Projekt Covid.si upihnil prvo svečko

Projekt skupnostne znanosti Covid.si, ki se je začel lani ob izbruhu pandemije, je praznoval prvo obletnico obstoja. V tem času se je projekt, ki so ga postavili Črtomir Podlipnik z UL FKKT, Marko Jukić z UM FKKT in Sebastian Pleško, razvil, a glavne aktivnosti so ostale enake. Te so molekulsko sidranje z uporabo distribuiranega računalništva, kar pomeni, da lahko z računsko močjo v njem sodeluje vsakdo.

V projektu je doslej sodelovalo 400 računalnikov, ki so v tem času računali 62 tarč in na njih izvedli prek 837 milijonov neodvisnih eksperimentov molekulskega sidranja (molecular docking). Tako se imenuje računsko ugotavljanje interakcije med molekulami, katerih biološka aktivnost zoper virus se preverja, in različnimi deli virusa. Poleg 400 računalnikov prostovoljcev v projektu uporabljajo tudi računske kapacitete, ki jih je doniral Microsoft na Azuru. S tem so pripravili knjižnico, v kateri je milijarda spojin, ki čakajo na sidranje.

Hkrati so skupaj z Inštitutom za matematiko v Petrozavodsku zagnali še sestrski projekt SiDock@home, ki predstavlja razširitev projekta na platformo BOINC. To je splošna platforma za izdelavo projektov distribuiranega računanja, v okviru katere tečejo najrazličnejši projekti. Prostovoljci lahko izberejo, za kateri namen želijo donirati svojo procesorsko moč. SiDock@home jih ima že 8400 z računsko kapaciteto 284 TFlops.

Prvotna knjižnica v projektu Covid.si je vsebovala 10 milijonov ligandov, ki so jih sidrali na glavno proteazo virusa. Štirideset najbolj obetavnih spojin bodo na Biotehniški fakulteti v Ljubljani tudi eksperimentalno testirali. Projekt se nadaljuje z nadaljnjimi sidranji, saj je v knjižnicah še ogromno spojin, tarč pa tudi še niso vseh preverili. Druge aktivnosti v okviru projekta so na primer še izdelava wuhobranov (beseda leta 2020) in analiza v Sloveniji prisotnih različic virusa na podlagi javno dostopnih podatkov v GISAID-u. Prav projekt Covid.si je prvi ugotovil, da smo dobili v Sloveniji različico, ki je drugod še niso bili opazili.