Igralci igre Foldit pomagali odkriti strukturo encima

Foldit je eksperimentalna računalniška igra, ki so jo razvili na Univerzi v Washingtonu. Igra pomaga razvozlavati problem zvijanja proteinov, ki je biokemijsko dobro poznan, a računsko izjemno zahteven proces. Obstojijo algoritmična orodja za izračunavanje zvitja proteinov (najbolj znan je projekt distribuiranega računanja Folding@home), Foldit pa poizkusi problem napasti še z druge strani, in sicer z uporabo človeške intuicije oziroma sposobnosti možganov za prepoznavanje trirazsežnih predmetov. Rezultati so uporabni tudi v resnični znanosti.

Biokemiki so si dlje časa razbijali glavo z vprašanjem, kako se zvije encim retrovirusna proteaza M-PMV, a odgovora niso našli. Zato so problem predstavili igralcem igre Foldit, ki so v treh tednih uspeli ugotoviti dovolj dober približek za tridimenzionalno strukturo encima, da jo je lahko ekipa raziskovalcev na namenskih orodjih izboljšala do uporabne oblike.

Zoran Popović z Univerze v Washingtonu pojasnjuje, da je bil Foldit razvit prav s tem namenom, saj obstoji vrsta problemov, ki samo z uporabo računalniške surove moči ali samo človeške intuicije niso rešljivi. Streti jih je mogoče šele z uporabo kombinacije obeh in tod blesti Foldit. Eden izmed soavtorjev Foldita Seth Cooper pojasnjuje, da imajo računalniki izjemno slabe prostorske sposobnosti, medtem ko ljudem to ne predstavlja nobenega problema. Zato so razvili Foldit.

Poznavanje zvitja proteinov je pomembno pri načrtovanju zdravil, kjer je za pripravo aktivnih učinkovin ključno razumevanje interakcij med tarčnim mestom in aktivno učinkovino. To ni odvisno le od vrste atomov in njihove zaporedne povezave, ampak tudi od trirazsežne zgradbe, zaradi katere so v biomolekulah pogosto drug ob drugemu atomi, ki so v raztegnjeni verigi daleč vsaksebi. Brez poznavanja zvitja je torej nemogoče razumeti interakcije molekul, prav tako pa je napačno zvitje odgovorno za nastanek nekaterih nevrodegenerativnih bolezni.