Folding@Home Slo-Tech team

OCjan je ze za 250mhz, za upgrade pa zal ni....

Sem prešaltal na konzolo in zadeva je res precej hitrejša, samo tale EM3 me malo daje, ker ga ne znam uporabljat. A ga moram inštalirat (unzipat) v F@H direktorij al kako ker trenutno mi ne prepozna nobenega dela. Pa še to: a je treba une nastavitve kaj pošlihtat, al je default OK?

Jst sem se koncno zmenu za compe. 16 racunalnikov celeron 1100 za wikend. Bomo vidl kaj so zmozni narest.

Ja, cez vikend samo. Prvi teden po pocitnicah. Ker med pocitnicami v soli ni nobenga, je mal blem in nismo mogli pustit laufat.
Bolje išta nego ništa!

Odlično njok, odlično Tic. Super smo vsi, ki foldamo

Tole njokovo stran je kar link za nardit na bannerju...

njok, a lahko poveš naslov strani ?

Dynamic steps required: 5000000
Frames: 400
---
Zakaj se mi zdi da mi text-only verzija veliko dlje dela 400 framov kot pa grafična 500 framov? Kar 11 minut za 1%.

ALIEN3001: Res je, da dela "400" dlje ampak ne zardi spremembe vmesnika. Algoritem za računanje je isti! Izračun je pač različno zahteven. Je pa več pik pri 500

Če dvigneš procesu pri grafičnem odjemalcu prioriteto ni razlike med grafično in tekstovno različico. Vendar kar na High. Razlike med Low in High je pri meni kar 30%, ko računalnika ne rabim. Iz High jel že kar zamudno nazaj spustit. Se pa tudi krepko pozna pri delu z računalnikom. Ko naloži nov paket pa spet postavi na Low. Je lušten slikce pogledat ampak končen rezultat je pa slab.

Tekstovna je bistveno hitrejša in bistveno manj dela je z njo, če hočeš čimveč uporabnega potegnit iz procesorja. Sam imam tekstovno in za eno stopnjo dvigneno prioriteto. Se sploh ne pozna, da kaj dela zadej.

Ali mi kdo lahko mal bol podrobno razloži kako poteka v Win XP dodeljevanje časa posameznim procesom ali pošjle kakšen ne ravno hudo strokoven link na to temo?

njork:
Škoda, da nisi poslal linka takoj, ker sem raven snoč mal "novaču" okol znancev in prijateljev in tako posredvov star link. No ja bodo pa še kakšen mail odprli.
Ali bo ta naslov zdaj ostal?

Naslov lahko ostane tudi, ce jaz zadeve ne bom slucajno vec mogel hostat. Bo pac redirekcija na nek drug url.

A si lahko konkretna Maria, kaj je tam neumnega?

jah zanimivo je koliko časa se lahko dvigujemo in kdaj se bo vspon ustavil da bi dosegli milijon in pol točk bo še kar nekaj bitov preteklo. Samo skupine so tok skupaj po točkah da... Happy folding

> Cilj projekta ni spajanje proteinov

Tudi. Ali pa razločevanje dveh (vej) proteinov. Ali pa iskanje majhnih molekul, ki v to posegajo. Stabilizirajo pravilno in destabilizirajo nepravilno prepognjene proteine. Vse to, pa še marsikaj zraven. Vse kar je ("bio")kemija, pravzaprav.


> ampak računanje energij - posledično ustreznih konformacij aktivnega mesta in izbrane spojine, ki poteka predvsem na nivoju ionskih interakcij.

Tudi to - ne pa samo to. Poznati te energije pomeni prvi korak v vedeti, katere spojine bi bile učinkovite za kaj.


> Na ta način se določa primerna oblika spojine, ki bi bila ustrezna za inhibicijo določenega aktivnega mesta.

Seveda. Potem gre pa F@H računsko preverjat vse te odprte možnosti.


> Če bi prišlo do spajanja moleku, bi naredili strup in ne zdravilo.

Ne vedno. Radi bi spojili kakšen protein v virusu - s kakšnim drugim proteinom virusa.

>> Ko protein opravlja svojo naloge se dejansko prepogiba, prav tega postopka pa danes še ne znamo pravilno opisati oz. izračunati

V osnovi dobro vemo, za kaj gre. Že 70 let. Ampak zračunati pa ni mačji kašelj - to pa ne. No, vsaj ni še.

> Da se izračunati, vprašanje le do kakšne natančnosti.

Dovolj, da zvemo pomembne reči. Samo če imamo dovolj CPU.

> Tako kot vse ostale stvari v realnem življenju. Opisati pa se vsekakor da že sedaj. Na to temo obstajajo risanke - filmčki, ki kažejo, kako poteka vezava določenega inhibitorja na aktivnem mestu.

Risanke so plod nekega gigantskega računanja - ali pa niso realne.

>> Preko internetnih uporabnikov po celem svetu (izjemno velika računska moč) posredno odgovarjamo še na zadnja velika vprašanja v kemiji

> To sploh niso zadnja velika vprašanja

Katera so pa zadnja velika vprašanja v kemiji? Kemija = (kvantna) fizika + CPU moč.


> ne v kemiji in ne kjerkoli drugje (npr. medicinski kemiji, farmaciji, biologiji), to so preprosto praktična vprašanja multinacionalk

Tudi ljudi zanima, kaj naj "jedo", da bo šla neka bolezen stran. F@H računa odgovore na taka vprašanja.


> ki na cenejši način pridejo do odgovorov za svoje komercialne probleme.

Trenutno ni računalnika, ki bi lahko nadomestil milijone PCjev.

> Nimam nič proti temu, da tako rešujejo svoje komercialne probleme, žal mi je le, da smo ponovno v naši ljubi deželi tako neaktivni v lastni iniciativnosti (kritika ne leti na ST).

Mogoče je pa to korak v tapravo smer tudi za deželo?

>> Bolj zato, ker je to verjetno največja revolucija v medicini doslej.

> Za ta sestavek pa sploh ne vem, kaj je avtor hotel povedati.

Katera bolezen bi se še lahko upirala morebitnemu totalnemu uspehu tega projekta? Nobena. Če to ni revolucija - potem ne vem kaj je revolucija.

> Kakšna revolucija? Sekundarna, terciarna in kvarterna struktura proteinov je lastnost, ki je znana že vsaj nekaj desetletij.

Samo zelo načelno. Konkretno pa malo.

> Če je kaj revolucija, pa mislim, da je prej evolucija, je pojav in uporaba računalnikov (tako kod drugod) v teh sferah.

Computing je pripravna in težko nadomestljiva zadeva povsod. Tudi za sprožanje revolucij.

>> Predvsem je pa ta simulacija uvod v popolno obvladovanje snovi.

> Je avtor povsem prepričan v točnost tega stavka?

Če se ne bi na ta način snov mogla obvladovati pomeni, da je še neka neizračunljiva rigmarola od zadaj.

Res pa je, da kontrola lahko seže samo do atomskega nivoja. Kdaj bo eksplodiral atom urana - ne moremo nič.

Maria:

Tisto kar piše v uvodu Folding@Home je skupek (res mi je žal za izraz) neumnosti, ki nimajo kaj veliko skupnega z resničnostjo.

Ja, hvala no...
Jest sem se potrudu in napisal za kar sem menil, da je prav in resnično.

Moram pa povedat, da je prvi odstavek moj, drugi pa od Thomasa.

In oba sta kvalitetna. Očitno pa ti še bolj obvladaš zadeve in bi bilo zelo lepo če bi kaj boljšega napisala tudi sama.

Moraš pa vedet, da je bil najon poglavitni namen s Thomasom spodbuditi čimveč folka k participaciji pri projektu F@H.

Ja no, punca se bo nekaj novega naučila. Sej to je pozitivna stvar.

Fantje, sicer pa produktivnost pada

Hoj, ravnokar sem prišla domov. Vidim, da je kar nekaj vprašanj in odgovorov na moj naslov. Bom začela s preprostimi, ostali pridejo kasneje.

Double_J: jaz se vedno rada kaj novega naučim, če se od sogovornikov le lahko kaj. Pri tebi še vedno ne vem, kaj bi to lahko bilo.

AtaStrumf: žal ne študiram, pa ti.

Marjan: se opravičujem, vendar je način prevoda za moja ušesa (oči) bolj tako tako. Kaj in zakaj malo kasneje. Pa brez zamere.

Maria

Maria

Očitno si spregledala, da se projekt izvaja pod okriljem Stanfordske univerze.

Že samo to je dokaz, da je projekt dobro zasnovan in zamišljen. Sodelujejo tudi doktorji iz te univerze.

Tvoja bojazen do multinacionalk je povsem odveč. Kaj potem, če bo neka multinacionakla dobljene podatke uporabila pri izdelavi zdravil!??! To si mi želimo Maria .

Nove informacije na njihovo stran še dodajajo. Zaenkrat tam ni izračunov verjetno zato ker bi bili za 99% folka popolnoma nerazumljivi in nepotrebni.

Moraš pa videti tukaj predvsem napredek človeštva, ki ga delamo s tem da izračunavamo položaje atomov v molekuli. S tem spoznavamo kar do sedaj nismo vedeli.
Thomas je lepo napisal na tisto stran, da so to koraki do popolnejšega obvladovanja snovi.

Če te prav razumem si ti proti temu, da aktivno sodelujemo pri tem projektu? Kaj pa misliš o projektu SETI? Se ti zdi boljši?
Povej če misliš, da ne bo od tega projekta nič pozitivnega za človeštvo? Ne, moreš, ane?
No, potem si pa takoj instaliraj F@H programček in ga začni poganjat na čimbolj zmogljivem procesorju

Maria:
> Ne gre za spajanje, ampak za zvijanje, kar je bistvena vsebinska razlika. Tu se ne računa kvarterna struktura, ampak predvsem sekundarna in terciarna.

So what!? What matters is the point of this project.

>> Ko protein opravlja svojo naloge se dejansko prepogiba, prav tega postopka pa danes še ne znamo pravilno opisati oz. izračunati

> Še enkrat. Ne drži, da danes tega ne znamo pravilno opisati oz. izračunati. Če to ne bi znali, tudi Folding@Home ne bi imel kaj početi. Sama zagotovo vem, da se takšni pravilni izračuni izvajajo vsaj več kot 10 let (to je previdna ocena).

Ok, se opravičujem. Nisem strokovnjak iz tega področja. Dejstvo, da bomo s F@H izračunavanjem prišli do boljših zdravil, in kasneje do boljšega razumevanja narave, odtehta kako mojo napakico, a se ti ne zdi?
Ponavljam: Jest sem pisal za laično javnost, da zve da je F@H veliko bolj pozitivna zadeva, kot če ti procesor doma laufa v prazno.

> Projekt na ta vprašanja gotovo ne bo odgovoril. Tega znanja nimajo. O prionih gotovo vedo več nekateri v Sloveniji kot ta skupina. Malo se pozanimaj o razvitih testih za BSE pri nas.

Torej ne vidiš pointa? Se mi je zdelo... žalost.
Univerza Stanford si ne bi privoščila takih napak, ali pa celo goljufij o kakršnih govoriš ti.

Nekaj je za tem Maria. Nekaj imaš proti tem projektu, pa nam ne poveš kaj. Če bi bilo res kar pišeš, potem ne bi tukajle meni razlagala strokovnih zadev v zvezi s proteini, pač pa bi se obrnila na Stanfordsko univerzo in jih povprašala kako je s temi zadevami, ki ti trenutno niso jasne. Z veseljem bi ti odgovorili.

Marjan

Nič nimam proti projektu. Ga ne preprečujem in ga ne želim preprečevati. Samo v moji naravi je, da preden pričnem nekaj početi, poskusim dojeti za kaj gre.

In pri tem projektu sem pač imela nekaj vprašanj, na katera nisem našla odgovorov. Citiranje Stanfordske univerze zame ni dovolj, da preneham iskati konkretne odgovore na konkretna vprašanja. In realnega življenja vem, kako potekajo projekti v zahodnem svetu. Vem, da so raziskave na univerzah v veliki meri aplikativno usmerjene in posledično sponzorirane s strani multinacionalk. To seveda ni nič slabega, ker le na ta način zadeve v resnici sploh lahko funkcionirajo.

Problem pri tem projektu je v tem, kot če bi ''princip razvijanja programov proste kode'' - če uporabim primer relacije LInuxa in Microsofta' - veljal le do nivoja razvoja posameznih podprogramov programa, ki bi bili nato posredovani Microsoftu, ki bi program zlepil skupaj, zvalidiral in prodal! Prostovoljni razvojalci pa od tega ne bi imeli kaj veliko. To me bega.

Četudi Marjan rečeš bomo prišli do boljših zdravil, to v realnosti ne pomeni, da bodo zate cenejša ali lažje dostopna. Prva oseba množine tu žal zavaja.

> Univerza Stanford si ne bi privoščila takih napak, ali pa celo goljufij o kakršnih govoriš ti.

Marjan, oni nič ne goljufajo, ker nič ne obljubljajo. Samo predstavljajo, kaj bi MI VSI lahko naredili za njih. Kar ni nič narobe. Narobe je, da MI ne razmislimo, kaj lahko ONI naredijo za nas. Fair play, nič drugega. Vse ostalo povsem dobro razumem in spoštujem vajin napor s Thomasom, da sta zadevo pripravila.

> Ampak zdej gredo oni osvetlit tole zadevo.

Thomas, tu je še olala dela, po tem, se bodo izračunale zvite strukture. In tega dela, na tem oddelku ne znajo in zmorejo narediti. Razmisli, simulacije potekajo v vakuumu in ne v vodi. Prav tako ta segment ne izračunava interakcij ligand - encim (protein), kaj šele mehanizma določenih procesov. Ta segment so osnovni temelji za ljudi, ki zelo dobro vedo kaj in kako s tem. In ti sedijo v multinacionalkah... Kar ni nič narobe, če bi se ti kredit iz CPU časa upošteval pri zdravstvenem zavarovanju in tako dobil cenejše zdravilo. Tisti trenutek, ko bo zadeva urejena tako, bom dala na razpolago vse CPU-je, ki jih moja okolica ima.

Maria

Connecting science to life.

Mene bi sicer tudi zanimalo malo bolj konkretno kaj hudiča sploh izračunavamo, ker samo konformacije molekule ne povedo kaj dosti. Upam, da je pri tem vsem skupaj dejansko kaj pametnega, ker recimo za SETI ne dam enega samega samcatega procesorskega cikla ker je pač za moje pojme totalna neumnostm, ampak očitno za veliko ljudi ni in naj imajo svoje veselje. Kdo sem jaz, da jim ga odrečem?

Glede F@H vem že zelo dolgo, praktično od samega začetka, samo so se takrat pojavile govorice, da naj bi šlo za prevaro, da je to samo cover story in da je v ozadju neka firma, ki prodaja te naše cikle za nekaj čist tretjega. To je prišlo iz za mene dokaj kredibilnih ust/tipk, tako da sem pozabil na folding, dokler se ni Slo-Tech lotil zadeve in ker mam zdaj mašino praktično 24 ur prižgano (kabel ) sem pa rekel, da nej pol vsaj kaj dela.

Maria tebi se moram pa opravičit, ker sem te zgleda mal pomlajšal. Ko si omenila Tomi-ja (študent 3. letnika farmacije) sem avtomatsko predvideval, da si študentka. My bad. Zanima me potem izobrazba, zaposlitev, delo, strokovne izkušnje ipd. da vidim a lahk jaz tebi solim pamet al ti meni . Jaz sem 4. letnik farmacije + končana srednja farmacevtska + mal praktičnih izkušenj v slovenski farmacevtski industriji, tako da sem že zelo dolgo v farmacevtsko/zdravstvenih vodah. Tako dolgo, da mi že smrdijo, samo pustimo to.

To kar je napisano na tisti strani in kar si se spravila raztrančirat je za moje pojme in za potrebe Slo-Tech F@H team-a čist cool. Ne gre za neko strokovno razlago, ker očitno noben niti ne ve kaj TOČNO se dela, ampak za reklamno promocijsko gradivo za nove člane, ki jih 99% kemija sploh ne zanima in manj jo vidijo raje jo imajo, tako da ....

Pogruntaj za kaj se gre, pol pa nam vsem povej, če ti je to že tako zelo pomembno.

Maria ne vem kje vidiš direktno povezavo med tem simpozijem, ki ga je Aventis izgleda delno sponzoriral in projektom prek Stanfordske univerze.

Vse tudi primarne raziskave (vsaj jaz na tole zaenkrat gledam kot na primarno raziskavo in ne na specifično ozko usmerjeno) je tudi od nekje plačat. Proračun = davkoplačevalci, sponzorji, "dobra volja posameznikov" v tem primeru, da prispevamo nekaj neupuporabljenih virov svojih mlinčkov pod mizo.

Predlagam, da nekdo, ki se na stvar dobro spozna vpraša nosilce projekta o vseh teh odprtih vprašanjih.

Edina logična uporaba tako ali drugače dobljenih rezultatov je, da pridejo v "industrijo" in tako pomagajo, da pride prej do nekega splošno koristnega izdelka. V tem primeru morda do neke zdravilne substance, boljše poznavanje bioloških procesov, nekoč, kakšno leto ali morda desetletje prej kot sicer.

Sem mislu, da bom znoru, prvi paketek sem imu ze cez 70%, pa masina se mi ni sesula ze vec kot en teden, od kar sem na nov nalozu sistem, donz zjutraj je blo pa kr na 0%, damn . Se enkrat se mi to zgodi, po pa vse skup skenslam.

morphling1: prej sem hotu povedat, da se mi masina ni sesula ze vec kot teden in se mi tudi sedaj ni, ampak je kr skocilo na 0%, WTF?
Zvecer sem comp normaln ugasnu, zjutraj pa przgem pa kr na 0.

Marjan

Prosim, ne jemlji mojega pogleda na ozadje F@H preveč osebno.

Moj pogled na celotno zadevo vezano na F@H je naslednji:

To kar sta s Thomasom naredila, je povsem OK. V želji izboljšati svet (razvoj novih zdravil, itd) sta pripravila stran, organizirala skupino, predstavila zadeve in aktivirala delo. S tem ni nič narobe. Še posebej, če bo to prispevalo k hitrejšemu razvoju novih zdravil. Kdor želi sodelovati, lahko sodeluje in vse je OK. Marsikaj se lahko tudi naučiš.

Kar me je pri zadevi motilo je naslednje:

- roko na srce, je zadeva prevedena tako tako (četudi za laično javnost),
- zadeva ni tako revolucionarna kot izgleda. Pred leti sem v Ljubljani poslušala predavanje nobelovega nagrajenca, ki je predaval o polimerih (za te zadeve je že nekaj let nazaj dobil Nobelovo nagrado), ki bi mogoče lahko simulirali DNA ali kakšne druge zvitke (npr. proteine). Nakazal je tudi povezavo med načinom zvijanja in lastnostmi osnovnih gradnikov. F@H projekt ima prav tako za cilj študij zvijanja drugih tipov polimerov, torej sledi izvorni ideji,
- projekt lepo nagovarja (v imenu znanosti in lepše prihodnosti) vse po svetu, da sodelujejo in jih na noben način (z povedanim in zapisanim) ne zavaja ali goljufa. Je pa nekaj stvari, ki niso bile razložene in to so: - bodo izsledki in izračuni javno dostopni (mislim na raw data, tako kot PDB), bo kakšna kratkoročna povratna usluga vsem sodelujočim v podobnem znesku, kot stane elektrika, CPU amortizacija, ... , kot je to primer pri projektu proste kode v računalništvu (napiseš program, objaviš, vsi lahko uporabljajo, ti pa lahko uporabljaš programe vseh drugih!),
- kdo je glavni sponzor te skupine na Stanfordski univerzi (nisem nikjer zasledila),
- če je zadaj določena skupina multinacionalk, se le te obvežejo, da imajo sodelujoči kakšne bonifikacije pri nakupu zdravil, ki bi bila razvita na ta način?

Glede na to, da približno vem, kakšna vojna trenutno poteka med ZDA in EU tudi na tem področju, pa na področju prehrambene industrije, itd, približno razumem, da vsak od teh dveh polov skrbi, da bo ''potoček'' v globalu tekel na njegovo stran. To je z njihove strani povsem legitimno in temu pogledu ne moreš oporekati, gre predvsem za to, kako se bomo postavili sami. Ali se bomo trudili, da bo relacija čimbolj enakopravna, ali pa se bomo v odnosu pustili voditi na štrikcu.
Zavedam se, da imajo ZDA najboljši sistem funkcioniranja družbe, ki daje realne rezultate in jih razumem, da bodo storili vse, da tako ostane. To pa ne pomeni, da sama opuščam dejanja, ki bodo zagotovila dolgoročno čimbolj enakopraven odnos.

In danes mi še nihče ne zagotavlja s postavljenim sistemom, da bodo zaradi mojega sodelovanja pri F@H ali drugih projektih, zdravila v lekarni zame (sodelujoče) cenejša. Ker nič mi ne koristi, če sodelujem pri projektu, potem pa moja stara mama ne more kupiti zdravilo, ker je predrago (in takšnih je kar nekaj).
Če in ko uspemo vzpostaviti sistem vzajemnega sodelovanja, sem takoj pripravljena sodelovati.

Če pa se sodelujoči pri projektu naučijo, kako mora izgledati aplikacija, ki omogoča distribuiran način izračunavanja (btw. je mogoče za ta princip napisan kak patent) določenih računskih problemov, je pa samo dobro, če bi s tem znanjem uspeli podobno (na drugih področjih, temah) zadevo aktivirati tudi v našem gospodarstvu. Na ta način bi marsikaj naredili v svetovno dobro, pa hkrati tudi v lokalno dobro. Kar bi bilo bistveno bolje, kot kakšna SIB akcija ;-).

Maria

p.s: roCkY - poznam principe relacij konzorcijev, spin-off firm in konferenc v tej sferi in vem kaj pomeni, če se kot sponzor pojavi kakšna firma ala Aventis (ki ima lepo spletno stran).