Googlov DeepMind predstavil AlphaGenome 2 za napovedovanje vpliva sprememb DNK na celice

DeepMind je predstavil novi model AlphaGenome 2, ki je namenjen analizi in predvidevanju, kako spremembe v zapisu DNK v celicah vplivajo na delovanje celic, s tem pa tudi na izražanje genov in vpliv na pojav določenih bolezni. Lani so izdali prvi AlphaGenome, ki je napovedal aktivnost v celicah v različnih tkivih, nova verzija pa je bistveno izboljšana. Podrobnosti najdemo v tehničnem članku.

AlphaGenome 2 so natrenirali na več kot 100 milijonih individualnih celičnih profilih iz 68 različnih tkiv. S tem so velike atlase in kataloge posameznih celic spremenili v dinamični napovedni model, ki lahko napove posledice sprememb v DNK in izražanja različnih genov. AlphaGenome Atlas, ki ga je prvi AlphaGenom ustvaril pred dvema mesecema, na primer vsebuje napovedi, kaj povzročijo vse enočrkovne mutacije v človeškem genomu, ki jih je približno devet milijard. A tista verzija je imela omejene napovedni možnosti glede vpliva v posameznih vrstah celic.

Novi model AlphaGenome 2 lahko napoveduje tudi tiste vrste celic in biološka stanja, ki jih med treningom ni nikoli srečal. Prav tako lahko poišče vrzeli v eksperimentalnih podatkih in predlaga, katere poizkuse bi bilo smiselno opraviti. Vodja projekta genomika v DeepMindu je Žiga Avsec, ki je tudi vodilni avtor v članku. Za The Verge je povedal, da je AlphaGenome 2 bistveno dražji od predhodnika, zato ga ne bo takoj nadomestil. Atlasa za vse možne enočrkovne mutacije, kot so ga izdelali s prvo verzijo, z AlphaGenome 2 ne bi bilo smiselno pripravljati. Po drugi strani pa je bistveno boljši pri ciljanih napovedih za relevantne mutacije.

Model je za raziskovalno rabo že na voljo.