Slashdot - Prioni so povzročitelji bolezni, katerih obstoj so prvikrat predpostavili v 60. letih prejšnjega stoletja, izolirali in nedvoumno okarakterizirali pa so jih šele sredi 80. letih. Od bakterij in virusov se razlikujejo v tem, da so po strogi definiciji življenja nežive strukture, saj ne vsebujejo DNK ali RNK in niso nič drugega kot napak zviti proteini. Protein PrP je prisoten v zdravih celicah, kjer je zvit v nativno obliko s 43 odstotki alfa vijačnice in 3 odstotki beta ploskev. Različica PrPSC istega proteina se razlikuje v zvitju, saj sta njegovi sekundarna in terciarna struktura drugačni. Tako zvit protein ne opravlja svoje funkcije, je odporen na proteolizne encime, za nameček pa inducira zvijanje nativnih proteinov PrP v svoji bližini v napačno obliko. Prav ta katalizatorski vpliv je razlog, da prioni povzročajo bolezen norih krav pri govedu, praskavec pri ovcah ter Creutzfeldt–Jakobovo bolezen in kuru pri človeku.
Ker prioni nimajo nukleinskih kislin, so izjemno odporni - ne uniči jih niti podaljšano avtoklaviranje pri 120 °C. So pa znanstveniki do sedaj domnevali, da zaradi odsotnosti dednega materiala prioni ne morejo mutirati in evoluirati. Že več let potekajo raziskave spojin, ki bi prionske proteine deaktivirali in omogočili zdravljenje bolezni, ki jih povzročajo.
Raziskave, ki jih je izvedel Charles Weissmann s sodelavci, kažejo, da tudi prioni mutirajo. Ugotovili so, da podobno kot virusi razvijejo odpornost na antivirusna zdravila, se tudi prioni prilagodijo na zdravila. Izmerili so, da so mutacije prionov relativno hitre, saj se je ta v zgolj milijonu poizkusov uspel prilagoditi na zdravilo (to je nekaj deset generacij). To pomeni slabe novice za zdravljenje prionskih bolezni, saj denaturirane oblike proteina PrP očitno ne bo tako zlahka moč ukrotiti. So pa obetavnejše zgodnejše raziskave Weissmannove skupine, ki je pripravila genetsko spremenjene miši, ki proteina PrP sploh niso imele. Te miši so bile odporne na PrPSC, prav tako pa ni bilo videti, da bi jih manko proteina PrP oviral. Njegova funkcija pri ljudeh še ni razjasnjena. Več o tem.
Z računalniškega vidika pa je to pričakovana novica. Omejitev, da mora za delovanje evolucije nujno obstajati RNK ali DNK, se zdi hudo toga. Navsezadnje so k evoluciji podvržene vse strukture, ki se tako ali drugače podvajajo, pri čemer niso vse kopije stoodstotno enake izvirniku. Računalniška evolucija se je že izkazala za zelo koristno pri izboljševanju algoritmov, o čemer smo debatirali tudi na našem forumu.
Izvornega clanka (zaenkrat se) nisem prebral, vendar, ker se ravno povsod omenja, da ne gre za mutacijo na ravni DNA v genomu za prionski protein ali RNA splicing-u in drugem zorenju transkriptov, predvidevam, da se samo aminokislinsko zaporedje prionskih proteinov ne spreminja. Po kratkem premisleku mi je edina zveneca razlaga ta, da je prionski protein nasel nekoliko spremenjeno 3D strukturo, pri kateri polimerizira. Tako zvit protein bi tako lahko rezistenco prenasal tudi na druge organizme. Mora pa pri tem iti za stabilno obliko. In ravno zato mi je cudno, da so to odkrili sele sedaj. Grem iskat vec informacij ...
Termodinamika pokaze, da je PrPSc, bolezenska izoforma, bistveno bolj stabilna od normalne oblike PrPC.
Bistvena razlika med obema oblika je torej zgolj in samo v tridimenzionalni strukturi. Na ravni aminokislin sta obe obliki enaki, kar je pricakovano, saj je celicni prionski protein povsem obicajen celicni protein z ne povsem jasno definirano funkcijo. Knock-out poskusi, kjer raziskovalci odstranijo oz. utisajo nek dolocen gen, so namrec pokazali, da miske brez tega gena lahko normalno prezivijo, imajo pa nekatere resne tezave z dnevno-nocnimi cikli.
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Ne bi se strinjal. Osebno nekako bolj verjamem hipotezi o RNA-svetu, saj je bolj podkrepljena z (indirektnimi) dokazi: uspesna sinteza RNA molekul pri pogojih, ki naj bi vladali na zgodnji Zemlji.
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Off sicer, pa vendarle: RNA ni samo nosilec oz. prenasalec zapisa, ima tudi kataliticne sposobnosti. Dobro, gre pac za mutacijo v prostorski konformaciji, meni se zdi izvor le-te zanimivejsi; mutacija v saperonih?
Sicer je normalno, da ima človek o neki stvari osebno mnenje, ki pa žal ne spremeni dejstva. S čim točno se pa ne bi strinjal? Da to ni ena od varjant abiogeneze, al da ne podkrepuje hipoteze?
Drugače o prionih in mad cow boleznih se ve že marsikaj. Kar je bila do zdaj neznanka, je bil njihov izvor. Tale Weissmannova študija pa poleg ostalega predlaga tudi od kje izvirajo.
"Is science true?"
You don't get it.
Science is the process of trying to find out what's true.
Raba besede "mutacija" je v tem besedilu napačna. Mutacija je po definiciji dedna sprememba (sprememba DNA). Zato prioni kot taki ne mutirajo, kvečjem njihov gen, ampak potem je to že drug protein, o čemer tu ni govora.
Tale stavk nima smisla: "saj denaturirane oblike proteina PrP očitno ne bo tako zlahka moč ukrotiti" Problem je scrapie oblika, ne pa denaturirana.
Naslednji del je tudi nenavaden: "So pa obetavnejše zgodnejše raziskave Weissmannove skupine, ki je pripravila genetsko spremenjene miši, ki proteina PrP sploh niso imele. Te miši so bile odporne na PrPSC, prav tako pa ni bilo videti, da bi jih manko proteina PrP oviral." Zakaj so obetavne? A bomo delal "knockout" ljudi?
Pietro, tole si zmedeno napisal: "Po kratkem premisleku mi je edina zveneca razlaga ta, da je prionski protein nasel nekoliko spremenjeno 3D strukturo, pri kateri polimerizira." Protein itak najprej polimerizira, šele potem preide v določeno konformacijo.
In zakaj ne, če bo tako bolje? Če imaš nek gen, ki dela več škode kot koristi, se ga pač znebiš. Seveda potem, ko se temeljito prepričaš, da res dela več škode.
Drugače pa je ena bistvena razlika med mutacijo gena in "mutacijo" priona, namreč v številu možnih različic. Pri genih je število možnih mutacij praktično neomejeno, beljakovina pa se lahko zvije le na omejeno število stabilnih in podvajanja možnih načinov. Na pamet bi rekel, da je možnih oblik razmeroma malo.
Poleg tega, kot sem na hitro prebral, sploh ni nujno, da je "mutacija" priona res posledica drugačnega zvijanja (possibly due to differences in the folding, or shape, of the proteins). Očitno je lahko tudi genetska ali epigenetska.
Vsaka naključna sprememba katerekoli forme je mutacija. Če je pa dedna ali ni, je pa to spet delitev na dedne in nededne mutacije.
Mitopoetskega načina razmišljanja se bo treba odvaditi. Bom povedal na primeru astronomije, bo vsakemu lahko jasno.
"Smrt zvezde" ali "rojstvo zvezde" sta že dva mitopoetska pojma. "Zvezda je rojena" takrat, ko začne v notranjosti "medzveznega" oblaka plinov mau bolj intenzivna fuzija. "Umre" pa zvezda takrat, ko ta fuzija pade pod nek arbitrarno določen nivo.
Sej sem že dal velikoprimerov neustreznega poimenovanja in govorjenja. Eden je recimo tisti "so virusi živi"?
Koga briga, to mitičnopesniško vprašanje? Virusi gredo skozi evolucijo, "bili živi" ali ne "bili živi". Če se pa eden "tolaži" s tem, da "virusi pa niso živi", mu to ne da nobene pametne informacije.
Je Pluton planet in zakaj ne? Neumnost, ki se je izlegla ne vem kje in ki jo vsak precej lahko vidi. So samo manjše in večje gruče atomov, sledeče svojim potem, prosto po Newtonu in še po drugih, če je treba.
Je osel "druga vrsta" kot konj? Če je, potem se izvoli čuditi (redkim) potomcem mul!
In potem v sosednjih osončjih iščemo planete, ko se bo izboljšala tehnologija, pa še plutonoide. In se zmenimo za vsako skalo posebej, če je planet ali ne.
Mogoče bi speljali, z zelo veliko nepotrebnega truda. Spakovanja.
Seveda. O stvareh, ki jih ne poznajo, najbolje filozofirajo tisti, ki nimajo niti osnovnih pojmov razčiščenih, ker so slepi za omejitve, ki jih je stroka dognala. ;)
"Stroka" je scrklana beseda ki pomeni "naše uradništvo s področja".
"Predalčkanje" pa ima smisel, če se dela premišljeno in metodično, ne pa ad hoc, kot se nekomu zasvita. "Pluton ni planet" ali "virusi pa niso živi" - sta samo dva primera neumnega predalčkanja.
Sicer pa, on topic - evolucija prime na vse molekule in ni NOBENEGA razloga, da ne bi tudi na prione.
Lahko prepustimo biologom da se zmenijo kaj je živo in kaj ni, in astronom kaj je planet in kaj ne, ali pa da enoglasno priznamo Tomu da enostavno ve več in je boljši in če on kaj reče, drugače enostavno ne more bit, to pa zato ker pozna filozofe.
Šalo na stran. "Problem" se mi zdi podoben tistemu: Prodajalki rečeš naj ti da 10 dag salame. Naj se postaviš na glavo 10 dag salame ne boš dobil, vsaj na n-ti decimalki ne bo nula (npr. 10,000000000000000623). Jaz vzamem "10 dag" salame jo dam v žemljo in pojem, filozofi in tisti, ki jih poznajo pa naletijo na problem. Poznaš boljšo rešitev?
Assumption is the mother of all fuckups!
"Under Siege 2:Dark Territory"
> Sicer pa, on topic - evolucija prime na vse molekule in ni NOBENEGA razloga, da ne bi tudi na prione.
To si pa (tudi po Wittgesteinu) tako mimo usekal, da kar glava boli.
Kemijski zakoni so kemijski zakoni. Meni ni znano, da bi lahko ti evoluirali. H2O je pri nekem tlaku in temperaturi H2O včeraj, danes in jutri. In izgleda, da je H2O v bistvu H2O na Zemlji, H2O Jupitru ali pa H2O v Andromedi.
Pa ne mešat mutacije in evolucije. Mutacija je potreben pogoj za evolucijo. Vendar sama mutacija še ni evolucija. Če se obdržijo prav vse mutacije, še vedno ne moremo govorit o evoluciji. Rabimo še dve stvari: sistem razmnoževanja in prenosa informacij na potomce ter nekaj kar nam določene mutacije uniči.
Se pa strinjam, da je v mnogih primerih pretiravano.
To pač ni pretiravanje. Poznati hočemo vse gene, ker jih je, ker je to koristno tako za medicino kot tehnologijo.
evolucija prime na vse molekule in ni NOBENEGA razloga, da ne bi tudi na prione.
Zato pa je pomembno, da definiramo, kaj kakšna beseda pomeni, da ne klatiš takih bedarij. Za evolucijo, ki je odvisna od zakonov termodinamike, to velja, za darvinistično evolucijo, ki deluje čisto drugače, pa niti slučajno.
Thomas, očitno nisi dojel kaj je moj point. Mutacija ima v biologiji eno samo definicijo. Kar nas tale članek poskuša prepričati je paradoks: prioni mutirajo (spreminjajo svoje DNA/AK zaporedje) brez da bi mutirali (spremenili svoje DNA/AK zaporedje). V originalnem članku je beseda mutacija uporabljena v narekovajih, kar pomeni da to ni dejanska mutacija, ampak nekaj (čisto drugega), kar pa ima slučajno podobne posledice.
Skratka fora ni v temu, da mi gre v nos napačno etiketiranje, pač pa da zaradi ene take malenkosti celotno sporočilo popolnoma spremeni.
Laik bo to prebral in mislil da so prioni zdaj neka mistična kvazibitja, še nižjega nivoja kot virusi. Pa niso. Samo enostavno se lahko zvijejo v več prostorskih oblik in človek bi predvideval, da je škodljiva morda več kot ena od teh oblik. In kot jaz razumem ta članek govori samo o temu, da so to opcijo uspeli dokazati.
