Slo-Tech - Poltretje leto po preskoku SARS-CoV-2 na ljudi in sledeči pandemiji covida-19 so v Science objavili dve študiji, ki sta z različnimi metodami pokazali enako: virus se je na človeka najverjetneje prenesel na wuhanski tržnici z živalmi Huanan. Ta teorija bistveno bolje opiše zbrane podatke od alternativne hipoteze, da naj bi virus ušel iz laboratorijev inštituta za virologijo v Wuhanu. Rokopisa obeh raziskav ste bila že dlje časa dostopna na strežnikih z rokopisi, sedaj pa sta v Science objavljena kot recenzirana članka.

V prvem so analizirali pojavljanje prvih znanih primerov okužbe, tako v Wuhanu kakor neposredno na tržnici. Prve potrjene diagnoze so v lokalnih bolnišnicah zabeležili med 18. in 29. decembrom, še preden je bila tržnica Huanan izpostavljena kot zelo verjeten kraj prvega prenosa. Pregled podatkov o okužbah je pokazal, da je bilo 55 od 168 prvih primerov neposredno povezanih s tržnico. To se sicer sliši malo, a z današnjim znanjem o virusu ni nenavadno. Kakor danes je...

Slo-Tech - V sredo so Svetovni zdravstveni organizaciji (WHO) iz Južne Afrike prijavili novo različico koronavirusa SARS-CoV-2, ki ima oznako PANGO B.1.1.529, včeraj pa so jo uradno poimenovali različica omikron. Nevarnejše različice že nekaj časa dobivajo imena po črkah grške abecede. Uradno je nova različica VOC (variant of concern), torej razlog za skrb. Takšno oznako dobijo različice, ki so bolj nalezljive, s spremenjeno virulentnostjo in klinično sliko ali na katere cepiva in drugi javnozdravstveni ukrepi učinkujejo slabše. Varianta delta je dobila to oznako v dveh mesecih, omikron pa 72 urah.

Različica omikron se je prvikrat dokumentirano pojavila 9. novembra 2021. Tedaj je bil odvzet najzgodnejši vzorec, v katerem so potrdili omenjeno različico. Ta ima več mutacij kot običajno, in sicer vsaj 32 na proteinu S (spike). Ta je ključni za vdor virusa v celice, hkrati pa je to tudi protein, na katerega ciljajo cepiva. Kako bodo omenjene mutacije vplivale na učinkovitost obstoječih cepiv, še...

Slo-Tech - Minuli teden so pri sekvenciranju genomov iz vzorcev SARS-CoV-2, ki so odvzeti v Sloveniji potrjenim okuženim, odkrili kombinacijo mutacij, ki je doslej še niso poznali. Različica virusa B.1.258.17, ki je znana po mutacijah N439K, Δ69_70 in V772I (ima pa še druge), je dobila še mutacijo N501Y. Če bodo potrdili dovolj primerov te kombinacije mutacij (meja je pri 50), bo registrirana kot nova različica. A ne gre računati na to, da bo dobila ime slovenska različica. Poimenovanja po državah se sicer zdijo eno logična in enostavna, a jih tako za viruse kakor njihove različice Svetovna zdravstvena organizacija odsvetuje. Razlogov je več, ključna pa sta povezana s stigmatizacijo ("kitajskega virusa", kot so SARS-CoV-2 nekateri nasilno poimenovali, pač ne prenašajo Kitajci) in odkritjem. Četudi so varianto B.1.1.7, ki ji v medijih često pravijo britanski sev, res prvi odkrili v Veliki Britaniji, to ne pomeni, da je tam tudi nastala - podobno kot tudi španska gripa pred stoletjem nima vira...

Slo-Tech - Virusi mutirajo. Ne ker bi imeli kakšen zloben načrt postati nevarnejši (in večina mutacij ni takšnih), temveč ker so biološki stroji nepopolni. Pri kopiranju dednega zapisa nastajajo napake, ki so sicer redke, a konec koncev omogočajo evolucijo. Virusi imajo življenjski cikel skrajšan do skrajnosti, zato lahko njihovo evolucijo opazujemo v vsakdanjem življenju. Virus SARS-CoV-2, ki povzroča trenutno epidemijo covida-19, je mutiral že večkrat, a večina sevov ni nič bolj nalezljiva. Več pozornosti pa zbuja britanski sev (poimenovan B.1.1.7. ali VOC 202012/01 - variant of concern December 1), zaradi katerega so države konec minulega leta jele množično odpovedovati polete do Velike Britanije. Sev se je hitro razširil v jugovzhodni Angliji in Londonu, kasneje pa tudi drugod po svetu.

Pri virusih se zaradi hitrosti njihove replikacije mutacije kopičijo, zato je v vsakem trenutku v populaciji razširjenih cel kup podvariant z rahlo spremenjenimi genskimi zapisi. CDC ocenjuje, da se vsaka...

Slo-Tech - Da smo v slabem letu dni dobili več cepiv za covid-19, se lahko zahvalimo hitri določitvi genskega zapisa novega koronavirusa (SARS-CoV-2). Cepiva so potem v resnici izdelali izjemno hitro, še hitreje, kot se zdi, saj so poleg poznavanja genoma virusa imeli že dobro razvite metode sinteze cepiv RNA. Tako je lahko levji delež enoletnega čakanja od pojava virusa do cepljenja odpadel na preizkušanje cepiv in klinične teste. Kako so torej razvozlali genski zapis virusa?

Informacije o novem koronavirusu so Kitajci prvikrat javno objavili 31. decembra (nekaj ur pozneje tudi v angleščini), 10. januarja pa je bil celoten genom virusa že znan. Kogar zanima, si ga lahko tudi pogleda, saj je javno objavljen (originalni članek v Nature). Postopku pravimo sekvenciranje. Z njim ugotovimo, v kakšnem zaporedju so baze (adenin, gvanin, citozin in timin/uracil) v genskem zapisu. Ker imamo slovar, torej katero aminokislino posamezna trojka, poimenovana kodon, zapisuje, lahko tako hitro določimo

Slo-Tech - Časnike zadnje dni polnijo novice o novem sevu virusa SARS-CoV-2, ki so ga prvikrat odkrili v Veliki Britaniji, kasneje pa še v Italiji in Avstraliji. Britanski premier je dejal, da je novi sev 70 odstotkov bolj nalezljiv od starega, ob čemer so strokovnjaki zastrigli z ušesi. Britanski premier si številke seveda ni izmislil, temveč je povzel Erika Volza z Imperial College London, ki je prvi uporabil to številko. Premalo informacij imamo, da bi lahko postavili takšno kvantitativno oceno, kar je poudaril tudi Volz, a za zdaj kaže, da novi sev vendarle hitreje skače s človeka na človeka.

Dejstvo je, da je novi sev tu. To ni nič posebnega, saj virusi ves čas mutirajo. Encimi, ki skrbijo za podvojevanje DNK ali RNK, niso preveč natančni, zato se približno vsakih milijon ponovitev prikrade v kopijo kakšna napaka. Ker ima človeško telo ob okužbi milijarde virusov, to ni redek pojav. Večina mutacij je nekoristnih oziroma škodljivih, zato se nikamor ne razširijo. Vsake toliko časa pa se...

Science Advances - Medtem ko so pretekle raziskave pokazale, da novi koronavirus SARS-CoV-2 izvira iz naravnih rezervoarjev, najverjetneje netopirjev ali luskavcev, znanstveniki še vedno raziskujejo, od kod točno se je vzel. Skupina ameriških raziskovalcev z univerz Duke, laboratorija Los Alamos, univerze v El Pasu in Univerze New York je podrobno raziskala genom virusa in ga primerjala z zbirko znanih genomov drugih virusov. Primerjali so več kot 6000 genomov SARS-CoV-2, izoliranega iz različnih bolnikov (tako veliko za analizo mutacij). Ugotavljajo, da virus večinoma izvira iz netopirjev, a je imel poljub sreče od luskavcev. Evolucija je iz kombinacije ustvarila SARS-CoV-2, ki povzroča covid-19. O tem pišejo v eni izmed vodilnih znanstvenih revij Science Advances.

Nekatere pretekle raziskave so kazale, da je virus najbolj podoben koronavirusom, ki jih najdemo v netopirjih, spet druge pa so kazale na večjo podobnost z luskavci. Sodi v skupino betakoronavirusov, kjer najdemo že kopico drugih...

Slo-Tech - Čeprav mediji že od samega začetka poročajo, da se je novi koronavirus na ljudeh pojavil na tržnici v Vuhanu, kjer da je preskočil z živali, je internet poln drugačnih teorij, ki segajo od bioterorizma do ponesrečenega laboratorijskega poizkusa. Raziskovalci iz ZDA, Velike Britanije in Avstralije so z analizo genoma v Nature Medicine pokazali, da virus ni laboratorijska nesreča ali namerno gensko spremenjen. Kot že tolikokrat v zgodovini smo imeli smolo, da je napačen netopir ob napačnem času na napačnem mestu srečal napačnega človeka.

Strokovno ime za virus je SARS-CoV-2 in sodi v skupino koronavirusov, v kateri so ljudem nevarni še SARS-CoV, MERS-CoV ter štirje prehladi (HKU1, NL63, OC43 in 229E). Koronavirusov je sicer v naravi še več, saj okužijo predvsem živali. Obstajajo štirje rodovi koronavirusov: alfa, beta, gama in delta. Alfa in beta izvirajo iz netopirjev, gama iz ptičev, delta pa iz prašičev. Okužijo lahko tudi druge živali, denimo krave. SARS, MERS in SARS-2 (novi...