»

Projekt Covid.si upihnil prvo svečko

Slo-Tech - Projekt skupnostne znanosti Covid.si, ki se je začel lani ob izbruhu pandemije, je praznoval prvo obletnico obstoja. V tem času se je projekt, ki so ga postavili Črtomir Podlipnik z UL FKKT, Marko Jukić z UM FKKT in Sebastian Pleško, razvil, a glavne aktivnosti so ostale enake. Te so molekulsko sidranje z uporabo distribuiranega računalništva, kar pomeni, da lahko z računsko močjo v njem sodeluje vsakdo.

V projektu je doslej sodelovalo 400 računalnikov, ki so v tem času računali 62 tarč in na njih izvedli prek 837 milijonov neodvisnih eksperimentov molekulskega sidranja (molecular docking). Tako se imenuje računsko ugotavljanje interakcije med molekulami, katerih biološka aktivnost zoper virus se preverja, in različnimi deli virusa. Poleg 400 računalnikov prostovoljcev v projektu uporabljajo tudi računske kapacitete, ki jih je doniral Microsoft na Azuru. S tem so pripravili knjižnico, v kateri je milijarda spojin, ki čakajo na sidranje.

Hkrati so skupaj z Inštitutom za matematiko...

5 komentarjev

Slovenski projekt distribuiranega računanja Covid.si dobil Microsoftovo podporo

Slo-Tech - Projekt Covid.si, ki so ga zagnali in ga vodijo Črtomir Podlipnik, Marko Jukić in Sebastian Pleško, v njem pa sodeluje še več posameznikov, je dobil Microsoftovo podporo. Spočetka ljubiteljski projekt boja proti koronavirusu s skupnostno znanostjo, kjer so lahko posamezniki donirali računske cikle za preverjanje interakcije biomolekul s specifičnimi deli koronavirusa (virtualno rešetanje, kar je eden izmed korakov pri iskanju in razvoju zdravil), je kmalu prerasel garažne okvire in postal vseslovenska atrakcija. Začetniki projekta, ki imajo obilico izkušenj z digitalnim iskanjem zdravil oziroma preverjanjem interakcij bioloških učinkovin, so projekt sproti negovali in širili, saj je imel v nekem trenutku več kot 23.000 uporabnikov. Računske moči je (bilo) ogromno.

Sedaj so avtorji projekta sklenili dogovor z Microsoftom, ki ga bo podprl z donacijo računske moči na platformi Microsoft Azure. Microsoft je zagnal širši petletni projekt AI for Health, kjer je na voljo 60 milijonov...

3 komentarji

Vprežite svoje računalnike v boj proti koronavirusu

Slo-Tech - Slovenski znanstveniki se na različne načine pridružujejo mednarodnemu boju proti novemu koronavirusu. Za bralce te strani bo med zanimivejšimi gotovo računalniški pristop, v katerem lahko sodeluje vsakdo. Ekipa pod vodstvom Črtomirja Podlipnika z ljubljanske kemijske fakultete je začela projekt iskanja ligandov, ki se vežejo v različne proteinske receptorje ob okužbi z novim koronavirusom. Preverjanje, kako se ligand veže v biomolekulo, se imenuje sidranje (docking).

"Komplementarnost majhnih molekul je le prvi predpogoj, da lahko molekulo uporabimo kot zdravilo, preveriti je namreč treba tudi, kako se molekula metabolizira, kakšna je njena biološka dostopnost ter kakšna je njena toksičnost. Iskanje ustrezne molekule najlaže ponazorimo z iskanjem majhne igle v ogromni kopici sena," so pojasnili v opisu projekta. Pri tem ne pretiravajo, saj je možnih farmakoloških molekul res ogromno, po nekaterih ocenah okrog 1060. Preiskovanje čim večjega dela tega kemijskega vesolja se imenuje

100 komentarjev

Kam so šli vsi vesoljci? SETI@home zaključil delovanje

Slo-Tech - Po 21 letih se domače iskanje vesoljcev končuje, rezultat pa je enako žalosten kot pred začetkom projekta. Nezemeljske inteligence nismo odkrili, čeprav smo porabili več bilijonov računskih ur. Maja 1999 je univerza Berkeley zagnala projekt SETI@home, v okviru katerega so lahko uporabniki donirali procesorski čas svojih računalnikov za iskanje Nezemljanov. Z namestitvijo programa so njihovi računalniki obdelovali podatke, ki so jih posneli radioteleskop v portoriškem Arecibu, radioteleskop v Virginiji in avstralski Parkes. V projektu so iskali radijske signale, ki bi jih pošiljala inteligentna bitja iz vesolja.

Iz vodstva projekta so sedaj sporočili, da odjemalci ne bodo mogli prevzeti novih podatkov po 31. marcu letos. Kot so pojasnili, so se za to odločili iz dveh razlogov. Znanstveno je odločitev smiselna zato, ker so izčrpali praktično vse zbrane podatke. Hkrati pa je to tudi ekonomsko utemeljeno, saj upravljanje sistema za distribuirano izračunavanje zahteva veliko naporov....

27 komentarjev

Začenjajo preizkušanje cepiva proti gripi, ki ga je pomagala razviti umetna inteligenca

Slo-Tech - V ZDA se začenja 12-mesečno preizkušanje novega cepiva proti gripi, ki ga v medijih označujejo kot prvo cepivo, ki ga je razvila umetna inteligenca. Resnica je kot po navadi nekoliko bolj zapletena in manj fantastična, a kljub temu gre za pomemben korak naprej pri uporabi umetne inteligence za načrtovanje zdravilnih učinkovin.

Na Univerzi Flinders v Adelajdi so razvili dodatek za cepivo, ki ga je v celoti napovedala umetna inteligenca, sedaj pa bodo v klasični dvojno slepi študiji preverili, ali učinkuje. Študijo na ljudeh so začeli izvajati minuli teden, v njej pa v ZDA v osmih raziskovalnih centrih skupno sodeluje 240 ljudi. Dvojno slepa študija pomeni, da nekateri ljudje dobijo novorazvito zdravilo drugi pa ne, pri čemer niti bolniki niti ostali sodelujočih...

15 komentarjev

Odkrito novo največje praštevilo

Slo-Tech - Kolaboracija GIMPS je odkrila novo največje praštevilo, ki ima kar 22,3 milijona mest v desetiškem zapisu oziroma pet milijonov več kot prejšnji rekorder. Praštevilo je odkril Curtis Cooper z Univerze Central Missouri, ki je imel v lasti tudi prejšnje tri rekorde. Univerza bo prejela 3000 dolarjev nagrade.

GIMPS je projekt distribuiranega izračunavanja, v katerem sodelujejo prostovoljci s celega sveta v iskanju novih največjih praštevil. Da je teh neskončno mnogo, je pokazal že Evklid, a iskanje čedalje večjih je zaradi omejene računske moči precej zahtevno. Splošen algoritem za preveritev, ali je neko število praštevilo, obstaja, a je popolnoma neuporaben za večja praštevila (celo klasično deljenje je...

23 komentarjev