo, da bodo sodelujoči dobili zdravila ceneje. Počakajmo, pa bomo videli.

    Maria

    Thomas ::

    > da bi zaradi ekološkega pridobivanja - proizvodnje zdravil le te delali z nanotehnologijo

    Pusti ekologijo. Tukaj gre za povsem nove učinkovine, ki jih v naravi ni in bi lahko bile bistveno bolj učinkovite. Za to gre - imho. :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: Tomi ()

    Maria ::

    Thomas

    Ekologija je pomembna.

    Ogromno zdravil je povsem novih - nenaravnih in jih ne najdeš v naravi in zato ne rabiš nanotehnologijo, da bi jih naredil. Ker vse se da narediti tudi drugače, če le narava dopušča - fizikalni zakoni in stabilnost spojin.

    Maria

    Marjan ::

    Maria, tudi Tomi

    Jest sem zdej tako na izi začel spraševat kako na nanotehnologijo gledate kemiki, ker se mi vsezkozi zdi, da od nekje naprej ne priznavate poljubnega premikanja atomov...
    Da imate mnenje, da je F@H neučinkovit ker se "ne da kar tako izračunat optimalno dobrih zdravil".

    Sem se motil? Kje pa imate potem zavoro, pri multinacionalkah?

    Maria, o cenenosti zdravil imaš čuden pogled. Jest pravim, da ni važna cena. Prvi korak je da se zdravilo sploh izumi!!!!
    Kasneje bo že konkurenca, prosti trg... naredil svoje in zbil ceno.

    Thomas ::

    > Kasneje bo že konkurenca, prosti trg... naredil svoje in zbil ceno.

    Pa tudi če nimaš konkurence (ali je ta brezplačna) - tako kot MS z Windows, cen ne boš gnal v nebo. Pač pa boš maksimiziral profit. Boljš prodat milijardo kosov po par 100$, kot en sam kos za milijardo dolarjev.

    PLUS konkurenca!

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Maria ::

    Marjan

    Pusti Tomija pri miru, da bo lahko lepo zagovarjal izpite. Bom jaz.

    Ne vem od kod tebi, da sem jaz kemik, pa vendar, sama nimam nič proti nanotehnologiji. Nikjer nisem izrazila kakšnega pomisleka v vezi s to tehnologijo.

    O poljubnem premikanju atomov sem že povedala, ne vem kako naj še drugače, da bo jasno.

    Prav tako nikjer nisem rekla, da bo F@H neučinkovit. Celo v uvodu, ki sem ti ga poslala, je jasno vidna vloga tega projekta.
    Še enkrat: to kar dela F@H je zadeva, ki v svetu poteka za vrati multinacionalk že vsaj 20 let. Razlika je le ta, da sedaj pomagajo še navadni državljani.

    Marjan: o cenah ne bi. Lahko ti pa povem, da gotovo nimaš prav. Zdravila se izumljajo dnevno (tedensko), tudi s postopki, ki tečejo pri projektu F@H.

    Thomas

    To s cenami so multinacionalke tudi pogruntale in delajo že ... let.

    Maria

    Tomi ::

    Thomas:

    Sicer vem kaj govoriš - zagovarjaš da se naprej dela po starem, to je "ročno".

    Ne, ne zagovarjam "starega pristopa", ampak racionalnega. Zakaj bi se mučil z nečem, če niti ne veš, kaj delaš, če pa lahko v prejšnji fazi najdeš smernice?

    Verjamem pa, da tako razmišlja velika večina farmacevtov.

    Ja, sedaj še. In me pri tem nič ne moti, ker je ta pristop še vedno uspešen. Poglej, koliko je letno novih učinkovin.

    Pusti ekologijo. Tukaj gre za povsem nove učinkovine, ki jih v naravi ni in bi lahko bile bistveno bolj učinkovite. Za to gre - imho.

    Ne gre za to, da so stvari, ki jih ne bi znali sintetizirati, ker se da bolj ali manj vse. Da ne omenjam niti, da je malenskost učinkovin naravnih. Drugače so naravne spojine samo spojine vodnice.

    Tisti tvoj pomembnostni stavek se mi pa zdi le preveč ciničen.

    Marjan:

    Nista mi odgovorila na vprašanja o sestavljanju atomov. Ali je možno / se to dela, da se v nekem visokem vakuumu, sestavlja posamezne atome po želji.

    Zakaj bi pa to delal, če obstaja cenejši način. Eden so organski kemiki, drugo so avtomatski sintetizatorji. Nanotehnologija zaenkrat še ne paše industriji, ker se ne splača. Zato pa imajo po firmah dnevne odvoze organskih topil...

    V čem se motim, če rečem, da se da izračunat funkcijo vsake molekule, njeno obnašanje (v telesu, ali pa na splošno v interakciji z drugimi molekulami).

    Da se. Od NMR, IR in še kakšnega spektra, do logP, pKa, naredi se CPK modele. Vse gre.

    In potem bi sestavljali molekule po naročilu...

    Saj to se dela. Imenuje se molekularno načrtovanje. Samo Folding nima kaj pretirano pri tem. Vsaka molekula ima svoj naslov in sporočilo. Treba je poznati naprej naslov, da lahko preneseš sporočilo.

    Jest sem zdej tako na izi začel spraševat kako na nanotehnologijo gledate kemiki, ker se mi vsezkozi zdi, da od nekje naprej ne priznavate poljubnega premikanja atomov...
    Da imate mnenje, da je F@H neučinkovit ker se "ne da kar tako izračunat optimalno dobrih zdravil".

    Ok, sicer nisem kemik, kemijo imam samo kot orodje (tako kot še kaj drugega). Saj poljubneha premikanja atomov ni. Vse temelji na najnižji energiji in stabilnem stanju. Ki nastopi prej ali slej.

    Poleg tega pa, F@H sedaj še ne more prinesti ne optimalno dobrih, niti dobrih, sploh pa ne zdravil. Vsaj ne neposredno. Proteini nikoli niso bili dobri, imamo sicer peptidomimetike. Naj bo amidna vez še kako močna v primerjavi z estrsko (kar je sicer zelo uporabno zlorabljan princip), samo narava farmacevtsko kemijo obvlada veliko bolje kot mi. In ima nekaj milijonov let prednosti. Peptizade bodo vsak protein namreč pojedle, pred bo kam prišel. Drugače tudi diabetes ne bi bili problem, če bi znali naravo ukaniti.

    Maria: bom že nekako držal tale tempo. Imam občutek, da se bo unesel.

    Sedaj se pa še kaj razpišite. Grem jaz na histaminski sistem in se beremo kasneje.





    metrodusa.blogspot.com

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: Tomi ()

    Marjan ::

    Maria
    > Zdravila se izumljajo dnevno (tedensko), tudi s postopki, ki tečejo pri projektu F@H.

    In jaz pravim, da je to nekaj najboljšega kar obstaja!

    Zakaj pa o cenah ne bi? Sej ravno to te najbolj muči?! Da mi ne bomo takoj dobili poceni teh zdravil!?

    Tomi ::

    Marjan:

    Zakaj pa o cenah ne bi? Sej ravno to te najbolj muči?! Da mi ne bomo takoj dobili poceni teh zdravil!?

    V naravi vsakega podjetja je, da svoje proizvode ceni in trži tako, da se splača. Tudi v farmaciji, kjer vsak pokriva del trga, je tako. In je tudi logično, da vsak služi na svojem segmentu.
    metrodusa.blogspot.com

    Marjan ::

    Aha, Maria in Tomi imata dosti drugačen pogled. Sorry (predvsem Maria) ker sem vaju enačil v nekaj prejšnih postih.


    Tomi
    > Imenuje se molekularno načrtovanje. Samo Folding nima kaj pretirani pri tem.

    Mogoče pa bo do tega še prišel, razširil svoje programe, ko bo CPU moč userjev dovolj narasla. Naredi pa že zdaj veliko. In se mi zdi _neumno_ da še kar vztrajaš pri SETI? Pa takšen farmacevt??!


    > Vsaka molekula ima svoj naslov in sporočilo. Treba je poznati naprej naslov, da lahko preneseš sporočilo.

    O kakšnem naslovu in sporočilu tukaj govoriš?


    > Saj poljubneha premikanja atomov ni. Vse temelji na najnižji energiji in stabilnem stanju. Ki nastopi prej ali slej.

    Torej je moja predstava napačna, da lahko atom primemo in ga iz materiala A, premaknemo na material B?


    > Poleg tega pa, F@H sedaj še ne more prinesti ne optimalno dobrih, niti dobrih, sploh pa ne zdravil. Vsaj ne neposredno.

    Torej se tudi za posreden doprinos k zdravilom ne splača laufat F@H ?

    > narava farmacevtsko kemijo obvlada veliko bolje kot mi. In ima nekaj milijonov let prednosti.

    Torej si mnenja, da človeštvo še miljone let ne bo znalo uspešno krotit atomov?


    aaaaa?!! Đizs.

    AtaStrumf ::

    Ogromno zdravil je povsem novih - nenaravnih in jih ne najdeš v naravi in zato ne rabiš nanotehnologijo, da bi jih naredil. Ker vse se da narediti tudi drugače, če le narava dopušča - fizikalni zakoni in stabilnost spojin.

    Tole je pa čist zgrešena izjava. Trenutno se ne morem spomniti zdravila, da se ni začel njegov razvoj na osnovi ene naravne spojine. A misliš, da kar vzamejo lego kocke in začnejo sestavljat molekule? Please! Začetek je še vedno bil nekje v naravni spojini, ki jo potem ali do neprepoznavnosti spremenijo oz. spoznanja prenesejo v neko drugo terapevtsko skupino ali pa niti ne tako močno.

    V to kategorijo spadajo npr.
    -Aspirin (acetilsalicilna kislina) izolirana iz lubja vrbe (v bistvu salicilna k., ki pa je je prekisla, zato je v obliki predzdravila, da vam glih ne požre želočne sluznice)
    -Antibiotiki (vsi po spisku imajo izvor v naravnih spojinah)
    -ACE inhibitorji (zdravila proti povišanemu tlaku (Enalapril ipd.) so narejena na osnovi strupa neke kače - na tem mestu še replika Tomi-ju, da proteini kot taki ne pridejo v poštev, zaradi težavne dostave na mesto delovanja. To je res, zato pa potem delamo peptidomimetike, ki ohranijo vse bistvene lastnosti peptidov, samo da niso več peptidi - točno to so npr. ti inhibitorji angitenzinske konvertaze (ACE))
    -Antimalariki (vse se je začelo z kininom, ki je naravnega izvora, spet neko lubje)
    -Zdravila proti povišanemu holesterolu (recimo t.i. statini (Atorvastatin ipd) pravtako narejeni iz izločkov gljiv)
    -Simpatiko/parasimpatiko-litiki/mimetiki (tukaj je ogromno spojin (z zelo širokim spektrom delovanja v katerega se zdele res nima smisla spuščat) in še več, ki jih je bilo narejenih na njihovi osnovi, vse pa se je začelo pri adrenalinu (naravna substanca, pa čeprav izvira iz človeškega/živalskega organizma), atropinu (iz volčje češnje), ...
    -Protivirusne/prititumorne učinkovine (večinoma samo malo spremenjene naravne spojine, ki delujejo kot antimetaboliti, npr. vsem dobro znane baze v DNA adenin, gvanin oz. njegovi nukleotidi adenozin in že imamo aciklovir, ganciklovir, zidovudin (proti AIDS-u) ali pa metotreksat, ki je le malo spremenjena folna kislina, ki je drugače vitamin,...
    -in še in še je tega samo nima smisla da zdaj kje vse naštevam, samo tako malo da dobite občutek

    Če se da Tomi-ju, vam lahk še on ene par primerov pove, k sigurno on to bolj obvlada k ma letos farmacevtski kemijo 3, samo tega je res ogromno in ne mislit, da se da zdravila kar zmislit. Zadaj je ogromno mukotrpnega potrpežljivega dela in še zvrhan koš sreče, drugače nema ništa. Zakva pa mislite, da slovenija nima enega samcatega svojega zdravila. Hrvaški plivi je celo ratal pogruntat eno učinkovino, makrolidni antibiotik azitromicin, to je pa tudi mislim, da vse in to je trajalo 10 let, pa so imeli že osnovo v drugih makrolidnih antibiotikih, ki so jih odkrili drugi pred njimi.

    Maria ::

    Marjan

    Ker o cenah (kruto rečeno, žal) nimaš pojma in niti ni mesto na ST, da bi se o tem govorilo.

    Predvsem bi bilo pa to govorenje na pamet in zato ni vredno. Ne vpliva na pozicijo F@H projekta pri razvoju zdravil.

    Tomi

    Peptidi, ki jim optimizirajo pri F@H projektu stanje, so receptorska mesta in ne potencialne vodnice. Toliko za memo.

    Maria

    Marjan ::

    Maria
    > Ker o cenah (kruto rečeno, žal) nimaš pojma in niti ni mesto na ST, da bi se o tem govorilo.

    Tole je pa rahlo nefer, se ti ne zdi?

    In če se res kakšna svinjarija dogaja v farmacevtski industriji za katero veš, je tvoja moralna dolžnost, da to čimprej spraviš v javnost.

    Maria ::

    Marjan

    Povsem narobe si me razumel. Vsi mi nimamo pojma o dejanskih cenah zdravil, ker tudi zelo veliko tistih, ki so v tej industiji, le približno (čez palec) vedo koliko kaj stane. In ni zadaj kaj takega, da bi bilo potrebno objaviti.

    Tako kot vsepovsod se tudi v tej industriji borijo za čimvečji izplen in edino kar ocenjujem (čez palec), da je lahko sporno, je neplačilo CPU moči in električne energije s strani porabnikov dobljenih informacij. Če pa je darovalcem te CPU moči in elektrike to OK, je vsekakor tudi meni.

    Maria

    AtaStrumf ::

    Svinjarij je tako kot povsod tudi v farmacevtski industriji kolikor hočeš. Lahko imajo eno čist super zdravilno učinkovino za recimo malarijo, samo kaj ko imajo malarijo samo revne države in se ne splača niti razvit zdravila (to je zdr. učinkovina + pomožne snovi = zdravilo, recimo tabletka, kapsula, mazilo, krema, prašek, kapljice, svečke za v rit :D, jada, jada)

    Glej Marjan, vidim da te vse skupaj precej zanima. Vzami v roke eno srednješolsko ali pa osnovno šolsko knjigo in poišči fotosintezo. Najdeš reakcijo CO2+ H20+svetloba=C6H12O6 (glukoza) + O2. Zdi se simple kot pasulj, pa te reakcije ne zna naredit noben laboratorij na svetu, medtem ko se izvaja v vsakem listu, travici, ... Potem pa si vzami eno orenk knjigo biokemije pa si oglej kaj je fotosinteza kemično. Te srat prime!

    Najbrš znaš formulo glukoze vsaj približno na pamet, in je zelo simple molekula, pa jo ne znamo naredit iz CO2 in H2O, pa čeprav ne vsebuje nobenega drugega elementa kot C, O in H. Potem se zaveš kje smo mi in kje je narava!

    Zgodovina sprememb…

    Marjan ::

    Maria:
    > da je lahko sporno, je neplačilo CPU moči in električne energije s strani porabnikov dobljenih informacij

    Upajmo, da nekoč bo celo plačano. Zaenkrat se smatra, da računalniki so itak recimo 30% svojega časa popolnoma neizkoriščeni, štrom pa vseeno vlečejo. Zakaj ne bi potem nekaj pametnega počeli med svojim prostim časom?!


    AtaStrumf:

    Ja, res me zanimajo te zadeve.

    Ekonomsko se res ne splača v revne države pošiljat zdravil, vendar to vseeno počnejo v nekih majhnih (mogoče samo simboličnih?) količinah.
    Shit ane, svet je krut... tko je. Noben ni neskončno dobrotniški.

    Očitno nas zaenkrat narava še scat pelje v kemiji, imaš prav. Ampak se Tomi hudirjevo moti ko govori o miljonih letih.
    Pomoje je ravno v programabilnih nanostrojčkih rešitev - da bodo oni naloge namesto nas opravljali.

    Ane?!

    Maria ::

    OK.

    Drži.

    Maria

    Double_J ::

    Ma dej, narava slepo ugiba stvari...

    To kar njej rata v milijonu let, nam v enem.

    Glede foldanja pa jasno, posledično se širi znanje, kar v končni fazi koristi vsem.

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: Double_J ()

    roCkY ::

    Maria v trenutnem svet je pač tako. Glede tvojih pomislekov se popolnoma strinjam. Ne vem pa zakaj nebi tudi na tem forumu kakšno rekli o tem. Ne samo kemijska tudi ostala industrija poskuša delat na isti način (povečevat dobičke). Nedavno nazaj je bila recimo objavljena proizvodnja cena Intelovega procesorja P4 mislim, da prračunano okoli 17000 SIT. Če se ne motim je vsebovala tudi stroške razvoja.

    Najcenejši procesor v naši državi pa stane ...;
    V državi kjer je narejen pa ... To je druga tema.

    Vsaka generacija proizvodov, ki pride iz industrije je vsaj nekaj procentov dražja od prejšnje (lahko pa tudi 10 kratno) pa niti ni nujno, da je kakovostnejša in sprejemlivejša tako za uporabo kot za okolje. To dnevno občutimo kot porabniki določenih proizvodov teh istih multinacionalk o katerih je tu govora.

    Še vedno pa sem prepričan, da tistih 10-25 watov/h povečane porabe elektrike (siceršnja obremenitev/maksimalna obreenitev procesorja) za projekt, ki trenutno zgleda najbolj uporaben ni popolnoma stran vržen saj bo morda le pripomogel priti do nekega odkritja, ki ga drugače ne bi bilo oziroma bo do njega prišlo prej.

    Kako zagotoviti, da bi prek takele obdekave pridobljeni podatki prišli do vseh zainteresiranih pa je verjetno eno ključnih vprašanj te debete. Če bodo rezultati podobnih projektov dostopni najširši predvsem strokovni javnosti bo posledično tudi cena proizvoda, ki bo rezultiral iz tega nižja. Sicer še vedno visoka, če bo proizvod v danem trnutku zelo pomemben in posledično zelo iskan.

    AtaStrumf ::

    Ma dej, narava slepo ugiba stvari...

    To kar njej rata v milijonu let, nam v enem.


    Kje pobiraš take ideje človek?!? Čist neresna, lejmerska izjava! To lahko izjavi samo nekdo, ki nima pojma o kompleksnosti stvari o katerih se tukaj pogovarjamo.

    Narava kot pojem seveda ne more inteligentno razmišljat tako kot mi, zato pa ima miljone let in vigintiljarde poskusov prednosti. Tega še dolgo ne bomo ujeli, čeprav če pogledaš kam smo prišli v zadnjih 100 letih, bog ve kaj se bo zgodilo še v našem življenju in kaj šele potem v daljšem roku :\. Tega sedaj ne vemo, zato pa vsak filozofiramo po svoje in po moje bo še ZELO dolgo preden bomo znali narediti kaj primerljivega s komarjem, kaj šele čem drugem kar je narava pogruntala že davno pred nami.

    Zdaj pa dost, grem spat.

    Double_J ::

    Ata, bol malo ti razmišljaš...

    Sej izpeljava je na dlani. V zadnjih 100letih je bil napredek kar precejšen. Kaj pa naravi uspe v tem času? Praktično nič, to grejo komaj 4 generacije(človeške) skozi v tej dobi.

    No ampak v zadnjem stoletju, ki ga omenjaš, se je šele začel proces nečesa precej pomembnega. Namreč v prihodnjem stoletju ne bomo doživeli 100let tehnološkega napredka, tako kot v prejšnem, temveč bolj verjetno 20.000let(ob današnji hitrosti). Vidna je namreč celo eksponentna rast v hitrosti eksponentne rasti.

    Na to moreš tud računat, veš? Ker potem je jasno, da bomo v prihodnjem stoletju odkrili več kot je in bi narava kadajkoli.

    Tomi ::

    Sedaj pa mislim, da se je v temi pojavil "aha" stavek. Sicer je bil prisoten cel čas, samo jaz ga nekako nisem videl.
    Gre namreč za Mariino opombo, da dejansko celoten projekt dela na receptorjih. To pa je, seveda, meni dosti bolj všečen pristop, ker sem čez celotno temo poudarjal, da je bistven princip interakcij receptor-učinkovina. In ima posledično velik pomen, saj pomeni, da se mi sam projekt ne zdi tako neumen s strokovnega stališča.

    Marjan:

    O kakšnem naslovu in sporočilu tukaj govoriš?

    Vsaka molekula ima del, ki je odgovoren za vezano na receptor in je njen naslov. Ker pa ponavadi pride do inhibicije ali stimulacije delovanja, za kar je spet odgovoren malo drugačen del sicer podobne molekule, je to sporočilo. Recimo s spreminjanjem substuiente na mostnem dušiku morfina dobimo agoniste (analgetike), antagoniste ali recimo antitusike.

    In se mi zdi _neumno_ da še kar vztrajaš pri SETI? Pa takšen farmacevt??!

    Moje vztrajanje pri Setiju je bolj posledica navezanosti in spominov, lenobe, ker sedaj mi vse teče, kot mora in pa doseženih rezultatov kot pa posledica pomanjkanja kvalitetnih distrubuiranih programov. To, da sem farmacevt, sem mislim da, dokazal v tej temi.

    Torej se tudi za posreden doprinos k zdravilom ne splača laufat F@H ?

    Moj posredno se je nanašal na receptorje. Ker so, kot sem sedaj bil seznanjen, receptorji tako ali tako primarni cilj, potem ne vidim razloga, zakaj se ga ne bi splačalo.

    Torej si mnenja, da človeštvo še miljone let ne bo znalo uspešno krotit atomov?

    Ne, nisem tega mnenja, samo sem pa mnenja, da se lahko sedaj še vedno samo prilagajamo naravi, recimo tako, da iščemo "tajne agente", ki pretentajo njene sisteme, recimo proteine.
    Čeprav, recimo alkohol dehidrogenaza se je pojavila šele, ko se je nekako pojavil etanol. Prej, ko ga ni bilo med hranili, encim ni obstajal. Tako da narava je zelo prilagodljiva.

    In če se res kakšna svinjarija dogaja v farmacevtski industriji za katero veš, je tvoja moralna dolžnost, da to čimprej spraviš v javnost.

    Po moje nobena večja, kot nasplošno v industriji. Kapitalizem in vse, kar je povezano z njim in "dobrimi poslovnimi praksami".

    Očitno nas zaenkrat narava še scat pelje v kemiji, imaš prav. Ampak se Tomi hudirjevo moti ko govori o miljonih letih.

    Se, prav gotovo se ne motim. Ja namreč razlika med terminom "prednost" in terminom "hitrost". Pri prvem je narava milijone let spredaj. Samo imamo pa v rokah drugi termin, to pa drži.

    AtaStrumf:

    v bistvu salicilna k., ki pa je je prekisla, zato je v obliki predzdravila, da vam glih ne požre želočne sluznice

    Saj dejansko je tudi ASA nevarna, ker pride do kisle hidrolize. Zato lahko tudi "navaden" aspirin pri pretiravanju povzroči krvavitve iz želodca.

    ACE inhibitorji (zdravila proti povišanemu tlaku (Enalapril ipd.) so narejena na osnovi strupa neke kače

    Gre za brazilskega gada, peptid, ki so pa ga izolirali, je dekapeptid. Potem pa nastopi (tu lahko lepo pokažemo, da smo pa vendar bolj pametni od narave) večletno delo, da so potegnili ven en tripeptid, ki je še vedno učinkovit. Potem pa seveda molekularno modeliranje, da so naredili peptidomimetik, ki preide nevarnosti GIT.

    Lahko imajo eno čist super zdravilno učinkovino za recimo malarijo, samo kaj ko imajo malarijo samo revne države in se ne splača niti razvit zdravila

    Saj to se seveda dogaja. In se ne da preprečiti. V primerjavi z recimo atorvastatinom, ki je lani prinesel največji letni dobiček od ene same učinkovine. Kdo pa ima povišan holesterol, pa vemo.

    rocKY:

    Ma dej, narava slepo ugiba stvari...

    Enkrat pridi na predavanja na naš faks, k prof.dr.Pečarju. Če si kolikor toliko naravoslovca, boš prepričan v nasprotno. Ali pa recimo v roke vzami Stryerja.


    Sedaj pa res dovolj za sedaj. Tudi spat je treba.


    metrodusa.blogspot.com

    Thomas ::

    >> Ma dej, narava slepo ugiba stvari...

    > Enkrat pridi na predavanja na naš faks, k prof.dr.Pečarju. Če si kolikor toliko naravoslovca, boš prepričan v nasprotno.

    Ne mu verjet. Narava JE slepa.

    :)

    Sicer sem pa vesel, kako se Tomi da prepričat z argumenti. In ne prepričat brez.


    Kaj točno delajo, mislim da šefi F@H vedo.

    Jest samo pravim, da se da delat VSE. Vse molekule se da izračunat in tudi njihov postopek sinteze in njihovo obnašanje med drugimi molekulami.

    Ti je z dosti CPUje povsem izvedljivo.

    Zato je težko preceniti pomen tega projekta. Enormno je pomemben. Singularnega pomena.

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Marjan ::

    Thomas:
    > Zato je težko preceniti pomen tega projekta. Enormno je pomemben. Singularnega pomena.

    Seveda, zato pa sem se tako zavzel, da je čimhitreje tudi v Sloveniji stekel in v čimvečjem obsegu.
    To nam je že uspelo.

    Zdej so na vrsti pa fiziki, kemiki, programerji, da pogruntajo še boljše kalkuliranje, bolj učinkovito.
    To pa je direktno povezano z razvojem CPU.


    Tomi:
    No, če si doživel "aha" stavek pa sedaj ne bodi več tako len in se spravi k F@H :)

    > Moje vztrajanje pri Setiju je bolj posledica navezanosti in spominov, lenobe, ker sedaj mi vse teče, kot mora in pa doseženih rezultatov kot pa posledica pomanjkanja kvalitetnih distrubuiranih programov. To, da sem farmacevt, sem mislim da, dokazal v tej temi.

    Eh, dokazal... Z nekaj strokovnimi izrazi in nekaj napiflanega znanja... sej ne rečem, samo nisi z "dušo" pri pravi farmaciji.


    > potem ne vidim razloga, zakaj se ga ne bi splačalo.

    Exactly! So...


    > glede primerjave z naravo

    glej pa Doule_J-jev post. Exponentno je začel šibat vse skupi.

    Tomi ::

    Thomas: je, mene načeloma prepričajo vsi argumenti, samo morajo biti res dobri. Druga zadeva je potem, kako se mi zdi zadeva zanimiva, da bi se ji pridružil. Recimo F@H je zaenkrat (še) ne.

    Marjan:

    sedaj ne bodi več tako len in se spravi k F@H

    Bom verjetno, nekega dne, ko me bo prijelo. Če me boste pa vlekli, pa gotovo ne.


    Eh, dokazal... Z nekaj strokovnimi izrazi in nekaj napiflanega znanja... sej ne rečem, samo nisi z "dušo" pri pravi farmaciji.

    Recimo da ne. Samo še vedno me pa en poznaš prav dobro, in po par debatah ne moreš soditi, kje dejansko sem.
    metrodusa.blogspot.com

    Marjan ::

    Sklepam iz izrečenega :\

    Ne zdej nas neki mešat v tvoje odločitve. Premisli sam kaj je bolj pametno, racionalno...

    Sploh pa naj bo tu debta o teoriji kalkuliranja molekul in podobno (ne o tebi, meni,...).

    Kot je že nekdo zgoraj omenjal bi lahko tudi Slovenija začela kak podoben projekt.

    Zgodovina sprememb…

    • spremenilo: Marjan ()

    AtaStrumf ::

    Marjan, Thomas in Double_J. Vsi vi veste bolj malo o kemiji in slepo zaupate v neko exponencialno rast, ki se bo sama sebe katalizirala do nebeških višav. Ni čist tako, vsaj zaenkrat še ne. Zadaj je veliko trdega človeškega dela in računalniki so zaenkrat še vedno butaste mašine, ki samo delajo kar jim človek da za računat in za človeka vemo da ima svoje meje in njegove sposobnosti ne rastejo exponentno, tako da mal ustavite konje. Počakajmo pa bomo videli. ZAENKRAT so vaše napovedi še močno preoptimistične, čeprav ne trdim, da morda ne bodo enkrat mogoče, ampak za zdaj niso.

    V 4. letniku imamo predmet Farmacevtska kemija 4, ki je daleč največji strah in trepet na našmu faksu (treba je znat cca 300 sintez na pamet) in se ukvarja z sintezo zdravilnih učinkovin. Predavanja so že blizu konca in glede na to da sem bil na večini predavanj prisoten, vam lahko povem, da ni nobenh posebnih tehnik za sestavljanje atomov. Saj sem vam napisal, da še glukoze ne znajo sestavt, kaj šele kaj bolj kompleksnega. Vse sinteze gredo po zakonitostih kemije, mi samo iščemo pot, ki nam da največji izkoristek v najkrajšem času za najmanj denarja. In to vključuje predvsem kemikalije in bioreaktorje, kjer za nas garajo bakterije in gljive, ki to znajo marsikatero kemijsko reakcijo izvesti bolje, hitreje in ceneje od nas. Naslednjič ko dobite Ospen se ne pozabit zahvalit Penicillium notatum. Ne pozabit, da se mora nekaj splačati preden se bo kdo lotil to razvijati.

    Za zdaj smo še v marsičem omejeni in veliko stvari ne znamo/zmoremo/razumemo, tako da ne pretiravat z exponentno rastjo. Samo poglejte kake probleme imajo takorekoč vsi z 0.13 mikroni in sedaj na 0,09 mikronih se je zataknilo celo vsemogočnemu Intel-u. Think about it, ne samo nekaj v tri krasne filozofirat in malo poglejte okoli sebe v resnični svet, kaj in kako se stvari zares dogajajo.

    Saj je na internetu ogromno virov o zdravilih, pa si malo preberite, recimo za začetek tole o penicilinu.

    Marjan ::

    AtaStrumf!

    A se greš stavit, da se bo v enem letu napredne čipe sestavljal v 0.09 mikronski (= 90nm) tehnologiji?!
    In to brez kakih velikih težav. Bojo pa potem kmalu prešaltali še na nižje dolžine.

    Jest se popolnoma zavedam, da je to iber težko dosečt.

    Ampak dosegamo, iz leta v leto, in iz meseca v mesec boljše, hitreje, manjše.

    Zgodovina sprememb…

    • spremenilo: Marjan ()

    Thomas ::

    Ata,

    Nam trem očitaš, da zaradi gozda ne vidimo drevesa. Da gledamo nekako bolj od daleč, pa ne vidimo, kako grčasto je drevo.

    Ta očitek lahko tudi obrnemo. Da ti ne vidiš gozda, ker s preveliko truda vrtaš luknje v grčast in zverižen les. Pa se ti zdi nemogoče, da bi zdaj eni tipi kar pofaširali cel gozd - s pokrajino vred.

    To je primera, ki noče biti niti najmanj žaljiva pač pa kar se da ilustrativna!

    Vseeno pa ji tisti Marjanov princip o polaganju atomov čisto pravi in rock solid temelj, na katerem so "naše" nakane bazirane.

    Kaj pa potem, če se atoma ne da (stabilno) položiti kamorkoli. Se ga pač položi v potencialno jamo, kjer obsedi dovolj zanesljivo, za naše potrebe. Stvar izračuna.

    Interakcij atomov pa itak ni z drugim, kot z drugimi atomi.

    Zakoni za to so znani najmanj 70 let. Vendar je minilo nekaj desetletij, da so po njih znali izračunati obnašanje molekule vode. Ne pa še vseh interakcij z raznimi drugimi molekulami. Samo ni manjkalo znanje pravil, manjkala je računska moč.

    Jest sem pričakoval, da bo treba počakat na IBM mašine napovedane za 2005, da se bo lahko resno začelo. Zdaj imamo pa že najmanj 10X tako veliko računsko moč na razpolago po PCih F@H!

    Jest hočem, da je zadeva čimbolj neosebna v teh diskusijah. Ampak nate, na Tomija in Mario pa gledam (v tem primeru) podbno kot na šahovske velemojstre. Preveč "dobro poznajo šah", da bi lahko sodili, kaj lahko naredi velika računska moč.

    Vse postavi na glavo.

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Maria ::

    Thomas

    > Kaj točno delajo, mislim da šefi F@H vedo.

    Se strinjam.

    > Jest samo pravim, da se da delat VSE. Vse molekule se da izračunat in tudi njihov postopek sinteze in njihovo obnašanje med drugimi molekulami.

    Se strinjam.
    Mogoče bi dodal kakšen primer izračuna, da bo vsem jasno.

    > Ti je z dosti CPUje povsem izvedljivo.

    Se strinjam.

    > Zato je težko preceniti pomen tega projekta. Enormno je pomemben. Singularnega pomena.

    Je pomemben. Za ene zelo, za druge malo manj. Za človeštvo dokaj. Seveda pa drži in bo tudi potem držalo tudi to, ker je ugotovil Marjan, da bodo v Afriki žal še naprej umirali za malarijo, itd.

    > Jest hočem, da je zadeva čimbolj neosebna v teh diskusijah. Ampak nate, na Tomija in Mario pa gledam (v tem primeru) podbno kot na šahovske velemojstre. Preveč "dobro poznajo šah", da bi lahko sodili, kaj lahko naredi velika računska moč.

    Ta izjava pa je (če je bila zame mišljena resno) ena velika neumnost, Thomas. Mislim, da sem ena redkih tu na forumu, ki iz prakse ve, kaj pomeni velika računska moč za izid takšnega projekta.

    Se mi pa zdi, da smo pri tej temi spoznali tudi en vzorec obnašanja, ki malo spominja na princip ''naši'' in ''nenaši''. Ker v trenutku, ko sem izrazila pomislek o nekaterih vprašanjih (predvsem organizacijske in lastniške narave) glede projekta F@H, sem bila postavljena v razred ''nenaši'' in na koncu dobila tudi kvalifikacijo drevesnega velemojstra. Thomas, ta način ravnanja ti ni v čast.

    Maria

    Thomas ::

    > Mislim, da sem ena redkih tu na forumu, ki iz prakse ve, kaj pomeni velika računska moč za izid takšnega projekta.

    Potem se ti glede tega opravičujem Maria. Res opravičujem - brez distance do tega dejanja.

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Bakunin ::

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: Bakunin ()

    Maria ::

    Ja, sem tudi sama dodatno povpraševala, pa kasneje tudi videla FAQ.

    To je v redu, upam, da drži. Vsekakor pa je to potem nov način raziskovalnega dela v svetu - ne računanje, ampak skupinsko raziskovanje. Morda bo celo kdo pomislil, da smo prispeli v komunizem.;)

    Maria

    p.s. Z Marjanom sva se že zmenila, da bo dodal moj dodatek k uvodu na Slo F@H stran.
    «
    1
    2


    Vredno ogleda ...

    TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
    TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
    »

    Folding@Home Slo-Tech team (strani: 1 2 3 483 84 85 86 )

    Oddelek: Loža
    4251177350 (3514) xardas
    »

    Iskanje novih zdravil s simulacijami in evolucijo

    Oddelek: Znanost in tehnologija
    362920 (2222) dukenukem
    »

    Zakaj kemija? (strani: 1 2 3 )

    Oddelek: Znanost in tehnologija
    1258771 (6940) Fizikalko
    »

    Nanotehnologija (strani: 1 2 3 4 5 )

    Oddelek: Znanost in tehnologija
    22018529 (11208) drejc
    »

    Ebola in druge kuge (strani: 1 2 )

    Oddelek: Znanost in tehnologija
    626053 (4617) Gandalfar

    Več podobnih tem