Znanstveniki zaradi Excela preimenovali 27 genov

Matej Huš

6. avg 2020 ob 21:57:24

Biokemiki in biologi dajejo genom v organizmih sorazmerno dolgočasna imena, ker morajo slediti sistemu, ki zagotavlja poimenovanja več deset tisoč genov. Včasih je bilo drugače, zato smo imeli gene Sonic in Indy (I'm not dead yet), a danes je romantike konec. Včasih pa jo zagode Excel.

Spomnimo, da je gen zaključeno zaporedje baznih parov v dednem zapisu (DNK), ki se s prepisom v mRNK kasneje prevede v proteine (zaporedje aminokislin). Gene gradijo tričrkovna zaporedja ali kodoni (ki ustrezajo baznim parom), ki se prevajajo v aminokisline. Gen je tako načrt, katere aminokisline in v kakšnem zaporedju naj ribosom sintetizira. Vsak gen ima kratko ime in alfanumerično kodo. Imena genov so dolgočasna zaporedja: TP53, TNF, EGFR, VEGFA, APOE itd.

Včasih pa kašen gen preimenujejo, ker je to laže kot Microsoft prepričati, naj spremeni Excel. Čeprav je del pisarniškega paketa, se osupljivo veliko znanosti na neki točki znajde v Excelovih preglednicah. Ime gena MARCH1 (Membrane Associated Ring-CH-Type Finger 1) za Excel predstavlja težavo, ker ta zapis prepozna kot datum in ga avtomatično spremeni v 1. marec. To ni tako nedolžna napaka, kot se zdi, saj v dolgih tabelah lahko neopažena. Raziskave kažejo, da ima petina objavljenih člankov kakšno napako zaradi težav z Excelom. Excel sicer ni najbolj primerno orodje za delanje znanosti, je pa še vedno zelo enostavno in razširjeno, zato vsaj spočetka marsikdo podatke premetava kar tam.

Zato se je HUGO Gene Nomenclature Committee odločil, da preprosto preimenuje nekaj genov, da bi se izognili vsaj najpogostejšim težavam. HGNC je objavil prenovljena pravila za poimenovanje genov, ki so namenjena večji standardizaciji, med njimi pa je preimenovanje zaradi Excela manjši del. A vseeno, v znanstvenih navodilih uradno piše: Simboli, ki vplivajo na obdelavo in priklic podatkov, denimo simboli s samodejno pretvorbo v datum (MARCH1 in SEPT1 bosta postala MARCHF1 in SEPTIN1). Doslej so na tak način spremenili imena 27 genov. Ena proti nič za Excel proti znanosti.