Še preden se je začela ukvarjati s pristankom na Mesecu, je pisala programe, ki bi zaznali sovražna letala. Nato je njej laboratorij k sodelovanja povabila NASA. Seveda Margaret Hamilton ni sama pisala vse kode, temveč je vodila skupino sto inženirjev, ki so se ukvarjali z vsemi vidiki programske opreme za pristanek na Mesecu. Bili so pionirji področja, kar je bila tudi glavna draž, kot je kasneje povedala. Želela je storiti nekaj, kar še ni bilo storjeno.
Leta 1955 se je vpisala na študij matematike na michiganski univerzi, ki ga je dokončala na kolidžu Earlham. Poleg diplome iz matematike (major) je študirala tudi nekaj filozofije (minor). Po selitvi v Boston, kjer je njen mož obiskoval pravno fakulteto, se je zaposlila v oddelku za meteorologijo na MIT, kjer je delala na razvoju programske opreme za napovedovanje vremena. Leta 1961 je prestopila v Lincolnov laboratorij na MIT-u, kjer je delala na obrambnem projektu SAGE (Semi-Automatic Ground Environment) in napisala programsko opremo za računalnik AN/FSQ-7, s katerim so ameriške zračne sile zaznavale sovražna letala. Štiri leta pozneje se je prijavila na oglas za delovno mesto v laboratoriju za instrumente, kjer so iskali ljudi, ki bi pomagali poslati človeka na Mesec. Postala je prva programerka za projekt Apollo. Že leta 1968 je postala pomočnica direktorja za nadzorno-servisni modul, kjer je delalo 400 ljudi.
Znana je anekdota o napaki Lauren. Njena štiriletna hči Lauren je nekega dne v simulatorju med fazo letenja pritisnila gumb za vklop predvzletne sekvence P01, zaradi česar se je simulator sesul. Margaret Hamilton je želela v programsko opremo vgraditi popravke, ki bi hrošča odpravili, a so jo preglasovali, češ da se astronavtom ta napaka ne bo primerila. Ko je med misijo Apollo 8 Jim Lovell storil prav to, so jo poklicali rešit situacijo, kasneje pa so programsko opremo vendarle popravili. Tudi v misiji Apollo 11, ki je pristala na Mesecu, ni šlo brez težav. Tik pred pristankom je računalnik sprožil alarm, ker je zaznal preobremenitev. Programska oprema je bila dovolj robustna, da je znala poiskati rešitev - izključiti nenujne mehanizme.
Po koncu programa Apollo se je laboratorij preobrazil v samostojno in neprofitno organizacijo Draper Laboratory. Margaret Hamilton je leta 1976 ustanovila svoje programersko podjetje Higher Order Software, desetletje pozneje pa še Hamilton Technologies. Prejela je številne nagrade in priznanja, postala pa je zgled za vse ženske v znanosti in inženirstvu, ki so bile dolga leta zapostavljene. Njena koda je na Githubu, njena nesnovna zapuščina pa je še bistveno pomembnejša.
