Vsak satelit Galileo ima štiri atomske ure - dve rubidijevi in dve vodikovi. Natančno tiktakanje teh ur je ključ za delovanje sistema, zato je zahtevana natančnost nanosekundna. Glavna ura je vodikova, ki meri 1,4-GHz prehod v vodikovem atomu in teče z natančnostjo 0,90 nanosekunde na dan, medtem ko je rubidijeva ura z natančnostjo 3,6 nanosekunde na dan sekundarna. Vse te ure se redno sinhronizirajo s cezijevimi atomskimi urami na Zemlji, ki še natančneje merijo GST (Galileo System Time).
Na vseh prizadetih satelitih delujejo še tri od štirih ur, le na enem sta odpovedali dve. ESA je zaskrbljena tudi zato, ker je napaka prizadela pet vodikovih ur v starejših satelitih in tri rubidijeve v novejših. Indijski navigacijski sistem uporablja enake ure, a nimajo nobenih težav. Točne razloge še iščejo, imajo pa že nekaj osumljencev. Rubidijeve ure naj bi imele kratke stike, medtem ko naj bi bil problem vodikov ur predolgo nedelovanje, zaradi česar so se njihove lastnosti tako spremenile, da jih ni mogoče zagnati.
