System32? Ni

Ali misliš System32, ki je podmapa mape Windows?
Ni možno, da izgine, ker potem ne bi nič delalo, ker je v bistvu ravno ta mapa bistvo Oparacijskaga sistema.

Lahko pa je seveda skrita in jo ti ne vidiš, kar je naštimano tudi po defaultu zaradi tvoje varnosti
Če katerikoli file iz te mape, ali katere od podmap, izbrišeš se Windows ne bodo več niti zagnali, zato je bolje da se jo sploh ne vidi