Izstrelitev je bila načrtovana za nedeljo, a so jo zaradi slabega vremena izvedli šele danes ob 5.22 uri po slovenskem času. Misija bo vrhunec dosegla julija 2018, ko bo plovilo doseglo dober kilometer velik asteroid 1999 JU3, nato pa bo tam ostalo do decembra 2019. Pred tem bo Hayabusa 2 kar trikrat obkrožil Sonce in decembra prihodnje leto tudi letel mimo Zemlje. Misija se bo zaključila decembra 2020, med povratkom na Zemljo pa bo šel še enkrat okrog Sonca. Hayabusa 2 se ne bo vrnil, ampak se bo Zemlji le toliko približal, da bo na Zemljo odvrgel kapsulo z zbranimi vzorci. Asteroid JU3 so sicer odkrili leta 1999 in kroži v orbiti med Zemljo in Marsom.
Japonska nosilna raketa H-IIA je plovilo dvignila v parkirno orbito na višino 890 kilometrov, od koder plovilo začenja dolgo potovanje do asteroida. To je že 26. izstrelitev z raketo H-IIA, od katerih je bila neuspešna samo ena.
Hayabusa 2 bo v asteroid izstrelil projektil, ki bo dvignil dovolj prašnih in večjih delcev, da jih bo Hayabusa 2 lahko analiziral. Carry-on Impactor (SCI) ima 2,5 kilograma in ga bo v asteroid poslala eksplozija 4,5 kilograma HMX-a (Hayabusa 2 bo ta čas varno skrit na drugi strani asteroida).
Mascot (Mobile Asteroid Surface Scout), ki ga je izdelal Nemški center za atmosferske in vesoljske polete (DLR) ob pomoči francoske vesoljske agencije (CNES), bo na asteroidu pristal (z višine 100 metrov) in z IR-spektrometrom, magnetometrom, radiometrom in kamero pridobil čim več podatkov o pogojih na asteroidu, ki bodo pomagali odgovoriti na vprašanja o nastanku Sončevega sistema (ker je asteroid ogljikov hondrit, bodo to podatki o izvoru vode). Mascot tehta 10 kilogramov in bo lahko obiskal tri kraje na asteroidu. Medtem ko se je Philae po nesreči trikrat odbil, je za Mascot to delovni načrt. Ker je Mascot omejen z maso na približno desetino Philaeja, nima sončnih celic in se v celoti zanaša na baterije, čeprav je pozicija asteroida primerna, da bi lahko uporabljal tudi sončne celice. Zato bo Mascot deloval vsega 16 ur. Po asteroidu pa bodo vozili roverji Minerva-II. Roverja 1A in 1B bosta v svoji kapsuli, rover 2 pa v drugi.
Hayabusa 2 je naslednik istoimenske misije, ki je leta 2010 na Zemljo pripeljala vzorce z asteroida Itokawa.