Ars Technica - V reviji Nature je bil ta teden objavljen članek z naslovom The energetics of genome complexity, v katerem avtorja Nick Lane in William Martin ugotavljata, da se je razvoj kompleksnega večceličnega življenja na Zemlji zgodil drugače, kot to učijo ustaljene teorije. Svoje navedbe podpirata z energetsko hipotezo - za razvoj kompleksnega življenja je namreč omejujoči dejavnik energija, ki jo lahko celica pridobi.

Evkariontske celice energijo pridobivajo z zapletenim postopkom v organelih, ki se imenujejo mitohondriji. Tam se elektroni iz NADH in FADH₂ v štirih proteinskih kompleksih prelagajo na terminalni akceptor, ki je molekularni kisik (pri tem se reducira v vodo), ob čemer se protoni črpajo prek membrane. Nastali potencial...

Slashdot - Ekipa raziskovalcev iz Univerze v Alberti je tekom svojih raziskav prišla do presenetljivega odkritja gena imenovanega TRIM22, ki prepreči širjenje virusa HIV tako, da prepreči njegovo ponovno sestavo v celicah in s tem prepreči, da bi se lahko virus razširil na druge celice, saj se mora tekom svojega reprodukcijskega cikla virus HIV ponovno sestaviti, da lahko nadaljuje svoje popotovanje. Ker standardna zdravila niso učinkovita na vedno nove mutacije virusa, do katerih lahko pride tekom reprodukcijskega cikla in lahko posledično samo omejijo virus in ga ne morejo popolnoma uničiti, je to odkritje še toliko bolj spodbudno, saj bi naj omenjeni način ponujal rešitev tudi v boju proti takšnim mutacijam.

Po besedah Stephen-a Barr-a, molekularnega virologa, ki vodi omenjeno ekipo, poskušajo trenutno ugotoviti, zakaj se ta gen ne izrazi pri posameznikih s HIV obolenjem in kako bi ga lahko aktivirali. Prav tako upajo, da bodo njihove raziskave pripomogle k dejanskemu razvoju zdravil in...

Univerza v Ljubljani - Slovenska ekipa študentov je pred kratkim na mednarodnem tekmovanju študentskih ekip z raziskovalnimi projekti iz sintezne biologije, ki je potekala na univerzi MIT, osvojila prvo mesto.

Predstavili so nov način zdravljenja okužbe z virusom HIV, ki se razlikuje od trenutno najbolj uspešne metode HAART. Mutacijam virusa, ki ga naredijo odpornega na zdravila so se izognili tako, da so namesto posameznih virusnih molekul izkoristili ključne virusne funkcije.

Izvorno novico si lahko ogledate na:
http://www.uni-lj.si/novica.aspx?id=535

Študentom za preboj iskreno čestitam

Wired News - Ko sem se pred nekaj dnevi učil za izpit biotehnologije, me je presenetilo, da je kar 70% podjetij, ki se ukvarjajo z biotehnologijo, razporejena na nekaj kvadratnih kilometrih okoli University of California. Lahko torej samo ugibate, kje je nastala sledeča ideja.

Tako Wired poroča, da sta znanstvenika s te univerze ob pomoči diplomanta in finančni podpori nekaj sto tisoč dolarjev uspela narediti virus, ki se veže na virus, ki povzroča človeško imunsko pomanjkljivost, in ga inaktivira. Virus je namreč bil biotehnološko modificiran, saj ne vsebuje viruletnih zaporedij nukleotidov, ampak samo protismiselno DNA, ki onemogoča prepisovanje v proteine in virusu HIV onemogoča delitev.

Poskusi so zaenkrat prestali računalniško preračunavanje in celo na izoliranih celicah, in ker so bili uspešni, bodo naslednji tarča poskusne živali.

Problem, ki ga vidita predvsem idejni vodje, pa je, da je tehnologija pravzaprav tako preprosta, da bi jo lahko kdo uporabil tudi v drugačne namene....

Ars Technica - Sicer zveni zelo publicistično, samo v sedanjem zdravstu raziskovalec ne bo uspel pri javnosti, ne glede na to, kakšno pomembno odkritje bo objavil, razen če bo odkril postopek, ki bo pomagal pri terapiji ali diagnostiki rakavih obolenj. Kakorkoli, sledeča novica ne spada v omenjeno skupino.

Kdor je poslušal vsaj osnove nastanka rakave bolezni ali se o tem kako drugače pozanimal, ve, da je za nastanek "raka" ključna sprememba določenega dela genskega zapisa. Na srečo je velika večina teh spremenjenih zaporedij nukleotidov že znana, tako da je bilo samo še vprašanje časa, kdaj bo postopek postal laboratorijsko uporaben. Tako sama tehnika, ki so jo razvili v Weizmannovem inštutu v Izraelu temelji na vezavi komplementarne enovijačne DNA, ki ob ligaciji na "DNA računalnik" inducira restriktazo Fok1. Odcepi se del DNA, ki po translaciji in transkripciji kaže protitumorno delovanje. Če bo vezave prvega liganda ne pride, reakcija ne poteče.

Seveda je še nemogoče govoriti o praktični...

New Scientist - Mnogo smo že govorili o novih sojih bolezni, ki se pojavljajo, in nas pridno spravljajo v grob. Evolucija pač producira nove in nove viruse, ki nas napadajo na vedno novejše načine. Saj nič osebnega, samo programirani so za replikacijo, tako kot tudi naši geni.

Bi se lahko zgodilo, da bi kakšen virus postal naš zaveznik v boju proti recimo virusu HIV, ki povzroča AIDS? Ravno to se je, tako kaže, zgodilo. Skrivnostni virus GB zavira razvoj virusa HIV in odlaga izbruh končne, terminalne faze bolezni AIDS.

Bakteriofage - viruse, ki uničujejo (kužne) bakterije, so doslej že opazili. Antivirusnega virusa pa še ne. To je prvi tak primer. Zanimivo je tudi to, da deluje ta GBV-C virus podobno, kot nekateri genetski faktorji, virusu HIV neprijazni. Klik.

New Scientist - Načrt je tak, da bi viruse, ki lahko prodrejo v celice, natovorili z zlatom. Zlato bi tam (še vedno v virusu) poskrbelo za Ramanovo sipanje zelene laserske svetlobe. Manj kot milijoninka fotonov se udeleži tega dogajanja, vendar se zaradi zlatih nanodelcev tako ojača, da se bo notranjost celice in dogajanje v njej lepo pokazalo. Da ga bo mogoče posneti z resolucijo 30 nanometrov. Dobili bomo posnetke virusov in celic, natančne kot bi posneli notranjost hiše s centimetersko natančnostjo! Novica.

Teoretično ozadje.

BBC - V Angliji je bil nekdo obsojen zaradi umora prostitutke pred desetletji. "Pokopala" ga je DNA, kar ne bi bilo nič čudnega, če do njega ne bi prišli preko nekega njegovega sorodnika, ki v času umora še rojen ni bil. Vendar je bil policiji znan, njegova DNA se jim je pa zdela podobna morilčevi DNA, najdeni takrat pri žrtvi. Ko so bile DNA analize še Sci-Fi. Link.

Slo-Tech - Spet eno zastrašujoče dejstvo: znanstveniki newyorške univerze so dokazali, da se da na internetu kupiti sestavine za sestavo sintetične inačice virusa otroške paralize. Ta virus so znanstveniki nato tudi injecirali v miš, katero je virus prvo paraliziral, nato pa v kratkem času še ubil. Še najbolj zastrašujoče dejstvo, ki ga je posredoval Jeronimo Cello, avtor študije o možnosti sinteze virusa, je to, da je virus "zelo enostavno narediti". Okej, vem, po notorioznih dogodkih 11.9. prejšnjega leta ter po vsej zagnani paniki nad antraksom v pisemskih pošiljkah, je možno pričakovati tudi udar virusa poliomielitize, a v to dejstvo dvomim. Vseeno se WHO (World Health Organisation, Svetovna zdravstvena organizacija) že pripravlja na možno vrnitev otroške paralize, hkrati pa opozarjajo, naj države držijo spodobno zalogo cepiv proti vsem virusom, ki so že "izumrli", saj se lahko vrnejo praktično kadarkoli. Klik! Okej, a pol mau pogledam po trgovincah na netu, mal zamešam, trikrat zakolnem,...

News.com.au - Zadnje čase je moj največji problem pomanjkanje časa, saj mi vsega pobere šola. No, vendar pa si vseeno kdaj pa kdaj vzamem nekaj minutk, da še kaj spišem. Zaradi rahle odsotnosti so moje novice sicer ustrezno zastarele, vendar pa se trudim, da iz svojega velikega arhiva povezav izberem le najbolj zanimive in še vedno aktualne :).
Tale je že ena izmed takih, govori pa o t.i. DNA Copyrightu. Kaj to pomeni? Gotovo veste, da velika večina podjetij veliko da na razne avtorske pravice, ki največkrat pokrivajo razne članke, spise, programsko opremo in še kaj. Zadnje čase pa se na zahtevo raznih filmskih zvezd in ostalih znanih osebnosti uveljavlja tudi DNA copyright, saj so prej omenjene zvezde izrazile skrb o raznih klonih, ki bi jih lahko pridobili iz njihovega DNA-ja. Na njihove skrbi se je odzval The DNA Copyright Institute of San Francisco, ki za ne tako zelo majhne denarje ponuja copyright na DNA zapis. Noro? Presodite sami. ...