CFD test

Tole sicer ni tema o navijanju, je pa benchmark, po katerem želja se je pojavila v AMD ZEN temi, ki je mimogrede navrgla nekaj debate o CFD, computational fluid dynamics.

Za kaj se gre? S cfd algoritmi simuliramo tok in vrtinčenje neke kapljevine v nekem okolju, naj si bo to voda v krivini cevi, vodna turbina ali letalsko krilo. Temeljijo na reševanju sistemov navier-stokes enačb. Geometrija se pretvori v mrežo primerno majhnih celic, reševanje pa se nato dogaja v primerno majhnih časovnih korakih, ki omogočajo zajeti dogajanje na primerno majhnem nivoju, da so rezultati za nas smiselni. Podrobnosti je tukaj še mnogo (za več doktoratov mnogo), a se na tem mestu vanje ne bi spuščal. V končni fazi se večina teh zadev pretvori v obračanje velikih sparse matrik, kar je aritmetično neintenzivno delo, kar se v hardver zahtevah prevede v "hočem več memory bandwidtha".

Za test sem si izbral primer, ki je prosto dostopen vsem. Komercialni softeri tu na žalost odpadejo, najprej zato, ker je njihova cena taka, da je cena hardvera, na katerem laufa, samo za zaokrožit budget, potem pa zato, ker se njihovih benchmarkov ne sme javno objavljat. Primer je droneCFD python wrapper okrog openfoama, ki pride z example geometrijo nečesa letečega in vsemi potrebnimi nastavitvami že v priloženem examplu, kar vam omogoča enostaven primerljiv run med večimi različnimi konfiguracijami. Poleg hw je tu zanimiv še vmesni del, prevajalnik in matematične knjižnice, katerih izbira tudi ni nepomembna.

Kaj potrebujete za zagon testa? Neko dedicated mašino, na kateri je OS, ki je sposoben poganjat OpenFOAM, Paraview in Python. Zadeve si lahko prevedete in namestite sami, kar zahteva nekaj časa in znanja (sam se navdušujem nad easybuildom), lahko pa uporabite binary builde, ki jih že ponuja vaš OS. Kar se hw tiče se dajmo izognit gručam in se omejimo na to, kar se da stlačit v eno škatlo, torej workstation mentaliteta.

Vrednost tega testa je v tem, da (če bomo pridni) lahko resno vpliva na izbiro hardvera za inžinerje, ki si s takim "igračkanjem" služijo kruh in hkrati delajo ta svet lepši za vse nas. Predlagam, da se osredotočimo na wallclock time, potreben za 3000 time stepov simulacije, kar dcRun lepo izpiše na stdout. V tej temi se omejimo na objavljanje konfiguracij in rezultatov, v sosednji temi pa naj teče debata o tehničnih in drugih pogledih na vse skupaj.

Moj prvi run ever je trenutno nekje na polovici, ko bo končan, objavim konfiguracijo in številke.

Sem bolj Windows človek, a poženem to v ponedeljek.

Ker ne bi rad razsul sistem, me zanima, ali je ta liveCD zmožen poganjanja tega primera? http://caelinux.com/CMS/

Problem je samo, ker mašino uporabljam čez Teradici (PCoIP) skozi FirePro R5000. Po moje jo bom moral zvleči iz omare in jo priklopiti na zaslon in miško, ker dvomim, da so ti posposobneži naredili softver za linux (rabiš host software, drugače ne dela USB forwarding, torej miš in tipkovnica).

Točno to sem gledal na Ebay-u. Je ena SuperMicro H8Qneki quad socket za džabe, ( pokvarjena), MoBojoi za Dell PowerEdge quad socket G34 novi so pa tudi manj ko €90 + krvni davek.

Mene zanimajo discipline kot so compilanje itd, za to pa so tudi stari Optyji serije 61xx čezinčez dobri, dobijo se pa za drobiž. Recimo 6180 za €30.

Recimo 6180 za €30.

A to si gledal na ebayu onega iz litve, ki je poskodovan?

Šit. Una plata je šla za friggin €226. Pokvarjena. To je tretjina cene nove z garancijo.

Ta folk je blesav. Še dobro, da so na voljo poceni alternative.

Drži ... ker nažalost edino proizvajalci procov še vidijo vrednost v tem, da se izprsijo s svojimi zoptimiziranimi knjižnicami. Saj bi rekel "znajo prodajat", ampak je AMD fliknil vseskupaj na github, tako da ... ;)
Koliko mladine se v današnjem svetu mobile apps še želi ukvarjat z mikrooptimizacijami za nek obskuren hardver?

Bližnjice: verjetno, a so mi neznane.

ECC ram: kolikor vem ga nihče ne meče stran ... tako da veljajo tržne cene. Enako za proce.

Plate: IBM, HP, Dell, Supermicro so mi znani proizvajalci z 4p opteron platami. Trenutno imam zanimivo ponudbo za večjo količino ibm x3755 mašin.

Infiniband: dobiš sposobnost furat MPI tako kot se spodobi, dobiš RDMA in vse kar se da smiselno furat prek ib (recimo iscsi). IP over IB sicer dela lepo, a ni pretirano smiseln (na QDR dela nekje max 3gbit/s). Z ScaleMP rešitvijo si lahko narediš single-image numa mašino, a če ti je to cilj, ti bolj priporočam hw rešitev Numascale.

IB switch doda zanemarljivo malo latence. Če imaš več kot dve mašini, je switch precej smiselna izbira.

Dualport ib je zanimiva reč... kjer noben ne ve dobro, kaj z njo počet. Kolikor sem se pogovarjal naokrog, se uporablja za HA v active/passive konfiguraciji, ker imajo nekateri ljudje probleme s crkovanjem portov. Druga zanimiva konfiguracija je v varjani dveh single port kartic, vsaka v svojemu cpuju pripadajočem pci slotu. Tako lahko vsak cpu komunicira prek svojega hbaja, namesto da bi prek QPIja skakal prek soseda v svet. To je specifika intla (ex Qlogic) na dual socket platah.
Sicer velja analizirati problem, ki ga rešuješ in se vprašati, če je bandwidth res tisto, kar potrebuješ. V veliki večini primerov je latenca bolj aktualna in dual port rešitev na eni kartici ti tu ne pomaga veliko. Sploh CFD je znan po tem, da generira miljone msgjev po nekaj bajtov ...

pegasus je 12. avg 2015 ob 17:53 izjavil:

Dualport ib je zanimiva reč... kjer noben ne ve dobro, kaj z njo počet.

A bi se ga dalo recimo uporabit kot combo 40Gig-E + IB ?

Če je IP skozi IB bolj beda zadeva in če večina teh kartic zna laufat v tudi kot ethernet, se da kombo izkoristit v ta namen ?

Saj ne da ne bi bil 10G zadosti ampak če je že tale gear dostopen...

Btw, če se malo potrudiš, dobiš xeon phi online za $125. Očitno ima intel res težave to prodat ;)

Za SMB ne vem, a NFS over RDMA je "nekdo je nekoč nekje pokazal, da stvar lahko kaže znake življenja" in marketingarji temu rečejo "fully supported" ;) Tko da ne se zanašat na to, nfs furaj lepo prek etherneta. Lahko sprobaš iSER (iscsi + rdma), dela bolje v smislu "lahko kupiš drage storage rešitve s to tehnologijo".

RoCE je "rdma over converged ethernet", "converged ethernet" je ethernet brez stop frejmov, da lahko FCoE čez voziš. iWARP se ni prijel.

Kaj sicer želiš obdelovat?

Si prepričan, da ni gcc -pipe vse kar rabiš ? :)

Nekaj napredka, da ne pišem dvalkrat ... in še nekaj debate vrednih grafkov.

Za ilustracijo, kako hitrost rama vpliva na cfd zadeve ... to isto reč sem pognal na našem clustru na dveh nodeih (dual x5650), eden z ramom @ 800MHz in drugem z ramom @ 1333MHz. Razlika je očitna.
ExecutionTime = 27334.75 s ClockTime = 27472 s
ExecutionTime = 18291.22 s ClockTime = 18471 s

NI mi čisto jasno zakaj se zaj* s tem in ne naredite prej neke "štihprobe".

Če stvar vrti tam neke matrike, se verjetno da pogledati kaj se kliče v BLAS in v kakem zaporedju oziroma s kakšnimi argumenti. Tudi simpl timestamp ti lahko pove a to vsaj približno izkorišča HW ali ne.

Spuščanje skozi cele simulacije samo za nek občutek je brezupno časovno in energijsko potratno IMHO.

Lahko pojasniš ?

https://arstechnica.com/science/2018/10... ... tale link spada sem, preden se izgubi :)