Protokol

Kdo govori o človeškem embriu? Če ti bo lažje, si predstavljaj rastlinski embrio, v semenu. Se lahko znajde v drastično različnih okoljih, in zrasla bo drastično različna rastlina. Tako različna lahko, da je niti botanik takoj ne prepozna za isto rastlino.

ob podobnem genomu je podoben rezultat.

No, pravilna oblika te trditve je - ob enakem genomu je različen rezultat. In ni važno, kako različen, ker to so samo tehnične podrobnosti.

O.

Tvoj klasičen odziv, ko vidiš, da si mrzel.

O.

Sam res ne vem, kje je dilema zdej tukaj? Genski material določa, a bo eno bitje konj, ali bo šimpanz ali pa človek, pa kakorkoli obračaš. Vsa informacija je zakodirana v DNA. Tudi to, pod kakšnimi pogoji se bodo izrazili določeni geni - oz. v DNA je zakodiran tudi mehanizem regulacije izražanja genov.

Diferenciacija celic je pač posledica tega, kateri geni se izrazijo na podlagi še ne povsem razumljenega mehanizma "Gene regulatory networka".

Da je hčerka jetrne celice tudi jetrna celica niti ni tako zelo čudno... Materinska celica pač kopiči resource, izdeluje strukturalne proteine, sebi lastne encime, ohranja strukturo - in med mitozo se pač vse to podvoji. Če ni v ozadju drugih mehanizmov (rasnih faktorjev, medceličnega sporočanja oz. drugačnih signalnih molekul), bo jetrna celica pač ostala jetrna celica.

Ja ... pa je. Vsa informacija je v genomu. Mogoče so še kakšne molekule zraven, ki jih pa mirne duše prištej kar v genom, ne boš naredil nobene napake. Človeški genom v žabji celici ne bi deloval, ker jo je napravil nek drug genom in sta zdej nekompatibilna. Imaš dve nsaprotujoči si informaciji.

Tema pa je pomembna. Nerazumevanje je pač nerazumevanje, potrebno ga je razčistiti.

> "človeški genom v žabji celici recimo že ne bi deloval tako kot bi moral"

Ja, tle je treba bit pazljiv. Če samo vtakneš DNA v žabjo celico, je seveda problem, ker so v tisti celici že obstoječi (žabji celici lastni) proteini, encimi, ncRNA. Žabja celica ima drugačno strukturo, ki jo je pač "podedovala" od materinske celice, le ta spet od svoje materinske celice in tako dalje; struktura celice pa se je ustvarjala in ohranjala preko žabjega DNA.

Ni pa rečeno, da se v določenih primerih DNA ne bi prijel v tuji celici. Če gre za dovolj podobno celico, če bi imeli ustrezno tehnologijo, da bi zamenjali tudi strukturo celice, membrane, proteine...

In pravzaprav smo to že naredili: Craig Venter je pred par meseci naredil točno to. Začel je z neko celico, vanjo našopal tujo DNA (ki je bila za povrh še v celoti sintetično narejena) in ta celica povsem ustreza definiciji življenja, porablja resurse iz okolja, odvaja metabolite, se razmnožuje. Kar je pa za nas zanimivo je pa to, da se je celična struktura v nekem času po zamenjavi DNA spremenila tako, kot je to narekovala nova DNA.

To je informacija, ki se, nezapisana v genom, deduje že par milijard let.

A dej no. Kam je pa zapisana, če ne v genom?

kje je zapisana informacija, da ne bom videl svetlobe, če si prekrijem oči.

V atomsko strukturo Vesolja je to zapisano. Par kB, tops.

V atomsko strukturo Vesolja je to zapisano. Par kB, tops.

Podobno tudi pri celici. Ni vse zapisano zgolj v DNK.

1:

Sestavo DNK

2:

celotno strukturo človeške (ali dovolj podobne) celice

V 1 je vsebovana tudi 2, če nisi sam opazil.

Podobno tudi pri celici. Ni vse zapisano zgolj v DNK.

Ja, pa je. Tako je informacija definirana po Shannonu. Da "externa", pravzaprav ne šteje. V tem postu je okoli 1000 bitov, mau več ali malo manj NE OZIRAJE SE na vso tehnično dato tvojega PC in v katerem kotu ga imaš postavljenega in tko naprej. Pa kdaj ti ga mama pusti laufat.

A dej no. Kam je pa zapisana, če ne v genom

V samo jajčno celico, kot celoto.

O.

Sem ti povedal Double, da te externe informacije ne štejejo.

Če vzamemo odraslo celico kot neko entiteto z točno določenimi lastnostmi, kako boš definiral kaj so eksterne in kaj niso eksterne informacije, da je nastala takšna kot je?

V tem upam, da se vsi strinjamo.

Očitno ne. Thomas misli, da je vse zapisano v genomu. Ampak ni. Pravzaprav v genomu zelo veliko pomembnih stvari manjka.

Tako je informacija definirana po Shannonu. Da "externa", pravzaprav ne šteje.

In zakaj ne bi štela? Za izdelavo človeškega bitja potrebuješ več informacij, kot jih je zapisano v genomu. To je preprosto dejstvo in ti nič ne pomaga izgovarjanje na definicijo informacije.

en del genoma, so navodila, kako narest tisto jajčno celico, jebal te čuk!

Hec je, ker ni. Zakaj bi sploh bila taka navodila, če pa jajčna celica v vsakem primeru je. Genom (razen virusnega) ne predvideva možnosti, da bi se znašel sam, gol, brez začetne celice.

Lahko pa vzameš za primer tudi virusov genom. Tudi v njem ni dovolj informacije, ker jo je del tudi v genomu gostitelja.

Kar si imel že pred mojim messagem - ne šteje za informacijo mojega messagea.

Tu se ne pogovarjamo o tem, koliko informacij je v tvojem sporočilu, ampak koliko informacij potrebuješ, da to sporočilo razumeš. Brez celega niza predhodnih sporočil nihče ne bi razumel, o čem se tule pogovarjamo. A je to tako težko razumeti?

O.

??

Hja ... kaj naj vam rečem? Ne gre za izgovarjanje na neko neposrečeno definicijo informacije, gre za uporabo tega pojma, definiranega zelo bistroumno.

Tvoj font ali bios, NI sestavni del mojega sporočila. Berite Shannona, ne sklicujte se na dim razumevanja informacije po svoje, naivno!

Life is tough. Koliko informacije je v vseh slikah Mandelbrotove množice, pri vseh povečavah in vseh paletah?

Neskončno?

Ne. Toliko, kolikor rabimo za enoličen zapis algoritma "z=z²+C".

Opis DNK pač ni isti od opisa žive celice.

Mi je prav žal ... informacijsko gledano, je čisto isti šmoren.

Oba imata enako število bitov. To je vse, kar informacijsko gledano, šteje.

Če pri temeljenju zanemariš nosilnost temeljnih tal, je lahko še tako vrhunska stolpnica en epic fail.

Tole zelo verjetno presega moj domet, pa bom vseeno probal. Če nakaj zookrožimo in izberemo najhitrejšo še primerno rešitev, potem je vseeno, če boš v simulaciji rak namesto človeka, ker ti bo ob dobrem počutju vseeno kakšna je zevolvirana forma, v bistvu ti bo vseeno za vse, ker boš morda ves čas zadovoljen ščipal debel kos ribe. Zakaj potem sploh simulacija, če nam to v skrajni sili lahko ponudijo tudi na Studencu 48!?

Koliko je Windowsov 7 na DVDju? Recimo, da jih je 1 GigaByte.

Opletanje s tem, da jih mora pričakati PC, ki je konfiguriran s še več informacije, naprimer 3 GB plus še elektrana ki ga napaja in je komplicirana 9 GB... je popolnoma deplasirano. Popolnoma deplasirano.

Če tega ne razumeš, kdorkoli ne razumeš ... brez veze se je dajat še s tabo.

Imamo preprost Turingov stroj, na njegovem vhodnem traku je zaporedje baz celotnega človeškega genoma AACGC..TA (ali pa kar primerno zakodirana kemijska struktura DNK kakor je zvita v kromosome), na njegovem izhodnem traku želimo dobiti molekularno natančen opis človeka. Kakšen program se mora izvesti, da nam to uspe?

Sam si predstavljam, da bi šlo za natančno fizikalno simulacijo, v kateri bi nastopalo lokalno okolje, preostale celične strukture ipd., brez katerih ne vidim, kako bi lahko dobili željeni rezultat.

Kaj si predstavljate drugi, ki se s tem ne strinjate? Genom -> Some Zero-information Magic Happens here -> Človek?

@nevone:

Okolje je samo material za gene.

Drži.

A informacija o tem, kako naj se printa se s tem, ko mu papir damo, ne poveča nič.

Algoritmično kompleksnost/vsebnost informacije česa točno merimo tule? Ura je res že pozna in morda zato ne vidim analogije s primerom genov in naših teles, čeprav se mi vseeno zdi verjetneje, da je enostavno ni.

Ura je res že pozna in morda zato ne vidim analogije s primerom genov in naših teles,

Ni ravno analogija, je samo primer, kako ločiš navodila za izdelavo nečesa od materiala, ki je potreben, da se navodila izvedejo.

Geni so NAVODILA za izdelavo (posameznih enot) organizma.

o+ nevone

Ampak ne dovolj podrobna, da bi lahko brez drugih informacij to lahko naredil.

Drugih informacij? Morda drugih formacij. Informacije, ki jih vsebuje gen so zapisane v njem in ne izven njega.

V resnici mi ni čisto jasno - Thomasa in Nevone sem imel za še kar bistra primerka, ampak glede na to, da jima očitno niso jasne nekatere zelo osnovne zadeve, začenjam v to dvomit.

A veš, jaz se ne ustrašim vsakega, ki misli, da če je nekaj študiral, da je tudi dobro naštudiral. Sploh ni nujno.

o+ nevone

ABX je 24. jul 2010 ob 04:30 izjavil:

Vajenc je 23. jul 2010 ob 21:07 izjavil:

Da zunanje okolje vpliva na nas ni dvoma. Vendar je po moje v veliki meri zanemarljivo, človek je v bistvu vedno isti ne gleda na to kje se rodi, edino umre če pogoji niso pravi.

Okolje mora biti bistveno za mutacijo, zato je toliko različnih vrst. Človek je povsem drugačen, če se rodi nekje sredi pragozda v plemenski ureditvi, kot če se rodi v Ljubljani, kjer več ali manj vsi dobimo (pod prisilo) dozo najnovejšega znanja in s tem poglobljenega dojemanja sveta. Mene samo čudi, zakaj niso možgani avtohtonih ljudi iz pragozda manj razviti ... ali so, pa jaz ne vem?

There is no magic!

Za ljudi je evolucija še vedno en majcen misteriozna, ker še zdaleč niso vsega definirali in uskladili. Prajuha je npr. en tak magic moment.

Priporočam da se vrneš v osnovno šolo in se ponovno učiš teorijo evolucije.
http://www.google.com/search?hl=en&rlz=...

Zaplankanost je huda reč. Okolje mora biti bistveno za mutacije,tako po Darwinu kot po Lemarcku in kot po katerem koli drugem učitelju EVOLUCIJE. Žirafa ni dobila tako dolgega vrata zaradi stegovanja, ga je pa zato, ker so tiste z daljšim vratom imele krajevno boljše možnosti preživetja, če so pobrale listje tudi iz višjih predelov, čemur rečemo tudi naravna selekcija. To je iz osnovne šole! Med in po srednji šoli lahko spoznaš tudi, da imajo geni nekakšen spomin, ki omogoča vklapljanje in izklapljanje genov ob določenem zunanjem signalu. Sklepam, da po dolgi uporabi vklopljenega, to ostane permanentno oz. do dolge uporabe izklopljenega. To zadnje ni nujno resnično, pa vendar me ti ne moreš prepričati, če obenem trdiš, da okolje ni bistveno za evolucijo.

Informacija o izdelku je na bar code nalepki. Ne v blagajni. V blagajni je ta informacija kvečjemu redundantna in/ali dodatna.

Po radijskih valovih potuje informacija pesmice Mance Izmajlove, Čez zelene trate, s svetlobno hitrostjo na vse strani Vesolja. Moj radio v avtu jo je enkrat odkodiral, najbrž še kakšen drug tudi. Tista valovna fronta je zdaj že svetlobne tedne daleč v Vesolju, kjer dekoderjev zanjo najbrž ni, vendar informacija je še vsa tam.