Sistem New Skies, ki ga uporabljajo za check-in, gostuje pri podjetju Navitaire, ki ima podatkovni center v Sydneyju. Ob 20. uri je odpovedala infrastruktura s SSD-ji, zato je bil cel sistem nedostopen. Navitaire ni imel rezervnega sistema, zato so šli iskat napako. Našli so je relativno hitro, nato pa so se odločili popraviti komponento, namesto da bi jo zamenjali, kar je botrovalo dolgemu času izpada. Pogodba družbe Virgin Blue s podizvajalcem sicer zahteva, da se morajo kritični sistemi vzpostaviti v najkrajšem času, a se to v tem primeru očitno ni zgodilo.
Brez alternative so prešli na sistem ročnega potrjevanja potnikov, ki je mnogo počasnejši. Omenimo, da so nov sistem uvedli pred dvema letoma in da je njegov zagon stal 10 milijonov avstralskih dolarjev. Uporabljajo ga tudi družbe Qantas, Skywest, Strategic Airlines, Alliance Airlines, Cobham in Jetstar, a te to pot niso imele problemov. Zaradi odpovedi več kot sto domačih in mednarodnih letov nastalo škodo bo pokril Navitaire.
