Shranjevanje XML podatkov [PHP]

Programiram nekaj podobnega koj je SimpleXML - se pravi podatke iz XML datoteke skušam zapisati kot nek objekt. Vendar se je pojavila težava.

Primer (najbolj bo opisal težavo):

data.xml:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
<root>
	<name>PEAR</name>
	<summary>PEAR Base System</summary>
	<deps>
		<dep/>
		<test/>
		<dep/>
		<dep/>
	</deps> 
</root>

index.php:

<?php
	$data = simplexml_load_file ('Configuration/3.xml');
	print_r ($data);
?>

izpis index.php:

SimpleXMLElement Object
(
    [name] => PEAR
    [summary] => PEAR Base System
    [deps] => SimpleXMLElement Object
        (
            [dep] => Array
                (
                    [0] => SimpleXMLElement Object
                        (
                        )
                    [1] => SimpleXMLElement Object
                        (
                        )
                    [2] => SimpleXMLElement Object
                        (
                        )
                )
            [test] => SimpleXMLElement Object
                (
                )
        )
)

Problem je v tem, da se značka "test" v resnici nahaja med dvema "dep" značkama. Sicer če podatke samo prebiraš ni problema. Problem se pojavi, ko skušaš podatke spremeniti in jih zapisati nazaj v datoteko - ne moreš razbrati prave strukture (vrstnega reda). Ena možnost je, da iste elemente na istem levelu ne bi izpisoval v array, ampak bi jim recimo na koncu dodajal številke. Potem bi bil izpis približno takšen:

SimpleXMLElement Object
(
    [name] => PEAR
    [summary] => PEAR Base System
    [deps] => SimpleXMLElement Object
        (
            [dep1] => SimpleXMLElement Object
                        (
                        )
            [test] => SimpleXMLElement Object
                	(
                	)
	    [dep2] => SimpleXMLElement Object
                        (
                        )
	    [dep3] => SimpleXMLElement Object
                        (
                        )
        )
)

Zanima me, če ima kdo kakšen predlog.

Lep pozdrav