Slo-Tech - Projekt skupnostne znanosti Covid.si, ki se je začel lani ob izbruhu pandemije, je praznoval prvo obletnico obstoja. V tem času se je projekt, ki so ga postavili Črtomir Podlipnik z UL FKKT, Marko Jukić z UM FKKT in Sebastian Pleško, razvil, a glavne aktivnosti so ostale enake. Te so molekulsko sidranje z uporabo distribuiranega računalništva, kar pomeni, da lahko z računsko močjo v njem sodeluje vsakdo.

V projektu je doslej sodelovalo 400 računalnikov, ki so v tem času računali 62 tarč in na njih izvedli prek 837 milijonov neodvisnih eksperimentov molekulskega sidranja (molecular docking). Tako se imenuje računsko ugotavljanje interakcije med molekulami, katerih biološka aktivnost zoper virus se preverja, in različnimi deli virusa. Poleg 400 računalnikov prostovoljcev v projektu uporabljajo tudi računske kapacitete, ki jih je doniral Microsoft na Azuru. S tem so pripravili knjižnico, v kateri je milijarda spojin, ki čakajo na sidranje.

Hkrati so skupaj z Inštitutom za matematiko...

Slo-Tech - Projekt Covid.si, ki so ga zagnali in ga vodijo Črtomir Podlipnik, Marko Jukić in Sebastian Pleško, v njem pa sodeluje še več posameznikov, je dobil Microsoftovo podporo. Spočetka ljubiteljski projekt boja proti koronavirusu s skupnostno znanostjo, kjer so lahko posamezniki donirali računske cikle za preverjanje interakcije biomolekul s specifičnimi deli koronavirusa (virtualno rešetanje, kar je eden izmed korakov pri iskanju in razvoju zdravil), je kmalu prerasel garažne okvire in postal vseslovenska atrakcija. Začetniki projekta, ki imajo obilico izkušenj z digitalnim iskanjem zdravil oziroma preverjanjem interakcij bioloških učinkovin, so projekt sproti negovali in širili, saj je imel v nekem trenutku več kot 23.000 uporabnikov. Računske moči je (bilo) ogromno.

Sedaj so avtorji projekta sklenili dogovor z Microsoftom, ki ga bo podprl z donacijo računske moči na platformi Microsoft Azure. Microsoft je zagnal širši petletni projekt AI for Health, kjer je na voljo 60 milijonov...

Science Advances - Medtem ko so pretekle raziskave pokazale, da novi koronavirus SARS-CoV-2 izvira iz naravnih rezervoarjev, najverjetneje netopirjev ali luskavcev, znanstveniki še vedno raziskujejo, od kod točno se je vzel. Skupina ameriških raziskovalcev z univerz Duke, laboratorija Los Alamos, univerze v El Pasu in Univerze New York je podrobno raziskala genom virusa in ga primerjala z zbirko znanih genomov drugih virusov. Primerjali so več kot 6000 genomov SARS-CoV-2, izoliranega iz različnih bolnikov (tako veliko za analizo mutacij). Ugotavljajo, da virus večinoma izvira iz netopirjev, a je imel poljub sreče od luskavcev. Evolucija je iz kombinacije ustvarila SARS-CoV-2, ki povzroča covid-19. O tem pišejo v eni izmed vodilnih znanstvenih revij Science Advances.

Nekatere pretekle raziskave so kazale, da je virus najbolj podoben koronavirusom, ki jih najdemo v netopirjih, spet druge pa so kazale na večjo podobnost z luskavci. Sodi v skupino betakoronavirusov, kjer najdemo že kopico drugih...

BBC - Požigi britanskih baznih postaj mobilne telefonije so YouTube in Facebook naposled pripravili do tega, da sta pričela odstranjevati vsebine, ki razglašujejo povezavo med omrežji 5G in pandemijo covida-19. V WhatsAppu so medtem vnovič začasno omejili posredovanje sporočil, da bi zmanjšali širjenje dezinformacij o pandemiji.

Prejšnji teden je v Veliki Britaniji zagorelo več baznih postaj mobilne telefonije, ki so jih z bencinom napadli teoretiki zarot, prepričani, da tehnologija 5G pripomore k širjenju bolezni covid-19. Takšne dezinformacije med drugimi načrtno širijo tudi skupine mešetarjev s pripomočki, ki naj bi posameznika domnevno ščitili pred sevanji. Tovrstni zaslužkarji brezvestno zlorabljajo rastoči val tesnobe in strahu, ki spremlja pandemijo, zato njihovo število narašča. Drugi način izkoriščanja negotovih razmer smo lahko videli v ponedeljek, ko je bil YouTubov video, v katerem je razvpiti teoretik zarot David Icke razglašal sorodne netočne trditve, izrabljen za zbiranje...

Slo-Tech - Ameriško ministrstvo za energetiko je skupaj z IBM ustanovilo javno-zasebni konzorcij, ki naj bi raziskovalnim inštitucijam zagotovil računsko moč za preiskave na področju virusa Covid-19. Ker je novico na dopoldanski novinarski konferenci razglasil predsednik Donald Trump, se je njegov opis projekta glasil nekoliko bolj slikovito: "Da spustimo z vajeti moč ameriških superračunalnikov!" Kot so potem nekoliko bolj vsebinsko pojasnili pri IBM, bo znanstvenikom na voljo 16 sistemov, s 775.000 procesorskimi jedri in 34.000 grafičnimi procesorji, ki bodo v seštevku zmogli 330 petaflopov računske moči. Ta bo namenjena za različne projekte na področju epidemiologije, bioinformatike in molekularnega modeliranja.

Konzorciju so se že pridružila nekatera druga ameriška podjetja, denimo Google, Hewlett Packard Enterprise, Amazon in Microsoft ter številne akademske inštitucije, kot so MIT, Oak Ridge National Laboratory in NASA. Zainteresirane znanstvene inštitucije se lahko za sodelovanje...

Slo-Tech - Slovenski znanstveniki se na različne načine pridružujejo mednarodnemu boju proti novemu koronavirusu. Za bralce te strani bo med zanimivejšimi gotovo računalniški pristop, v katerem lahko sodeluje vsakdo. Ekipa pod vodstvom Črtomirja Podlipnika z ljubljanske kemijske fakultete je začela projekt iskanja ligandov, ki se vežejo v različne proteinske receptorje ob okužbi z novim koronavirusom. Preverjanje, kako se ligand veže v biomolekulo, se imenuje sidranje (docking).

"Komplementarnost majhnih molekul je le prvi predpogoj, da lahko molekulo uporabimo kot zdravilo, preveriti je namreč treba tudi, kako se molekula metabolizira, kakšna je njena biološka dostopnost ter kakšna je njena toksičnost. Iskanje ustrezne molekule najlaže ponazorimo z iskanjem majhne igle v ogromni kopici sena," so pojasnili v opisu projekta. Pri tem ne pretiravajo, saj je možnih farmakoloških molekul res ogromno, po nekaterih ocenah okrog 10⁶⁰. Preiskovanje čim večjega dela tega kemijskega vesolja se imenuje

Slo-Tech - Med poplavo poročanja o koronavirusu, kjer nas skorajda nič ne more več presenetiti, je za nekoliko več pozornosti poskrbela novica, da naj bi se nekateri ljudje vdrugo okužili z virusom. Ker koronavirus ne mutira tako zelo hitro, bi morali biti ljudje, ki prebolijo okužbo, vsaj dva meseca po izbruhu bolezni še zaščiteni. Za zdaj kaže, da so mediji pozitivne teste napihnili in vzeli iz konteksta. Strokovnjaki opozarjajo, da vemo o virusu še zelo malo, ponovni pozitivni testi pa še ne pomenijo, da se je posameznik na novo okužil in da bo spet bolan.

Tak primer je japonska turistična vodička, ki je bila drugič pozitivna na koronavirus. Prvi pozitivni test so ji opravili konec januarja, potem pa so jo 1. februarja odpustili iz bolnišnice, ker ni več kazala simptomov bolezni. Na Kitajskem, kjer je bolezen najprej izbruhnila, je primerov drugega pozitivnega testa še več. Pri ostalih koronavirusih, ki povzročajo v glavnem prehlade (razen tistih dveh za sars in mers), ponovne okužbe niso...

Slo-Tech - Eno izmed neodgovorjenih vprašanj o novem koronavirusu je njegova življenjska doba na površinah in predmetih. Sredstva za dezinfekcijo ga brez težav uničijo, a na neobdelanih površinah se lahko zadržuje več ur. Eden izmed predmetov, ki najintenzivneje kroži med ljudmi, je gotovina. Zato so se kitajske oblasti odločile za ekstremen ukrep. Bankovce iz provinc, kjer se virus najbolj širi, bo centralna banka dezinficirala in v obtok vračala po najmanj dveh tednih. Gotovino iz manj okuženih področij bodo v obtok vračali po tednu dni.

Dezinfekcijo bodo izvajali z ultravijolično svetlobo, ki ima dovolj visoke frekvence, da poškoduje dedni zapis virusa, ker pretrga vezi v molekuli. Drugi način dezinfekcije, ki ga bodo uporabljali, je segretje na višjo temperaturo, kar prav tako škoduje koronavirusu. V večini primerov pa bo kitajska centralna banka okrepila izdajo novih bankovcev, stare pa bodo uničevali. Načrtujejo, da bodo samo v Hubeiju, kjer je epicenter epidemije, v obtok sprostili za...

Slo-Tech - Švedska kraljeva akademija znanosti je danes sporočila, da letošnjo Nobelovo nagrado za kemijo prejmejo ameriška kemičarka Frances H. Arnold (polovico) ter ameriški kemik George P. Smith in britanski biokemik Gregory P. Winter (vsak četrtino) za usmerjeno evolucijo encimov in vezavnih proteinov. Letošnji prejemniki so razvili in izpopolnili metode, ki omogočajo izrabo evolucijskih principov pri pripravi encimov, ki so koristni pri proizvodnji številnih kemikalij, vse od biogoriv do zdravil. Na podoben način selektivno vzgojena protitelesa so uporabna v boju proti...

Slo-Tech - Tretji dan razglasitev prejemnikov Nobelovih nagrad je tradicionalno posvečen kemiji. Danes smo tako izvedeli, da so letošnji nagrajenci na področju kemije švicarski biofizik Jacques Dubochet, ameriški biofizik Joachim Frank in škotski fizik Richard Henderson. Nagrado prejmejo za razvoj krioelektronske mikroskopije za določitev strukture biomolekul v raztopinah z visoko ločljivostjo. Letošnji nagrajenci so razvili metodo, s katero lahko danes opazujemo posamezne...

Nature - Foldit je eksperimentalna računalniška igra, ki so jo razvili na Univerzi v Washingtonu. Igra pomaga razvozlavati problem zvijanja proteinov, ki je biokemijsko dobro poznan, a računsko izjemno zahteven proces. Obstojijo algoritmična orodja za izračunavanje zvitja proteinov (najbolj znan je projekt distribuiranega računanja Folding@home), Foldit pa poizkusi problem napasti še z druge strani, in sicer z uporabo človeške intuicije oziroma sposobnosti možganov za prepoznavanje trirazsežnih predmetov. Rezultati so uporabni tudi v resnični znanosti.

Biokemiki so si dlje časa razbijali glavo z vprašanjem, kako se zvije encim retrovirusna proteaza M-PMV, a odgovora niso našli. Zato so...