Forum » Loža » Folding@Home Slo-Tech team
Folding@Home Slo-Tech team
para-site ::
Podobna zadeva kot seti@home. S to razliko, da tukaj ne iščemo vesoljcev, ampak zdravilo za raka in druge hude bolezni.
Več info na http://folding.stanford.edu/
Lepo bi bilo, če bi naredili en slo-tech team. Kaj se vam zdi?
Malo osvežitve po zaslugi Hammerja
Nekaj uporabnih stvari:
Folding Clients
Latest beta Versions
For the latest Beta version of the Folding client.
Core Download page
If you need to get the latest core, this is your page.
Previous "Latest" Clients Releases
Folding Monitors
Download Electron Microscope
Track your Folding@Home progress.
Download FoldMonitor 5.1.4
Monitors clients on one or multiple computers.
Download KD Version 7.0 for Windows
Download KD Version 6.0 beta 8 (Full Package) for Linux
KD Fold Home Page.
KD Fold Support Forum.
FAH LogStats v0.68
uses FAHlog.txt to general Stats in HTML form.
Folding Spy
spies on the progress and performance of the Folding@home client.
Stealth Programs
How to Run F@H as a Service
WinNT/2K/XP. Uses Fire Daemon.
HideItX5.0
Starts, Hides, Shows, and Kills any program (almost) in Win 95/98/ME/2K/XP!
Support Page
Tray It
will minimize any program from the Taskbar to the system tray.
Service Installers
FAH3 Service Installer
Run the GUI or console as a service.
F@H Coolmon Config & Service Installer
F@H Service Installer
NT/2K/XP - Like it reads, installs the Folding program as a service and runs in the background stealthed. You can use the Coolmon Config or one of the Folding Monitors to check current status.
F@H Coolmon Config
This all brought to us by our own Trippin, Coolmon script will display your stats and info right on your desktop.
Task Managers
ATM3.0
ATM is an application ideated for power-users who actually want to handle their systems. It provides a real-time capability to monitor all processes and threads.
TaskInfo2002 for Win95/98/ME/NT/2000/XP shows in real time information about all running processes and threads including ring0 VxD threads. For each process information includes threads, CPU usage, scheduling rate, path, open files, command line, environment variables, memory usage, DLLs, Version information and other.
EM Task Manager 1.2
Linux & FAH
Overclockix:
Knoppix 3.2, a bootable Debian Live CD with FAH that runs on a Ramdisk.
699MB ISO
FAH on a Pen Drive: You will need SPB Linux for FAH and Pen Drive Boot Image maker Instructions are in the first ZIP file.
STATISTIKA
Extreme Overclockers
Team Slo-Tech Folding Stats
All Team Stats
Stanford
Team Slo-Tech Folding Stats
All Teams Stats
Statsman
Team Slo-Tech Folding Stats
All Team Stats
Zeroth Element Systems
Team Slo-Tech Stats
All Teams Stats
Other Resources
Updated server status page
Updated every 10 minutes and gives real-time status of the folding servers.
Protein points page
Info on currently running projects with point. calculations
Folding@Home Links & Quick Tips
Some links are broken but still a great resource.
[Debata o F@H eksistira tudi v Z&T oddelku, KLIK za tovrstno diskusijo -- m.]
Več info na http://folding.stanford.edu/
Lepo bi bilo, če bi naredili en slo-tech team. Kaj se vam zdi?
Malo osvežitve po zaslugi Hammerja
Nekaj uporabnih stvari:
Folding Clients
Latest beta Versions
For the latest Beta version of the Folding client.
Core Download page
If you need to get the latest core, this is your page.
Previous "Latest" Clients Releases
Folding Monitors
Download Electron Microscope
Track your Folding@Home progress.
Download FoldMonitor 5.1.4
Monitors clients on one or multiple computers.
Download KD Version 7.0 for Windows
Download KD Version 6.0 beta 8 (Full Package) for Linux
KD Fold Home Page.
KD Fold Support Forum.
FAH LogStats v0.68
uses FAHlog.txt to general Stats in HTML form.
Folding Spy
spies on the progress and performance of the Folding@home client.
Stealth Programs
How to Run F@H as a Service
WinNT/2K/XP. Uses Fire Daemon.
HideItX5.0
Starts, Hides, Shows, and Kills any program (almost) in Win 95/98/ME/2K/XP!
Support Page
Tray It
will minimize any program from the Taskbar to the system tray.
Service Installers
FAH3 Service Installer
Run the GUI or console as a service.
F@H Coolmon Config & Service Installer
F@H Service Installer
NT/2K/XP - Like it reads, installs the Folding program as a service and runs in the background stealthed. You can use the Coolmon Config or one of the Folding Monitors to check current status.
F@H Coolmon Config
This all brought to us by our own Trippin, Coolmon script will display your stats and info right on your desktop.
Task Managers
ATM3.0
ATM is an application ideated for power-users who actually want to handle their systems. It provides a real-time capability to monitor all processes and threads.
TaskInfo2002 for Win95/98/ME/NT/2000/XP shows in real time information about all running processes and threads including ring0 VxD threads. For each process information includes threads, CPU usage, scheduling rate, path, open files, command line, environment variables, memory usage, DLLs, Version information and other.
EM Task Manager 1.2
Linux & FAH
Overclockix:
Knoppix 3.2, a bootable Debian Live CD with FAH that runs on a Ramdisk.
699MB ISO
FAH on a Pen Drive: You will need SPB Linux for FAH and Pen Drive Boot Image maker Instructions are in the first ZIP file.
STATISTIKA
Extreme Overclockers
Team Slo-Tech Folding Stats
All Team Stats
Stanford
Team Slo-Tech Folding Stats
All Teams Stats
Statsman
Team Slo-Tech Folding Stats
All Team Stats
Zeroth Element Systems
Team Slo-Tech Stats
All Teams Stats
Other Resources
Updated server status page
Updated every 10 minutes and gives real-time status of the folding servers.
Protein points page
Info on currently running projects with point. calculations
Folding@Home Links & Quick Tips
Some links are broken but still a great resource.
[Debata o F@H eksistira tudi v Z&T oddelku, KLIK za tovrstno diskusijo -- m.]
- preklical razglas: Primoz ()
NoUse4AName ::
to je tretji topic na to temo (prvega sem jas odprl pred vec kot letom), lahko pozabis da se bo kaj zgodilo. Ljudi tukaj bolj zanima SETI.
Thomas ::
Ja že. Ampak zadeve so zdaj bolj zrele kot pred letom dni, vera v Marsovce pa že nekoliko obledela.
SETI@home je pravzaprav pripravil oder za tole zadevo - in je s tega stališča koristen.
Samo je pa res čas, da počasi ugasne in se uporabi milijone ali celo desetine milijonov računalnikov za koristne namene.
Današnji superračunalniki ne pridejo čez 100 000 običajnih PCov moči. Tukaj bi lahko zagotovili v nekaj letih še TISOČKRAT večjo procesorsko moč.
Kvantna kemija, ki je v središču teh iskanj novih učinkovin, bi morala s tem pa že biti na dosegu roke.
V načelu je izračunljiva vsaka molekula. Za vsako belezen NE rase rožica, je pa za vsako bolezen nekje molekula, ki jo je treba le izračunati.
In kaj bodo od tega imeli darovalci CPUja?
Realno upanje za svoje bližnje ali zase, kadar tak čas (bolezni) pride. Pride pa zagotovo.
SETI@home je pravzaprav pripravil oder za tole zadevo - in je s tega stališča koristen.
Samo je pa res čas, da počasi ugasne in se uporabi milijone ali celo desetine milijonov računalnikov za koristne namene.
Današnji superračunalniki ne pridejo čez 100 000 običajnih PCov moči. Tukaj bi lahko zagotovili v nekaj letih še TISOČKRAT večjo procesorsko moč.
Kvantna kemija, ki je v središču teh iskanj novih učinkovin, bi morala s tem pa že biti na dosegu roke.
V načelu je izračunljiva vsaka molekula. Za vsako belezen NE rase rožica, je pa za vsako bolezen nekje molekula, ki jo je treba le izračunati.
In kaj bodo od tega imeli darovalci CPUja?
Realno upanje za svoje bližnje ali zase, kadar tak čas (bolezni) pride. Pride pa zagotovo.
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
morphling1 ::
To sem jaz že dolgo nazaj predlagal, Seti teami počasi ugašajo, in folding@home je trenutno najbolj aktualen. Sam pa že sodelujem v Xtreme teamu z svojim 4.7GHz amd powerja pride pa še okoli 2.3 GHz. Kakšna računska moč se skriva v enem izmed top10 folding teamov si sploh ne predstavljam :)
Pomembnost tega projekta v primerjavi s Setijem je pa neprimerljiva
Pomembnost tega projekta v primerjavi s Setijem je pa neprimerljiva
http://www2.arnes.si/~mlivak/ Nekaj kar naj bi bila moja domača stran, pa nikoli ne bo :)
Sergio ::
S Primožem se o tem pogovarjava že dlje časa.
Nekako se ne moreva odločiti med D.Net ter Foldingom. Če bo interes velik -- bomo pa foldali. Definitivno.
Nekako se ne moreva odločiti med D.Net ter Foldingom. Če bo interes velik -- bomo pa foldali. Definitivno.
Tako grem jaz, tako gre vsak, kdor čuti cilj v daljavi:
če usoda ustavi mu korak,
on se ji zoperstavi.
če usoda ustavi mu korak,
on se ji zoperstavi.
BoGo ::
Rade volje prestopim od iskanja marsovcev k iskanju zdravila. Samo povejte kdaj! Dobro bi bilo res cimprej sestaviti ekipo in pa to objaviti pod novicami.
Maria ::
Mogoče bi pa vprašali administratorja VRANE (KI), če ima kaj za računat. Da boste pomagali slovenski industriji.
Maria
Maria
(sic) ::
jah, vsi ste se o tem pogovarjali, vsi ste o tem premišljevali... noben pa se ni ganu in kaj naredu...
raje iščete marcovce <- LOL!
raje iščete marcovce <- LOL!
R0K ::
Moja malenkost se je tut 'uklopla'.
Kakšen team, k bi si zaželu en giga cpu moči? Brezplačno. Pokličite v naslednjih petih minutah in dobite še navitih 100MHz ;>>
Kakšen team, k bi si zaželu en giga cpu moči? Brezplačno. Pokličite v naslednjih petih minutah in dobite še navitih 100MHz ;>>
Tomi ::
Maria: bom naslednjič, ko grem do Šolmajerja, malo povprašal, če ima kaj pametnega za izračunati.. Takoj ko preberem knjigo za Spartan, seveda.
Sicer pa, za vse, ki vam ni verjetno jasno, kanim se ubadati z molekulskim modeliranjem kot raziskovalno nalogo.
Sicer pa, za vse, ki vam ni verjetno jasno, kanim se ubadati z molekulskim modeliranjem kot raziskovalno nalogo.
metrodusa.blogspot.com
Tody ::
eh tole je že res nekaj časa nazaj in sploh ni blo nobnega odziva od vas po svetu pa je 2 mio naprav aktivnih in iščejo trenutno cepivo proti raka v drugi fazi.Iščejo tudi cepivo proti SMALL POX (mislim da so to črne koza la kwa ??)
Aja zdraven sta tud intel Kambrige univers in microsoft pa še cool screen saver dobite zdraven (:
lp
Aja zdraven sta tud intel Kambrige univers in microsoft pa še cool screen saver dobite zdraven (:
lp
Zgodovina sprememb…
- spremenil: Tody ()
para-site ::
Mene zanima tudi naslednje. Če se recimo preko takšnega projekta uspe pridobiti formulo za neko magično zdravilo, kdo ima pravico do patenta ali recimo trženja zdravila. Ali tisti, ki so za projektom ali je to "javno dobro". Kako je to zakonsko urejeno?
Ampak to ni bistvo, temveč je važno sodelovanje, ker če skupaj nekaj dosežemo, tudi če me potem nekdo mastno odere za stvar, ki jo je lahko prav moj računalnik dognal, je še vedno nedvomno boljše kot da sploh nimam možnosti ozdravit. Sploh pa so patenti takšne narave, da po določenem obdobju, od 2-20 let se mi zdi(odvisno od patentirane stvari), zgubijo svojo veljavo, ker bi sicer zavirali splošni napredek človeštva, kar je edino pravilno. Torej, če nam uspe preživet dobo patenta, smo rešeni.
Aja, še prej je treba zdravilo pogruntat, hehe.
Ampak to ni bistvo, temveč je važno sodelovanje, ker če skupaj nekaj dosežemo, tudi če me potem nekdo mastno odere za stvar, ki jo je lahko prav moj računalnik dognal, je še vedno nedvomno boljše kot da sploh nimam možnosti ozdravit. Sploh pa so patenti takšne narave, da po določenem obdobju, od 2-20 let se mi zdi(odvisno od patentirane stvari), zgubijo svojo veljavo, ker bi sicer zavirali splošni napredek človeštva, kar je edino pravilno. Torej, če nam uspe preživet dobo patenta, smo rešeni.
Aja, še prej je treba zdravilo pogruntat, hehe.
Thomas ::
para-site
Po moje doniraš - in to je to.
Kako bodo pa draga potem taka zdravila, je pa drugo. Po mojem, da niti ne. Konkurenca bo tudi tu naredila svoje.
Zdej bi morali najprej pognati mašinerijo v tek! Kar se že dogaja ...
Po moje doniraš - in to je to.
Kako bodo pa draga potem taka zdravila, je pa drugo. Po mojem, da niti ne. Konkurenca bo tudi tu naredila svoje.
Zdej bi morali najprej pognati mašinerijo v tek! Kar se že dogaja ...
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
para-site ::
Ne vem, če ima tukaj konkurenca dosti veze. Farmacevtska industrija je en sam patent in vse se vrti okrog tega.
Sicer pa, mašine laufajo in iščejo pravo kombinacijo, da ne bomo filozofirali v prazno.
Sicer pa, mašine laufajo in iščejo pravo kombinacijo, da ne bomo filozofirali v prazno.
Thomas ::
Ja. Patent. Potem pa pri sosedu razmišljajo, kako bi vzeli od milijardne pogače še oni en kos.
Pa poskusijo narest nekaj komplementarnega. Slejkoprej nekomu uspe - in "peklenski krog" se ponovi.
Pa poskusijo narest nekaj komplementarnega. Slejkoprej nekomu uspe - in "peklenski krog" se ponovi.
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
NoUse4AName ::
tako kot vedno, cel kup smiselnih in manj smiselnih postov ampak se nic ne bo spremenilo in bo slo-tech se dalje vstrajal pri nesmiselnem projektu.
jeb ::
Ne vem, zakaj rabis nek "team na slo techu", da tole poganjas. Pac instaliras in gotovo. Briga te, ce eni se vedno laufajo SETI.
Jest sem zamenjal SETI z UD Cancer research takoj, ko sem izvedel zanj. Zdej ga sicer ze nekaj casa nimam gor, zdej, ko pa vidim tole, bom instaliral, pa konc debate.
Jest sem zamenjal SETI z UD Cancer research takoj, ko sem izvedel zanj. Zdej ga sicer ze nekaj casa nimam gor, zdej, ko pa vidim tole, bom instaliral, pa konc debate.
Tarzan ::
Seti 2, alias BOINC ali AstroPulse, v kar se bo reinkarniral Seti@home, ne bo več iskal samoi vesoljcev, ampak bo delal vse vrste paketov, od odkrivanja raka, molekul itn.
Distibuted computing se razvija... Čez nekaj let se bo dalo svoje proste procesorske cikle lepo prodat kakšni firmi al pa holivudskemu studiju.
Distibuted computing se razvija... Čez nekaj let se bo dalo svoje proste procesorske cikle lepo prodat kakšni firmi al pa holivudskemu studiju.
R0K ::
Distibuted computing se razvija... Čez nekaj let se bo dalo svoje proste procesorske cikle lepo prodat kakšni firmi al pa holivudskemu studiju.
Mislim, da to nekateri 'projekti' že izkoriščajo...seveda pa uporabniki veselo poganjajo njihove programe, misleč kak bodo prej našli določeno zdravilo alpa kaj druga.
Mislim, da to nekateri 'projekti' že izkoriščajo...seveda pa uporabniki veselo poganjajo njihove programe, misleč kak bodo prej našli določeno zdravilo alpa kaj druga.
Tomi ::
Vidim, da nekaterim še vedno jasno, kaj je s protitumornimi učinkovinami, in posledično še vedno nasedajo filmom tipa Džungla ali nekaj podobnega.
Zdravila za raka, kot si ga predstavljate tukaj, seveda NI. Gre zgolj za preračunavanje molekul, ki bi lahko imele kakšen fiziološki učinek. In bi mogoče delovale supresivno ali citocidno na določeno obliko raka.
Po drugi strani me pa čudi, kaj sploh vsi UD projekti delajo, če niti ne vedo, kakšni so receptorji. Ker gre seveda za izračun konformacijskih energij, s čim je potem primerjava?
Molekulsko načrtovanje je zgolj orodje za ugotavljanje ugodnih struktur za določeno vezavno mesto.
Sicer pa, tudi če bi našli "zdravilo za raka", bi samo pospešili diferenciacijo tumorskih celic, ki bi postale resistentne na sedanje učinkovine.
Pa še mogoče beseda okoli foldinga. Povprečen protein reda 100 AK porabi 5*10^34 s ali okoli r.v 10^27 let, da gre skozi vse faze konformacij. Levinthalov paradoks pa pove, da se to v celici zgodi v par sekundah. Narava je še way ahead of us.
Saj ne rečem, da ima Seti kakšen pomen, samo se tega zavedam, in mi je vseeno. Nekateri ste pa pe vedno prepričani, da boste kaj dosegli, in da ste kaj drugačni od Seti odvisnežev. Naj dajo raje NMR spektre za računanati.
Zdravila za raka, kot si ga predstavljate tukaj, seveda NI. Gre zgolj za preračunavanje molekul, ki bi lahko imele kakšen fiziološki učinek. In bi mogoče delovale supresivno ali citocidno na določeno obliko raka.
Po drugi strani me pa čudi, kaj sploh vsi UD projekti delajo, če niti ne vedo, kakšni so receptorji. Ker gre seveda za izračun konformacijskih energij, s čim je potem primerjava?
Molekulsko načrtovanje je zgolj orodje za ugotavljanje ugodnih struktur za določeno vezavno mesto.
Sicer pa, tudi če bi našli "zdravilo za raka", bi samo pospešili diferenciacijo tumorskih celic, ki bi postale resistentne na sedanje učinkovine.
Pa še mogoče beseda okoli foldinga. Povprečen protein reda 100 AK porabi 5*10^34 s ali okoli r.v 10^27 let, da gre skozi vse faze konformacij. Levinthalov paradoks pa pove, da se to v celici zgodi v par sekundah. Narava je še way ahead of us.
Saj ne rečem, da ima Seti kakšen pomen, samo se tega zavedam, in mi je vseeno. Nekateri ste pa pe vedno prepričani, da boste kaj dosegli, in da ste kaj drugačni od Seti odvisnežev. Naj dajo raje NMR spektre za računanati.
metrodusa.blogspot.com
Zgodovina sprememb…
- spremenil: Tomi ()
Tomi ::
I can hardly wait so see that, Thomas.
Upam, da imaš res dobre argumente, ker sedaj se počasi spuščaš na moje področje. Samo tako ad informandum.
Upam, da imaš res dobre argumente, ker sedaj se počasi spuščaš na moje področje. Samo tako ad informandum.
metrodusa.blogspot.com
Tarzan ::
Kolkr se jazst spoznam Biokemija in Biologija nista Thomasova močna stran. Ampak človek je načitan in se lahko marsičesa priuči. Ni res?
NoUse4AName ::
Pa še mogoče beseda okoli foldinga. Povprečen protein reda 100 AK porabi 5*10^34 s ali okoli r.v 10^27 let, da gre skozi vse faze konformacij. Levinthalov paradoks pa pove, da se to v celici zgodi v par sekundah. Narava je še way ahead of us
ja no, namen folding@home je ravno to da poskusajo preuciti kako se proteini foldajo cisto nic drugega. In ce lahko razumejo kako to poteka po tem bojo tudi lahko razumeli zakaj pride vcasih do napak, katerih rezultat je rak, BSE in se nekaj drugih.
Torej ne govori da je folding tako nekoristen kot SETI, ce bi to bil potem se ga nebi nikoli lotila univerza stanford.
jeb ::
Tomi, jasno, velika vecina nas nima pojma o zdravilu za raka in receptorjih in molekulah...
In jest nimam nic proti SETIju. Predvsem je pa pomemben njegov princip.
Pravim samo, da se mi kot laiku zdi bolj pametno tiste svoje proste procesorske cikle nameniti medicinskim raziskavam kot pa iskanju malih zelenih. Pa tudi ne vidim razloga, zakaj bi moral za to cakat, da se ustvari nek "team". Instaliram, laufam, gotovo. V cem je finta teama? Pri SETIju nisem bil v nobenem teamu, pa sem prav tako lepo obdeloval paketke.
Kdo bo dobil patent za kaksno morebitno zdravilo, me prav malo briga. Drugace bi bilo, ce bi jaz v to vlozil svoje delo, znanje ali sredstva. Tako pa vlozim le nekaj visjo temperaturo svojga proca. Na dolgi rok pa verjetno pridobimo vsi. To je cel point. Vsaj zame.
Proti slabostim nekontroliranega liberalnega kapitalizma pa raje nastopam kako drugace :)
In jest nimam nic proti SETIju. Predvsem je pa pomemben njegov princip.
Pravim samo, da se mi kot laiku zdi bolj pametno tiste svoje proste procesorske cikle nameniti medicinskim raziskavam kot pa iskanju malih zelenih. Pa tudi ne vidim razloga, zakaj bi moral za to cakat, da se ustvari nek "team". Instaliram, laufam, gotovo. V cem je finta teama? Pri SETIju nisem bil v nobenem teamu, pa sem prav tako lepo obdeloval paketke.
Kdo bo dobil patent za kaksno morebitno zdravilo, me prav malo briga. Drugace bi bilo, ce bi jaz v to vlozil svoje delo, znanje ali sredstva. Tako pa vlozim le nekaj visjo temperaturo svojga proca. Na dolgi rok pa verjetno pridobimo vsi. To je cel point. Vsaj zame.
Proti slabostim nekontroliranega liberalnega kapitalizma pa raje nastopam kako drugace :)
Zgodovina sprememb…
- spremenil: jeb ()
Tarzan ::
NoUse4AName, ne seri, Stanford se nebi lotil tega? Kaj pa univerza Berkley? Seti@home ma tud univerza čez.
Pomoje je Stanford bolj kot ne hotel bit pameten in je fliknil ven folding, ker pač distributed computing postaja popularen.
Pridružujem se Tomiju, ki trdi, da je skoraj nemogoče, da bi odkrili kaj koristnega. Čakam pa, da me Thomas razsvetli.
Proteini / beljakovine se obnašajo skrajno nepredvidljivo, potem so tu še koencimi encimi,... zdravilo proti raku bo... ampak pomoje ne po zaslugi foldinga.
Pomoje je Stanford bolj kot ne hotel bit pameten in je fliknil ven folding, ker pač distributed computing postaja popularen.
Pridružujem se Tomiju, ki trdi, da je skoraj nemogoče, da bi odkrili kaj koristnega. Čakam pa, da me Thomas razsvetli.
Proteini / beljakovine se obnašajo skrajno nepredvidljivo, potem so tu še koencimi encimi,... zdravilo proti raku bo... ampak pomoje ne po zaslugi foldinga.
Zgodovina sprememb…
- spremenil: Tarzan ()
NoUse4AName ::
Proteini / beljakovine se obnašajo skrajno nepredvidljivo, potem so tu še koencimi encimi,... zdravilo proti raku bo... ampak pomoje ne po zaslugi foldinga.
folding@home je ze simuliral foldanje proteinov in so bili rezultati simulacije tocno taksni kot v naravi.
Tarzan ::
Ker bi se output Seti@home Slo-tech teama najmanj razpolovil. Poleg tega mislim da se folding ni toliko prijel. Glede na to, da vas je pa res toliko, ki radi Foldate, bi bilo pa smotrno razmišljati v tej smeri. Pomoje bi bilo lepo, da bi imel Slo-tech več načinov "kurjenja" procesorskih ciklov, ne samo Setija.
Distributed.net ima tudi nekaj za računat, RC5-72 kodo se trenutno razbija. Zmagovalec in zmagovalna ekipa pa celo dobi nekaj $$.
Distributed.net ima tudi nekaj za računat, RC5-72 kodo se trenutno razbija. Zmagovalec in zmagovalna ekipa pa celo dobi nekaj $$.
Tarzan ::
Nisem reku da je dober. Samo naštevam. JE pa res, da pri RC5 vsaj bo nekaj odkritega 
, za razliko od Setija ali Foldinga.
, za razliko od Setija ali Foldinga. Tomi ::
Vidim, da bom spet moral vzeti par minut od biokemije (ki se jo trenutno učim), in pojasniti nekaj zadev.
Prvič, sicer tega vam ne morem dopovedati, rak (kot termin) ni bolezen. Je zgolj ime za vse mutagene, torej maligne spremembe celice in tkiva, katerih je vsem skupen gen za nesmrtnost in se preveč razmnožijo (to, da lahko to uporabljamo za izdelavo monoklonskih protiteles, je ena od prednost raziskav kancerogenih obolenj). Ker rakaste celice ima vsak. Samo večina ljudi ima dovolj agentov 007 z licenco za ubijanje brez spraševanja, namreč makrofage, ki jih sproti pospravijo do metabolnih produktov.
Pa še kot zanimivost, karcinom pljuč, ki je bila prva odkrita oblika rakastega tkiva, je dal celice v obliki podkvaste rakovice, od tod tudi ime.
Glede foldinga je pa tako, da daje rezultate, samo ravno to je problem, ker gre zgolj za rezultate. Nas zanima mehanizem. In to, da ne gre za nobeno veliko zadevo, zgolj za iskanje najbolj ugodne energetske konformacije, tudi upam, da veste. Narava to naredi enako. Samo s tem, da si _verjetno_ zapomni fragmente, in takoj najde najugodnejšo konformacijo. Recimo za prikaz si snamite HyperChem in naredite eno enostavno molekulo, da boste videli, kaj dela F@H.
No, da pa ne bom samo kritiziral, je pa vendarle ena prednost F@H projekta. Ko bodo našli nov receptor, in bo F@H dal nekaj novih peptidov, bodo lahko našli peptidomimetik (ki ga je lahko sintetizirati, samo malo DCC ali PCl5 rabite, pa nekaj topil, pa še kakšen t-BOC), namesto, da bodo izračunali nekaj sinteznega.
Prvič, sicer tega vam ne morem dopovedati, rak (kot termin) ni bolezen. Je zgolj ime za vse mutagene, torej maligne spremembe celice in tkiva, katerih je vsem skupen gen za nesmrtnost in se preveč razmnožijo (to, da lahko to uporabljamo za izdelavo monoklonskih protiteles, je ena od prednost raziskav kancerogenih obolenj). Ker rakaste celice ima vsak. Samo večina ljudi ima dovolj agentov 007 z licenco za ubijanje brez spraševanja, namreč makrofage, ki jih sproti pospravijo do metabolnih produktov.
Pa še kot zanimivost, karcinom pljuč, ki je bila prva odkrita oblika rakastega tkiva, je dal celice v obliki podkvaste rakovice, od tod tudi ime.
Glede foldinga je pa tako, da daje rezultate, samo ravno to je problem, ker gre zgolj za rezultate. Nas zanima mehanizem. In to, da ne gre za nobeno veliko zadevo, zgolj za iskanje najbolj ugodne energetske konformacije, tudi upam, da veste. Narava to naredi enako. Samo s tem, da si _verjetno_ zapomni fragmente, in takoj najde najugodnejšo konformacijo. Recimo za prikaz si snamite HyperChem in naredite eno enostavno molekulo, da boste videli, kaj dela F@H.
No, da pa ne bom samo kritiziral, je pa vendarle ena prednost F@H projekta. Ko bodo našli nov receptor, in bo F@H dal nekaj novih peptidov, bodo lahko našli peptidomimetik (ki ga je lahko sintetizirati, samo malo DCC ali PCl5 rabite, pa nekaj topil, pa še kakšen t-BOC), namesto, da bodo izračunali nekaj sinteznega.
metrodusa.blogspot.com
Tody ::
Hm in kaj pol delaj z rezultati jih me
ejo v smeti saj so konec koncev neuporabni. Torej imajo nekateri samo prevec casa in se igrajo ?
TOMOAS WE ARE WAITING !
ejo v smeti saj so konec koncev neuporabni. Torej imajo nekateri samo prevec casa in se igrajo ?
TOMOAS WE ARE WAITING !
Thomas ::
Vsaka (VSAKA) molekula je določena zgolj in samo s silami med atomi. Včasih je silo čutiti še par atomov daleč, včasih je že do vseh nesosednih zanemarljiva.
V molekuli vode je tako čutiti silo med vodikovima in kisikovim atomom, pa tudi med obema vodikoma.
V molekuli sladkorja, pa se najbolj oddaljena vodikova atoma praktično ne čutita več.
To so vse precej toge molekule, pri katerih so atomi precej konstantno oddaljeni. Vendar ni nujno, da je vedno tako. Pri precej večjih molekulah, kot so naprimer proteini, imamo tudi nekakšne "zglobe".
Toda še vedno je vsak atom stalno v polju sil sosednih atomov. Čeprav so sile dokaj komplicirane, imamo le en "lego sistem", ki je končno kompliciran.
Strojček, ki se obnaša izključno tako, kot te sile narekujejo - to je vsaka molekula. S proteinom vred.
Če bi hoteli to obnašanje izračunati, pa ne bi bilo tako enostavno. Še težje kot če bi hoteli izračunati optimalno potezo pri šahu. Ne pa bistveno.
Za urejevanje liste naprimer, bi lahko dali "bubble sort" kriterij, s koliko koraki tega sorta, jo lahko posortamo.
Za bilijon veliko bi po tem kriteriju rabili 1024 korakov. Brezupen primer. Vendar z izboljševanjem algoritma lahko dosežemo vsaj milijardokrat boljši rezultat.
Pri protein foldingu so zadeve podobne. Neoptimalni algoritem bi res rabil eone, da bi kam prišel, vendar izboljšani lahko prinesejo rezultate že dosti prej.
IBM bo s svojim Blue Gene - ciljal ravno na ta segment. Leta 2005.
VSE kar se dogaja znotraj človeškega telesa je zgolj in samo igra EM sil med atomi. Rak tak ali drugačen ima svoj "molekularni ključ", ki sproži njegov decay. Vse je možno in vse je izračunljivo v tej stavbi, imenovani človeško telo.
Ja?
- Thomas
V molekuli vode je tako čutiti silo med vodikovima in kisikovim atomom, pa tudi med obema vodikoma.
V molekuli sladkorja, pa se najbolj oddaljena vodikova atoma praktično ne čutita več.
To so vse precej toge molekule, pri katerih so atomi precej konstantno oddaljeni. Vendar ni nujno, da je vedno tako. Pri precej večjih molekulah, kot so naprimer proteini, imamo tudi nekakšne "zglobe".
Toda še vedno je vsak atom stalno v polju sil sosednih atomov. Čeprav so sile dokaj komplicirane, imamo le en "lego sistem", ki je končno kompliciran.
Strojček, ki se obnaša izključno tako, kot te sile narekujejo - to je vsaka molekula. S proteinom vred.
Če bi hoteli to obnašanje izračunati, pa ne bi bilo tako enostavno. Še težje kot če bi hoteli izračunati optimalno potezo pri šahu. Ne pa bistveno.
Za urejevanje liste naprimer, bi lahko dali "bubble sort" kriterij, s koliko koraki tega sorta, jo lahko posortamo.
Za bilijon veliko bi po tem kriteriju rabili 1024 korakov. Brezupen primer. Vendar z izboljševanjem algoritma lahko dosežemo vsaj milijardokrat boljši rezultat.
Pri protein foldingu so zadeve podobne. Neoptimalni algoritem bi res rabil eone, da bi kam prišel, vendar izboljšani lahko prinesejo rezultate že dosti prej.
IBM bo s svojim Blue Gene - ciljal ravno na ta segment. Leta 2005.
VSE kar se dogaja znotraj človeškega telesa je zgolj in samo igra EM sil med atomi. Rak tak ali drugačen ima svoj "molekularni ključ", ki sproži njegov decay. Vse je možno in vse je izračunljivo v tej stavbi, imenovani človeško telo.
Ja?
- Thomas
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
Tomi ::
Ok, da še ne bo konec biokemije za danes, še tole.
Thomas: vidim, da si se načeloma dobro pripravil na mojo kritiko, samo vseeno je to, kar si napisal, bolj pesek v oči. Samo na malo bolj fin način si parafraziral moje izjave in dodal nekaj olepšav, in po drugi strani povedal to, kar se sam podal v bolj poljudni obliki.
F@H je sedaj še dokaj neuporaben projekt, ker išče produkte. Sicer na en sistematičen način, in ko bi imel dovolj podatkov, bo mogoče uporaben. Ko pa bo prišel v fazo iskanja poti, bom pa verjetno pomislil, kaj je bolje, da moji računalniki delajo.
Sedaj pa je princip iskanja učinkovine kot posledica znanega mesta vezave še vedno edini racionalen. Ne rečem pa, kaj se bo zgodilo čez par let.
Naj bo dovolj za sedaj.
Thomas: vidim, da si se načeloma dobro pripravil na mojo kritiko, samo vseeno je to, kar si napisal, bolj pesek v oči. Samo na malo bolj fin način si parafraziral moje izjave in dodal nekaj olepšav, in po drugi strani povedal to, kar se sam podal v bolj poljudni obliki.
F@H je sedaj še dokaj neuporaben projekt, ker išče produkte. Sicer na en sistematičen način, in ko bi imel dovolj podatkov, bo mogoče uporaben. Ko pa bo prišel v fazo iskanja poti, bom pa verjetno pomislil, kaj je bolje, da moji računalniki delajo.
Sedaj pa je princip iskanja učinkovine kot posledica znanega mesta vezave še vedno edini racionalen. Ne rečem pa, kaj se bo zgodilo čez par let.
Naj bo dovolj za sedaj.
metrodusa.blogspot.com
Thomas ::
Ko imaš enkrat orodja za simulacijo obnašanja proteinov, gre vse ostalo po istem kopitu.
Lahko izračunavaš poljuben proces v telesu in se sprašuješ WHAT IF za bilijone primerov učinkovin. Vrata v raj so odprta.
Kar se pa tiče moči milijona PC računalnikov, je to 10X močnejši računalnik od vsakega ASCI ali podobnega.
Zato je tukaj VELIKA prihodnost - in tudi navijanje ima (še vsaj nekaj časa) svoj velik smisel.
Lahko izračunavaš poljuben proces v telesu in se sprašuješ WHAT IF za bilijone primerov učinkovin. Vrata v raj so odprta.
Kar se pa tiče moči milijona PC računalnikov, je to 10X močnejši računalnik od vsakega ASCI ali podobnega.
Zato je tukaj VELIKA prihodnost - in tudi navijanje ima (še vsaj nekaj časa) svoj velik smisel.
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
Tomi ::
Thomas: ja, samo ta pristop je zgolj brute force, in mogoče se ga da v prihodnosti uporabiti. Sedaj pa je to jalovo početje, če računaš, da je genom človeka sestavljen in 120.000.000.000 baznih parov. Z upoštevanjem degenerativnega koda to deli z 61. Upoštevaj še modifikacije AK, vse povezave in naredi kombinacije od recimo n=10 do recimo 30.000. Imaš veliko dela in preveč procesorske moči bi porabil za to. Zaenkrat.
Jaz še vedno podpiram racionalni pristop do novih učinkovim, ker če ne veš, kaj iščeš in kako bi lahko delovalo, kaj boš pa poskušal? Upoštevaj vse klinične teste in pa kompleksen sistem, kot je človek. Mislimn, da tu brute force še ne more delovati.
Jaz še vedno podpiram racionalni pristop do novih učinkovim, ker če ne veš, kaj iščeš in kako bi lahko delovalo, kaj boš pa poskušal? Upoštevaj vse klinične teste in pa kompleksen sistem, kot je človek. Mislimn, da tu brute force še ne more delovati.
metrodusa.blogspot.com
Thomas ::
Tomi,
No, v tem se razlikujeva. Jest mislim da:
A - že lahko deluje
B - ni to več pure (poor) BF pristop
Kot šahovski program ni več BF*, kakor hitro imaš (weak) rules - don't waste the queen! - tudi folding simulacija ni več BF, če imaš (weak) rules - the OMEGA angle tends to be planar.
In milijone takih.
Potem je (kot pametno) razmišljevanje o zadevi.
See?
-----
* BF = brute force
No, v tem se razlikujeva. Jest mislim da:
A - že lahko deluje
B - ni to več pure (poor) BF pristop
Kot šahovski program ni več BF*, kakor hitro imaš (weak) rules - don't waste the queen! - tudi folding simulacija ni več BF, če imaš (weak) rules - the OMEGA angle tends to be planar.
In milijone takih.
Potem je (kot pametno) razmišljevanje o zadevi.
See?
-----
* BF = brute force
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
para-site ::
Tle so že strokovne debate, v katere se ne razumem.
Vendar, kot se iz debate da razbrat, bi bili mogoče (nekoč v prihodnosti) sedaj izračunani podatki uporabni. To je že dovolj zame, da vprežem moj računalnik in po svojih močeh prispevam k napredku človeštva. Če pa slučajno ni tako, potem pa jasno definirajte, da izračunavamo crap in bomo takoj nehali.
Vendar, kot se iz debate da razbrat, bi bili mogoče (nekoč v prihodnosti) sedaj izračunani podatki uporabni. To je že dovolj zame, da vprežem moj računalnik in po svojih močeh prispevam k napredku človeštva. Če pa slučajno ni tako, potem pa jasno definirajte, da izračunavamo crap in bomo takoj nehali.
Vredno ogleda ...
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
|---|---|---|---|
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
| » | Slotech Folding InstallerOddelek: Programska oprema | 2426 (1758) | rap3r |
| » | folding - WU - teamOddelek: Pomoč in nasveti | 1085 (976) | zooXit |
| » | Malo Folding statistike (strani: 1 2 )Oddelek: Novice / Obvestila | 5673 (5673) | frenk |
| » | Kako v ekipo?Oddelek: Loža | 1646 (1359) | frenk |
| » | Vabilo k projektu Folding@homeOddelek: Novice / Znanost in tehnologija | 2720 (2720) | Phoebus |