Programska oprema, ki krmili MARSIS, je nastajala v okolju Windows 98 (seveda na plovilu ne teče Windows!) in je stara več kot dvajset let. Zato je čas, da namestijo novo programsko opremo, ki so jo razvili v italijanskem Inštitutu za astrofiziko (INAF) in podjetju Enginium. Z nadgradnjo bodo izboljšali sprejem signala in povečali kapaciteto za obdelavo podatkov. Že z obstoječo opremo je bil MARSIS izjemno koristen, saj je med drugim odkril vire vode pod površjem leta 2018. MARSIS v ta namen uporablja nizkofrekvenčne radijske valove, katerih odboj od površja meri. Dosedanja programska oprema je shranjevala vse podatke, kar je hitro zapolnilo polnilnik in omejilo zmožnosti obdelave podatkov. Po nadgradnji bo instrument že sam zavrgel nepotrebne podrobnosti.
Misija Mars Express je doživela že več podaljšanj delovanja. Trenutno je odobrena do konca leta, a bo ob dobrem delovanju zelo verjetno še podaljšana.
