Frekvenčna analiza besedila(php)

Pozdravljeni,

Na faxu imamo nalogo narediti frekvenčno analizo besedila. Imamo dve datoteki .txt, v prvi referencna_datoteka.txt je originalno besedilo, ki ni kodirano, v drugi sifrirano_besedilo.txt pa je šifrirano besedilo iz referencna_datoteka.txt. Sedaj pa mi moramo analizirati obe besedili, se pravi da preštejemo vse črke koliko jih je v katerem besedilo. Če najdemo npr. v referencnem besedilu 140 a črk in v šifriranem besedilo 140 j črk, vemo da moramo v datoteki sifrirana_datoteka.txt vse črke a zamenjati z j in tako naprej...

Nalogo sem začel izdelovati s pomočjo php.ja in prišel do te točke da bi moral zamenjati tiste črke katere imajo isto vrednost(se pravi da se isto x ponavljajo). Vendar pa sem naletel na težavo ko sem kreiral 2 for zanki, ena v drugi in sicer ko ugotovim da je a-jev npr. 140 v referencni datoteki in v sifrirani daoteki 140 j-jev, ko hočem zamenjat vse j-je z a-ji mi enostavno noče menjat...

Sedaj bi vas pa prosil, če mogoče kdo ve boljšo rešitev kako bi rešil problem oz. v čem je težava v moji kodi?
Za odgovore se vam najlepše zahvaljujem!

koda php -> http://postimg.org/image/5hi3xh1mz/

-glede spreminjanja datoteke nevem kako je, v bistvu datoteke naj nebi spreminjali, razen na koncu ko bi ugotovili pač rešitev, bi si naj shranili v drugo končno .txt datoteko.
- za število črk pa se strinjam, da koda ne dela prav če jih je več enakih vrednosti..

Nevem kako bi naj sprogramiral optimalno rešitev...