Vprežite svoje računalnike v boj proti koronavirusu

Slovenski znanstveniki se na različne načine pridružujejo mednarodnemu boju proti novemu koronavirusu. Za bralce te strani bo med zanimivejšimi gotovo računalniški pristop, v katerem lahko sodeluje vsakdo. Ekipa pod vodstvom Črtomirja Podlipnika z ljubljanske kemijske fakultete je začela projekt iskanja ligandov, ki se vežejo v različne proteinske receptorje ob okužbi z novim koronavirusom. Preverjanje, kako se ligand veže v biomolekulo, se imenuje sidranje (docking).

"Komplementarnost majhnih molekul je le prvi predpogoj, da lahko molekulo uporabimo kot zdravilo, preveriti je namreč treba tudi, kako se molekula metabolizira, kakšna je njena biološka dostopnost ter kakšna je njena toksičnost. Iskanje ustrezne molekule najlaže ponazorimo z iskanjem majhne igle v ogromni kopici sena," so pojasnili v opisu projekta. Pri tem ne pretiravajo, saj je možnih farmakoloških molekul res ogromno, po nekaterih ocenah okrog 10⁶⁰. Preiskovanje čim večjega dela tega kemijskega vesolja se imenuje virtualno rešetanje. Zato se ta problem rešuje z uporabo vse dosegljive računske moči.

Ekipa je pripravila orodje, ki deluje na Windows, Mac ali Linuxu. Za delovanje potrebujemo aktivno internetno povezavo, saj paketke dobiva iz centralnega repozitorija, kamor pošilja podatke. Obdelava enega paketka traja kakšno uro. Programska oprema temelji na programu SeeSar, za katerega je licenco doniral BioSolveIt.

Omenjeni projekt pa seveda ni osamljen. V okviru projekta Folding@home, ki teče že dolgo časa, sedaj aktivno iščejo strukturo kompleksa S-pro-ACE2. Na ta način lahko predlagajo terapevtska protitelesa za virus SARS-CoV-2.