» »

Kako poteka diagnostika koronavirusa

Kako poteka diagnostika koronavirusa

Slo-Tech - Čeprav je smrtnost novega koronavirusa (2019-nCoV) še vedno nizka, je spremljanje širjenja tega virusa ključnega pomena. Za ta namen pa potrebujemo dobro diagnostiko, ki je mogoča zaradi silovitega napredka biokemije v zadnjih dveh desetletjih. Razvoj metode za zanesljivo diagnostiko še pred dvema mesecema neznanega virusa je velik uspeh, ki sloni na delu predhodnikov. Virusa namreč ne moremo preprosto nagojiti v petrijevkah.

Novi virus sodi v družino koronavirusov, ki jih k sreči že dobro poznamo. Štirje povzročajo navadni prehlad in so z nami že od pamtiveka, SARS in MERS pa sta novejša in tudi nevarnejša. Tudi zaradi njiju so že leta 2005 razvozlali genom koronavirusov. Tako poznamo, kateri dela genoma hitro mutirajo, in kateri so stabilni. Za potrditev virusa je namreč treba loviti ravno prav spremenljive dele njegovega dednega materiala. Ti se ne smejo spreminjati, ko virus mutira, hkrati pa ne smejo biti tako splošni, da bi pozitivni rezultat dajali tudi ostali koronavirusi.

Koronavirusi ima dedni material zapisan v obliki RNK (in ne DNK), kar predstavlja prvo nevšečnost. Večina orodij za genske manipulacije deluje na DNK, zato je treba iz RNK koronavirusa pridelati DNK. Rešitev tega problema so v preteklosti prinesli prav virusi (retrovirusi), saj smo iz njih izolirali encim reverzna transkriptaza, ki ga virusi uporabljajo za prepis svoje RNK v DNK, ki se potem vgradi v celice gostitelja. V živih bitjih poteka transkripcija iz DNK v RNK, ki potek usmerja nastajanje proteinov. Toda retrovirusi znajo tudi obratno, sedaj pa tudi mi, kar v konkretnem primeru zelo koristi.

Reverzna transkriptaza torej prepiše RNK virusa v DNK, pri čemer se ne obremenjujemo z dejstvom, da prepiše tudi vse ostale kontaminante, ki so prisotne: DNK gostitelja, bakterije itd. Z današnjo računsko močjo je tudi v kopici sena moč najti iglo - genom koronavirusa. Tega so kitajske oblasti že objavile. Pri diagnostičnem testu uporabljamo metodo PCR. Z encimom iz vročeljubnih bakterij lahko podvojimo del DNK, ki ga zamejimo z začetnimi oligonukleotidi. Ker genom koronavirusa poznamo, vemo, katere začetne oligonukleotide moramo uporabiti, da bomo podvojili želeni del DNK. V praksi se uporablja PCR združen z reverzno transkriptazo, da sta koraka zlepljena. To je rutinska tehnika. Pri PCR gre za to, da najprej segrejemo raztopino DNK, da se vijačnici ločita, nato nanju prilepimo začetna nukleotida in nato pustimo encimu polimerazi da izdela kopiji. Tako lahko z več cikli eksponentno kopiramo isto DNK. Na koncu je vzorec praktično samo želena DNK, medtem ko je vse ostalo šum.

Na koncu je treba rešiti še problem lažnih pozitivnih rezultatov. V teoriji se začetni nukleotidi prilepijo le na ustrezna mesta na DNK. Če jih ni - torej če v vzorcu ni koronavirusa - podvojevanje ne bi smelo poteči. V praksi kljub temu sčasoma nakopiramo DNK, saj se začetni nukleotidi lahko prilepijo na podobne, a ne povsem skladne kose DNK. A ker se to zgodi sčasoma, ne pa takoj, lahko iz zamika ugotovimo, ali resnično kopiramo DNK virusa (takoj) ali zgolj smeti (zakasnitev). To pa vidimo tako, da uporabimo posebno barvilo, ki fluorescira, kadar je v raztopini prisotna dvovijačna DNK. Tako pogledamo, kdaj se začne svetlikati pozitivna kontrola in kdaj negativna, pa bomo takoj vedeli, ali je vzorec pozitiven ali ne. Kogar zanimajo tehnične podrobnosti, pa si lahko prebere priporočila CDC.

15 komentarjev

FlyingBee ::

...silovitega napredka biokemije v zadnjih dveh desetletjih.

Še kdo pomisli najprej, da je ravno v tem lahko problem?

jype ::

FlyingBee je izjavil:

Še kdo pomisli najprej, da je ravno v tem lahko problem?
Ne.

mr_chai ::

Kako je z mutacijami tega virusa ?

blay44 ::

A nebi blo boljš za diagnostiko uporabiti en pošten elektronski mikroskop.
Ga lepo avtomatizirati, da bi bila tista zabita AI vsaj kaj koristna in kar zanesljivi rezultati bi cepali ven?

Matthai ::

Pozabljaš na tri faktorje:
- cena
- mobilnost (da dela na terenu)
- dostopnost take naprave
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

blay44 ::

Strinjam se z mobilnostjo. Rešiš problem z večjim številom.
S tem bi omogočili dostop mladine(ne samo posvečenih, pravilno usmerjenih) do 100nm sveta. To pa bi lahko pomenil nov preskok v naslednjih generacijah.
In to za ceno 5G omrežja.>:D
Zdej kaj je boljše....
Tole igranje z RNKjem se men ne zdi čist nedolžno. Vsaj dokler ne razumemo sinteze vseh beljakovinc.

DeeJay ::

Matthai ::

Tile pravijo, da bi lahko kmalu razvili zdravilo (OK, začeli clinical testing): https://www.google.com/amp/s/www.foxbus...

Tole pa niso ravno spodbudne informacije:
https://archive.is/Iw58p#selection-549....

"Instead of creating immunity the virus can reportedly reinfect an individual and hasten fatal heart attack"

The source also said the virus has "outsmarted all of us," as it can hide symptoms for up to 24 days.
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

pegasus ::

Matthai je izjavil:

The source also said the virus has "outsmarted all of us," as it can hide symptoms for up to 24 days.
To je samo evolucija v praksi oz. posledica brezglave uporabe zdravil, predvsem antibiotikov. V prihodnosti lahko pričakujemo več takih cvetk.

Matthai ::

Antibiotiki pa virus? Antibiotiki vplivajo na bakterije.

Lahko malo razložiš (kolikor vem, se spoznaš na to področje)?
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

friendbreez ::

"...druga dva primera, ki so ju v petek odkrili v neki bolnišnici v Vakajami, med strokovnjaki povzročila hudo zaskrbljenost. Gre za kirurga in bolnika, obolela za boleznijo covid-19, ki med seboj nista imela nikakršnega stika. Prav tako nobeden od njiju ni bil v stiku z ljudmi, ki so pred kratkim potovali na Kitajsko...".

We are doomed :|

mr_chai ::

Uni k pravte, da je bil virus umetno ustvarjen: NARAVA ZNA SAMA USTVARITI OGROMNO VIRUSOV, MED NJIMI TUDI NEKAJ SMRTONOSIH! IN TO VELIKO HITREJE IN BOLJ UČINKOVITO, KOT JIH ZNAMO LJUDJE.

Matthai ::

Na začetku se je pisalo o tem, da koronavirus ni airborne in da je kužen nekje do 14 dni... zdaj smo imeli primer oseb, ki so bil en atestiranju negativne, pa so kasneje zbolele:
https://www.24ur.com/novice/tujina/na-k...

Potniki, ki so zapustili ladjo Diamond Princess, ki je bila 14 dni v karanteni, se vračajo domov. Avstralca, ki sta imela potrdilo japonskih oblasti, da nista okužena s koronavirusom, sta ob vrnitvi v domovino zbolela za covid-19, o podobnem primeru poročaju tudi iz Izraela.


Kakšen teden nazaj ali več, so se na internetu pričele širiti "teorije zarote", da testi za virus dajejo lažno negativne rezultate:
https://archive.is/Iw58p#selection-549....

The source also said the virus has "outsmarted all of us," as it can hide symptoms for up to 24 days. This assertion has been made independently elsewhere, with Chinese pulmonologist Zhong Nanshan (???) saying the average incubation period is three days, but it can take as little as one day and up to 24 days to develop symptoms.


In pa o lažno negativnih testih:

Also, the source said that false negative tests for the virus are fairly common. "It can fool the test kit - there were cases that they found, the CT scan shows both lungs are fully infected but the test came back negative four times. The fifth test came back positive."
According to the BBC and other media outlets, some laboratory tests are incorrectly telling people they are virus-free. There is also anecdotal evidence of people having up to six negative results before being diagnosed correctly.


No, zdaj se uradno že govori o 27-dnevni inkubacijski dobi:
https://www.24ur.com/novice/tujina/v-it...

Medtem se pojavljajo nove dileme v zvezi z inkubacijsko dobo virusa. Pri 70-letnem moškem iz kitajske province Hubej so se namreč simptomi bolezni pojavili šele 27 dni po okužbi, pravijo oblasti - kar bi lahko pomenilo, da je inkubacijska doba precej daljša od 14 dni, kot so domnevali doslej, poroča Reuters.

Če bi se potrdilo, da je inkubacijska doba daljša, bi to precej zapletlo situacijo, saj bi to pomenilo, da je bila doslej predvidena karantena - 14 dni - prekratka.


Med tem v Sloveniji dva iz tist eladje dajo na komercialni let (ker je test pokazal, da sta negativna), a ko prideta domov, ju bo hodil v karanteno obiskovat zdravstveni tehnik v hazmat obleki???
All those moments will be lost in time, like tears in rain...
Time to die.

call_cry-pto ::

Navadna gripa 600.000 smrtnih zrtev na leto. Tudi v procentih je stevilka visja tako da je tole eno navadno medijsko strasenje zarad bog ve cesa ze...

mr_chai ::

call_cry-pto je izjavil:

Navadna gripa 600.000 smrtnih zrtev na leto. Tudi v procentih je stevilka visja tako da je tole eno navadno medijsko strasenje zarad bog ve cesa ze...


Neumna primerjava. O gripi vemo vse, o tem virusu pa še zelo malo. Ne vemo točno kako se širi, kakšne so dolgotrajne posledice ter če postanemo sploh imuni, ko prebolimo bolezen.


Vredno ogleda ...

TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
»

Nadaljevanje zgodbe o gensko spremenjenih dvojčicah in zakaj ju ne bi smeli dobiti

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
306563 (2535) SaXsIm
»

Nobelova nagrada 2015 za kemijo za raziskave popravljanja DNK

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
78207 (1961) friendbreez
»

Napredek v boju proti HIV-u (strani: 1 2 )

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
8322299 (19258) Iatromantis
»

Najpomembnejše znanstveno odkritje leta 2011: protiretrovirusna zdravila zmanjšujejo

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
278401 (4631) MrStein
»

Aids je ozdravljiv

Oddelek: Problemi človeštva
162995 (2497) mihec87

Več podobnih tem