Po dveh urah in pol stabilne orbite bi se morala začeti druga faza izstrelitve. Glavna pogonska enota Fregat bi morala Fobos-Grunt dvigniti v orbito z višino 4170 km, kjer bi ostal približno dve uri. Kasneje bi se sprožila še druga stopnja Fregata (skupno četrta potisna stopnja), ki bi Fobos-Grunt ponesla proti Marsu. Nobena izmed omenjenih stopenj se ni izvršila, prav tako pa je Fobos-Grunt proti Zemlji prenehal pošiljati kakršnekoli podatke. Sprva so to opazili in svetu sporočili mednarodni astronomi, Rusija pa je šele prihodnje jutro objavila, da imajo manjše težave s plovilom.
Vsi nadaljnji poizkusi vzpostaviti stik s plovilom, da bi ugotovili razlog za težave in ga morebiti celo rešili, so se izkazali za neuspešne. Rusiji je na pomoč priskočila tudi Evropska vesoljska agencija, ki je 22. in 23. novembra uspela vzpostaviti stik s plovilom. Naslednji dan, 24. novembra, je Fobos-Grunt končno posredoval telemetrijo na zemeljske postaje. Še dan pozneje, to je 25. novembra,je bil vzpostavljen zadnji stik s Fobos-Gruntom. Stik so vzpostavili z antenami v Rusiji in Avstraliji, Kasneje sonda spet ni bila več dosegljiva. Preberete si lahko tudi zelo obširen dnevnik dogajanja s plovilom.
Okno za izlet proti Marsu se je zaprlo 20. novembra in od takrat je bolj ali manj jasno, da misija ne bo uspešna. Od tedaj so upali le še, da bi s plovila dobili čim več informacij o razlogu za neuspeh in ga morebiti usmerili proti neposeljenem območju Zemlje za padec. Trenutno kroži na višini 200 do 300 kilometrov, padec pa se pričakuje v drugi polovici decembra.
Še vedno je prezgodaj špekulirati, kaj je narobe s plovilom. Ena izmed teorij pravi, da ima težave z baterijami. To bi pojasnilo, zakaj je bilo mogoče stik z njo vzpostaviti le podnevi, ko je osvetljena. Problem povzroča tudi nizka orbita, ki omejuje čas za kontakt na dobrih sedem minut, dokler je v dometu posameznih fiksiranih anten. Poizkusi, da bi orbito kakorkoli spremenili, so bili neuspešni, kar otežuje iskanje napake in sanacijo.
Rusija za zdaj še ni obupala in bo do bridkega konca spremljala plovilo in poizkusila vzpostaviti stik z njim.
