Server cluster

V sluzbi smo se odlocili za nakup server clusterja, ki bi ga nasi biomedicinsko-raziskovalni laboratoriji uporabljali za bioinformaticne analize velikih bioloskih baz(preko 2 milijona zapiskov), programiranje z javo in perlom ter (od zacetka) predvsem rocno in algoritmicno (simulacije) 3D modeliranje beljakovin in molekul. take studije so zelo informaticno intenzivne - na Macintoshu dualprocessor G5, na primer, ena simulacija oz threading komparativnega 3D modeliranja molekule na podlagi neke sorodne znane, zahtvea oba procesorja, povezavo na net in traja tudi po 3-4 ure, da se prvi grobi modeli dobijo in ocenijo. Zdaj bi pa cluster moral podpirat 20 takih uporabnikov, ki bodo bolj ali manj socasno delali podobne stvari.

Delovno okolje je univerza na internet2 povezavi, spocetka bo dnevno intenzivnih uporabnikov mogoce kakih 20, obcasnih (tedensko) pa kakih dodatnih 30-40 (ne le 3D simulacije).

Vsi v nasi skupini, ki izbira hardware in software za to novo orodje, smo ze uporabljali clusterje, ampak v rokah drugih laboratorijev ali organizacij. Tudi samo upravljanje streznika bomo, mislim, da znali strokovno izpeljat.
Nihce pa nima ravno obcutka za to, kako izbrat pravilni hardware, se posebej za to, ker bi radi sistem nastavili tako, da bi ga lahko nadgrajevali in razsirjali kakor bodo projektne finance dopuscale.

Nasi sefi so nam dali dobavitelja, ki bi ga mi "morali" uporabit, tule je link do izbire za konfiguracije....
http://www.pssclabs.com/products/

Rada bi slisala vasa mnenja o najboljsi izbiri teh opcij, ki jih to podjetje predlaga, se posebej v tistih delih konfiguracije, ki so najpomembnejsi za tak cluster, glede na opisano uporabo....

Kaj pravite in svetujete glede nakupa?

$10,000-$15,000 sigurno, lahko bi pa, ob ustrezni utemeljitvi od oddelka dobili tudi do $25,000... problem mojega tima raziskovalcev je, da ne poznamo prednosti in slabosti komponent, ki grejo v tak cluster. In poskusam iskati informacije po netu in pri ljudeh, ki imajo vec izkusenj...

Iz menedzerske plati je seveda vazno, da cimbolj ucinkovito nalozimo denar.. moj interes pa je tudi v temu, da, ce tudi zacnemo z malo konfiguracijo, vseeno kupimo nekaj, kar se bo izkazalo za prijazno kasnejsim upgradeom...

Rabš aplikacijo, ki podpira cluster, alpa tako, ki teče na programih middlewaru Condor, Alchemi alpa MPI -ju. Ko veš, kaj zahteva aplikacija, se lažje odločiš + pod katerim OSom teče tvoja aplikacija ... najbolje je da na UNIXu, drugače si prisiljen na Windowsih delat s kompromisi.

Cluster iz 16 p4 3ghz je zlo hitr za računanje matematičnih problemov v matlabu, za vas bi rabl pač več mašin in močnejše mogoče. ..

Pa nujna zahteva za Opterona je dve palčki RAM na procesor, po možnosti seveda 2x1GB ampak ni nujno