"Komplementarnost majhnih molekul je le prvi predpogoj, da lahko molekulo uporabimo kot zdravilo, preveriti je namreč treba tudi, kako se molekula metabolizira, kakšna je njena biološka dostopnost ter kakšna je njena toksičnost. Iskanje ustrezne molekule najlaže ponazorimo z iskanjem majhne igle v ogromni kopici sena," so pojasnili v opisu projekta. Pri tem ne pretiravajo, saj je možnih farmakoloških molekul res ogromno, po nekaterih ocenah okrog 1060. Preiskovanje čim večjega dela tega kemijskega vesolja se imenuje virtualno rešetanje. Zato se ta problem rešuje z uporabo vse dosegljive računske moči.
Ekipa je pripravila orodje, ki deluje na Windows, Mac ali Linuxu. Za delovanje potrebujemo aktivno internetno povezavo, saj paketke dobiva iz centralnega repozitorija, kamor pošilja podatke. Obdelava enega paketka traja kakšno uro. Programska oprema temelji na programu SeeSar, za katerega je licenco doniral BioSolveIt.
Saj komot lahko prispevate. Ampak glede na vedno več pozitivnih novic o učinkovitih zdravilih je morda bolje kam drugam vložit. Krka bi morala sedaj talat vn na tone tega.
There will be chutes!
It came from the lab.
Like tears in rain. Time to die. v_1 2012-21
Samo previdno s temi "orodji" v teh časih. Kot sem opazil se je število poskusov nateg izredno povečalo. Lahko se spomni nekdo poslat okrog orodje za "boj proti "koronavirusu", bo pa kakšen izsiljevalski virus. Pa seveda ne mislim projekt omenjen v članku.
Saj komot lahko prispevate. Ampak glede na vedno več pozitivnih novic o učinkovitih zdravilih je morda bolje kam drugam vložit. Krka bi morala sedaj talat vn na tone tega.
dej formulo za cepivo pa bo letelo kot po tekočem traku , vejs da bomo hotl met $$$$
R5 2600: flexx na 6 threadih -> obremenitev CPUja okrog 50%, en paket računa 10 - 15 minut. Pa naslednjega je tudi pravilno začel s 6timi threadi in enako obremenjenostjo CPUja.
Glede na to, da je večina sveta tako ali drugače prizadeta zaradi tega virusa, zakaj se za take raziskave ne vpreže vseh (ali večino) super računalnikov? (Oziroma drugače, če imamo bagre, zakaj moramo plebejci kopati z žličkami)
Glede na to, da je večina sveta tako ali drugače prizadeta zaradi tega virusa, zakaj se za take raziskave ne vpreže vseh (ali večino) super računalnikov? (Oziroma drugače, če imamo bagre, zakaj moramo plebejci kopati z žličkami)
Ker so verjetno ti super compi zasedeni s čim drugim. Doma pa folk lahko donira par niti in se hitro skup sešteje za par super compov.
Glede na to, da je večina sveta tako ali drugače prizadeta zaradi tega virusa, zakaj se za take raziskave ne vpreže vseh (ali večino) super računalnikov? (Oziroma drugače, če imamo bagre, zakaj moramo plebejci kopati z žličkami)
Pozdravljen Damjan. V prvi vrsti gre za "Openscience for Citizen" projekt kjer sodelujejo v glavnem prostovoljci. Podoben projekt je tudi https://fold.it/ , kjer imajo tudi vprežene uporabnike. Projekt ni strogo naravosloven, ampak vsebuje tudi sociološko komponento. Seveda si želimo, da bi našli ustrezno majhno molekulo, ki bi zavrla delovanje koronavirusa, če pri tem sodelujejo prostovoljci, ki vsekakor niso plebejci, je toliko lepše. Seveda bo čas tudi, da se superačunalniki vključijo v projekt in jih bomo tudi vključili. Mogoče bomo poganjali eno tarčo kot openscience drugo pa s superačunalniki. Vendar potrebujemo res ogromno zbirko spojin zaenkrat jih je v naši knjižnici okoli 310 000. Škoda, da program za sidranje ne uporablja GPU-jev, če bi jih bi se mogoče vključil tudi kakšen kripto-rudar in namesto kripto-valut dan ali dva rudaril spojine.
Glede pomankljivosti, ki jih imajo naši programčki pa je zadeva takšna. Začetnega razvoj skript sem se lotil sam kot non-IT strokovnjak, pred šestimi dnevi, pravtako je bilo potrebno pripraviti tudi repozitorij , ker sem zaposlen na Fakulteti za kemijo imam sedaj tudi mnogo drugih obveznosti, ..... Sedaj sta razvoj skript prevzela kolega, ki sta bolj podučena v IT zadevah kot jaz osebno in dnevno iščeta nove in nove rešitve. Tako, da so seveda možne tudi kakšne pomankljivosti, idealno bi bilo, da bi program potekal v ozadju, sicer bi za obdelavo paketka potrebovali nekaj več časa ampak bi lahko uporabnik lahko računalnik uporabljal bolj nemoteno tudi za druge operacije. Seveda bi bilo dobro vsaj za Win64 in MacOS narediti grafični klient, kjer bi bila prikazana statistika, bile bi možne razne nastavitve ipd.
Če sem pravilno razumel je cilj s tem pregledati 310 000 spojin. Trenutno smo pa na 1212 (če prav sklepam iz programčka). A je kje tudi kakšna statistika, koliko jih sodeluje ipd?
Pozdravljan Damjan 1212 je številka paketka, ki je obdelan v paketku je 250 spojin.
Danes gre hitreje kot sem mislil, da bo šlo grem pripravljat nove paketke.
Kako bi naj to orodje pognal na linuxu?
Prenesi si ftp://ftp.molekule.net/PROGRAMS/FlexX_linux64bit.zip Extract-aj datoteke Odpri terminal in pojdi v `flexx` mapo Zaženi z ukazom `./run_flexx.sh`
Pri meni je bila težava če sem pognal "update" na Linux (Ubuntu 18.04.4 LTS) in Windows 10.
Prerequired files downloaded Calculating package 372 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_372.sdf -o OUT_372.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 2 Loading protein Loading reference ligand. ERROR: No entries loaded from file TEST_REF.sdf ERROR: No reference ligand available. Error flexing package (stdout) 372 : exit status 1 Prerequired files downloaded Calculating package 383 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_383.sdf -o OUT_383.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 2 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking.
"Multitasking - ability to f##k up several things at once."
"It works better if you plug it in."
"The one who is digging the hole for the other to fall in is allready in it."
Pozdravljan Damjan 1212 je številka paketka, ki je obdelan v paketku je 250 spojin.
Danes gre hitreje kot sem mislil, da bo šlo grem pripravljat nove paketke.
Kako bi naj to orodje pognal na linuxu?
Prenesi si ftp://ftp.molekule.net/PROGRAMS/FlexX_linux64bit.zip Extract-aj datoteke Odpri terminal in pojdi v `flexx` mapo Zaženi z ukazom `./run_flexx.sh`
Pri meni je bila težava če sem pognal "update" na Linux (Ubuntu 18.04.4 LTS) in Windows 10.
LP.
Dobim tole:
/ftp.molekule.net/PROGRAMS$ ./run_flexx.sh Welcome to the CITIZEN SCIENCE COVID-19 v0.4.1 lib/run_flexx: line 40: curl: command not found lib/run_flexx: line 41: [: 0.4.1: unary operator expected
environment: line 94: [: too many arguments environment: line 108: [: too many arguments
A dela normalno.
Imam za ustvarjalce vprašanje;
Would you like to keep the FlexX output files? ([Y]es/[n]o) Y
Za kakšne output fajle gre tu?
Pa idealno bi bilo, da bi prikazovalo nekakšen procen od nečesa, s kakšno hitrostjo rešuje (da lahko malo primerjamo hitrosti), kje in kaj program dela. Vsaj pri meni trenutno še ni nobenih premikajočih številk, da bi z lahkoto videl, da program živi, dela in se premika naprej. Mogoče je zaciklan v while(true) zaniki. :)
htop sicer lepo pokaže cpu na 100%
Pa za editor: če lahko na konvu novice dodate link do ZIP fajla; ene za winblows, drugi za linukse.
Pozdravljan Damjan 1212 je številka paketka, ki je obdelan v paketku je 250 spojin.
Danes gre hitreje kot sem mislil, da bo šlo grem pripravljat nove paketke.
Kako bi naj to orodje pognal na linuxu?
./run_flexx.sh
Welcome to the CITIZEN SCIENCE COVID-19 v0.4.1
Your current machine has 8 available threads
Please enter how many threads you would like this software to use (1-8/[A]ll) 4
Would you like to keep the FlexX output files? ([Y]es/[n]o)
Please answer yes or no.
Would you like to keep the FlexX output files? ([Y]es/[n]o) yes
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
100 3 0 3 0 0 8 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 8
environment: vrstica 94: [: preveč argumentov
environment: vrstica 108: [: preveč argumentov
Loading protein
Loading reference ligand.
Preparing protein and determine active site.
Run docking.
<html>
<head><title>413 Request Entity Too Large</title></head>
<body bgcolor="white">
<center><h1>413 Request Entity Too Large</h1></center>
<hr><center>nginx/1.14.0 (Ubuntu)</center>
</body>
</html>
...
...
Would you like to calculate the next package? (Y/n) % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
100 3 0 3 0 0 12 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 12
Loading protein
Loading reference ligand.
Preparing protein and determine active site.
Run docking.
<html>
<head><title>413 Request Entity Too Large</title></head>
<body bgcolor="white">
<center><h1>413 Request Entity Too Large</h1></center>
<hr><center>nginx/1.14.0 (Ubuntu)</center>
</body>
</html>
Koliko nas sploh računa te zadeve, ker imam občutek da nas več enake pakete računa. Vsakič ko pride do cca 1300 paketa gre od začetka. Torej ne povrsti ampak vedno druge pakete. Trenutno imam preko 100 output paketov in dvomim da nas je tako malo.
Tole bi lahko mleli zdaj vsi računalniki po fakultetah pa srednjih šolah Meni je tudi cudno, ker sem začel pri paketu čez 1000, zdaj pa gre spet od začetka po okrog +60 glede na prejšnjo št. paketka.
eh kompi na faksih tečejo na pentiumu, je tvoj mobitel močnejši =) kakorkoli je to fajn zadeva, ravno zdej vsi čepijo doam in uporabljajo kompe tak da gre to samo ponoči.
Welcome to the CITIZEN SCIENCE COVID-19 0.3 to start press enter
Using latest version Your computer is capable of using 4 simultaneous threads, how many of them do you want to utilize? 4 Prerequired files downloaded Calculating package 865 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_865.sdf -o OUT_865.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 4 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking. 2020/03/20 19:15:46 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking.
Done calculating page File uploaded page Do you want to continue automatically next time? (y/n) ¸¸¸¸Y Prerequired files downloaded Calculating package 402 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_402.sdf -o OUT_402.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 4 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking. WARNING: Skipped 1 molecules without 3D coordinates. 2020/03/20 20:13:52 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking. WARNING: Skipped 1 molecules without 3D coordinates.
Done calculating page File uploaded page Do you want to continue automatically next time? (y/n) y Prerequired files downloaded Calculating package 1212
Zakaj ne teče naprej tako kot bi moralo ?
Še eno par napak :
Done calculating page File uploaded page Do you want to continue automatically next time? (y/n) y Prerequired files downloaded Calculating package 1212 2020/03/20 20:19:16 Error storing package file, aborting net/http: request canceled (Client.Timeout exceeded while reading body) Prerequired files downloaded Calculating package 1219 2020/03/20 20:20:05 Error storing package file, aborting net/http: request canceled (Client.Timeout exceeded while reading body) Prerequired files downloaded Calculating package 1223 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_1223.sdf -o OUT_1223.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 4 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking.
"Multitasking - ability to f##k up several things at once."
"It works better if you plug it in."
"The one who is digging the hole for the other to fall in is allready in it."
Prerequired files downloaded Calculating package 3150 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_3150.sdf -o OUT_3150.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 2 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking. 3D_structures_3150.sdf:90: WARNING: Taking largest component (39 atoms) 3D_structures_3150.sdf:92: WARNING: Taking largest component (37 atoms) 3D_structures_3150.sdf:242: WARNING: Taking largest component (41 atoms) 3D_structures_3150.sdf:243: WARNING: Taking largest component (47 atoms) 3D_structures_3150.sdf:244: WARNING: Taking largest component (36 atoms) 3D_structures_3150.sdf:245: WARNING: Taking largest component (33 atoms) 3D_structures_3150.sdf:246: WARNING: Taking largest component (38 atoms) 3D_structures_3150.sdf:247: WARNING: Taking largest component (29 atoms) WARNING: Skipped 192 molecules without 3D coordinates. 2020/03/21 06:49:38 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking. 3D_structures_3150.sdf:90: WARNING: Taking largest component (39 atoms) 3D_structures_3150.sdf:92: WARNING: Taking largest component (37 atoms) 3D_structures_3150.sdf:242: WARNING: Taking largest component (41 atoms) 3D_structures_3150.sdf:243: WARNING: Taking largest component (47 atoms) 3D_structures_3150.sdf:244: WARNING: Taking largest component (36 atoms) 3D_structures_3150.sdf:245: WARNING: Taking largest component (33 atoms) 3D_structures_3150.sdf:246: WARNING: Taking largest component (38 atoms) 3D_structures_3150.sdf:247: WARNING: Taking largest component (29 atoms) WARNING: Skipped 192 molecules without 3D coordinates.
Done calculating page File uploaded page Do you want to continue automatically next time? (y/n) y Prerequired files downloaded Calculating package 3263 lib\FLEXX\flexx -p TEST_PRO.pdb -r TEST_REF.sdf -i 3D_structures_3263.sdf -o OUT_3263.sdf -v 4 --max-nof-conf 1 --thread-count 2 Loading protein Loading reference ligand. Preparing protein and determine active site. Run docking.
"Multitasking - ability to f##k up several things at once."
"It works better if you plug it in."
"The one who is digging the hole for the other to fall in is allready in it."
