»

Simulacije pokazale, zakaj so veliki jeziki obširnejši in preprostejši

Slo-Tech - Angleščina je težka, angleška slovnica pa ni. Besedišče v angleškem jeziku je eno najbolj razgibanih in med največjimi na svetu, medtem ko so stavčne strukture v povprečju preproste. Na drugi strani so jeziki, kamor sodi tudi slovenščina, ki nimajo tako obširnega besedišča, a imajo zelo zapleteno slovnico s številnimi pregibnimi vrstami. Zdi se, da so jeziki z velikim številom govorcev kompleksni v besedišču in preprosti v slovnici (angleščina,...

43 komentarjev

Prijatelji so si gensko podobnejši

Slo-Tech - Povej mi, s kom se družiš, pa ti povem, kdo si, je stara modrost. Podobne glave pač tičijo skupaj in doslej je veljalo, da med seboj družijo ljudje s podobnimi interesi, prepričanji, vrednotami in značajskimi lastnostmi - tudi na Facebooku. Raziskava Univerze Yale in Univerze v Kaliforniji pa odkriva, da se ljudje družijo, ker imajo podoben DNK.

Ljudje med vsemi živimi bitji tvorijo najkompleksnejše družbene strukture, še posebej značilne pa so povezave med ljudmi, ki ne sodijo v kategorijo partner ali sorodstvo. Teh, recimo jim prijateljstvo, naklonjenost ali zavezništvo, v tolikšni meri ne vzpostavljajo nobene živali. Vprašanje, s katerim so se ukvarjali v raziskavi, ni, zakaj ljudje sklepamo te povezave, saj je razlogov za to več in so dobro poznani (v končni fazi imamo od njih pač...

17 komentarjev

Uporaba DNK za odkrivanje ponarejene elektronike

Wired News - Ponarejena elektronika je velik problem, saj je njeno poreklo nemogoče določiti, njena zanesljivost pa je odvisna od sreče. V najboljšem primeru gre za kopije, ki se izven delovnega časa proizvajajo v kitajskih obratih, ki sicer proizvajajo za znane blagovne znamke, v najslabšem primeru pa gre za izdelke, ki z izvirnikom nimajo nič skupnega. Ponaredke, ki so mnogo cenejši od originalov, je lahko prepoznati, dosti teže pa je pri dražjih in bolj dovršenih. Ker so pereč problem tudi v vojski, je Pentagon poiskal možno rešitev, piše Wired.

V vojski je problem zlasti uporaba starih sistemov, za katere je težko najti rezervne dele in dobiti vzdrževanje. Včasih se zato zgodi, da pri raznih posrednikih in preprodajalcih nevede nabavijo ponarejene komponente, ki povzročajo veliko škode. Na...

15 komentarjev

Hitrejše določanje zaporedja DNK z grafičnimi procesorji

Sekvenca 250 baznih parov DNK. Celoten človeški genom jih vsebuje približno tri milijone, kar ustreza ravno količini podatkov na eni zgoščenki.

vir: Wired News
Wired News - Grafični procesorji, ki so jih dolga leta v popolnost izkoriščali le strogo namensko, torej za izračun in prikazovanje slike, so v zadnjih letih pridobili mnogotera mesta uporabe. Izkazalo se je namreč, da so pri operacijah s števili s plavajočo vejico neprimerno hitrejši in varčnejši od centralnih procesorjev, zato so zasedli nepogrešljiva mesta v superračunalnikih in tudi v manj velikopoteznih aplikacijah prek Nvidine CUDE oziroma AMD-jevega Streama. Tipičen primer je razbijanje kriptografskih gesel, ki na grafičnih procesorjih poteka za več kot velikostni razred hitreje.

Uporaba grafičnih procesorjev za splošno računanje ima tudi raznovrstno uporabo v znanosti....

18 komentarjev

Določeno gensko zaporedje konoplje

Nature - Sekvenciranje DNK oziroma določanje zaporedja nukleotidnih baz (adenin, gvanin, citozin, timin) v genskem zapisu živih bitij ni več nov postopek, ampak se uporablja že praktično rutinsko. Poznamo zaporedja človeka pa tudi množice drugih arhebakterij, bakterij in evkariontov (koruza, riž, mačka, konj, pes, šimpanz ...). Na novo sekvencirani genomi zato niso več najpomembnejša novica, a vseeno znanstveniki marljivo nadaljujejo delo na vedno novih organizmih. Aktivno področje je tudi sekvenciranje rastlin, ki proizvajajo substance s terapevtskim učinkom. Konec tedna so tako objavili genom rastline Cannabis Sativa, bolj znane kot konoplje.

Sekvenciranje je izvedlo podjetje Medicinal Genomics in svoje...

85 komentarjev

Razvoj tehnologije v 10 letih pocenil branje DNK za več tisočkrat

Slo-Tech - Znano in večkrat videno je, da tehnologiji s časom pada cena. To ne velja le za računalniško tehnologijo, ampak recimo tudi za določanje zaporedja DNK (sekvenciranje). Prva zaporedja baznih parov v DNK smo po astronomski ceni lahko iz kratkih fragmentov brali od leta 1977 naprej, v zadnjih desetih letih pa so tehnike sekvenciranja doživele skokovit napredek. Beremo lahko celotne genome, kar smo storili že za kar precej evkariontov, bakterij in arhej. Z vedno širšo dostopnostjo sekvenciranja DNK se razvija nova industrija, osebna genomika, ki obljublja določitev celotnega zaporedja DNK in zdravstvene analize na podlagi dobljenih podatkov. Vse to pa ne bi bilo mogoče brez opazne pocenitve...

21 komentarjev

Spam v DNK ali transpozoni so se razvili iz virofagov

Ars Technica - Naš genom je prepleten z nešteto kopijami sorazmerno kratkih genskih zaporedij, ki se imenujejo transpozoni. Gre za dele DNK, ki imajo sposobnost premikanja z enega na drugi konec genoma in so za razliko od insercijskih zaporedij dovolj veliki, da imajo običajno poleg zapisa za transpozazo (encim, ki omogoča premikanje po genomu oziroma transpozicijo) še zapis za nek reporterski gen (na primer kak gen laktoznega operona).

Transpozonov v DNK večine živih bitij mrgoli. V koruzi, kjer jih je Barbara McClintock leta 1948 odkrila in za to leta 1983 prejela Nobelovo nagrado, predstavljajo več kot polovico genoma. Tudi v človeku jih je znaten delež, saj se na primer zgolj zaporedje ALU, ki obsega slabih 300 baznih parov, pojavi tudi do milijonkrat. Čeprav so sila uporabni...

6 komentarjev

Odkrit nov največji genom

Slo-Tech - Človeška DNK sestoji iz približno treh milijard baznih parov, kar bi v računalniški kodi zasedlo približno 700 MB, upoštevaje, da lahko vsak bazni par predstavimo z dvema bitoma (ker imamo le štiri možnosti: deoksiadenozin, deoksicitidin, deoksigvanozin, timidin). Čeprav je več kot 97 odstotkov DNK neuporabne, v preostanku še vedno najdemo zapisanih okrog 25 tisoč genov. Zdi se kar precej za en CD, kamor bi nas lahko uploadali.

Načeloma velja grob približek, da imajo višje razviti organizmi večji genom (bakterija Escherichia coli ima le štiri milijone baznih parov dolgo DNK), a to ni vedno res. Tako ljudje nimamo največjega genoma, ampak ima mnogo rastlin precej obširnejši dedni material. Znanstveniki Jaume...

19 komentarjev

Prva faza 1000 Genomes Projecta zaključena

Človeški kariotip, kromosomi obarvani z barvilom Giemso

Slashdot - Človeški genom oziroma zaporedje baznih parov v vseh 23 parih kromosomov je na grobo poznano od leta 2003, skoraj v celoti (sekvencirali niso zgolj telomer, centromer in nekaj drugih naključno raztresenih mest na kromosomih) pa od leta 2006. Pred razvozlanjem človeškega genoma so bili znanstveniki optimistično prepričani, da bomo s tem znanjem zmogli napovedovati vse dedne bolezni, podvrženost preostalim boleznim (na primer visokemu krvnemu tlaku ali kratkovidnosti) in jih zdraviti.

Realnost nas je razočarala. Genom je pomembno vplival na razumevanje...

10 komentarjev

Kaj pomeni ustvariti umetno celico?

Sintetični genom

Slo-Tech - Raziskovalci s The Craig Venter Instituta v ZDA poročajo o revolucionarnem dosežku, ki ga naši mediji v zadnjih dneh povzemajo kot ustvarjenje sintetične celice ali umetnega življenja. Opredelitev sintetična celica je za nepoučenega bralca zavajajoča, saj ne gre za biologijo psevdoorganskih silicijevih spojin ali celico s celično membrano iz umetnih materialov. Resnica je precej bolj biokemijska in manj spektakularna.

Genski zapis vseh živih bitij je kompaktno zapisan v dolgi molekuli, ki se imenuje deoksiribonukleinska kislina in je navita v kromosome. Molekula je biokopolimer...

31 komentarjev

Ponarejanje DNK sledov

Ars Technica - DNK identifikacija storilcev kaznivih dejanj velja za eno najbolj zanesljivih preiskovalnih metod, a kot kaže temu morda kmalu ne bo več tako. Kot namreč poročajo na Ars Technici, so raziskovalci Dan Frumkin, Adam Wasserstrom, Ariane Davidson in Arnon Grafit pokazali, da je mogoče ponarejati DNK dokaze - in to celo če DNK vzorca žrtvi ponarejanja sploh ne odvzamejo.

Raziskovalci so namreč ugotovili, da je mogoče z relativno standardnimi postopki centrifugiranja iz vzorca krvi ali sline odstraniti DNK pravega storilca. Tak vzorec krvi ali sline nato izgleda kot veljaven biološki vzorec, vendar pa ne vsebuje nobene originalne DNK.

Nato pa so raziskovalci s pomočjo tehnik molekularnega kloniranja uspeli sestaviti umetno DNK s poljubnim genetskim profilom. Tako sestavljeno umetno DNK so nato pomešali z očiščenim biološkim vzorcem in vse skupaj poslali v analizo laboratoriju za forenzične DNK preiskave, ki je kot storilca namišljenega kaznivega dejanja identificiral - žrtev...

63 komentarjev