» »

AlphaFold izračunal strukturo vseh proteinov

AlphaFold izračunal strukturo vseh proteinov

vir: Nature
Slo-Tech - Algoritem AlphaFold, ki ga je DeepMind pokazal predlani in lani odprl vsem, je napravil še korak naprej. Potem ko je lani predvidel strukturo milijona proteinov, so sedaj javnosti priobčili zbirko napovedi strukture 200 milijonov proteinov. Zbirko so pripravili v sodelovanju z EMBL (European Molecular Biology Laboratory) in je na voljo vsakomur, saj je del odprtokodne baze AlphaFold Protein Structure Database. Izvršni direktor DeepMinda Demis Hassabis je dogodek pompozno označil kot darilo človeštvo, a dejansko gre za velik dosežek.

Določanje oblike proteinov je težak problem. Proteine sestavljajo aminokisline, katerih zaporedje določa primarno strukturo. Kako se potem te zvijejo v prostoru v sekundarno in terciarno strukturo, pa je zelo težko pravilno napovedati. Zgodovinsko smo strukture določali eksperimentalno, kar prinaša svojevrstno omejitve (rentgenska difrakcija je možna na kristaliziranih proteinih). Računalniško napovedovanje se zdi logičen korak naprej, a je zaradi ogromnega števila možnosti to nemogoče rigorozno preveriti. Tekmovanje Critical Assessment of Structure Prediction, ki poteka vsaki dve leti, omogoča primerjanje računalniških algoritmov, ki napovedo strukturo proteinov, katerih resnična struktura je bila nedavno eksperimentalno določena (a še ni javna). Tam je AlphaFold vse od izuma za razred boljši od konkurence.

A pomembne so številke. Še pred dvema letoma smo pisali, da poznamo strukturo 170.000 proteinov. Odkar obstaja AlphaFold, se je to število povečalo na milijon. Sedaj pa so znane strukture vseh poznanih proteinov, torej približno 200 milijonov. To vključuje proteine, ki jih imajo živali, rastline, bakerije, arheje in vsi drugi organizmi. Poznavanje njihovih struktur bo dalo velik pospešek aplikativnemu raziskovanju v vedah o življenju, denimo iskanju zdravil in zdravljenju nekaterih genskih bolezni. Ob tem je treba vedeti, da gre vendarle za izračune in ocene. V nekaterih primerih je lahko napoved AlphaFolda nenatančna, a pričakovati je, da se bo algoritem sproti učil in izboljševal.

11 komentarjev

TESKAn ::

Potem pa to kombiniraj z RNA 'zdravili', s katerimi bodo lahko sestavili poljuben protein v celici in imaš na voljo personalizirano medicino. Ko bodo še naprave za sintezo RNA v velikosti recimo MRIja, bo to revolucija v zdravljenju.
Uf! Uf! Je rekel Vinetou in se skril za skalo,
ki jo je prav v ta namen nosil s seboj.

tikitoki ::

Pomembno vprasanje je kako zanesljive so izracunane 3D strukture. CE niso dovolj zanesljvie, je to zgolj 200 miljonov v praksi neuporabnih modelov.

pegasus ::

AF ti pove, kako prepričan je v svojo napoved, lahko tudi grafično pogledaš, na katerih delih molekule je zbegan.

FireSnake ::

Izvršni direktor DeepMinda Demis Hassabis je dogodek pompozno označil kot darilo človeštvo, a dejansko gre za velik dosežek.


Krepki tekst: ali bi moralo biti človeštvu?
Poglej in se nasmej: www.vicmaher.si

LeQuack ::

TESKAn je izjavil:

Potem pa to kombiniraj z RNA 'zdravili', s katerimi bodo lahko sestavili poljuben protein v celici in imaš na voljo personalizirano medicino. Ko bodo še naprave za sintezo RNA v velikosti recimo MRIja, bo to revolucija v zdravljenju.


RNA cepiva so bila samo hiter moneygrab za korona čas, ko so države opletale z denarjem. Sedaj bo tehnologija spet postala obskurna in omenjena v kakšni stranki novici enkrat na leto. Tako to gre, money is everything.
Quack !

DexterBoy ::

@pegasus;
ker si v tej branži doma, stručno pitanje:
V odisejadi Cosmos je bilo rečeno, da če nekega dne obvladamo fotosintezo, da smo zmagali na celi črti. Se kaj dela tudi v tej smeri ali pa so prioritete drugje?
Ko ne gre več, ko se ustavi, RESET Vas spet v ritem spravi.
http://www.avtofil.si/

pegasus ::

Gotovo se kje dela, pri nas ne vem da bi kdo kaj brskal v tej smeri. Trenutno smo na petletki "od molekul do ekosistemov", tako da se precej ljudi ukvarja z raznimi vidiki organizacije biosfere na vseh nivojih.

DexterBoy ::

Hvala za odgovor ;)
A pod to "biosfero" je mišljeno kao "green planet" ali kaj drugega?
Če nisem preveč siten, he he
Dodatek; s tem od molekul do ekosistemov si me spomnil na enega od filmov Star Trek, kjer so imeli v planu "ozeleniti" cel planet, pa je bil pol neki fajt z Klingonci...
Ko ne gre več, ko se ustavi, RESET Vas spet v ritem spravi.
http://www.avtofil.si/

Zgodovina sprememb…

  • spremenil: DexterBoy ()

pegasus ::

Biosfera kot biosfera ... Biosphere @ Wikipedia
A je še kak drug pomen tega izraza?

ozbolt ::

pegasus je izjavil:

Gotovo se kje dela, pri nas ne vem da bi kdo kaj brskal v tej smeri. Trenutno smo na petletki "od molekul do ekosistemov", tako da se precej ljudi ukvarja z raznimi vidiki organizacije biosfere na vseh nivojih.


Imamo načine kako biti bolj učinkoviti od narave že zdaj, recimo:

Ampak fora je, da je proces neučinkovit v primerjavi z uporabo elektrike iz sončnih celic za večino kar ti lahko da fotosinteza.

Messiah ::

pegasus je izjavil:

Biosfera kot biosfera ... Biosphere @ Wikipedia
A je še kak drug pomen tega izraza?


Verjetno misli terraforming. Drugega si pod "ozeleniti" ne predpstavljam.

Zgodovina sprememb…

  • spremenilo: Messiah ()


Vredno ogleda ...

TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
TemaSporočilaOglediZadnje sporočilo
»

AlphaFold izračunal strukturo vseh proteinov

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
112336 (642) Messiah
»

DeepMindov AlphaCode programira že kot povprečen programer (strani: 1 2 )

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
848307 (2404) pegasus
»

Alphabet ustanovil podjetje za raziskave zdravil

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
52900 (2070) Prospekt
»

DeepMindov algoritem MuZero se uči kot otrok

Oddelek: Novice / Znanost in tehnologija
436553 (3651) 7982884e

Več podobnih tem