Čudno obnašanje PHPja

Svojo spletno stran in izdelal v HTMLju pred kradkim pa sem se začel ukvarjat z PHPjem.
Zato sem vse strani pretvoru iz HTMLja v PHP. Potem so se pa začeli zlo čudni zapleti pri povezavah med stranmi. Ko sem brskal v podstrani je vse delalo normalno (mi je odpiralo v PHP formatu), ko pa sem se hotel vrniti na začetne strani mi jih je hotelo odpreti v HTML obliki (ki je seveda ni bilo mogoče odpreti). To se mi je dogajalo na lokalnem serverju in na strežniku. Najprej sem pomislil, da mi program ni pravilno naredil povezav zato sem vsako preveril a so ble vse pravilno povezane na .php . Najbolj me pa bega to da mi je index.php normalno odpiralo ne glede na to iz kod sem ga klical.

Upam da ste razumeli moj problem in upam da mi boste znali pomagati
Hvala za odgovore