Forum » Znanost in tehnologija » Virus uploadan
Virus uploadan
gzibret ::
100 dni supercomputinga za 50 nanosekund simulacije 
Še veliko časa bo preteklo, da bomo lahko vprašali, "kdo" bo uploadan.
Še veliko časa bo preteklo, da bomo lahko vprašali, "kdo" bo uploadan.
Vse je za neki dobr!
Odin ::
Hm, Blue Gene bi lahko naredil to enih 30krat hitreje. Ali Blue Gene/P, ki bo prisel zdaj enkrat ven, enih 100krat hitreje.
>Še veliko časa bo preteklo, da bomo lahko vprašali, "kdo" bo uploadan
Klik
>Še veliko časa bo preteklo, da bomo lahko vprašali, "kdo" bo uploadan
Klik
_marko ::
gzibret:
Pa saj veš, da je rast komputinga eksponentna fukncija.
Pa saj veš, da je rast komputinga eksponentna fukncija.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
Daedalus ::
Heh, enim se tud ENIAC ni zdel nič kaj posebnega...pa poglej, do kod smo prišli. Pa še če upoštevaš eksponentno rast računske moči, bojo kmal podobne rezultate dosegali domači računalniki. Pol jih pa sam dovolj zdrotaj skup...in se čudi.
Naslednje bi pa IMO blo življenje enega takega viruska znotraj računala. Pol pa vedno bolj kompleksne strukture, evolucija style.
Sicer nisem matematik (pravzaprav sem precej bos okoli matematike), se mi pa zdi tista S krivulja precej zanimiva reč...ki po mojem skromnem razumevanju velja takrat, kadar povečuješ eno spremenljivko, ostale pa ostanejo take, kot so (primer z bakterijami to lepo opisuje - ista posoda, več bakterij). Me spominja na eno krivuljo iz ekonomije - na krivuljo mejnega proizvoda.
Enivej, zakaj to omenjam - samo povečevanje tranzistorjev na nekem kosu silicija seveda ne more zagotoviti stalne rasti računske moči. Zato se pa spreminja arhitektura procesorja, vodil, komunikacijski protokoli, ipd... ker bi drugače že zdavnaj dosegli "maksimum" (če bi se slepo držali samo ene arhitekture). Pomoje tisti skeptik nima čisto prav (vsaj ne za področje računalništva) - ker zanemarja razvoj tudi ostalih spremenljivk, vključenih v enačbo. Razvija se celotna veja, ne samo en del. Zanemarja evolucijski vidik razvoja računal. Če pa vseeno velja, smo pa IMO še zelo daleč od točke "preloma" - ko se bo rast upočasnila.
Je pa to takole, zelo "nepoučeno" razmišljanje na to temo. Tak da, popravite, kritizirajte...
Naslednje bi pa IMO blo življenje enega takega viruska znotraj računala. Pol pa vedno bolj kompleksne strukture, evolucija style.
Sicer nisem matematik (pravzaprav sem precej bos okoli matematike), se mi pa zdi tista S krivulja precej zanimiva reč...ki po mojem skromnem razumevanju velja takrat, kadar povečuješ eno spremenljivko, ostale pa ostanejo take, kot so (primer z bakterijami to lepo opisuje - ista posoda, več bakterij). Me spominja na eno krivuljo iz ekonomije - na krivuljo mejnega proizvoda.
Enivej, zakaj to omenjam - samo povečevanje tranzistorjev na nekem kosu silicija seveda ne more zagotoviti stalne rasti računske moči. Zato se pa spreminja arhitektura procesorja, vodil, komunikacijski protokoli, ipd... ker bi drugače že zdavnaj dosegli "maksimum" (če bi se slepo držali samo ene arhitekture). Pomoje tisti skeptik nima čisto prav (vsaj ne za področje računalništva) - ker zanemarja razvoj tudi ostalih spremenljivk, vključenih v enačbo. Razvija se celotna veja, ne samo en del. Zanemarja evolucijski vidik razvoja računal. Če pa vseeno velja, smo pa IMO še zelo daleč od točke "preloma" - ko se bo rast upočasnila.
Je pa to takole, zelo "nepoučeno" razmišljanje na to temo. Tak da, popravite, kritizirajte...
Man is condemned to be free; because once thrown into the world,
he is responsible for everything he does.
[J.P.Sartre]
he is responsible for everything he does.
[J.P.Sartre]
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: Daedalus ()
_marko ::
gzibret:
Nisem prebral tvojih dveh linkov, ker se mi mudi v mesto.
Ampak, glede na to, da predpostavljaš, da so bo rast komputinga tekla po S krivulji oz, da se bo ustalila, bi te prosil, da še to trditev argumentiraš.Ker brez argumentacije ta krivulja ne pomeni nič.
Kje je tisti zid mimo katerega ne moremo?
Če se catch srkiva v linkih, pa ga nisem prebral se ti pa opravičujem.
Drugače pa eksponentna rast je prepočasna. Realno bo teklo še hitreje.
In že teče. Samoizboljševalni programi in/oz AI ti to krivuljo pohitritrata kar precej.
Nisem prebral tvojih dveh linkov, ker se mi mudi v mesto.
Ampak, glede na to, da predpostavljaš, da so bo rast komputinga tekla po S krivulji oz, da se bo ustalila, bi te prosil, da še to trditev argumentiraš.Ker brez argumentacije ta krivulja ne pomeni nič.
Kje je tisti zid mimo katerega ne moremo?
Če se catch srkiva v linkih, pa ga nisem prebral se ti pa opravičujem.
Drugače pa eksponentna rast je prepočasna. Realno bo teklo še hitreje.
In že teče. Samoizboljševalni programi in/oz AI ti to krivuljo pohitritrata kar precej.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
Odin ::
> klik, klak
In kdaj pricakujes, da bo ta s-krivulja zacela padati? Ko bodo uploadane misi? Prej? Kasneje?
In kdaj pricakujes, da bo ta s-krivulja zacela padati? Ko bodo uploadane misi? Prej? Kasneje?
gzibret ::
Stalna eksponentna rast (oz. dvojno eksponentna rast, kot trdijo nekateri) je nemogoča v omejenem univerzumu. Le vprašanje časa je, kdaj bo "navidezna" eksponentna rast prišla do prevojne točke in se bo začela ustavljati.
Koliko smo od prevojne točke oddaljeni? Bog ve. Morda bomo res lahko leta 2040 uploadali vso človeštvo. Ampak to je špekulacija, ista, kot je špekulacija, da se bo eksponentna rast nadaljevala v neskončnost.
Da pa je eksponentna rast nemogoča neomejeno časa, to pa NI špekulacija.
Koliko smo od prevojne točke oddaljeni? Bog ve. Morda bomo res lahko leta 2040 uploadali vso človeštvo. Ampak to je špekulacija, ista, kot je špekulacija, da se bo eksponentna rast nadaljevala v neskončnost.
Da pa je eksponentna rast nemogoča neomejeno časa, to pa NI špekulacija.
Vse je za neki dobr!
gzibret ::
Je pa štos tele logistične rasti, da na začetku res izgleda enako, kot eksponentna.
Vse je za neki dobr!
Odin ::
>Stalna eksponentna rast (oz. dvojno eksponentna rast, kot trdijo nekateri) je nemogoča v omejenem univerzumu
To imas seveda prav. Slej ko prej se bo upocasnilo, ampak izgleda, da se trenutno nic ne upocasnjuje. Tako da spekulacija, da bomo kmalu rekli "buckle your seatbelt, Dorothy, cause Kansas is going bye-bye." ima neko podlago.
Ce bi pa res se veliko casa preteklo, potem pa tudi ti ne bi imel prav s s-krivuljo, ker to bi bil potem kr velik padec glede na preteklost.
To imas seveda prav. Slej ko prej se bo upocasnilo, ampak izgleda, da se trenutno nic ne upocasnjuje. Tako da spekulacija, da bomo kmalu rekli "buckle your seatbelt, Dorothy, cause Kansas is going bye-bye." ima neko podlago.
Ce bi pa res se veliko casa preteklo, potem pa tudi ti ne bi imel prav s s-krivuljo, ker to bi bil potem kr velik padec glede na preteklost.
Odin ::
Moras pa priznat, da je neglede na vse te krivulje, simulacija zivljenja (pa ceprav samo trenutek) virusa, kr impresiven dosezek, ki ti da misliti kje so meje.
gzibret ::
> Ce bi pa res se veliko casa preteklo, potem pa tudi ti ne bi imel prav s s-krivuljo, ker to bi bil potem kr velik padec glede na preteklost.
Ne razumem popolnoma. Zakaj bi bil padec glede na preteklost?
Še ena fora logistične rasti - rast izgleda eksponentna vse do prevojne točke. Torej, če je danes rast eksponentna nikjer ne piše, da prevojna točka ne more biti jutri.
Drugače pa sem se še malo poigral s številkami:
t1/2=18 mesecev (če se ne motim, se vsakih 18 mesecev računska moč podvoji)
N=N0*e^lt; l=lambda=ln2 / t1/2 = 0.693 / 18 mesecev = 0.0385
Da simuliramo 100 let tega virusa (recimo, da je človeška doba 100 let) v 100 dneh simulacije, potem moramo imeti 6.31 x 10^16 krat hitrejši računalnik.
Rešimo enačbo za t (v mesecih):
t=ln(N/N0) / l = ln (6.31 * 10^16) / 0.0385 = nekaj več, kot 1000 mesecev = 80 let
Sedaj moramo še izračunati, kolikokrat hitrejši računalnik rabimo, da simuliramo namesto virusa človeka. In ta čas prištejemo 80. letom.
> Moras pa priznat, da je neglede na vse te krivulje, simulacija zivljenja (pa ceprav samo trenutek) virusa, kr impresiven dosezek, ki ti da misliti kje so meje.
To pa. Simulirali so obnašanje vsakega atoma v virusu. To je kar dosežek, se strinjam ja, dosežek ne samo iz delovanja računalnika, ampak tudi iz postavitve modela in simulacije.
Ne razumem popolnoma. Zakaj bi bil padec glede na preteklost?
Še ena fora logistične rasti - rast izgleda eksponentna vse do prevojne točke. Torej, če je danes rast eksponentna nikjer ne piše, da prevojna točka ne more biti jutri.
Drugače pa sem se še malo poigral s številkami:
t1/2=18 mesecev (če se ne motim, se vsakih 18 mesecev računska moč podvoji)
N=N0*e^lt; l=lambda=ln2 / t1/2 = 0.693 / 18 mesecev = 0.0385
Da simuliramo 100 let tega virusa (recimo, da je človeška doba 100 let) v 100 dneh simulacije, potem moramo imeti 6.31 x 10^16 krat hitrejši računalnik.
Rešimo enačbo za t (v mesecih):
t=ln(N/N0) / l = ln (6.31 * 10^16) / 0.0385 = nekaj več, kot 1000 mesecev = 80 let
Sedaj moramo še izračunati, kolikokrat hitrejši računalnik rabimo, da simuliramo namesto virusa človeka. In ta čas prištejemo 80. letom.
> Moras pa priznat, da je neglede na vse te krivulje, simulacija zivljenja (pa ceprav samo trenutek) virusa, kr impresiven dosezek, ki ti da misliti kje so meje.
To pa. Simulirali so obnašanje vsakega atoma v virusu. To je kar dosežek, se strinjam ja, dosežek ne samo iz delovanja računalnika, ampak tudi iz postavitve modela in simulacije.
Vse je za neki dobr!
Thomas ::
Samo ena drobna pripomba.
Self improving program je najbrž (na začetku) preprostejši od virusa.
Self improving program je najbrž (na začetku) preprostejši od virusa.
Man muss immer generalisieren - Carl Jacobi
gzibret ::
To še ostane, ja. Da bo AI delala raziskave in se samoizpopolnjevala namesto ljudi. Samo tudi za to bo rabila resourse (energijo + substrat).
Vse je za neki dobr!
keber ::
Torej za eno sekundo simuliranja tega virusa bi rabili 5,5 milijona let supercomputinga.
Pri današnji tehnologiji sem pričakoval "nekoliko" boljše rezultate.
Za uploadane entitete, kakšna "natančnost" bi bila potrebna pri simuliranju? Verjetno ne ravno na nivoju posameznega atoma?
Pravzaprav, kolikšna količina atomov pa je bila simulirana? Kolio atomov ima (približno) tobačni virus? Če tiste kuglice na sliki predstavljajo posamezne atome, potem ta kocka nikakor ni večja od 500x500x500 atomov ali okoli 100 milijonov.
Pri današnji tehnologiji sem pričakoval "nekoliko" boljše rezultate.
Za uploadane entitete, kakšna "natančnost" bi bila potrebna pri simuliranju? Verjetno ne ravno na nivoju posameznega atoma?
Pravzaprav, kolikšna količina atomov pa je bila simulirana? Kolio atomov ima (približno) tobačni virus? Če tiste kuglice na sliki predstavljajo posamezne atome, potem ta kocka nikakor ni večja od 500x500x500 atomov ali okoli 100 milijonov.
Zgodovina sprememb…
- spremenil: keber ()
_marko ::
gzibret:
Ti argumentiraš to, da se bo rast ustavila z naravo eksponentne funkcije. Eks. funkcija je le opis realne rasti.
Raje navedi prave razloge, ki so možni zato.
Npr. tehnološke prepreke?!
Ta graf, ki ga je na začetku nalepil Odin ne vključuje npr AIja ali kaj podobnega.
Ti argumentiraš to, da se bo rast ustavila z naravo eksponentne funkcije. Eks. funkcija je le opis realne rasti.
Raje navedi prave razloge, ki so možni zato.
Npr. tehnološke prepreke?!
Ta graf, ki ga je na začetku nalepil Odin ne vključuje npr AIja ali kaj podobnega.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gzibret ::
_marko
Eksponentna rast se bo ustavila zaradi omejenosti virov (materialnih, energetskih, prostorskih). Kdaj, to ne vem, ampak ustavila se bo.
Eksponentna rast se bo ustavila zaradi omejenosti virov (materialnih, energetskih, prostorskih). Kdaj, to ne vem, ampak ustavila se bo.
Vse je za neki dobr!
_marko ::
Ok. Mislim, da sem te jaz narobe razumel.
Sem namreč sklepal, da misliš, da se bo ta rast ustavila zdaj v kratkem in da bo še ogromno več časa preteklo, kot omenjenih 15 let do Moravčeve
meje.
Tudi, če se rast ustavi(v daljni prihodnosti) to zaenkrat nima veze z uploadom.
Sem namreč sklepal, da misliš, da se bo ta rast ustavila zdaj v kratkem in da bo še ogromno več časa preteklo, kot omenjenih 15 let do Moravčeve
meje.
Tudi, če se rast ustavi(v daljni prihodnosti) to zaenkrat nima veze z uploadom.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
nicnevem ::
Približno točko na logistični krivulji v kateri smo trenutno bi se dalo morda na nek način ocenit. Če privzamemo, da lahko splošen razvoj tehnologije merimo z rastjo inteligence, torej (poenostavljeno) računsko močjo, ki nam je na voljo in če pogledamo kako zelo smo še oddaljeni od teoretičnih omejitev računanja...mislim da je precej smiselna ugotovitev, da se strmina krivulje še ne umirja.
Precej špekulativno bi bilo pa razmišljanje, da smo trenutno še zelo na nizki stopnji inteligence in zato ne vidimo potencialnih poti za povečevanje računske moči daleč preko danes znanih teoretičnih mej. Neskončnost bi tukaj sicer praktično izključil, ampak nadaljevanje eksponentne rasti v daljno prihodnost pa ne čisto. Svetlobna hitrost morda (!) ni ovira. Bomo videli, no. :)
Sicer pa super novica!
@Thomas
> Self improving program je najbrž (na začetku) preprostejši od virusa.
Samo zanima me če imaš morda kak argument za to.
Sej..imam tudi sam nekako tak občutek. Recimo...relativno preprost program, ki bi z evolucijskimi algoritmi (ali kakim podobnim pristopom) optimiziral sebe na hitrost + še kako sposobnost optimizacije širše množice problemov itd., bi morda lahko zrastel v superinteligenco. Samo problem je tukaj videti na kakšen način poskrbeti, da samo-optimizacija ne konvergira h kakemu trivialnemu programu, ki bil zmožen naprimer super razviti in pohitriti določeno ozko področje algoritmov, za kaj splošnejšega bi bil pa neuporaben. Hm...
Precej špekulativno bi bilo pa razmišljanje, da smo trenutno še zelo na nizki stopnji inteligence in zato ne vidimo potencialnih poti za povečevanje računske moči daleč preko danes znanih teoretičnih mej. Neskončnost bi tukaj sicer praktično izključil, ampak nadaljevanje eksponentne rasti v daljno prihodnost pa ne čisto. Svetlobna hitrost morda (!) ni ovira. Bomo videli, no. :)
Sicer pa super novica!
@Thomas
> Self improving program je najbrž (na začetku) preprostejši od virusa.
Samo zanima me če imaš morda kak argument za to.
Sej..imam tudi sam nekako tak občutek. Recimo...relativno preprost program, ki bi z evolucijskimi algoritmi (ali kakim podobnim pristopom) optimiziral sebe na hitrost + še kako sposobnost optimizacije širše množice problemov itd., bi morda lahko zrastel v superinteligenco. Samo problem je tukaj videti na kakšen način poskrbeti, da samo-optimizacija ne konvergira h kakemu trivialnemu programu, ki bil zmožen naprimer super razviti in pohitriti določeno ozko področje algoritmov, za kaj splošnejšega bi bil pa neuporaben. Hm...
Thomas ::
Da bi SI (Samo-Izboljšujoči) se program postal SI (Super Inteligenca) - in ne da bi se simplificiral na kaj neumnega, kot naprimer a=42; - je potrebno prav nakalibrirati fitnes. Da se kanselirajo vsi primerki in soji, ki so slabi prediktorji. Hitrost je sekundarna, čeprav pomembna.
Ko uspe potem nek tako zevoluriran program predvidevati stvari, ki jih človeštvo ne more, je SI.
Je to možno? Zagotovo je možno. In tudi priti na opisani način do njega, če je le transčloveška inteligenca možna. Kar mislimo da je.
Samo moj občutek je, da za to rabimo manj kot mol CPU operacij. Moja gotovost pa, da je bolj simple od virusa.
Razen, če niso virusi bolj simple, kot si predstavljam. Tudi možno.
Ko uspe potem nek tako zevoluriran program predvidevati stvari, ki jih človeštvo ne more, je SI.
Je to možno? Zagotovo je možno. In tudi priti na opisani način do njega, če je le transčloveška inteligenca možna. Kar mislimo da je.
Samo moj občutek je, da za to rabimo manj kot mol CPU operacij. Moja gotovost pa, da je bolj simple od virusa.
Razen, če niso virusi bolj simple, kot si predstavljam. Tudi možno.
zee ::
Fantje samo za info.
V službi se ukvarjam z modeliranjem bioloških sistemov (membrane, proteini, sladkorji), ki imajo okrog 100k+ atomov. bi šlo tudi več, pa mi resursov zmanjka ...
vsekakor zanimiva novička.
V službi se ukvarjam z modeliranjem bioloških sistemov (membrane, proteini, sladkorji), ki imajo okrog 100k+ atomov. bi šlo tudi več, pa mi resursov zmanjka ...
vsekakor zanimiva novička.
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
keber ::
Takole me zanima na oko: koliko resursov porabi en atom? Kaj je vse treba upoštevati pri njemu? Se atom obravnava kot kroglica z nekimi "zunanjimi" lastnostmi (nihanje, gibanje, medsebojne povezave) ali tudi kaj notranjih lastnosti (elektroni in njih orbitale)?
zee ::
obravnavi sta v principu dve:
- mehanska: atom je kroglica, vez je vzmet z neko konstanto -> zelo ugodno za računanje
- kvantnomehanska: upoštevaš še elektrone (atomske oz. molekulske orbitale), za jedra predpostaviš, da se ne premikajo kaj dosti -> manj ugodno za računanje, ker traja precej časa
- kombinacija obojega: mehanska za velik del sistema, kvantnomehanska za del, ki sodeluje v kemijski reakciji
Poraba resursov: 2x14M fizičnega rama + 2x 720M swapa za sistem s ~940 atomi. Dvakrat zato, ker računam paralelno na dve procesorjih (dvoprocesorske mašine so zakon!). Največ kar sem videl je 2x 220M fizičnega rama + 2x 1200M swapa za sistem s ~80.000 atomi.
- mehanska: atom je kroglica, vez je vzmet z neko konstanto -> zelo ugodno za računanje
- kvantnomehanska: upoštevaš še elektrone (atomske oz. molekulske orbitale), za jedra predpostaviš, da se ne premikajo kaj dosti -> manj ugodno za računanje, ker traja precej časa
- kombinacija obojega: mehanska za velik del sistema, kvantnomehanska za del, ki sodeluje v kemijski reakciji
Poraba resursov: 2x14M fizičnega rama + 2x 720M swapa za sistem s ~940 atomi. Dvakrat zato, ker računam paralelno na dve procesorjih (dvoprocesorske mašine so zakon!). Največ kar sem videl je 2x 220M fizičnega rama + 2x 1200M swapa za sistem s ~80.000 atomi.
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: zee ()
zee ::
jaz računam:
- vezavo bakrovega(II) iona na človeški prionski protein (več različnih mest, pomembno zaradi funkcije bakra pri bolezni norih krav)
- dinamiko-obnašanje amiloidnega proteina v vodi (razvoj algoritma za napovedovanje strukture proteinov
)
Ad: Amiloidni protein beta je ključen pri Alzheimerjevi bolezni.
- dinamiko membranskih dvoslojev holesterola in sfingomielina različnih sestav v vodi (študij nastajanja skupkov holesterola->funkcija)
- podobno kot zgoraj s to razliko, da imam tukaj 8 različnih molekul
Ad: Vse membrane so velike ~100 x ~100 x ~70 Angstromov.
- vezava kovinskih ionov na hialuronsko kislino (polisaharid v vezivnih tkivih, tudi v koži)
- vezava bakrovega(II) iona na D-glukozamin (moram še sestavit sistem)
To bilo nekako to.
Časovno gledano traja posamezen račun od enega tedna do treh mesecev (najdaljši do zdaj, crknil, ker je odpovedal trdi disk
).
Redna izdelava backupa podatkov, ki so na računalnikih v gruči, je obvezna (odpovedovanje diskov, procesorjev, napajalnikov).
- vezavo bakrovega(II) iona na človeški prionski protein (več različnih mest, pomembno zaradi funkcije bakra pri bolezni norih krav)
- dinamiko-obnašanje amiloidnega proteina v vodi (razvoj algoritma za napovedovanje strukture proteinov
)Ad: Amiloidni protein beta je ključen pri Alzheimerjevi bolezni.
- dinamiko membranskih dvoslojev holesterola in sfingomielina različnih sestav v vodi (študij nastajanja skupkov holesterola->funkcija)
- podobno kot zgoraj s to razliko, da imam tukaj 8 različnih molekul
Ad: Vse membrane so velike ~100 x ~100 x ~70 Angstromov.
- vezava kovinskih ionov na hialuronsko kislino (polisaharid v vezivnih tkivih, tudi v koži)
- vezava bakrovega(II) iona na D-glukozamin (moram še sestavit sistem)
To bilo nekako to.
Časovno gledano traja posamezen račun od enega tedna do treh mesecev (najdaljši do zdaj, crknil, ker je odpovedal trdi disk
). Redna izdelava backupa podatkov, ki so na računalnikih v gruči, je obvezna (odpovedovanje diskov, procesorjev, napajalnikov).
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: zee ()
_marko ::
zee:
A boste tud računali konformacije molekul proteinov, ki bi preprečevale neko bolezen jih skušali gensko sestavit v organizmu?
Da bi nekako računalnik sam izpljunil protein, ki bi se npr vezal na kakšne receptorje in še ne obstaja?
Je to preveč kompleksno?
A boste tud računali konformacije molekul proteinov, ki bi preprečevale neko bolezen jih skušali gensko sestavit v organizmu?
Da bi nekako računalnik sam izpljunil protein, ki bi se npr vezal na kakšne receptorje in še ne obstaja?
Je to preveč kompleksno?
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
lymph ::
Kakšna pa bi bila recimo razlika med kvantnomehansko in mehansko simulacijo mene. Tko, v praksi. Recimo v mojem obnašanju. Hehe.
"Belief is immune to counter example."
snow ::
_marko problem je že točno zmodelirat en sam protein.
Zdej modeliranje dveh in njunih medsebojnih je dodatna težavnost... poleg tega je potrebno modeliranje raznih konformacij proteina in kako se protein in njegovo delovanje spreminja ko se en veže na drugega.
Preizkušanje tisoče proteinov pa huh... se bliža ampak zaenkrat smo po moje še kar dosti daleč.
Še docking neproteinskih molekul na znano fiksno konformacijo proteina traja kar dosti časa.
Glede simulacije telesa, bi pa bilo veliko bolj racionalno, če bi se simulacija izvajala nivojsko. Simulacije posameznih celic in njihovi odzivi, nato povezovanje v tkiva itd.
Ker nima smisla recimo za del možgan, za katerega bi že posimuliral da npr. sešteje dve števili, pri tem porabi toliko in toliko glukoze in kisika, sproducira toliko toplote itd., da bi delal simulacijo na atomskem ali bog ne daj kvantem nivoju.
Zdej modeliranje dveh in njunih medsebojnih je dodatna težavnost... poleg tega je potrebno modeliranje raznih konformacij proteina in kako se protein in njegovo delovanje spreminja ko se en veže na drugega.
Preizkušanje tisoče proteinov pa huh... se bliža ampak zaenkrat smo po moje še kar dosti daleč.
Še docking neproteinskih molekul na znano fiksno konformacijo proteina traja kar dosti časa.
Glede simulacije telesa, bi pa bilo veliko bolj racionalno, če bi se simulacija izvajala nivojsko. Simulacije posameznih celic in njihovi odzivi, nato povezovanje v tkiva itd.
Ker nima smisla recimo za del možgan, za katerega bi že posimuliral da npr. sešteje dve števili, pri tem porabi toliko in toliko glukoze in kisika, sproducira toliko toplote itd., da bi delal simulacijo na atomskem ali bog ne daj kvantem nivoju.
Random mutation plus nonrandom cumulative natural selection - Richard Dawkins
_marko ::
Jah, sej se mi je zdelo, da je tako.
Bo treba par let še počakat.
Me pa zanima še nekaj. Kako dober je software simulacij?
Torej kako realni so izračuni konformacij, vezave itd.. Praksa vs teorija.
Bo treba par let še počakat.
Me pa zanima še nekaj. Kako dober je software simulacij?
Torej kako realni so izračuni konformacij, vezave itd.. Praksa vs teorija.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
_marko ::
Če se ne motim, dela nekaj z simulacijami tud dr.Jurij Lah iz FKKTja.
Nam je na vajah fizikalne kemije nekaj na kratko omenil.
edit:typo
Nam je na vajah fizikalne kemije nekaj na kratko omenil.
edit:typo
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
Zgodovina sprememb…
- spremenil: _marko ()
dr.J ::
zee
kateri softver uporabljate? gromos/amber/charmm?
ali sam samo pripravis input ali moras tudi kaj doprogramirati?
kateri softver uporabljate? gromos/amber/charmm?
ali sam samo pripravis input ali moras tudi kaj doprogramirati?
zee ::
gremo po vrsti ... morda bi lahko lastno temo odprli
@lymph:
Kvantnomehanska simulacija je smiselna za majhne sisteme. Zgornja meje je ~ 30 atomov, odvisno od uporabljene metode.
@snow in ostali:
sam docking ni tako problematičen, ker obstajajo aplikacije (Insight recimo), s katerim lahko sistem lepo "nastaviš" tako, da kar gre. Poudariti pa moram, da vedno začnemo z že znano strukturo. Da bi iz aminokislinskega zaporedja dobili 3D strukturo, to ne gre, ker bi porabili preveč časa.
@_marko:
Rezultati modeliranja imajo vedno smisel samo, če se primerjajo z eksperimentom. Dr. J. Lah se ukvarja z Monte Carlo simulacijami. Na fizikalni kemiji imajo tudi manjši cluster (cca 16 mašin z 2x P4 Northwood), ki ga uporabljajo za račune.
@dr.J:
Za modeliranje uporabljamo Charmm (akademska verzija, ki je zastonj). Zaenkrat samo pripravljam inpute, čeprav z mentorjem delava na eni manjši implementaciji (fortran.power.press). Kar je treba doprogramirat se naredi v Fortranu izven Charmma.
Za vizualizacijo uporabljamo VMD.
@lymph:
Kvantnomehanska simulacija je smiselna za majhne sisteme. Zgornja meje je ~ 30 atomov, odvisno od uporabljene metode.
@snow in ostali:
sam docking ni tako problematičen, ker obstajajo aplikacije (Insight recimo), s katerim lahko sistem lepo "nastaviš" tako, da kar gre. Poudariti pa moram, da vedno začnemo z že znano strukturo. Da bi iz aminokislinskega zaporedja dobili 3D strukturo, to ne gre, ker bi porabili preveč časa.
@_marko:
Rezultati modeliranja imajo vedno smisel samo, če se primerjajo z eksperimentom. Dr. J. Lah se ukvarja z Monte Carlo simulacijami. Na fizikalni kemiji imajo tudi manjši cluster (cca 16 mašin z 2x P4 Northwood), ki ga uporabljajo za račune.
@dr.J:
Za modeliranje uporabljamo Charmm (akademska verzija, ki je zastonj). Zaenkrat samo pripravljam inpute, čeprav z mentorjem delava na eni manjši implementaciji (fortran.power.press). Kar je treba doprogramirat se naredi v Fortranu izven Charmma.
Za vizualizacijo uporabljamo VMD.
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
_marko ::
Lepo!
Kje pa delaš?
A se da kje prebrat še kaj obširnejšega od tega?
Kje pa delaš?
A se da kje prebrat še kaj obširnejšega od tega?
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
zee ::
dobro jutro ST!
@_marko: Cobiss pravi:
1. ODGOVORNOST............. : Tratar-Pirc, Elizabeta - avtor //
Zidar, Jernej - avtor // Bukovec, Peter - avtor // Hodošček,
Milan - avtor
NASLOV.................. : Molekularno modeliranje kobaltovega(II)
hialuronata = Molecular modelling of cobalt(II) hyaluronate
V PUBLIKACIJI........... : Zbornik referatov s posvetovanja [Elektronski
vir] / Slovenski kemijski dnevi 2003, Maribor, 25. in 26. september 2003. -
Maribor : FKKT, 2003. - ISBN 86-435-0565-X. - Str. [1-7]graf. prikazi.
2. AVTOR................... : Zidar, Jernej - avtor
ODGOVORNOST............. : Bukovec, Peter - mentor
NASLOV.................. : Molekularno modeliranje nekaterih kovinskih
hialuronatov : raziskovalna naloga
IMPRESUM................ : Ljubljana : [J. Zidar], 2003
FIZIČNI OPIS............ : 41 f. : ilustr. , 30 cm
3. AVTOR................... : Zidar, Jernej - avtor
ODGOVORNOST............. : Bukovec, Peter - mentor
NASLOV.................. : Iskanje potencialnih vezavnih mest za
bakrove(II) ione na prionskem proteinu : diplomsko delo
IMPRESUM................ : Ljubljana : [J. Zidar], 2005
FIZIČNI OPIS............ : 58 f. : ilustr. , 30 cm
4. ODGOVORNOST............. : Zidar, Jernej - avtor // Tratar-Pirc,
Elizabeta - avtor // Bukovec, Peter - avtor // Hodošček, Milan -
avtor
NASLOV.................. : Vezava bakrovih(II) ionov na N-terminalni del
prionskega proteina = Copper binding to the N-terminal of the prion protein
V PUBLIKACIJI........... : Slovenski kemijski dnevi 2005, Maribor, 22. in
23. september 2005 [Elektronski vir] / [organizatorji] Fakulteta za kemijo
in kemijsko tehnologijo Univerze v Mariboru ... [et al.]. - Maribor : FKKT,
2005. - ISBN 86-435-0722-9. - Str. [1-7]Graf. prikazi.
zaenkrat je (samo) to.
Delam pa na Kemijskem inštitutu v Ljubljani kot MR (mladi raziskovalec).
@_marko: Cobiss pravi:
1. ODGOVORNOST............. : Tratar-Pirc, Elizabeta - avtor //
Zidar, Jernej - avtor // Bukovec, Peter - avtor // Hodošček,
Milan - avtor
NASLOV.................. : Molekularno modeliranje kobaltovega(II)
hialuronata = Molecular modelling of cobalt(II) hyaluronate
V PUBLIKACIJI........... : Zbornik referatov s posvetovanja [Elektronski
vir] / Slovenski kemijski dnevi 2003, Maribor, 25. in 26. september 2003. -
Maribor : FKKT, 2003. - ISBN 86-435-0565-X. - Str. [1-7]graf. prikazi.
2. AVTOR................... : Zidar, Jernej - avtor
ODGOVORNOST............. : Bukovec, Peter - mentor
NASLOV.................. : Molekularno modeliranje nekaterih kovinskih
hialuronatov : raziskovalna naloga
IMPRESUM................ : Ljubljana : [J. Zidar], 2003
FIZIČNI OPIS............ : 41 f. : ilustr. , 30 cm
3. AVTOR................... : Zidar, Jernej - avtor
ODGOVORNOST............. : Bukovec, Peter - mentor
NASLOV.................. : Iskanje potencialnih vezavnih mest za
bakrove(II) ione na prionskem proteinu : diplomsko delo
IMPRESUM................ : Ljubljana : [J. Zidar], 2005
FIZIČNI OPIS............ : 58 f. : ilustr. , 30 cm
4. ODGOVORNOST............. : Zidar, Jernej - avtor // Tratar-Pirc,
Elizabeta - avtor // Bukovec, Peter - avtor // Hodošček, Milan -
avtor
NASLOV.................. : Vezava bakrovih(II) ionov na N-terminalni del
prionskega proteina = Copper binding to the N-terminal of the prion protein
V PUBLIKACIJI........... : Slovenski kemijski dnevi 2005, Maribor, 22. in
23. september 2005 [Elektronski vir] / [organizatorji] Fakulteta za kemijo
in kemijsko tehnologijo Univerze v Mariboru ... [et al.]. - Maribor : FKKT,
2005. - ISBN 86-435-0722-9. - Str. [1-7]Graf. prikazi.
zaenkrat je (samo) to.
Delam pa na Kemijskem inštitutu v Ljubljani kot MR (mladi raziskovalec).
zee
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Linux: Be Root, Windows: Re Boot
Giant Amazon and Google Compute Cloud in the Sky.
Vredno ogleda ...
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
|---|---|---|---|
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
| » | Folding@Home (strani: 1 2 )Oddelek: Znanost in tehnologija | 10607 (3213) | quadrok3100m |
| » | Evolucija deluje tudi na prione (strani: 1 2 )Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija | 9250 (5834) | mihl |
| » | Tehnološki napredek/evolucija ni eksponenten (strani: 1 2 )Oddelek: Znanost in tehnologija | 10977 (10403) | _marko |
| » | Iskanje novih zdravil s simulacijami in evolucijoOddelek: Znanost in tehnologija | 3758 (3060) | dukenukem |
| » | razvoj sveta v naslednjih 20 letihOddelek: Znanost in tehnologija | 2358 (1810) | Thomas |