Serijska vrata in windows

Na eni strani imam napravo (Arduino mega 2560) vezano na usb port, kateri uporablja serijski vmesnik za komunikacijo.
Na pc-ju teče pa java program, ki komunicira z napravo, le ta pa interpretira tok podatkov in nekaj počne z njimi - (nič kompleksnega, 1B prebavi pod 1ms).
Za java del sem uporabil rxtx (http://rxtx.qbang.org/) knjižico, katera je cross-platform.

V linuxu to deluje brez težav do ms natančno, v windowsu se pa pojavijo težave z časovnim zamikom pošiljanja bajtov.
Podatki prihajajo neenakomerno, ko npr. PC kdaj prebere kaj iz diska se čas pošiljanja vidno podaljša (imam indikatorje vezane na arduino board).
Je imel že kdaj kdo podobne težave? Sem že poskusil nastavit java procesu najvišjo prioriteto, vendar to ne pomaga.

Lahko sicer preizkusiš še z drugo knjižnico/jezikom, da vidiš če je težava v JVM/rxtx ali z OSom. Zaenkrat nisem imel težav z povezovanjem Arduina/AVRjev s C# preko serijskega vmesnika.