Slo-Tech - DeepMind je predstavil novi model AlphaGenome 2, ki je namenjen analizi in predvidevanju, kako spremembe v zapisu DNK v celicah vplivajo na delovanje celic, s tem pa tudi na izražanje genov in vpliv na pojav določenih bolezni. Lani so izdali prvi AlphaGenome, ki je napovedal aktivnost v celicah v različnih tkivih, nova verzija pa je bistveno izboljšana. Podrobnosti najdemo v tehničnem članku.

AlphaGenome 2 so natrenirali na več kot 100 milijonih individualnih celičnih profilih iz 68 različnih tkiv. S tem so velike atlase in kataloge posameznih celic spremenili v dinamični napovedni model, ki lahko napove posledice sprememb v DNK in izražanja različnih genov. AlphaGenome Atlas, ki ga je prvi AlphaGenom ustvaril pred dvema mesecema, na primer vsebuje napovedi, kaj povzročijo vse enočrkovne mutacije v človeškem genomu, ki jih je približno devet milijard. A tista verzija je imela omejene napovedni možnosti glede vpliva v posameznih vrstah celic.

Novi model AlphaGenome 2 lahko...

Slo-Tech - Raziskovalci s Harvarda pod vodstvom profesorja genetike Davida Sinclairja so v gensko spremenjenih miših uspeli obrniti proces staranja, s čimer dokazujejo predpostavke, da staranje bistveno povzročajo epigenetske spremembe in izguba informacij, ne pa mutacije in druge nepopravljive poškodbe celic. S ponovnim aktiviranjem določenih genov jim je uspelo v ostarelih slepih miših povrniti vid, obnoviti možgane ter pomladiti mišice in ledvica. To dokazuje, da je staranje obrnljiv proces, trdi Sinclair. O dosežku poročajo v reviji Cell.

Genski zapis celic Sinclair primerja s strojno opremo, na katero je naložena programska oprema. Strojna oprema je tako gensko zaporedje, ki ga v ljudeh predstavlja približno tri milijarde baznih parov (A, C, G, T), ki kodirajo 20.000-25.000 genov. V vsaki somatski celici je celoten zapis DNK, čeprav so celice različne in v specializiranih tkivih opravljajo druge funkcije. Epigenom so vse modifikacije genoma, ki v celici omogočajo, da aktivira ustrezne...

Science - Ob 35. obletnici eksplozije reaktorja številka 4 v jedrski elektrarni v Černobilu so v Science objavili obsežno raziskavo genomov 130 otrok, ki so se v letih po nesreči (1987-2002) rodili tamkajšnjim staršem in so danes polnoletni. Sekvenciranje njihovih genomov je pokazalo, da otroci nimajo povišane ravni mutacij v primerjavi z normalnim povprečjem. To velja ne glede na prejet odmerek sevanja staršev in spol (tako staršev kot otrok).

To je primer raziskave, ki je pred 30 leti preprosto ni bilo možno opraviti, ker metod za učinkovito in dostopno sekvenciranje celotnih genomov ni bilo. Danes pa jih imamo, zato vemo ne le, da so mutacije pogoste, temveč tudi kako pogoste so. Otroci veliko večino genskega materiala podedujejo od staršev, poleg tega pa imajo še nekaj manjših sprememb, ki so posledica sprememb DNK v spolnih celicah staršev. Mutacije, ki v človekovih celicah nastanejo tekom življenja, se namreč dedujejo le, če se pojavijo v spolnih celicah.

Govorimo o mutacijah de...

Slo-Tech - Časnike zadnje dni polnijo novice o novem sevu virusa SARS-CoV-2, ki so ga prvikrat odkrili v Veliki Britaniji, kasneje pa še v Italiji in Avstraliji. Britanski premier je dejal, da je novi sev 70 odstotkov bolj nalezljiv od starega, ob čemer so strokovnjaki zastrigli z ušesi. Britanski premier si številke seveda ni izmislil, temveč je povzel Erika Volza z Imperial College London, ki je prvi uporabil to številko. Premalo informacij imamo, da bi lahko postavili takšno kvantitativno oceno, kar je poudaril tudi Volz, a za zdaj kaže, da novi sev vendarle hitreje skače s človeka na človeka.

Dejstvo je, da je novi sev tu. To ni nič posebnega, saj virusi ves čas mutirajo. Encimi, ki skrbijo za podvojevanje DNK ali RNK, niso preveč natančni, zato se približno vsakih milijon ponovitev prikrade v kopijo kakšna napaka. Ker ima človeško telo ob okužbi milijarde virusov, to ni redek pojav. Večina mutacij je nekoristnih oziroma škodljivih, zato se nikamor ne razširijo. Vsake toliko časa pa se...

Science Advances - Medtem ko so pretekle raziskave pokazale, da novi koronavirus SARS-CoV-2 izvira iz naravnih rezervoarjev, najverjetneje netopirjev ali luskavcev, znanstveniki še vedno raziskujejo, od kod točno se je vzel. Skupina ameriških raziskovalcev z univerz Duke, laboratorija Los Alamos, univerze v El Pasu in Univerze New York je podrobno raziskala genom virusa in ga primerjala z zbirko znanih genomov drugih virusov. Primerjali so več kot 6000 genomov SARS-CoV-2, izoliranega iz različnih bolnikov (tako veliko za analizo mutacij). Ugotavljajo, da virus večinoma izvira iz netopirjev, a je imel poljub sreče od luskavcev. Evolucija je iz kombinacije ustvarila SARS-CoV-2, ki povzroča covid-19. O tem pišejo v eni izmed vodilnih znanstvenih revij Science Advances.

Nekatere pretekle raziskave so kazale, da je virus najbolj podoben koronavirusom, ki jih najdemo v netopirjih, spet druge pa so kazale na večjo podobnost z luskavci. Sodi v skupino betakoronavirusov, kjer najdemo že kopico drugih...

The New Food Economy - Raziskovalci pri ameriški Agenciji za prehrano in zdravila (FDA) so odkrili, da ima razvpito govedo, ki so mu v podjetju Recombinetics z genskim inženiringom odstranili rogove, nenadejane vključke bakterijskega dednega zapisa. To bo dodatno zavrlo prihod s tem povezanih prehranskih izdelkov na trg in kaže, da tehnologija v več pogledih še ni na ravni, ki bi si jo želeli.

V prehranski industriji rogovje pri govedu večinoma ni zaželeno, saj pomeni varnostno tveganje - tako za človeka kot druge živali in rogato žival samo, saj se lahko z njim zatakne ob ograje. Zato ga dostikrat odstranjujejo; bodisi že pri teletih z izžiganjem, bodisi v odrasli dobi. Proces je za živali boleč in pomeni...