V Sloveniji verjetno odkrili novo različico SARS-CoV-2

Minuli teden so pri sekvenciranju genomov iz vzorcev SARS-CoV-2, ki so odvzeti v Sloveniji potrjenim okuženim, odkrili kombinacijo mutacij, ki je doslej še niso poznali. Različica virusa B.1.258.17, ki je znana po mutacijah N439K, Δ69_70 in V772I (ima pa še druge), je dobila še mutacijo N501Y. Če bodo potrdili dovolj primerov te kombinacije mutacij (meja je pri 50), bo registrirana kot nova različica. A ne gre računati na to, da bo dobila ime slovenska različica. Poimenovanja po državah se sicer zdijo eno logična in enostavna, a jih tako za viruse kakor njihove različice Svetovna zdravstvena organizacija odsvetuje. Razlogov je več, ključna pa sta povezana s stigmatizacijo ("kitajskega virusa", kot so SARS-CoV-2 nekateri nasilno poimenovali, pač ne prenašajo Kitajci) in odkritjem. Četudi so varianto B.1.1.7, ki ji v medijih često pravijo britanski sev, res prvi odkrili v Veliki Britaniji, to ne pomeni, da je tam tudi nastala - podobno kot tudi španska gripa pred stoletjem nima vira v Španiji. In četudi bi, to ne pomeni, da so Britanci krivi za njen vznik, saj so mutacije virusov pričakovano dogajanje, rezultat pa odvisen od naključja. A ker je uradno poimenovanje verzij zapleteno, se tudi v informacijah za javnost še vedno pojavljajo geografske označbe različic, saj je za najpogostejše različice in seve temu najlaže slediti.

Spremljanje evolucije SARS-CoV-2 je pomembno, zato se del vzorcev s pozitivnim rezultatom polno sekvencira (v celoti določi genski kod), še delu pa presejalno gen za protein S. V letošnjem letu so v Sloveniji polno sekvencirali okrog 4000 vzorcev, ki jih izbirajo po različnih kriterijih. Poleg približno 10 odstotkov pozitivnih vzorcev se sekvencirajo še vsi tisti, za katere epidemiologi ocenijo, da bi lahko šlo za uvožene nove različice, pa tudi nove bolezni pri že prebolelih, pri že cepljenjih in pri vseh v enotah intenzivne terapije. Različicam v Sloveniji sledita Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) (zanje Klinični inštitut za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike UKC Ljubljana) in Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) ljubljanske medicinske fakultete. Do sredine tega tedna je v Sloveniji krožilo 46 različic virusa, izmed katerih je glavnina okužb odpadla na B.1.258.17 in B.1.1.7. Prerez skozi čas kaže (surovi podatki), da letos prevladuje B.1.258.17, ki pa ga uspešno izpodriva B.1.1.7 ("angleška različica"). Podatki o sekvenciranih genomih se nalagajo na GISAID.

Novoodkrita različica, na katere obstoj je prvi opozoril Sebastian Pleško iz Sledilnika Covid-19, kar je potrdil Tadej Battelino z ljubljanske medicinske fakultete, se od prevladujoče različice B.1.258.17 v Sloveniji razlikuje po mutaciji N501Y. Različica B.1.258.17 ("evropska" različica) se je v Sloveniji pojavila oktobra, odtlej pa je odgovorna za več kot tri četrtine primerov, kar časovno sovpada s pojavom drugega vala. Ključna mutacija v B.1.258.17 je N439K (ni pa edina), torej zamenjava aminokisline asparagin z lizinom. V novi varianti pa je še na mestu 501 zamenjan asparagin s tirozinom. Ni še znano, kako se bo imenovala nova verzija. Mutacija N501Y ni nova, smo jo pa prvič zasledili v različici B.1.258.17; nova je torej kombinacija mutacij. Ali zelo po domače: B.1.258.17 je spontano izumil mutacijo N501Y (ki jo že poznamo tudi v britanski, brazilski in južnoafriški različici, ne pa v evropski). Kot kaže, je mutacija N501Y odgovorna za večjo oziroma daljšo kužnost (ena okužena oseba okuži več zdravih posameznikov, ker je trajanje kužnosti daljše). Brazilska in južnoafriška različica imata tudi mutacijo E484K, ki virusu olajša skrivanje pred imunskim odgovorom.

Poimenovanje različic SARS-CoV-2 se na prvi pogled zdi povsem arbitrarno. Imena sledijo iz genetske podobnosti. Poenostavljeno povedano začetna črka predstavlja izvorni sev, potem pa dodatne mutacije, ki jih v genskem drevesu vidimo kot razvejitve, dobijo podoznake do treh nivojev globoko (sistem PANGO). Vse različice, ki jim lahko genetsko sledimo do lanskega izbruha v Italiji, sodijo v linijo B.1.