Prijavi se z GoogleID

» »

Razvoj tehnologije v 10 letih pocenil branje DNK za več tisočkrat

Razvoj tehnologije v 10 letih pocenil branje DNK za več tisočkrat

Slo-Tech - Znano in večkrat videno je, da tehnologiji s časom pada cena. To ne velja le za računalniško tehnologijo, ampak recimo tudi za določanje zaporedja DNK (sekvenciranje). Prva zaporedja baznih parov v DNK smo po astronomski ceni lahko iz kratkih fragmentov brali od leta 1977 naprej, v zadnjih desetih letih pa so tehnike sekvenciranja doživele skokovit napredek. Beremo lahko celotne genome, kar smo storili že za kar precej evkariontov, bakterij in arhej. Z vedno širšo dostopnostjo sekvenciranja DNK se razvija nova industrija, osebna genomika, ki obljublja določitev celotnega zaporedja DNK in zdravstvene analize na podlagi dobljenih podatkov. Vse to pa ne bi bilo mogoče brez opazne pocenitve sekvenciranja.

Ameriški Nacionalni inštitut za raziskave človeškega genoma (NHGRI) je objavil pregled zgodovinskega padanja cen za določanje zaporedja baznih parov DNK v zadnjih desetih letih. Pocenitve so astronomske. Sekvenciranje prvega človeškega genoma na prelomu tisočletja je z raziskavami, razvojem tehnologije in delom stalo 100 milijonov dolarjev, danes pa je ta cena padla na okoli 30.000 dolarjev. V desetih letih se je cena znižala za več kot 3000-krat, kar je celo bistveno več od napovedi Moorovega zakona.

Bistvena pocenitev se zgodi v letih 2007 in 2008, ko se je spremenila metoda. Do takrat so uporabljali metode prve generacije, kjer je najbolj znana Sangerjeva metoda, zatem so prešli na drugo generacijo metod.

Silovit razvoj in tresk cen ob tla sta spremenili svet biotehnologije. Včasih je bilo ozko grlo pridobivanje podatkov o DNK, sedaj pa se raziskovalni laboratoriji dobesedno valjajo v sekvenciranih genomih. Glavnina raziskav se zato prestavlja na področje analize DNK, saj je treba okoli šest milijard črk iz štiričrkovne človeške genske abecede tudi razumeti. Brati smo se jih naučili poceni in hitro, sedaj moramo prepoznati še celotno besedišče in skladnjo tega jezika.

21 komentarjev

Black Dragon ::

Super torej bomo lahko videli, katere bolezni lahko pričakujemo, kdo so bili naši predniki...to kar je govoril Michio Kaku na predavanjih :) .

Link:




Dvorezni meč bo mogoče le dejstvo da boš vedel katera bolezenska nagnenja bodo podedovali tvoji otroc in katere bolezni bodo potencialni Grim Reaper :))
Time will tell.

Matthai ::

Ne. Sem zdnjič poslušal en intervju z nekim znanim profesorjem genetike iz UK. In je rekel, da to ne drži. Da se da dolžino življenja oceniti s par preprostimi vprašanji: katerega spola si, ali kadiš, kakšen je tvoj dohodek, itd.

Genetika vpliva le 2-3 odstotke (po njegovem mnenju).
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

Rokm ::

Sebastiani et al (Genetic signatures of exceptional longevity in humans, http://www.bumc.bu.edu/medicine/files/2... ) so v tem članku opisali metode za napovedovanje ljudi, ki bodo doživeli zelo visoko starost. Napovedujejo iz genetskih podatkov, SNP-jev. Če se prav spomnim so rezultati pokazali da lahko z gotovostjo okoli 80% samo iz genetskih podatkov napovedo ali bo nek človek doživel visoko starost.

edit: popravil link

Zgodovina sprememb…

  • spremenil: Rokm ()

RejZoR ::

Gattaca, here we come...
RejZoR's Flock of Sheep @ www.rejzor.tk

keworkian ::

Matthai je izjavil:

Ne. Sem zdnjič poslušal en intervju z nekim znanim profesorjem genetike iz UK. In je rekel, da to ne drži. Da se da dolžino življenja oceniti s par preprostimi vprašanji: katerega spola si, ali kadiš, kakšen je tvoj dohodek, itd.

Genetika vpliva le 2-3 odstotke (po njegovem mnenju).


Pijete redno?
Da, vsak dan.
Kaj točno?
Whisky, pivo itd.
Kadite?
Vsak dan 1 škatlico.
Prihodek?
500€/mesec.
Koliko ste stari?
83 let.

Matthai ::

Rokm je izjavil:

so v tem članku opisali metode za napovedovanje ljudi, ki bodo doživeli zelo visoko starost. Napovedujejo iz genetskih podatkov, SNP-jev. Če se prav spomnim so rezultati pokazali da lahko z gotovostjo okoli 80% samo iz genetskih podatkov napovedo ali bo nek človek doživel visoko starost.

No, to se mi zdi precej trapasto.

Kot rečeno, v tisti oddaji (mislim, da je bila Frekvenca X na Valu 202, tema genetska terapija ali nekaj takega) je tip rekel, da genetika vpliva samo na nagnjenje. Vplivi okolja so dosti večji.

V Britaniji je recimo znano, da otroci bogatih staršev v povprečju živijo 15 let dlje kot otroci revnejših staršev.
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

Manu ::

Okolje je močnejši in odločilen dejavnik od genetske predispozicije.
Sredi spečih in nepazljivih je modrec buden in pazljiv -
po poti gre kot hiter konj, ki je prehitel šibko kljuse.

Gregor P ::

Nedvomno ima življenjski standard ipd. velik vpliv na dobo našega življenja, samo domnevam, da če je karikiram nekje v naših genih npr. zapisano kolikokrat oz. kako dolgo se bodo delile naše celice itd. to tudi ni tako zanemarljiva informacija:|
The main failure in computers is usually located between keyboard and chair.
You read what you believe and you believe what you read ...
Nisam čit'o, ali osudjujem (nisem bral, a obsojam).

Zgodovina sprememb…

  • spremenil: Gregor P ()

RejZoR ::

Jah sej kaj pa je to drugega če tko pogledaš? Če so v neki družini ne vem, srčna obolenja bolj pogosta se običajno to nadaljuje. Sicer je potem kasneje odvisno al skrbiš, da ne ješ preveč maščob in da držiš nivo holesterola v nekih normalah za povsem zdravega človeka, ampak še vedno se bo to potem gensko preneslo naprej. Oz bolje rečeno je zelo velika verjetnost, da se prenese na potomce. Kar pomeni, da si zase skrbel (okolje) ampak na to če bojo potomci isto pokasirali v tem primeru srčna obolenja pa nimaš nekega vpliva (kar pa spada v kategorijo genskega).

Tud me zanima kaj se bo zgodilo s časom, ko bomo imeli gene čist popredalčkane in se bomo začel igrat z njimi. Oz bomo mislili, da jih imamo popredalčkane pa se bomo z vmešavanjem postopoma gensko uničili.
Sicer znanstvena fantastika v danem trenutku ampak kliče po katastrofi ala scenarij iz BioShock in Asgardi iz Stargate SG-1. Verjetno je samo stvar kako daleč bomo to peljali. Al se bomo držali izključno za zdravljenje bolezni z gensko terapijo al se bomo vmešaval tud v samo podobo človeka in druge parametre delovanja našega telesa (barva las in oči, višina, tip postave itd itd).
RejZoR's Flock of Sheep @ www.rejzor.tk

Rotty ::

Matthai je izjavil:

Ne. Sem zdnjič poslušal en intervju z nekim znanim profesorjem genetike iz UK. In je rekel, da to ne drži. Da se da dolžino življenja oceniti s par preprostimi vprašanji: katerega spola si, ali kadiš, kakšen je tvoj dohodek, itd.

Genetika vpliva le 2-3 odstotke (po njegovem mnenju).


Mene so še pred parimi leti učili, da je fenotip 70:30 (genotip:okolje)...a zdej je pa že 3:97 :)

_marko ::

Rotty,
manj narobe so te učili kot Mathhaiju, precej manj...
Bistvu je, da je pri vsaki lastnosti/bolezni doprinost geonov in okolja drugačen. Npr, pri pljučnem raku je okolje bolj pomembno kot pri raku na dojkah, saj večian pljučnih rakov nastane zaradi kajenja.
So pa cifre koliko vplivajo geni tam nekje od 20 do 70%, pač odvisno od lastnosti.

Kar se tiče staranja, variacije do 7 let so že pokazane in so statistično signifikatne. Torej, ljudje, ki imajo določene gene, v poprečju živijo do 7 let več kot ostali.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.

Matthai ::

OK, ste me prepričali. Res je pa, da jaz samo povem kaj se slišal v onem intervjuju. Da bi genetiko jemali preresno... pa lahko hitro pridemo na Gattaco.
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

_Enterprise_ ::

keworkian je izjavil:


Pijete redno?
Da, vsak dan.
Kaj točno?
Whisky, pivo itd.
Kadite?
Vsak dan 1 škatlico.
Prihodek?
500€/mesec.
Koliko ste stari?
83 let.
tole je ali ena neumna izmišljotina, ali pa osamljen primer/izjema, ki bi brez alkohola in cigaret živela še 20 let dlje

če kadiš in pijančuješ, to ni način za opravičevanje tega in dvigovanje ega

Jst ::

Gattaca nam pokaže, tehnološko/biološko rasističnost. (Drugače se ne znam izraziti - a mislim, da sem kar ujel point.)

Tehnologijo iz Gattace pa bomo prej ali slej imeli. Na nas je, kaj bomo z njo počeli. Takšnega ekstremizma, kot je Gattaca, upam da ne.
Islam is not about "I'm right, you're wrong," but "I'm right, you're dead!"
-Wole Soyinka, Literature Nobelist
|-|-|-|-|Proton decay is a tax on existence.|-|-|-|-|

oracle ::

Naši geni nosijo silno zanimive informacije. Nikakor pa nas ne determinirajo. Mogoče bi se dalo po nekem modelu izračunati življenjsko dobo človeka, na podlagi njegovega celotnega genoma. Kakšno bi bilo realno ujemanje? Po mojem bi z natančnostjo enega leta zadeli okoli 1 % primerov (ali manj), z natančnostjo 5 let mogoče nekaj % primerov. In kaj ti to pomaga?

Življenjska doba naših teles je predvsem okoljsko pogojena, eden zanemarjenih faktorjev je psiha. Ne govorim o ljudeh, ki doživijo ekstremne psihološke epizode, ampak že med povprečnimi ljudmi psiha zelo vpliva na fiziologijo, kar dolgoročno vpliva na izrabljenost notranjih organov in žlez. Zelo močan psihosomatski vpliv ima tudi družbeni sistem. Da ne omenjam prehrane, gibanja, onesnaženosti...

Seveda pa hude genetske okvare in predispozicije odločilno vplivajo na dolžino življenja, ampak to so ponavadi neozdravljive in redkejše bolezni, kjer znamo itak dobro oceniti življenjsko dobo (=kratka).

BTW, sekvenciranje pride trenutno okoli 5 evrov za en vzorec, dolžina zanesljivo določenega zaporedja okoli 650 bp.

Zgodovina sprememb…

  • spremenilo: oracle ()

Okapi ::

So pa cifre koliko vplivajo geni tam nekje od 20 do 70%, pač odvisno od lastnosti.
V resnici so številke od 0 do 100%. Na določene lastnosti geni ne vplivajo čisto nič, na določene pa popolnoma vse. Potem pa imaš še čisto vse vmesne možnosti.

O.

Zgodovina sprememb…

  • spremenil: Okapi ()

_marko ::

Okapi:
heritabilnost je navadno nekje med 20 in 70%, če pa rečeš, da je nekje med 0 in 100% pa ljudem nisi nič pojasnil...

Drugače pa, a mi poveš lastnot kjer je imajo geni 0% vpliv?
Sem pomislil kaj bi to lahko bilo, pa ne najdem pametnega odgovora...
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.

Okapi ::

če pa rečeš, da je nekje med 0 in 100% pa ljudem nisi nič pojasnil...
Seveda si jim. Povedal si jim, da je napačno posploševati in iz zraka vleči neke številke, ki prav tako ne povedo nič.

Drugače pa, a mi poveš lastnot kjer je imajo geni 0% vpliv?
Recimo spol. Ali pa jezik, ki ga govoriš.

O.

Jst ::

Po mojem mnenju v našem genomu piše (oziroma se da izračunati) samo maximalna življenska doba organov. To bi bilo logično, glede na razne ekstremne primere, ki jih vidiš po svetu.
Islam is not about "I'm right, you're wrong," but "I'm right, you're dead!"
-Wole Soyinka, Literature Nobelist
|-|-|-|-|Proton decay is a tax on existence.|-|-|-|-|

neutronium ::

Okapi je izjavil:


Drugače pa, a mi poveš lastnot kjer je imajo geni 0% vpliv?
Recimo spol. Ali pa jezik, ki ga govoriš.

O.


Spol je pri človeku kromosomsko določen. In to z Y kromosomom. Konkretno spol določa gen SRY na lokusu Y kromosoma, ki ni homologen z X. Odsotnost tega gena povzroči nastanek ženskega spola. V primeru okvare SRY bo osebek ženska kljub XY kromosomu. Do 6 tedna imajo namreč vsi zarodki ženske reproduktivne vode, razgradnjo omogoči ravno aktivacija SRY in če je okvarjen se gonade razvijejo v jajčnike. Tudi pri napačni ločitvi kromosomov med mejozo, v primeru da se SRY 'prilepi' na drug kromosom bo osebek moškega spola, kljub temu, da ne bo imel celotnega Y kromosoma.

Torej nimajo geni 0% vpliva... Pa tudi glede ostalega citiranega bi se dalo še marsikaj zanimivega povedat.

Okapi ::

Torej nimajo geni 0% vpliva...
Kako točno tvoji geni vplivajo na spol tvojih otrok? Spol je odvisen od naključja, ne od genov. Ne pozabi, pogovarjamo se o dedovanju in o tem, kaj je iz DNK mogoče napovedati za naprej.

O.


Vredno ogleda ...

TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
»

Razvoj tehnologije v 10 letih pocenil branje DNK za več tisočkrat

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
215053 (3651) Okapi
»

Odkrit nov največji genom

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
195167 (3793) Jst
»

Kaj pomeni ustvariti umetno celico?

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
3110878 (9391) Seto
»

Ponarejanje DNK sledov (strani: 1 2 )

Oddelek: Novice / Varnost
637001 (4826) Matthai

Več podobnih tem