Slo-Tech - Minuli teden so pri sekvenciranju genomov iz vzorcev SARS-CoV-2, ki so odvzeti v Sloveniji potrjenim okuženim, odkrili kombinacijo mutacij, ki je doslej še niso poznali. Različica virusa B.1.258.17, ki je znana po mutacijah N439K, Δ69_70 in V772I (ima pa še druge), je dobila še mutacijo N501Y. Če bodo potrdili dovolj primerov te kombinacije mutacij (meja je pri 50), bo registrirana kot nova različica. A ne gre računati na to, da bo dobila ime slovenska različica. Poimenovanja po državah se sicer zdijo eno logična in enostavna, a jih tako za viruse kakor njihove različice Svetovna zdravstvena organizacija odsvetuje. Razlogov je več, ključna pa sta povezana s stigmatizacijo ("kitajskega virusa", kot so SARS-CoV-2 nekateri nasilno poimenovali, pač ne prenašajo Kitajci) in odkritjem. Četudi so varianto B.1.1.7, ki ji v medijih često pravijo britanski sev, res prvi odkrili v Veliki Britaniji, to ne pomeni, da je tam tudi nastala - podobno kot tudi španska gripa pred stoletjem nima vira...

Slo-Tech - Virusi mutirajo. Ne ker bi imeli kakšen zloben načrt postati nevarnejši (in večina mutacij ni takšnih), temveč ker so biološki stroji nepopolni. Pri kopiranju dednega zapisa nastajajo napake, ki so sicer redke, a konec koncev omogočajo evolucijo. Virusi imajo življenjski cikel skrajšan do skrajnosti, zato lahko njihovo evolucijo opazujemo v vsakdanjem življenju. Virus SARS-CoV-2, ki povzroča trenutno epidemijo covida-19, je mutiral že večkrat, a večina sevov ni nič bolj nalezljiva. Več pozornosti pa zbuja britanski sev (poimenovan B.1.1.7. ali VOC 202012/01 - variant of concern December 1), zaradi katerega so države konec minulega leta jele množično odpovedovati polete do Velike Britanije. Sev se je hitro razširil v jugovzhodni Angliji in Londonu, kasneje pa tudi drugod po svetu.

Pri virusih se zaradi hitrosti njihove replikacije mutacije kopičijo, zato je v vsakem trenutku v populaciji razširjenih cel kup podvariant z rahlo spremenjenimi genskimi zapisi. CDC ocenjuje, da se vsaka...

Slo-Tech - Da smo v slabem letu dni dobili več cepiv za covid-19, se lahko zahvalimo hitri določitvi genskega zapisa novega koronavirusa (SARS-CoV-2). Cepiva so potem v resnici izdelali izjemno hitro, še hitreje, kot se zdi, saj so poleg poznavanja genoma virusa imeli že dobro razvite metode sinteze cepiv RNA. Tako je lahko levji delež enoletnega čakanja od pojava virusa do cepljenja odpadel na preizkušanje cepiv in klinične teste. Kako so torej razvozlali genski zapis virusa?

Informacije o novem koronavirusu so Kitajci prvikrat javno objavili 31. decembra (nekaj ur pozneje tudi v angleščini), 10. januarja pa je bil celoten genom virusa že znan. Kogar zanima, si ga lahko tudi pogleda, saj je javno objavljen (originalni članek v Nature). Postopku pravimo sekvenciranje. Z njim ugotovimo, v kakšnem zaporedju so baze (adenin, gvanin, citozin in timin/uracil) v genskem zapisu. Ker imamo slovar, torej katero aminokislino posamezna trojka, poimenovana kodon, zapisuje, lahko tako hitro določimo

Slo-Tech - Britanska agencija za zdravila (MHRA) je danes odobrila še drugo cepivo proti covidu-19. Kot prva na svetu je izdala izredno dovoljenje za uporabo cepiva AZD1222, ki sta ga razvili Univerza v Oxfordu in AstraZeneca. Od cepiv Moderna in Pfizer/BioNTech, ki sta prav tako dobili dovoljenje v številnih zahodnih državah, se pomembno razlikuje. Z vidika končnega prejemnika in logistične verige je najpomembnejša razlika enostavnejše skladiščenje, saj ne potrebuje globokega zamrzovanja, temveč se hrani v običajnem hladilniku. Drugačen pa je tudi način dostave antigena, saj ne uporablja modificirane mRNA, temveč vektorski virus.

Cepivo uporablja tehnologijo virusnega vektorja, ki je ustrezno spremenjen, da ne more povzročiti bolezni, in se uporabi za dostavo genskega zapisa v celice. Konkretno gre za adenovirus ChAdOx1 iz šimpanzov, ki se v ljudeh ne more razmnoževati. Lahko pa vseeno okuži človeške celice, kar izkorišča to cepivo. Virus je ustrezno modificiran, tako da vsebuje del...

Slo-Tech - Časnike zadnje dni polnijo novice o novem sevu virusa SARS-CoV-2, ki so ga prvikrat odkrili v Veliki Britaniji, kasneje pa še v Italiji in Avstraliji. Britanski premier je dejal, da je novi sev 70 odstotkov bolj nalezljiv od starega, ob čemer so strokovnjaki zastrigli z ušesi. Britanski premier si številke seveda ni izmislil, temveč je povzel Erika Volza z Imperial College London, ki je prvi uporabil to številko. Premalo informacij imamo, da bi lahko postavili takšno kvantitativno oceno, kar je poudaril tudi Volz, a za zdaj kaže, da novi sev vendarle hitreje skače s človeka na človeka.

Dejstvo je, da je novi sev tu. To ni nič posebnega, saj virusi ves čas mutirajo. Encimi, ki skrbijo za podvojevanje DNK ali RNK, niso preveč natančni, zato se približno vsakih milijon ponovitev prikrade v kopijo kakšna napaka. Ker ima človeško telo ob okužbi milijarde virusov, to ni redek pojav. Večina mutacij je nekoristnih oziroma škodljivih, zato se nikamor ne razširijo. Vsake toliko časa pa se...

Slo-Tech - Še vedno močno odmeva novica o gensko spremenjenih dvojčicah, ki je odjeknila sredi tedna. V prvih poročilih ni bilo jasno, ali se je poseg resnično zgodil, kakor so kitajski znanstveniki trdili, sedaj pa se to potrjuje. Ni Kitajskem sta se rodili dvojčici, ko so jima s tehnologijo CRISPR pohabili gen ccr5, ki kodira protein CCR5, zaradi česar bi morali biti odporni na HIV. A zgodba je bistveno bolj zapletena.

Gensko modifikacijo so izvedli s tehniko CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats). S to kratico označujemo kratke segmente DNK, ki ji vsebujejo bakterije in arheje kot ostanke virusov, ki so jih v preteklosti okužili. Tako si prokariontske celice zapomnijo vsiljivce in jih ob morebitni novi okužbi laže uničijo. V...

Slo-Tech - Včeraj so svetovni mediji povzeli novico, da so znanstveniki v ZDA uspeli ozdraviti HIV pri dve in pol leti starem otroku, kar je drugi dokumentirani primer ozdravitve v zgodovini. Za razliko od nekaterih drugih znanstvenih odkritij so to pot tako znanstveniki in mediji izjemno previdni pri napovedih, kaj to pomeni za prihodnje spopadanje z boleznijo, saj pravzaprav nikomur ni jasno, kaj točno se je zgodilo. To so razlogi, da si podrobneje pogledamo najnovejšo ozdravitev, njeno biokemijsko ozadje in kaj to pomeni.

Za začetek nekaj statistike. Novorojenčki se lahko okužijo s HIV-om med nosečnostjo (virus prehaja čez placento), pri porodu ali ob dojenju, če je mati okužena z...