Po izstrelitvi 8. novembra 2011 je plovilo doseglo eliptično orbito okoli Zemlje z apogejem 345 kilometrov (to je točka največje oddaljenosti). Nato bi morala stopenjska nosilna raketa v dveh stopnjah najprej plovilo dvigniti v visoko Zemljino orbito in nato poslati iz orbite na pot proti Marsu. Zaradi za zdaj še nepojasnjenih razlogov se nobena izmed teh dveh stopenj vžiga ni zgodila. Plovilo je zato ostalo v nizki Zemljini orbiti, povezave z njim pa jim še ni uspelo vzpostaviti. Preleti nad zemeljskimi postajami niso dali nobenih podatkov o telemetriji, opazovanja s teleskopi pa kažejo, da je orbita za zdaj stabilna. Rusom pri vzpostavitvi povezave pomaga Evropska vesoljska agencija z antenami v celinski Španiji, na Kanarskih otokih in Francoski Gvajani. NASA je prav tako izrazila pripravljenost pomagati, a je Rusija še ni uradno zaprosila za pomoč.
Čas za rešitev se izteka, saj baterije na računalniškem sistemu nosilne rakete delujejo le nekaj dni. Če Rusom sistema ne bo uspelo ponovno zagnati in odpraviti težav, ki naj bi po predvidevanjih ležale v sistemu za orientacijo, bo plovilo izgubljeno. Čas pa se izteka tudi zato, ker preostale molekule zraka v nizki Zemljini orbiti počasi degradirajo orbito. Nenadzorovano plovilo je zato v vedno slabši orbiti za izstrelitev na Mars, na koncu pa zaradi atmosferskega ustavljanja sledi padec nazaj na Zemljo. Brez sprememb Phobos-Grunt bo na Zemljo padel v naslednjih tednih, s seboj pa bo prinesel tudi 13 ton toksičnega goriva 1,1-metilhidrazina in oksidanta didušikovega tetraoksida, s čimer bo najbolj toksično padlo plovilo ali satelit v zgodovini.
Izguba plovila bi bila izjemno velika škoda za vesoljski program, saj gre za eno izmed najbolj zapletenih misij brez posadke. Fobos je namreč večja in Marsu bližja luna, ki pa še vedno v polmeru meri vsega 11,1 kilometra, zato je misija pravcati tehnični podvig. Vzorci kamnin s Fobosa pa bi odgovorili na pomembna vprašanja o nastanku Marsa in njegovih dveh satelitov. Hkrati se zastavlja vprašanje o stanju ruskega vesoljskega programa, ki v zadnjem času beleži veliko spodletelih misij - avgusta je zadnji neuspeh Progressa za tri mesece prizemljil vse ruske rakete. Zadnjikrat pa je Rusija želela proti Marsu leteti daljnega leta 1996, a je tudi takrat misija spodletela.
