Forum » Znanost in tehnologija » iGEM (International Genetically Engineered Machine competition) - slovenska skupina
iGEM (International Genetically Engineered Machine competition) - slovenska skupina
_marko ::
HIV-1 virus is one of the most difficult targets for therapy because it hijacks the cells of our immune system and particularly because the virus mutates rapidly making it drug resistant. Current therapy uses combinations of different drugs, since it is less probable for the virus to develop the resistance against all of them simultaneously. We propose a different strategy, where we target a specific FUNCTION of virus, rather than any particular sequence. This viral function triggers a cellular response which can either employ antiviral defense or lead to a destruction of infected cells to prevent spread of the infection. The effect of mutations can thus be avoided since those mutations that cause the loss of the function also render the virus harmless. We successfully implemented two types of defense devices – one based on the viral attachment to the cell and another based on the viral maturation. In our system activation of any of them activates the antiviral cell defense or alternatively kills the infected cells, preventing further spread of infection. The same approach could be implemented for defense against other viral infections.
Mogoče bi bil primerjnejši naslov:
A synthetic approach against HIV.
(moderator, lahko spremeniš?)
Mogoče bi bil primerjnejši naslov:
A synthetic approach against HIV.
(moderator, lahko spremeniš?)
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gzibret ::
_marko - sem spremenil malo drugače od tvojega predloga.
pietro - a lahko drugič kaj več napišeš, ne le 1 beseda (naslov) + 2 besedi + link + podpis? Morda kratko obrazložitev v slovenščini, zakaj se sploh gre?
V bistvu gre za eno tekmovanje, kako z računalniki simulirati raznorazne procese v živem tkivu na molekularnem nivoju, ki se ga udeležujejo dodiplomski študentje. Trenutno sodeluje preko 50 skupin iz celega sveta, pietro-tov link pa kaže na skupino iz Ljubljane, ki razvija oz. simulira neko novo zdravilo proti virusu HIV.
pietro - a lahko drugič kaj več napišeš, ne le 1 beseda (naslov) + 2 besedi + link + podpis? Morda kratko obrazložitev v slovenščini, zakaj se sploh gre?
V bistvu gre za eno tekmovanje, kako z računalniki simulirati raznorazne procese v živem tkivu na molekularnem nivoju, ki se ga udeležujejo dodiplomski študentje. Trenutno sodeluje preko 50 skupin iz celega sveta, pietro-tov link pa kaže na skupino iz Ljubljane, ki razvija oz. simulira neko novo zdravilo proti virusu HIV.
Vse je za neki dobr!
_marko ::
Ne, ne... tole ni blo in silico!!!!
Je kar lepo testirano v celičnem laboratoriju na človeških celicah!
Je kar lepo testirano v celičnem laboratoriju na človeških celicah!
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
NorK ::
luštne punce so v skupini 
in kaj se je zgodilo s celicami? trenutno nimam časa, da bi prebral vse in ugotovil kaj ste odkrili. se mi pa zdi, da niste na najslabši možni poti
in kaj se je zgodilo s celicami? trenutno nimam časa, da bi prebral vse in ugotovil kaj ste odkrili. se mi pa zdi, da niste na najslabši možni poti
snow ::
Ja lahko bi napisala kaj kratkega v slovenščini. Kaj iGEM je, kje poteka, koliko držav se udeležuje, kdaj je bilo (bo) tekmovanje... In na preprost način razloženo kaj ste naredili in kakšni so rezultati. Bo šlo? :)
Random mutation plus nonrandom cumulative natural selection - Richard Dawkins
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: snow ()
pietro ::
iGEM tekmovanje je bilo prvotno zamišljeno reklama za uporabo novega načina sestavljanja različnih genov - da zapisu za nek protein pripneš zapis za drugi protein, nenaraven promotor, represor... Posamezni deli (geni) bi bili vstavljeni v vektorjih imenovanih BioBrick-i, ki bi se jih s premišljeno izbiro restrikcijskih mest dalo med sabo lepiti skupaj oz. sestavljati. Danes tak način zaradi umetne sinteze genov nekako zgublja na veljavi, tekmovanje pa še vedno poteka v duhu grajenja konstruktov iz biokock. Na začetku pa tudi danes so se tekmovanja udeleževale predvsem ekipe z računalničarji, fiziki ter nekaj biologi ali kemiki. Njihov namen je bil najprej in silico zgradba povratnih zank; bodisi so ustvarili koncentracijsko nihanje določenega proteina, se pravi, dobiti čim bolj zapletene matematične sisteme v celici. Potem so sisteme poskusili oživiti. Seveda se praksa izkaže za dosti težjo, počasnejšo, monotono in hitro zmotljivo, sploh če delo opravljaj(m)o študentje, ki še nimamo praktičnih izkušenj.
Kmalu pa se je zadeva obrnila v prid dejanski uporabnosti. Gradili so nove metabolne poti, ki se ustrezno odzovejo na dražljaje iz okolja (arzen, temperatura...), zaradi tega pa so postali modeli malo enostavnejši, izid nekaterih pa morda že čisto vnaprej predvidljiv.
Tekmovanja se bo letos udeležilo 57 ekip, vključno z najboljšimi univerzami kot so MIT, Princeton, Imperial, Harvard, Berkley...
Kmalu pa se je zadeva obrnila v prid dejanski uporabnosti. Gradili so nove metabolne poti, ki se ustrezno odzovejo na dražljaje iz okolja (arzen, temperatura...), zaradi tega pa so postali modeli malo enostavnejši, izid nekaterih pa morda že čisto vnaprej predvidljiv.
Tekmovanja se bo letos udeležilo 57 ekip, vključno z najboljšimi univerzami kot so MIT, Princeton, Imperial, Harvard, Berkley...
_marko ::
No, bom pa jaz napisal kaj je smo Slovenci naredili:
Odločili smo se, da bomo na človeških celičnih kultarah onemogočili infekcijo z virusom Hiv.
Ternutno zdravljenje HIVa in njegov cikel si lahko pogledate na videu:
video (glej spodaj)
Problem trenutnega zdravljenja je ta, da HIV mutira in ga zdravila zato več ne morejo kontrolirati.
"HIV mutates at a rate of 3x10^-5 per nucleotide per replication cycle and with generation of 10^9 to 10^10 virions every day it is clear that viral mutability has to be bypassed in order to develop an efficient antiviral therapy. "
Kaj to pomeni?
To pomeni, da ko se nekdo okuži s HIVom je samo vprašanje časa kdaj bo le ta mutiral in ubežal današnjim zdravilnom.
Današnja zdravila so pa razni inhibitorji - proteazni, reverzno transkriptazni, fuzijski, itd.
Vendar ko virus mutira ti inhibitorji odpovedo.
Torej smo od tukaj sklepali, da zdravilo proti HIVu ne sme napasti HIVa samega, ampak njegovo FUNKCIJO.
V primeru, da izkoristimo njegovo funkcijo le-ta ob mutaciji ne more prebiti naše obrambe ali pa mutira v neučinkovit virus in tako ni nevaren.
Torej, zdaj vemo kaj moramo narediti.
Vprašanje je pa KAKO?!
Najboljša obramba bi bila taka, ki nebi pustila virusu, da se vgradi v genom. Torej takšna, ki bi ga ubila že prej.
1.način
Na človeških celicah, ki so dovzetne za okužbo z HIV se na membrani nahajajo različni membranski receptorji.
Te receptorji so CD4(glavni), CCR5 in CXCR4.
HIV je ovit v ovojnico na kateri je izražen protein GP120.
Ta protein se veže na CD4. Nato se tvori dimer z CCR(v primeru virus HIV-2 pa z CXCR4).
Skratka, mi smo tole funkcijo izkoristili, tako da smo uporabili split protein sistem.
To pomeni, da ko se je virus vezal na na človeško celico in sta se tako združila receptorja virusa in celice, se je obenem v celici zgodila kaskada reakcij (dve podenoti ubikvitina se združita in nato protaza odcepi T7 polimerazo, ki gre v jedro), kar pomeni, da se signal prenese v jedro in tam prepiše efektorske gene. Pred tem pa se še zelo ojača.
To pa pomeni, da ko pride en virus na celico, se prepiše več efektorskih genov.
Sprobali smo dva efektorja - Caspazo3(sproži apoptozo okužene celice) in Interferon beta(protivirusno delovanje).
Drug način pa je, da proteza od HIVa cepi naš signal, ko je virus že v celici in se tako sproži signalizacija za prepis efektorskih genov.
To je v osnovi naš sistem.
Odločili smo se, da bomo na človeških celičnih kultarah onemogočili infekcijo z virusom Hiv.
Ternutno zdravljenje HIVa in njegov cikel si lahko pogledate na videu:
video (glej spodaj)
Problem trenutnega zdravljenja je ta, da HIV mutira in ga zdravila zato več ne morejo kontrolirati.
"HIV mutates at a rate of 3x10^-5 per nucleotide per replication cycle and with generation of 10^9 to 10^10 virions every day it is clear that viral mutability has to be bypassed in order to develop an efficient antiviral therapy. "
Kaj to pomeni?
To pomeni, da ko se nekdo okuži s HIVom je samo vprašanje časa kdaj bo le ta mutiral in ubežal današnjim zdravilnom.
Današnja zdravila so pa razni inhibitorji - proteazni, reverzno transkriptazni, fuzijski, itd.
Vendar ko virus mutira ti inhibitorji odpovedo.
Torej smo od tukaj sklepali, da zdravilo proti HIVu ne sme napasti HIVa samega, ampak njegovo FUNKCIJO.
V primeru, da izkoristimo njegovo funkcijo le-ta ob mutaciji ne more prebiti naše obrambe ali pa mutira v neučinkovit virus in tako ni nevaren.
Torej, zdaj vemo kaj moramo narediti.
Vprašanje je pa KAKO?!
Najboljša obramba bi bila taka, ki nebi pustila virusu, da se vgradi v genom. Torej takšna, ki bi ga ubila že prej.
1.način
Na človeških celicah, ki so dovzetne za okužbo z HIV se na membrani nahajajo različni membranski receptorji.
Te receptorji so CD4(glavni), CCR5 in CXCR4.
HIV je ovit v ovojnico na kateri je izražen protein GP120.
Ta protein se veže na CD4. Nato se tvori dimer z CCR(v primeru virus HIV-2 pa z CXCR4).
Skratka, mi smo tole funkcijo izkoristili, tako da smo uporabili split protein sistem.
To pomeni, da ko se je virus vezal na na človeško celico in sta se tako združila receptorja virusa in celice, se je obenem v celici zgodila kaskada reakcij (dve podenoti ubikvitina se združita in nato protaza odcepi T7 polimerazo, ki gre v jedro), kar pomeni, da se signal prenese v jedro in tam prepiše efektorske gene. Pred tem pa se še zelo ojača.
To pa pomeni, da ko pride en virus na celico, se prepiše več efektorskih genov.
Sprobali smo dva efektorja - Caspazo3(sproži apoptozo okužene celice) in Interferon beta(protivirusno delovanje).
Drug način pa je, da proteza od HIVa cepi naš signal, ko je virus že v celici in se tako sproži signalizacija za prepis efektorskih genov.
To je v osnovi naš sistem.
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
sidd ::
V brezplačnem časopisu Dobro Jutro je na 4 in 5 strani članek o vaši odpravi; zgleda da ste odšli že včeraj v Boston.
No, veliko uspeha!
No, veliko uspeha!
no idea for signature
signed
I
signed
I
NorK ::
Če res naredijo uspešno zdravilo proti HIVu, bodo kondomarska podjetja izgubila nekaj prometa. Morda pa se bo celo uresničil scenarij iz neke moje nedokončane zgodbe. OK, v to dvomim, bi pa po eni strani bilo zanimivo.
OK, v to dvomim, bi pa po eni strani bilo zanimivo. NorK ::
To je res. Je pa med najbolj znanimi spolno prenosljivimi boleznimi. Nekateri bi hitro opustili kondome, če bi vedeli, da se bodo lahko pozdravili. Ko razvijejo zdravila za vse, se bodo kondomarji povezali in ustvarili nove bolezni 
Drugače je pa vse skupaj zelo zanimivo. Škoda, da je pri nas premalo denarja za snemanje kakšne dobre ZF serije. Genski inženiring se da uporabiti za zelo zanimive zgodbe.
Drugače je pa vse skupaj zelo zanimivo. Škoda, da je pri nas premalo denarja za snemanje kakšne dobre ZF serije. Genski inženiring se da uporabiti za zelo zanimive zgodbe.
Grey ::
Kitoslav:
Če bodo podjetja zares začela delati tako oz. že delajo tako potem naj se zavedajo, da jih bo roka pravice dosegla. Če ne s strani policajev pa s strani Underground Justice League.
Če bodo podjetja zares začela delati tako oz. že delajo tako potem naj se zavedajo, da jih bo roka pravice dosegla. Če ne s strani policajev pa s strani Underground Justice League.
_marko ::
Pozrav iz Bostona!
Slovenija je osvojola prvo mesto na podrocju medicine in zdravja!!!!
Premagali smo Princton, Harward, Berkley, Imperial.... skratka vse najboljse univerze na svetu.
lp m
Slovenija je osvojola prvo mesto na podrocju medicine in zdravja!!!!
Premagali smo Princton, Harward, Berkley, Imperial.... skratka vse najboljse univerze na svetu.
lp m
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
ThePlayer ::
Vse čestitke! Velja pa še oment da je to potem že drugi veliki zaporedni uspeh Slovenije in Ljubljanske univerze. Bravo!
sidd ::
Čestitke tud z moje strani! Ravnokar prebral na kvarkadabri
V upanju na kakšno daljše poročilo ko bo čas
lp
V upanju na kakšno daljše poročilo ko bo čas
lp
no idea for signature
signed
I
signed
I
WarpedGone ::
In niti ene besede pri dnevniku. Klobuk dol gospodje. Prodajte se čimdražje in čimprej :P
Zbogom in hvala za vse ribe
Daedalus ::
Premagali smo Princton, Harward, Berkley, Imperial.... skratka vse najboljse univerze na svetu.
Čestitke in kapo dol! Svaka čast za tole, resno
Čestitke in kapo dol! Svaka čast za tole, resno
Man is condemned to be free; because once thrown into the world,
he is responsible for everything he does.
[J.P.Sartre]
he is responsible for everything he does.
[J.P.Sartre]
jype ::
_marko> Premagali smo Princton, Harward, Berkley, Imperial.... skratka vse najboljse univerze na svetu.
Iskrene čestitke.
Ob tem se seveda porodi vprašanje, od kod znanje, ko pa na tem forumu redno kritiziramo naše šolstvo (osnovno, srednje, visoko) in kdo je vaše znanje financiral, če vemo, da imajo vendar drugje veliko več denarja in ga posledično tudi bistveno več vložijo v razvoj?
Ali ste morda samo nadnaravno dobri? :)
Če sem prav videl, ste tudi ekipa z nadpovprečno količino ženskih raziskovalk. Morda je pa v tem trik? :)
Iskrene čestitke.
Ob tem se seveda porodi vprašanje, od kod znanje, ko pa na tem forumu redno kritiziramo naše šolstvo (osnovno, srednje, visoko) in kdo je vaše znanje financiral, če vemo, da imajo vendar drugje veliko več denarja in ga posledično tudi bistveno več vložijo v razvoj?
Ali ste morda samo nadnaravno dobri? :)
Če sem prav videl, ste tudi ekipa z nadpovprečno količino ženskih raziskovalk. Morda je pa v tem trik? :)
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: jype ()
Good Guy ::
čestitke..
poznali jih bomo itak samo mi ki smo prebral tole novico.. Sloveniji kot sami pa se je*e za tole...
poznali jih bomo itak samo mi ki smo prebral tole novico.. Sloveniji kot sami pa se je*e za tole...
http://goo.gl/7ItKpU
Naj računalnik dela za vas^^
Naj računalnik dela za vas^^
BluPhenix ::
Čestitke. Upam, da mislijo kakšni slovenski mediji to kmalu razglasiti ... ampak zgleda da so pomembnejše joške kot pa kaj takega.
Podpisa ni več, ker so me poskušali asimilirati.
Grey ::
OMG, go Slovenia! Si nisem mislil, da imamo tako sposoben znanstveni kader v naši mali državici. Ampak, a je ta projekt dejansko narejen? To pomeni, da imamo lahko v roku parih let zdravilo na voljo?? Neverjetno!
Najbolj mi je všeč ta del:
The same approach could be implemented for defense against other viral infections.
Smo bližje k popolnemu imunskemu sistemu?
Najbolj mi je všeč ta del:
The same approach could be implemented for defense against other viral infections.
Smo bližje k popolnemu imunskemu sistemu?
Zgodovina sprememb…
- spremenilo: Grey ()
Jst ::
> Premagali smo Princton, Harward, Berkley, Imperial.... skratka vse najboljse univerze na svetu.
Bravo!!! Čestitke!
--
Kakšne projekte so pa ostali v vaši kategoriji predstavili?
Bravo!!! Čestitke!
--
Kakšne projekte so pa ostali v vaši kategoriji predstavili?
Islam is not about "I'm right, you're wrong," but "I'm right, you're dead!"
-Wole Soyinka, Literature Nobelist
|-|-|-|-|Proton decay is a tax on existence.|-|-|-|-|
-Wole Soyinka, Literature Nobelist
|-|-|-|-|Proton decay is a tax on existence.|-|-|-|-|
sidd ::
A je kdo kje v medijih zasledil kaj o tem dosežku? Jaz nisem še nič 
no idea for signature
signed
I
signed
I
sidd ::
V roku enga tedna so uspeli celo na poročilih nekaj o tem povedat.
Lepo lepo
Lepo lepo
no idea for signature
signed
I
signed
I
_marko ::
No, na nase in vase presenecenje nam je danes tudi cestitko poslal Janez Jansa!
The saddest aspect of life right now is that science
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
gathers knowledge faster than society gathers wisdom.
Mati ::
No, na nase in vase presenecenje nam je danes tudi cestitko poslal Janez Jansa!
Vsaka mu čast.
Čestitke tudi z moje strani.
Vredno ogleda ...
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
|---|---|---|---|
| Tema | Ogledi | Zadnje sporočilo | |
| » | Druga ozdravitev HIV-a v zgodoviniOddelek: Novice / Znanost in tehnologija | 14608 (12863) | SonjaP |
| » | Nadaljevanje zgodbe o gensko spremenjenih dvojčicah in zakaj ju ne bi smeli dobitiOddelek: Novice / Znanost in tehnologija | 11999 (7971) | SaXsIm |
| » | Raziskovalci odkrili gen, ki prepreči širjenje HIV-aOddelek: Novice / Znanost in tehnologija | 7198 (4677) | _marko |
| » | Naši raziskovalci uspešni na področju sintezne biologijeOddelek: Novice / Znanost in tehnologija | 4115 (4115) | MarkoDolinar |
| » | Modifikacija vseh krvnih celic s spremembo hematopoeznih celicOddelek: Znanost in tehnologija | 3089 (2704) | pietro |