» »

Projekt Covid.si upihnil prvo svečko

Projekt Covid.si upihnil prvo svečko

Slo-Tech - Projekt skupnostne znanosti Covid.si, ki se je začel lani ob izbruhu pandemije, je praznoval prvo obletnico obstoja. V tem času se je projekt, ki so ga postavili Črtomir Podlipnik z UL FKKT, Marko Jukić z UM FKKT in Sebastian Pleško, razvil, a glavne aktivnosti so ostale enake. Te so molekulsko sidranje z uporabo distribuiranega računalništva, kar pomeni, da lahko z računsko močjo v njem sodeluje vsakdo.

V projektu je doslej sodelovalo 400 računalnikov, ki so v tem času računali 62 tarč in na njih izvedli prek 837 milijonov neodvisnih eksperimentov molekulskega sidranja (molecular docking). Tako se imenuje računsko ugotavljanje interakcije med molekulami, katerih biološka aktivnost zoper virus se preverja, in različnimi deli virusa. Poleg 400 računalnikov prostovoljcev v projektu uporabljajo tudi računske kapacitete, ki jih je doniral Microsoft na Azuru. S tem so pripravili knjižnico, v kateri je milijarda spojin, ki čakajo na sidranje.

Hkrati so skupaj z Inštitutom za matematiko v Petrozavodsku zagnali še sestrski projekt SiDock@home, ki predstavlja razširitev projekta na platformo BOINC. To je splošna platforma za izdelavo projektov distribuiranega računanja, v okviru katere tečejo najrazličnejši projekti. Prostovoljci lahko izberejo, za kateri namen želijo donirati svojo procesorsko moč. SiDock@home jih ima že 8400 z računsko kapaciteto 284 TFlops.

Prvotna knjižnica v projektu Covid.si je vsebovala 10 milijonov ligandov, ki so jih sidrali na glavno proteazo virusa. Štirideset najbolj obetavnih spojin bodo na Biotehniški fakulteti v Ljubljani tudi eksperimentalno testirali. Projekt se nadaljuje z nadaljnjimi sidranji, saj je v knjižnicah še ogromno spojin, tarč pa tudi še niso vseh preverili. Druge aktivnosti v okviru projekta so na primer še izdelava wuhobranov (beseda leta 2020) in analiza v Sloveniji prisotnih različic virusa na podlagi javno dostopnih podatkov v GISAID-u. Prav projekt Covid.si je prvi ugotovil, da smo dobili v Sloveniji različico, ki je drugod še niso bili opazili.

5 komentarjev

gruntfürmich ::

evo, takole iz slo tech novic sem jaz 2011 leta iskal, kam lahko ponudim svojo procesorsko moč. na koncu sem se odločil za bitcoin.:))
"Namreč, da gre ta družba počasi v norost in da je vse, kar mi gledamo,
visoko organizirana bebavost, do podrobnosti izdelana idiotija."
Psiholog HUBERT POŽARNIK, v Oni, o smiselnosti moderne družbe...

Zgodovina sprememb…

zmaugy ::

wuhobranov


>:D I like!

Ampak po mojem se ne bo dolgo obdržalo...
Biseri...

Zgodovina sprememb…

  • spremenilo: zmaugy ()

Uporabnik ::

Pravijo, da je za bitcoin stran metanje resourceov, še dobro, da se najde še kakšen tak projekt :)
If You Don\'t Stand for Something, You\'ll Fall for Anything

gruntfürmich ::

Uporabnik je izjavil:

Pravijo, da je za bitcoin stran metanje resourceov, še dobro, da se najde še kakšen tak projekt :)

koliko resursov je šele šlo za tvoje življenje!8-)
"Namreč, da gre ta družba počasi v norost in da je vse, kar mi gledamo,
visoko organizirana bebavost, do podrobnosti izdelana idiotija."
Psiholog HUBERT POŽARNIK, v Oni, o smiselnosti moderne družbe...

Invictus ::

Uporabnik je izjavil:

Pravijo, da je za bitcoin stran metanje resourceov, še dobro, da se najde še kakšen tak projekt :)

Kjer lahko zmečeš stran še kaj... recimo zdravo pamet...
"Life is hard; it's even harder when you're stupid."

http://goo.gl/2YuS2x


Vredno ogleda ...

TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
»

Folding@Home (strani: 1 2 )

Oddelek: Znanost in tehnologija
627702 (308) quadrok3100m
»

Kam so šli vsi vesoljci? SETI@home zaključil delovanje

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
275501 (1631) vostok_1
»

Iskanje novih zdravil s simulacijami in evolucijo

Oddelek: Znanost in tehnologija
362923 (2225) dukenukem

Več podobnih tem