Mesta imajo unikatne mikrobiome

Na predmetih, ki se jih dnevno dotika veliko ljudi, uspevajo številni mikroorganizmi, od bakterij in gliv do virusov. Ko so leta 2015 v New Yorku jemali vzorce s podzemne železnice, so odkrili ogromno predhodno neznanih vrst. Skoraj polovica (48 odstotkov) odkritega DNK je pripadala neznanim organizmom. Našli so 1688 vrst bakterij, virusov, arhej in evkariontov. Sedaj so v Cell objavili razširjeno raziskavo, za katero so vzorčili v 60 mestih po vsem svetu. Odkrili niso le kopice novih organizmov, temveč tudi njihovo unikatnost. Kljub nekaterim prevladujočim organizmom, ki so zastopani po vsem svetu, je mikrobiom vsakega mesta tako edinstven, da je z 88-odstotno zanesljivostjo možno ugotoviti, od kod izvira posamezen vzorec.

Vzeli so 4728 vzorcev iz 60 mest, ki so jih analizirali. Z analizo DNK so odkrili organizme iz 31 taksonov. Med njimi je tudi 10928 vrst virusov, 1302 vrst bakterij in dve vrsti arhej, ki jih dotlej nismo poznali. To pomeni, da je spet skoraj polovica (45 odstotkov) odkritih vrst novih. V 97 odstotkih vzorcev je bilo istih 31 vrst, ki predstavljajo glavnino biološkega materiala, medtem ko je bilo še 1145 vrst prisotnih v 70 odstotkih vzorcev. Preostale pa so bile dovolj unikatne, da je bilo možno z visoko verjetnostjo napovedati, od kod je posamezen vzorcev.

Pomembna dodana vrednost raziskave niso le zaključki, ki bodo uporabni tudi v forenziki, temveč odprt repozitorij zbranih podatkov. Zbrani podatki so namreč prosto dostopni na metagraphu, kar bo koristilo vsem nadaljnjim raziskavam in kar je tudi cilj znanosti 21. stoletja. Poleg forenzične uporabne vrednosti so podatki o mikroorganizmih v mestih koristni tudi za spremljanje javnega zdravja, kar omogoča odkrivanje novih žarišč bolezni.

Rezultati so pokazali, da imajo mesta značilen mikrobiom, ki se razlikuje od tistih v bližnji naravi (npr. v zemlji) ali na ljudeh. Seveda ti med seboj interagirajo, a predstavljajo vsak svojo biološko nišo. Poleg jedrnega mikrobioma, ki je v vseh mestih enak, obstajajo še geografske variacije in vpliv specifik posameznega mesta. Velika večina odkritih vrst ni patogenih, so pa odkrili tudi precej genov za rezistenco proti antibiotikom. Večinoma je šlo za odpornost na betalaktamske in MLS. Teh genov je bilo manj v vzorcih iz Oceanije in z Bližnjega vzhoda.