Forum » Kaj kupiti » Nakup računalnika za bioinformatiko
Nakup računalnika za bioinformatiko
AcoBetalow ::
Zdravo,
Zanimam se za nakup računalnika za srednje zahtevne bioinformacijske naloge.
Zahteve so torej precej pomnilnika (32 Gb), dovolj procesorske moči (razmišljal sem o i5 4690) in
najmanj 2 TB diska. grafika ni pomembna.
A mi lahko kdo svetuje primer stabilne in učinkovite konfiguracije za tovrstne namene?
Ima morda kdo izkušnje s tega področja, saj me zanima tudi,
če ni mogoče boljša opcija najem super-računalnika.
Hvala vnaprej za vse ideje, opombe, nasvete..
Lep pozdrav
Zanimam se za nakup računalnika za srednje zahtevne bioinformacijske naloge.
Zahteve so torej precej pomnilnika (32 Gb), dovolj procesorske moči (razmišljal sem o i5 4690) in
najmanj 2 TB diska. grafika ni pomembna.
A mi lahko kdo svetuje primer stabilne in učinkovite konfiguracije za tovrstne namene?
Ima morda kdo izkušnje s tega področja, saj me zanima tudi,
če ni mogoče boljša opcija najem super-računalnika.
Hvala vnaprej za vse ideje, opombe, nasvete..
Lep pozdrav
m0LN4r ::
A to za magisterij? Lahko se pozanimam, če je potrebno.
https://www.youtube.com/user/m0LN4r
Zgodovina sprememb…
- spremenil: m0LN4r ()
AcoBetalow ::
V laboratoriju bi se šli sekvenciranje, tako da bi želeli vzpostaviti nek pipeline za daljše obdobje,
vendar vseeno to ne bi bil vsakodnevni fokus, vsaj ne še zaenkrat.
Zato je težko ocenit kaj se bolj splača, nakup ali najem.
A mogoče veste kateri super-računalnik pa se najbolj splača najemat?
vendar vseeno to ne bi bil vsakodnevni fokus, vsaj ne še zaenkrat.
Zato je težko ocenit kaj se bolj splača, nakup ali najem.
A mogoče veste kateri super-računalnik pa se najbolj splača najemat?
Zgodovina sprememb…
- predlagalo izbris: GTX970 ()
GTX970 ::
Katero programsko opremo uporabljaš za svoja opravila ?
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: GTX970 ()
m0LN4r ::
5820K zna biti dobra investicija za daljši rok, + nekaj let pozneje nadgradi.
Si prepričan, da ne upoabljate gpu computing?
Si prepričan, da ne upoabljate gpu computing?
https://www.youtube.com/user/m0LN4r
AcoBetalow ::
Obdelava sekvenc je zaenkrat še precej raztrešena.
V glavnem obstajajo za vsak korak svoji odprtokodni programi ali algoritmi, ki se
jih nato povezuje (s Python-om, R-om, shell-om...)
Trenutno še zaganjamo, tako da se vse dogaja na naših osebnih PCjih.
Problem se pojavi zaradi količine podatkov. Od 10 - 15 Gb
.txt fajlov na sekvenciranje, ki jih je potrebno potem obdelat.
V glavnem obstajajo za vsak korak svoji odprtokodni programi ali algoritmi, ki se
jih nato povezuje (s Python-om, R-om, shell-om...)
Trenutno še zaganjamo, tako da se vse dogaja na naših osebnih PCjih.
Problem se pojavi zaradi količine podatkov. Od 10 - 15 Gb
.txt fajlov na sekvenciranje, ki jih je potrebno potem obdelat.
Isotropic ::
mah najemat se ne splača. a si to na BF?
ce tako procesiranje traja dolgo časa (teden, dva), raje nabavite xeon in ecc ram, da ne bodo potem napake. sicer pa 5820k. plata naj ima pa čimveč rež za ram (8).
ce tako procesiranje traja dolgo časa (teden, dva), raje nabavite xeon in ecc ram, da ne bodo potem napake. sicer pa 5820k. plata naj ima pa čimveč rež za ram (8).
Zgodovina sprememb…
- spremenil: Isotropic ()
m0LN4r ::
Na kakih delate zdaj? Procesor/ram/disk ?
Nevem kaj točno delate, ampak če imaš možnost za gpu pospeševanje, bi ga blo fajn izkoristiti: http://www.nvidia.com/object/bio_info_l...
ker bo hitreje od bilokaterega proca z kakim titanom naprimer.
Glede ECCja pa moraš sam približno vedeti ali se splača ali ne.
Nevem kaj točno delate, ampak če imaš možnost za gpu pospeševanje, bi ga blo fajn izkoristiti: http://www.nvidia.com/object/bio_info_l...
ker bo hitreje od bilokaterega proca z kakim titanom naprimer.
Glede ECCja pa moraš sam približno vedeti ali se splača ali ne.
https://www.youtube.com/user/m0LN4r
AcoBetalow ::
V Mariboru smo, na medicini mamo Illumino MiSeq.
Jaz sem čisto nov tukaj, imam najmočnejši računalnik in je i5, 16 Gb rama.
Zaenkrat sistem še vzpostavljamo in ker delam stvari po korakih in se še
učim, še nimam problemov.. vendar ko enkrat sestavimo pipeline bo to kar imamo
premalo. Pa zdej je keš, tako da premlevamo opcije=)
Ne vem skoraj nič še o gpu, zato mal osnovno uprašanje. Kaj so kakšne zahteve
glede mojega hardwara ali česarkoli drugega, da lahko gpu koristim?
Jaz sem čisto nov tukaj, imam najmočnejši računalnik in je i5, 16 Gb rama.
Zaenkrat sistem še vzpostavljamo in ker delam stvari po korakih in se še
učim, še nimam problemov.. vendar ko enkrat sestavimo pipeline bo to kar imamo
premalo. Pa zdej je keš, tako da premlevamo opcije=)
Ne vem skoraj nič še o gpu, zato mal osnovno uprašanje. Kaj so kakšne zahteve
glede mojega hardwara ali česarkoli drugega, da lahko gpu koristim?
Isotropic ::
kupi enega titana zraven pa je.
problem je, da mora softver podpirat.
problem je, da mora softver podpirat.
Zgodovina sprememb…
- spremenil: Isotropic ()
m0LN4r ::
Če imate kake slabše i5ke, lahko računaš z 5820k na vsaj 2xni boost oz. 3x z 5960X.
Če denar res ni problem, potem je seveda v igri res kak xeon, ecc, tesla, titan ipd. zadeve.
Če denar res ni problem, potem je seveda v igri res kak xeon, ecc, tesla, titan ipd. zadeve.
https://www.youtube.com/user/m0LN4r
pegasus ::
AcoBetalow je izjavil:
A mogoče veste kateri super-računalnik pa se najbolj splača najemat?Dvignem roko. Ker se ravno z desetinami terabajtov bioinformatike ukvarjam :)
Vredno ogleda ...
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
|---|---|---|---|
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
| » | Render workstation konfiguracija (strani: 1 2 3 )Oddelek: Kaj kupiti | 17583 (12123) | Machete |
| » | X99Oddelek: Kaj kupiti | 1671 (1235) | SimplyMiha |
| » | PRO-ji 3d rendrov!!! Potrebujem vaš nasvetOddelek: Kaj kupiti | 6943 (6172) | m0LN4r |
| » | Komponente za nov računalnikOddelek: Kaj kupiti | 5498 (4733) | bobby |
| » | Osem jeder za domačo rabo: Intel Haswell-E (strani: 1 2 3 4 )Oddelek: Novice / Procesorji | 36321 (29665) | hojnikb |