Simulacija življenja

Imam nekaj CPUja in nekaj memorya. Rad pa bi simuliral življenje evkariotskega enoceličnega organizma.

Kaj potrebujem oziroma kakšni so pogoji, da bo simulacija verodostojna?

Glede teh pogojev se lahko izrazite konkretno, kot tudi abstraktno.

Tudi to globino, ki jo simulacija naj zavzema, sem imel v mislih. Namreč menim, da se za tako simulacijo lahko uporabijo eni približki in da ni potrebno zajeti delovanja vse do kakih kvarkov ipd. Ali pač?

Tema je mišljena bolj v smislu debate, kot pa pomaganju meni. Torej - kako bi ti postopal, če bi se lotil česa takega?

Mogoče bi bilo lažje, če bi lastnosti te celice, ki bi jo nato podvrgli simulaciji, se pravi kako se odziva na razne inpute, vsaj deloma prevzeli po nekem že znanem in živečem organizmu. Npr ameba je primerna podlaga, čeprav se razmožuje nespolno. (razmnoževanje je nasploh problem.)

Torej ta enoceličar, ki ga želimo simulirati je ameba.

Menim, da je najprej potrebno izdelati in dodelati simulacijo okolja, v katerem živi - ker če bomo naši celici že na začetku dovajali napačne inpute, bo simulacija bolj slaba in daleč od kredibilne.

Nisem mislil na render, pač pa na hardcore simulacijo okolja. Se pravi v tem primeru vodno okolje z vsemi dodatki (razni ioni, drugi delci,food, ipd.) Tole okolje mora biti simulirano zelo realistično, če je cilj dobra simulacija organizma. Tudi prava ameba verjetno ne bi mogla živeti v čisti tekočini H2O molekul.

In pa še - koliko več resursov je potrebnih za simulacijo nekega živega organizma napram resursom, ki so potrebni za njegov obstoj v naravi?

Do zdaj je torej določen en pogoj:
- realistično okolje simulirano na računalniku

A ima kdo kakšne izkušnje s tem v zvezi? Ali kakšne linke vsaj?

Ampak če simulacija ni taka, da bi upoštevala procese na ravni atomov, potem ni več simulacija, pač pa navidezna resničnost. Pravzaprav bi moral realizem iti še globlje - v atom. Ali pač?

A se da z nekimi aproksimacijami zadosti dobro (npr. 80% korektno) prikazati okolje in organizem, brez spuščanja na raven atomov?

Volumen simulacije je 1 cm^3, velikost amebe pa tam maksimalno 700 mikrometrov. Če zgrupiramo kakih milijardo atomov skupaj in tvorimo skupine, ki potem postanejo osnovni delci, se mogoče celo da simulacijo izvesti na peceju.

Kar se pa tiče spiska dražljajev in reakcij organizma nanje, ta podatek mi je neznan - a se to da zevoluirati? Problem je, da to potem več ni ameba - oz. niti ne more biti ameba, ker se ameba razmnožuje nespolno.

Ali pa lahko osnovno naredimo simulacije amebo, ki je izredno tupasta in nima dražljajev usklajenih z reakcijami. Dodamo ji spolno razmnoževanje in jo evolucijsko izpopolnjujemo. Dolžina tega seznama odzivov je lahko kar enaka številu genov amebe. A lahko taki simulaciji potem sploh še rečemo simulacija? Ali pa zaradi te evolucije postane zopet navidezna resničnost.

A je bolje če rečem navidezna simulacija? Se pravi nekaj, kar le izgleda tako, kot stvar, ki bi naj bila. V tem smislu je bila mišljena tudi navidezna resničnost.

P.S.: A je res tako malo zanimanja na tem področju?

ohh, zanimanja je ogromno, sam v končni fazi ugotoviš da nočeš le amebe, ampak karkoli

če že hočeš samo amebo, potem imho je najbolje da se tega lotiš na takem "logičnem" nivoju, brez molekul, kot en state machine recimo. amebica ima recimo 20 različnih stanj ter nekaj senzorike. potem to zavrtiš in gledaš...

S kakim celular automata (CA) bi se dalo recimo simulirati razmnoževanje enoceličarja. Glede na pogoje okolice (hrana,svetloba,voda,zasedenost...) napišeš en CA program.

Oziroma narediš en genetski algoritm, ki ti poišče najboljše parametre tistih pogojev, tako da najbolj posnema realno razmnoževanje...

Ta ideja mi je prišla najprej na um.


Če hočeš enoceličarja na atomskem nivoju... zaenkrat žal ne.
To bodo recimo delal v IBM leta 2005 z Blue Gene( ki naj bi bil najmočnejši superračunalnik, ko bo gotov).


Bi poiskal še kaj gradiva na netu ter na disku ampak trenutno nimam prav dosti časa.