Pyrosequencing

Pyrosequencing je tehnika za senkvenciranje DNAja. Gre za revolucijo na tem področju.
Genom gljive lahko prebere v parih urah! 25 milionov baz prebere v 4ih urah, kar pomeni, da je približno 100x hitrejši od Sangerjeve metode z kapilarno elektroforezo. Za sabo pusti vse današnje "state of the art" sekvencorje.

Naprava je velika kot mikrovalovna pečica. Znanstveniku omogoča, da pripravi in sekvencionira celoten genom v roku parih dni.

Gre za tehniko, ki bazira na detekciji pyrofosfata(PPi) med DNA sintezo. V kaskadi reakcij je narejena vidna svetloba, ki je proporcionalna številu vgrajenih nukleotiodov v verigo.

bistven del reakcij:
Po nastanku enoverižne DNA osnove in prilagajanju primerjev se začne kaskada z polimerizacijo nukeinske kisline, kjer se neorganski PPi sprosti kot posledica nukleoitdne vgradnje z polimerazo. (DNA)n +dNTP -> (DNA)n+1 + PPi
Sproščen PPi je takoj pretovorjen v ATP, ki priskrbi energijo, da luciferaza oksidira luciferin in tako proizvede svetlobo. Ugotovimo lahko kateri nukleotid je vgrajen na zadnje. APS + PPi -> ATP, (ATP -> hv in luciferin ->oxiluciferin)
Vse se nato z dodatno reakcijo vrne v prvotno stanje.
En pmol DNA generira 6x10^9 fotonov pri 560nm. Kar je še preveč, da tole zazna npr CCD kamera. (lahko tudi fotodioda ali fotomultiper cevka). Iz tega potem zaznamo vrsto nukleotida.

video

Napovedujem pa tudi ogromen napredek v genomiki, transkriptomiki, proteomiki in predvsem v Sistemski biologiji(Integrative Biological Networks).

A maš link za tisto metodo?

http://www.azonano.com/news.asp?newsID=... nekaj malega o metodi]

The Harvard Nanopore Group

Ti to delajo!

Nimam kaj mnogo pojma o biologiji zato bo mogoče to zvenelo neumno, ampak ali tole DNA sekvenciranje je potemtakem tudi uporabno pri človeški DNA ? Sprašujem, ker če je potem bi to tudi pomenilo velik preboj na področju biometrije, saj bi bili korak bližje avtentifikaciji osebe preko njegove DNA, ki je edina 100% zanesljiva biometrična metoda. Današnje so namreč mnogo predrage in predolgo trajajo, da bi bile kaj kmalu uresničljive.