» »

Folding@Home Slo-Tech team

Folding@Home Slo-Tech team

««
2 / 86
»»

Tr0n ::

Nekoc bo AI iskala mozna zdravila za razno razne bolezni v real-time, ampak nas takrat ne bo vec :).

Tomi ::

Thomas:

Kakor se mi zdi, si se le nekako omehčal v stališčih. Nice.
Sicer pa, the OMEGA angle tends to be planar. Omega mora biti planarna, ker je to narava peptidne vezi. Variabinost kotov imaš od peptidne verige stran. Pač, daš notri par glicinov, če hočeš večjo gibljivost.

Še vedno mi pa ni jasno, na čem boš testiral. Boš "poskeniral" normalne celice in patološko stanje, potem pa računal razlike v kemiji (torej, energiji)?

Ne rečem, da ne bi šlo, samo mislim, da niti NMR (ali pa recimo ESR) tega ne more narediti dovolj učinkovito.
metrodusa.blogspot.com

Zgodovina sprememb…

  • spremenil: Tomi ()

nevone ::

O ja, bomo bomo. Sej smo še mladi. Ta pesimizem je odveč, pa če tudi je na pol za šalo. Ni konstruktiven.

o+ nevone

Thomas ::

Tomi,

> Kakor se mi zdi, si se le nekako omehčal v stališčih. Nice.

Ne vem če ... v glavnem trmačim naprej.

> Sicer pa, the OMEGA angle tends to be planar. Omega mora biti planarna, ker je to narava peptidne vezi.

Kar pomeni, da algoritem ni več BF. Že samo, če ima vsebovano to informacijo, da je to narava peptidnih vezi, program pri računanju lahko pomeče VEČINO siceršnjih možnosti proč. Namesto 1027 let, jih imamo le še ušivih 1025 let! Naprimer.

> Variabinost kotov imaš od peptidne verige stran.

Only 116 (0.36%) of 32,539 angles in 154 X-ray structures were found to be cis (Stewart et al. 1990).

Pa smo pri slabih 1023 let! Naprimer. Samo še naprej dol gremo.


> Pač, daš notri par glicinov, če hočeš večjo gibljivost.

Ja ... in računaš kako miga struktura potem.


> Še vedno mi pa ni jasno, na čem boš testiral.

Na simuliranih zadevah. Simuliran virus + simulirani proteini. Ma da špila kot pri mostovnih konstrukcijah. Najprej zračunajo, pol šele premetujejo kamne in železobeton. Samo ene bilijonkrat bolj zapleteno je. Pa tudi bilijonkrat bolj pomembno. Ker če si nesmrten, ne rabiš kaj prida mostov. Maš čas hodit okol. Če že.


> Boš "poskeniral" normalne celice in patološko stanje, potem pa računal razlike v kemiji (torej, energiji)?

Tale tvoja druga oseba dvojine ni najboljš za mojo skromnost.

Planirajo naprimer X Ray slike.

> Ne rečem, da ne bi šlo, samo mislim, da niti NMR (ali pa recimo ESR) tega ne more narediti dovolj učinkovito.

X Ray - pa najbrž še kej.

:)
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

Zgodovina sprememb…

  • odbrisal: Tomi ()

Tomi ::

Thomas:

Pa smo pri slabih 1023 let! Naprimer. Samo še naprej dol gremo.

Ja, samo to čedalje bolj potrujeje dejstvo, da vemo, kaj iščemo. V bistvu bomo prišli do tega, da bo nekaj recimo 1.000.000 potencialnih učinkovin na koncu, ali lepo povedano, baza podatkov.

Simuliran virus + simulirani proteini.

Ja, samo to je še vedno biokemije. V realnem času se ne tega računati, kako pa naj bi to šlo v distribucijo, mi pa trenutno tudi ne pade na pamet. Ker gre za sklopljen sistem. Razen, če razbijemo dele, in potem damo še lepljenje nekomu za računati.

Tale tvoja druga oseba dvojine ni najboljš za mojo skromnost.

Pač vstavi kogarkoli in kolikor hočeš ljudi.

X Ray - pa najbrž še kej.

Ja, samo kako veš, da je to to, če večine realnih stvari niti ne moreš kristalizirati?

metrodusa.blogspot.com

Thomas ::

"Narava nam je dala", plus sami smo naredili - morda milijarde učinkovin. Nekatere med njimi res učinkujejo (približno) tako, kot bi mi hoteli.

Toda spisek molekul ki jih potencialno lahko naredimo - je daljši od spiska vseh atomov v Vesolju.

Podobno kot je šahovskih partij več - čeprav ne toliko, kot trdi Jeronimo. Ali pa tudi možnih avtomobilov je več.

S programsko simulacijo moramo torej določiti eno najboljših potencialno možnih molekul iz oceana teh potencialnih. In jo proizvesti.

Delovala bo, kot izračunano.

Da se biokemije ne da računati je vsak dan manj res. 20 let nazaj, niso znali simulirati niti molekule vode. Too complex!

Zato so naredili kar klasično sliko - zanemarili so kvantne efekte - in začuda so dobili celo anomalijo vode - dejstvo da led plava na vodi.

Od takrat sm šli po številu atomov v molekuli že daleč naprej. Napredka pri algoritmih in pri CPU - zapirata škarje nad biomolekulami.

> Ja, samo kako veš, da je to to, če večine realnih stvari niti ne moreš kristalizirati?

Skeniranje samo - je pa tudi vsak dan naprednejše. Ne samo "klasične" metode kot so recimo femto pulzi - ampak celo kvantno gledanje v temi. Ko nekaj "vidiš", čeprav nobena svetloba ali drugo valovanje ne pada gor.

Navsezadnje nam QM omogoča videti (molekulo) do njene "kvantne resolucije", ne da bi jo kakorkoli zmotili pri tem.

Samo to sploh ni krucialni del.

:)






Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

Thomas ::

Tole vse o možnem "gledanju v temi"!

Čeprav - ni se nam treba naslanjat samo na to. Bolj pove, do kam opazovanje lahko gre.

:)
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

Phil ::

Tole je sicer malo off topic, pa da ne bom nove teme odpiral bom kar tukaj vprašal.
Zadnjic (sreda se mi zdi) je bila na DIscovery ena oddaja o iskanju zdravil v morju (od morskih psov do spužev..).
In so baje v morskih psih odkrili "zdravilo" za raka. Zdravilo ne napada rakavih celic ampak preprecuje nastajanje novih žilic, ki bi nosile hrano in kisik do teh celic. In rakave celice posledicno shirajo.
Kaj si vi mislite o tem(Tomi, Thomas in ostali seveda)? Snov je bila odkrita 1997 ce se pravilno spomnim. Na živalih že preizkušena, zakaj je torej še ni v uporabi (stranski ucinki mogoce ali hoax?)?
LP

Thomas ::

Tole definitivno ni off topic.

Zelo lepo gre skupaj s tisto mojo "milijardo učinkovin, ki nam jih je dala narava plus smo jih naredili sami".

Milijone so jih že preizkusili, tudi precej iz rib in morskih psov.

Kolikor vem, morski psi v resnici niso odporni na raka - in je tisto ena velika fama.

Se pa včasih najde kaj. Tudi od šimpanzov so že preplonkali, kakšne rožice nabirajo, ko jih boli želodček.

Ampak tole vse skupaj ni nič. Treba zalaufat mašine, ki nam bodo izračunale idealne molekule za karkoli. Pa če magari res začnejo s preizkušanjem obstoječih.

:)

Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

Maria ::

Tomi

M. Hodošček je po moje bistveno boljši cilj na KI. Bitje je (moje mnenje) kar dober heker za Unix/Linux sisteme in dobra referenca. Heker v pravem smislu besede.

Maria

Tomi ::

Samo na kratko sedaj:
cman: ja, to, kar si ti dal kot primer, se uporalja kot mehanizen zdravljenja rakastih obolenj. Več o tem, kako pa ZU potuje od odkritja do uporabe, pa danes, ko se naspim.
Thomas:

Od takrat sm šli po številu atomov v molekuli že daleč naprej. Napredka pri algoritmih in pri CPU - zapirata škarje nad biomolekulami. Velja lahko to za sedaj in za tekoče distruirane projekte ali pa nas to šele čaka, kot jaz pravim.
Sicer pa res več danes dopoldne.
metrodusa.blogspot.com

Thomas ::

IBM je ugriznil.

Petaflop computer - ali cluster milijon PCov naj bi tukaj začeli z revolucijo nekje po letu 2005.

Ko bo revolucija v nekaj letih v polnem zamahu - bo svet drug.

IMO.

:)

Link.



Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

Tomi ::

cman: nisem čisto prepričan, za katero učinkovino gre, samo mi je pa zelo poznan mehanizem delovanja. Sicer pa se rakasta obolenja lahko zdravijo na več načinov:
  • prekine se sinteza beljakovin v rakasti celici
  • rakaste (in še nekaj ostalih) celic se obseva, kjer se spremeni DNA, zaradi tega se spremeni sinteza proteinov
  • alkirijoči citostatiki delajo enako kot v prejšnji stopnji
  • hormonsko vezave maligne transformacije zdravijo z "nasprotnimi" hormoni
  • uporabimo imunosupresive, ki zmanjšajo obrambno funkcijo, samo tudi delujejo na rakaste tvorbe
  • ....

    Kar pa se tiče registracije zdravil, je pa tako, da od ZU do registrirane zdravila poteče nekaj let, kar vsebuje vse študije (klinične, farmakokinetske, farmakodinamske), eno tono papirja (ekspertne analize in poročila), pa še ogromno birokracije. Tako da niti ni tako nenavadno, da te učinkovine še ni na trgu.

    Thomas: kaže, da se moj rok uporabnost res premika čedalje bližje. Samo to pa po drugi strani samo povzroča, da uporabnost Folding projektom pada. Tako ali tako bodo drugi to prej naredili.

    Maria: nisem ga še srečal, samo ko sem bom malo bolj resno lotil raziskovalne, ga pa vsekakor bom.
  • metrodusa.blogspot.com

    Thomas ::

    Tomi,

    > Tako ali tako bodo drugi to prej naredili.

    Petaflop computer je trenutno še neobstoječ. Nekaj milijonov PCov majo pa že! Kar je ekvivalentno nekaj petaflop supercumputerjem.

    Kako razdeliti enfolding med toliko PCov?

    To ni enostavno - je pa brez ostanka mogoče. Ker oddaljeni atomi so neodvisni, lahko računaš po koščkih in "seštevaš" delne rezultate.

    :)

    p.s. prerokba

    Ti utegneš še sodelovati pri tem!

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Tomi ::

    Thomas:
    Ti utegneš še sodelovati pri tem!

    Verjamem, da se lahko kaj takega res zgodi. Nisem rekel, da ne, samo sedaj se mi še vse skupaj zdi preveč v zraku, da bi se vključil.

    To ni enostavno - je pa brez ostanka mogoče. Ker oddaljeni atomi so neodvisni, lahko računaš po koščkih in "seštevaš" delne rezultate.

    Govoriš o makromolekulah, po vsej verjetnosti. Ti pa niti niso tako nepovezane med sabo tudi na dolgi razdalji. Je pa res, da pa lahko računaš fragmente, in te potem sestavljaš.
    metrodusa.blogspot.com

    Thomas ::

    Tale povezanost molekule je zanimivo in pomembno vprašanje.

    Elektroni se včasih vozijo po celi molekuli sem in tja, ampak a tudi vplivajo na vse skupaj? Bolj kot sprevodnik na vlaku?

    Kakšnega bistvene nepredvidljivosti ni, ker se istovrstne molekule obnašajo dovolj enako.

    Tale link kaže na presenetljivo kontrolo nad molekulami.

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Roadkill ::

    Hm.. ok, lohka se kregate.
    Rajš nej pa en še napiše, kater je najboljši programčič za kontroliranje command-line clienta.

    Jest sem se za tole navdušu pred nekaj časa, a sem obupal, ker nisem našel zgoraj omenjenega programa.
    Edit:Foldmonitor kar dobro opravlja nalogo, a me moti to, da se foldanja ne da skriti, le minimizirati. Kak nasvet, kako skrit zadevo... iščem nekaj podobnega kot SETIDriver... help

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: Roadkill ()

    zile ::

    Tomi ::

    Thomas:

    Elektroni se včasih vozijo po celi molekuli sem in tja, ampak a tudi vplivajo na vse skupaj? Bolj kot sprevodnik na vlaku?

    Kakor je meni znano, sta pomembna za vse elektronske efekte v molekuli samo mezomerni in pa induktivni efekt, pač obe različi le-teh. Tako da, če pogledeš, kaj se dogaja recimo par CH2 skupin naprej, oziroma kako ena amidna vez odtegne elektrone, recimo v peptidu ni veliko dela. Razen seveda pri stranskih skupinah, to pa ja.

    RoadKill:

    Hm.. ok, lohka se kregate.

    Saj se nihče ne krega. Gre samo za izmenjavo mnenj, kakor se meni zdi.
    metrodusa.blogspot.com

    Thomas ::

    Heh, jasno da se ne kregamo.

    Mislim da molekulo se da računsko vseeno precej dobro popisati. In iz tega potem sledi vse.

    Ni bilo še tako velike revolucije kot bo tale.

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Tody ::

    ok po vsej tej znanstveni diskusiji me še vseeno zanima ali delamo kaj produktivnega al bodo to sam podatki ki bodo čakali da bo nekdo iznašel metodo za uporabo le teh. UD ma lep 3D prikaz na kateri molekuli dela in kako je sestavljena tko da vrjetn vejo kaj delajo ! Ali pač Tomi ?

    Roadkill ::

    Dal bi se tut lepo 3D prikazat, kako se pravilno gate zložijo, a ni nujno, da bi to koristilo širnemu človeštvu. :)

    Thomas ::

    Dobro vedo, kaj počnejo. To niso amaterji.

    Kako je zložena molekula, od tega je odvisna njena kemija. Od kemije je odvisna tudi dolžina življenja ...

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    Tomi ::

    Tody:
    meni še tako fancy prikaz molekule ne koristi, ker je to bolj pesek za oči. Kar se meni zdi bolj pomembno, da so izračunane energije, ki dejansko vplivajo na obnašanje molekule.

    Thomas:
    ja, samo zelo dobro bi bilo pogledati, kako bi se dalo popraviti telomere. Potem se lahko nadejamo veliko bolj kvalitetnega življenja kot ga lahko sedaj ponudi medicina.

    Sicer pa, včeraj smo imeli ravno eno predavanje o rakastih obolenjih. Sicer nisem izvedel ničesar preveč novega, zanimiv se mi je zdel podatek, da incidenca raka raste s starostjo kot 6-8 potenca starosti. In na dnevno nastene v nas okoli 1.000.000 rakastih celic, samo jih imunski sistem požre. Ker smo že ravno pri temi.
    metrodusa.blogspot.com

    zile ::

    Ok lahko bi se več folka pridružil Slo-Tech teamu, ane. Pa kakšno "ikono" bi lahko naredili na glavni strani, tako kot jo ima Slo-Tech SETI team. Dejmo mal življenja pokazat. :)

    njok ::

    RoadKILL: jaz uporabljam UDMonitor, ker ima moznost cachanja paketkov, kar pride zelo prav na dial-upu. Ce imas stalno povezavo si fah lahko namestis kot background process.



    Pa vsitisti, ki uporabljate graficnega klienta, hitro - klik, klik.



    Mogoce se bom kmalu pridruzil ekipi. :)


    zile ::

    Kmalu :D . Kaj čakaš, jump on the wagon. 8-)
    Še malo promocijskega materijala :)

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: zile ()

    zile ::

    insert_name, član ekipe Slo-Tech je prebil mejo 1000 točk. Congrats :))

    Thomas ::

    ... u redu tole ... u redu!

    Le še kar tako naprej!

    :)
    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    morphling1 ::

    Jaz ter dva kolega (rap3r ter Boris) veselo foldamo s skupnimi 9.1 GHz AMD moči, kakih 300 MHz pa še pride ko spravim vodno na drugo mašino in navijem ;) Danes smo prebil 5800 točk, zdaj pa hitro na naslednji mejnik 10k. Fold on everybody :D
    http://www2.arnes.si/~mlivak/ Nekaj kar naj bi bila moja domača stran, pa nikoli ne bo :)

    Thomas ::

    Nekej mi pravi, da se celo zavedaš velikega pomena tega kar počneš. (Četudi bi bil zaenkrat samo še trening, če ne bi šlo že zares. Samo mislim, da gre!)

    :)

    Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi

    zile ::

    Za vse tiste, ki si želite zvedeti o tem projektu nekaj več !.
    PS: Pričakujemo da bo ekipa Slo-Tech kmalu uvrščena med prvih 1000 moštev na svetu ! :) Nice.

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: zile ()

    R0K ::

    To bo itak. Sicer nas je še vedno bolj malo, nekaj jih sploh ne folda, ampak bo že. Neki malega tut jest prispevam s svojim giga hertzom. Samo gre bolj počasi :( (okol 40h za en paket).

    Kolk pa vam obdeluje en paket? Sej vem da se med sabo razlikujejo in da so eni večji eni manjši, ampak tko pribljižno?

    njok ::

    Just joined the team. :)


    Masina je postimana, tako da prvi paketek ze prihaja. :D

    zile ::

    Super, njok :D .
    ROK: Hja, moja mašina xp@2300 recimo obdela GROMAC protein (p532_BBA in water), ki je vreden od 7-9 točk v 2h10min. So pa tudi taki, ki jih računa več kot 1 dan. :D

    R0K ::

    Tako potem.

    A lahko mogoče kje nastaviš kako velike pakete ti bi obdelovalo?

    morphling1 ::

    Ne tega ne moreš nastaviti, lahko pa k bližnjici do fah_console.exe dodaš tole: -advmethods -forceasm . S tem ti bo začelo obdelovati tudi gromacs proteine in ne samo tinkerje ki so večji. Rabiš pa novejšo konzolo, ki jo na njihovi strani ni, je pa pri meni: http://www2.arnes.si/~mlivak/FAH3Consol... to skopiraj čez staro (glej velikost datoteke če je manjša).
    Jep Thomas, absolutno.
    http://www2.arnes.si/~mlivak/ Nekaj kar naj bi bila moja domača stran, pa nikoli ne bo :)

    Marjan ::

    No, Sergio, Primož in ostali naprej-furači-STja™ dejte poleg Seti še F@H ikonco.

    Tody ::

    zakaj bi bil folding boljši kot združene naprave ?

    zile ::

    Ne gre se za to kdo je zdej boljši ! Obstaja več projektov. Ekipa Slo-Tech je zaenkrat prisotna pri SETIju in Foldingu.

    njok ::

    Malo sem se dolgocasil...





    :D

    Aja... pa fanj bi bilo ce bi kdo napisal novico.

    Zgodovina sprememb…

    • spremenil: njok ()

    Marjan ::

    Seksi!

    Uf, že vidm, čez 14 dni bomo že vsi na ST tole računal. Cool.
    Gremo prehitet Overclockers Australija >:D

    morphling1 ::

    Oppa, lepo lepo Njok. Jaz mam kratkoročni plan doseči 10k za team v katerem sem zdaj potem pa se začnem foldat za s-t, potencila tu je ogromno če gre samo 10% članov foldat od tega velik folka z več proci, se bomo kar hitro dvignili iz dna.
    http://www2.arnes.si/~mlivak/ Nekaj kar naj bi bila moja domača stran, pa nikoli ne bo :)

    zile ::

    njok: nice! Pošlji Primožu .
    Marjan: Overclokers.au so piece of cake, problem bo pri [H]orde :D

    morphling1 ::

    Ah [H]orde be bile vsaj glede tedenske produkcije tud piece of cake, če bi moral vsak član 24/7 foldat :D
    http://www2.arnes.si/~mlivak/ Nekaj kar naj bi bila moja domača stran, pa nikoli ne bo :)

    Alec999 ::

    njok >> lepa slikca upam, da jo bojo dal gor :)

    lp,
    Alec999

    njok ::

    Jaz bom poskušal pripravit do računanja učilnico (15 računal) celleronov 1100. Bomo videli kaj bo rekel profesor. Se bolje bi bilo ce bi lahko skril procese. :D

    zile ::

    Woohoo upam da ti bo ratal. More power faster we grow :D.

    Bakunin ::

    Ne dajati raznih dnet/seti/folding na racunalnike ne da bi se prej pogovoril o tem z lastnikom, ker lahko imas probleme zaradi tega.

    mmg - folding kot "screensaver" se rad sesuje. Raje uporabite "command line" verzijo brez odvecne grafike.

    Zavo ::

    Tudi jaz sem dosegel prve točke!

    Zdaj lovim Marjana.:D
    ««
    2 / 86
    »»


    Vredno ogleda ...

    TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
    TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
    »

    Slotech Folding Installer

    Oddelek: Programska oprema
    282417 (1749) rap3r
    »

    folding - WU - team

    Oddelek: Pomoč in nasveti
    81082 (973) zooXit
    »

    Malo Folding statistike (strani: 1 2 )

    Oddelek: Novice / Obvestila
    525642 (5642) frenk
    »

    Kako v ekipo?

    Oddelek: Loža
    151641 (1354) frenk
    »

    Vabilo k projektu Folding@home

    Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
    392708 (2708) Phoebus

    Več podobnih tem