Ključni problem je Amazonova dvojna vloga. Amazon je na lastni platformi, ki je vodilno mesto za spletno trgovino na svetu, v vlogi prodajalca in ponudnika infrastrukture za zunanje prodajalce. S tem, ko nudi platformo ostalim prodajalcem, dobi Amazon vpogled v poslovne podatke, ki niso javni, denimo količine prodanih izdelkov, prihodki prodajalcev, število obiskovalcev in ogledov ipd. Komisija ugotavlja, da večje količine teh nejavnih podatkov tečejo k uslužbencem Amazona, ki delajo na prodaji Amazonovih izdelkov, da na njihovi podlagi sprejemajo strateške odločitve o prodajnih taktikah. Amazon tako na primer ve, kaj se najbolje prodaja na celotni platformi, in potem svoje izdelke iz te skupine bolj izpostavi.
Komisija meni, da se Amazon s tem izogiba običajnim tveganjem, ki so povezana s poslovanjem, in v Nemčiji in Franciji, ki sta največja trga v EU, zlorablja svoj položaj. Če bo preiskava to potrdila, bo šlo za kršitev 102. člena Pogodbe o Evropski uniji, ki prepoveduje zlorabo prevladujočega položaja na trgu. Začetek formalnega postopka ne pomeni, da se bo ta končal z negativnimi ugotovitvami za Amazon. Pomeni le, da obstajajo sumi za obstoj nepravilnosti.
Poleg teh očitkov pa v drugi, nepovezani preiskavi Komisija Amazonu očita tudi favoriziranje lastnih ponudb in ponudb prodajalcev, ki uporabljajo Amazonovo logistiko in dostavo. Gre za oznako Buy Box, ki jo dobijo prodajalci, da lahko potem ponujajo izdelke naročnikom na Amazon Prime v skladu s temi pogoji. Kdor dobi oznako Buy Box, ima večjo izpostavljenost na spletni strani in se od daleč zdi, kot da je edini ponudniki nekega izdelka. Komisija bo preiskala, ali so merila, po katerih se ta značka podeljuje, jasna in nepristranska.
Amazon se je že odzval z besedami, da kategorično zanikajo očitke Evropske komisije in da si bodo še naprej prizadevali, da bi Komisija dobila točne podatke. Ob tem dodajajo, da imajo manj kot 1-odstoten tržni delež med prodajalci in da niso največji. Pristojna komisarka Margrethe Vestager je dejala, da se zdi, da Amazon krni konkurenco. Komisija opaža, da milijoni transakcij in izdelkov, ki se tržijo in sklepajo prek Amazonovih stani, takoj romajo v Amazonove algoritme.
