Slo-Tech - Projekt skupnostne znanosti Covid.si, ki se je začel lani ob izbruhu pandemije, je praznoval prvo obletnico obstoja. V tem času se je projekt, ki so ga postavili Črtomir Podlipnik z UL FKKT, Marko Jukić z UM FKKT in Sebastian Pleško, razvil, a glavne aktivnosti so ostale enake. Te so molekulsko sidranje z uporabo distribuiranega računalništva, kar pomeni, da lahko z računsko močjo v njem sodeluje vsakdo.

V projektu je doslej sodelovalo 400 računalnikov, ki so v tem času računali 62 tarč in na njih izvedli prek 837 milijonov neodvisnih eksperimentov molekulskega sidranja (molecular docking). Tako se imenuje računsko ugotavljanje interakcije med molekulami, katerih biološka aktivnost zoper virus se preverja, in različnimi deli virusa. Poleg 400 računalnikov prostovoljcev v projektu uporabljajo tudi računske kapacitete, ki jih je doniral Microsoft na Azuru. S tem so pripravili knjižnico, v kateri je milijarda spojin, ki čakajo na sidranje.

Hkrati so skupaj z Inštitutom za matematiko...

Slo-Tech - Projekt Covid.si, ki so ga zagnali in ga vodijo Črtomir Podlipnik, Marko Jukić in Sebastian Pleško, v njem pa sodeluje še več posameznikov, je dobil Microsoftovo podporo. Spočetka ljubiteljski projekt boja proti koronavirusu s skupnostno znanostjo, kjer so lahko posamezniki donirali računske cikle za preverjanje interakcije biomolekul s specifičnimi deli koronavirusa (virtualno rešetanje, kar je eden izmed korakov pri iskanju in razvoju zdravil), je kmalu prerasel garažne okvire in postal vseslovenska atrakcija. Začetniki projekta, ki imajo obilico izkušenj z digitalnim iskanjem zdravil oziroma preverjanjem interakcij bioloških učinkovin, so projekt sproti negovali in širili, saj je imel v nekem trenutku več kot 23.000 uporabnikov. Računske moči je (bilo) ogromno.

Sedaj so avtorji projekta sklenili dogovor z Microsoftom, ki ga bo podprl z donacijo računske moči na platformi Microsoft Azure. Microsoft je zagnal širši petletni projekt AI for Health, kjer je na voljo 60 milijonov...

Science Magazine - Ameriški državni financer NIH (National Institutes of Health) je iz nepojasnjenih razlogov ukinil financiranje raziskave koronavirusov, ki se je ukvarjala z razumevanjem, od kod prihajajo in kako lahko z netopirjev preskočijo na ljudi. Nenadna prekinitev projekta, ki mu je bilo lani odobreno podaljšanje financiranja za 5 let, je sprožila polemike v raziskovalni skupnosti, da se na podlagi neresničnih govoric sprejemajo zelo resnične odločitve, piše Science. Projekt je bil ukinjen teden dni za tem, ko je ameriški predsednik javno ponovil (znanstveno ovrženo!) trditev, da je novi koronavirus ušel iz kitajskega laboratorija, in ob tem dodal, da bo ta omenjeni projekt končan zelo hitro.

Del ameriške politike še vedno ponavlja teorijo, da naj bi novi koronavirus, ki povzroča covid-19, nekako pobegnil iz laboratorija v Wuhanu. Raziskave tega ne podpirajo in kažejo, da ima novi virus izvor, kakor so ga imeli dosedanji, tj. preskok z živalske vrste na človeka. Tak dogodek je malo verjeten...

Slo-Tech - Ameriško ministrstvo za energetiko je skupaj z IBM ustanovilo javno-zasebni konzorcij, ki naj bi raziskovalnim inštitucijam zagotovil računsko moč za preiskave na področju virusa Covid-19. Ker je novico na dopoldanski novinarski konferenci razglasil predsednik Donald Trump, se je njegov opis projekta glasil nekoliko bolj slikovito: "Da spustimo z vajeti moč ameriških superračunalnikov!" Kot so potem nekoliko bolj vsebinsko pojasnili pri IBM, bo znanstvenikom na voljo 16 sistemov, s 775.000 procesorskimi jedri in 34.000 grafičnimi procesorji, ki bodo v seštevku zmogli 330 petaflopov računske moči. Ta bo namenjena za različne projekte na področju epidemiologije, bioinformatike in molekularnega modeliranja.

Konzorciju so se že pridružila nekatera druga ameriška podjetja, denimo Google, Hewlett Packard Enterprise, Amazon in Microsoft ter številne akademske inštitucije, kot so MIT, Oak Ridge National Laboratory in NASA. Zainteresirane znanstvene inštitucije se lahko za sodelovanje...

Slo-Tech - Slovenski znanstveniki se na različne načine pridružujejo mednarodnemu boju proti novemu koronavirusu. Za bralce te strani bo med zanimivejšimi gotovo računalniški pristop, v katerem lahko sodeluje vsakdo. Ekipa pod vodstvom Črtomirja Podlipnika z ljubljanske kemijske fakultete je začela projekt iskanja ligandov, ki se vežejo v različne proteinske receptorje ob okužbi z novim koronavirusom. Preverjanje, kako se ligand veže v biomolekulo, se imenuje sidranje (docking).

"Komplementarnost majhnih molekul je le prvi predpogoj, da lahko molekulo uporabimo kot zdravilo, preveriti je namreč treba tudi, kako se molekula metabolizira, kakšna je njena biološka dostopnost ter kakšna je njena toksičnost. Iskanje ustrezne molekule najlaže ponazorimo z iskanjem majhne igle v ogromni kopici sena," so pojasnili v opisu projekta. Pri tem ne pretiravajo, saj je možnih farmakoloških molekul res ogromno, po nekaterih ocenah okrog 10⁶⁰. Preiskovanje čim večjega dela tega kemijskega vesolja se imenuje

Slo-Tech - Kot je znano, se je Amazon pritožil na odločitev ameriškega Ministrstva za obrambo, s katero je to deset milijard ameriških dolarjev vreden projekt JEDI (Joint Enterprise Defense Infrastructure) zaupalo Microsoftu. Zdaj je sodišče objavilo tudi podrobnosti pritožbe, ki se razteza na 103 straneh, v ključnem delu pa govori o neprimernem vmešavanju predsednika Donalda Trumpa v samo odločitev. Znano je namreč, da Trump slabo prenaša Jeffa Bezosa, ustanovitelja Amazona in, kar je še pomembneje, lastnika časnika The Washington Post, ki občasno neusmiljeno udriha po trenutni administraciji ZDA.

Bezosovi odvetniki tako navajajo pričevanje sodelavca nekdanjega obrambnega ministra Jamesa Mattisa, ki mu je Trump zaukazal "odjebati Amazon ven iz pogodbe" (screw Amazon out of the contract), in še nekaj podobnih incidentov. Odvetniki zato zahtevajo, da že temeljna pravičnost terja ponovno presojo vloženih ponudb, na tej podlagi pa tudi novo odločitev. Prav tako bi sodišče moralo razsoditi ali...

Nature - Foldit je eksperimentalna računalniška igra, ki so jo razvili na Univerzi v Washingtonu. Igra pomaga razvozlavati problem zvijanja proteinov, ki je biokemijsko dobro poznan, a računsko izjemno zahteven proces. Obstojijo algoritmična orodja za izračunavanje zvitja proteinov (najbolj znan je projekt distribuiranega računanja Folding@home), Foldit pa poizkusi problem napasti še z druge strani, in sicer z uporabo človeške intuicije oziroma sposobnosti možganov za prepoznavanje trirazsežnih predmetov. Rezultati so uporabni tudi v resnični znanosti.

Biokemiki so si dlje časa razbijali glavo z vprašanjem, kako se zvije encim retrovirusna proteaza M-PMV, a odgovora niso našli. Zato so...